然而，到了明太祖洪武六年（公元1373年），朱元璋发现，这时科举考试所取的士人，大多为后生少年，考察他们的文词，好像还可以；等到试用时，能以所学实际应用到处理政事者就很少了，而且情况还相当严重。于是，朱元璋严词批评并决定从当年起暂时停止科举，要求各地官府改为察举贤才。此后十余年中，人才的选拔主要靠两条途径，一是荐举民间人士，一是从现成的吏员中选拔。朱元璋规定，举荐的人才要以德行为本，才能次之；举荐的名目有聪明正直、贤良方正、教悌力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民。被推举出来的，要送往京师。而各省的贡生也是通过太学进行推荐。
当时的大小臣工都可以推举人才，而征召所得者，往往又推举了其他人才。所以不少居住在深山老林、穷乡僻壤的人才，都被征召到应天，由布衣而当上大官的不乏其人。耆儒鲍恂、余诠、全思诚、张长年等人，都以九十多岁的高龄到达京师，当上文华殿大学士。儒士王本、赵民望、吴源等四人特置为四辅官兼太子宾客。贤良郭有道，秀才范敏、曾泰，税户人才郑沂，儒士赵煮等升到尚书。儒士张子源、张宗德也升到侍郎。其余当上副都御史、大理寺少卿、国子监祭酒的，或者在地方上当布政使的还有许多。吏部上报朱元璋各方荐举应当担任官职的，有时多至3700人，少的也有1900人。当时规定，经明行修练达时务之士，都要送到应天，六十以上七十以下的安置在翰林院以备顾问，四十以上六十以下者分派到六部和各布政司、按察司任职。
这种征召辟举的方法，历史上也曾有过，并非朱元璋的发明。但是朱元璋也有独创，就是不光征召饱学之士，还征召富民。
朱元璋不满孟子重农轻君的思想，但对他“有恒产者有恒心”的说法却很赞同，下令户部征用富民。户部据此进呈了一份一万七千余户富民名单，包括浙江等九个布政司和应天十八府州中所有拥有七顷田以上者。朱元璋分批召见，只要奏对合乎朱元璋心意，马上就可以得到美差。
明初选官不居一格。朱元璋说过：资格这样的东西只为寻常人而设，假使是贤材，怎么能够拘泥常例。于是，会稽的地方一个俗名叫郭传的和尚，受到宋濂的赏识和推荐，后来当上了湖广布政使参政。山西繁峙县一个小小的主簿虞文采，上书揭露山西行省和按察司官吏事多不法，被擢升为大同知府。
不拘一格者还包括元代官吏，在朱元璋看来，这些人有行政经验，可以省去历练的过程。这里面甚至包括罪官。明太祖洪武七年（公元1374年），朱元璋下诏选取在凤阳屯田的罪官中年四十以上有才者重新录用，对四十以下已经宥免的也给以复用。后来的礼部尚书吕本、四川按察使班用吉、湖广右布政使徐锋，都是罪官重新起复的。
然而，这种办法还是有浮滥的毛病。此时的朱元璋已经开了杀戒，大批官员掉了脑袋，从中央到地方，各衙门缺额很多，急需补充人员。不得已之下，朱元璋还是回到科举一途。明太祖洪武十五年（公元1382年），朱元璋下令恢复科举考试。明太祖洪武十七年（公元1384年），礼部又定《科举成式》，颁行各省，定为永制。此时的科举与明太祖洪武三年（公元1370年）时相比，最大不同在于：第一，取消了乡会试以后复考骑、射、书、算、律五事，只注重经义。而且，所考经典都要根据古疏，“文辞增而实废”，由此开始了科举由实用向空疏的转变。第二，所取的一甲进士为翰林院修撰，二甲也有授翰林院编修、检讨的。进士进入翰林院自此开始。他们与在承敕监等近侍衙门的，都称为庶吉士。其余分配在六部、都察院、理政司、大理寺的仍称为进士，或者称观政进士。之所以称为“观政进士”，是因为朱元璋认为，他们不熟悉政务，应该好好地对待他们，让他们观政于各个衙门，并发给他们相应的俸禄。等这些人熟悉政事之后再提升他们。第三，从明太祖洪武二十四年（公元1391年）开始，明王朝颁布文字格式，进一步窒固应试者的思想，明朝科举制度的不利由此更加蔓延开来。
倾力培养太子，无奈朱标早逝
朱元璋从小就没有受过什么教育。朱元璋自己说：我在幼年时家贫，父母双亡，无钱求师学习，兄弟力耕于田亩之中；更进入佛门，以致圣人贤人之道，一概无知，几乎毁了一生。加入红巾，当上头目，特别是有了一定地位之后，才越来越感到读书的重要。明太祖洪武十五年（公元1382年），朱元璋曾有言：“古先圣贤立言以教后世，所存著书而已。朕每观书，自觉有益。尝以谕徐达。达亦好学亲儒生，囊书自随。盖读书穷理，于日用事务之间，自然见得道理分明，所行不至差谬。书之有益于人也如此。”在这样的理念指导下，朱元璋对儿子们的教育特别看重，尤其是对作为自己皇位继承人的太子朱标下力更多。
朱元璋当上吴王后，朱标就被立为世子，跟着宋濂读经。朱标的另一位老师是孔克仁，他自洪武二年（公元13699年）奉命为诸王子讲经。
除了读经，朱元璋也注意让朱标了解各种世事。元顺帝至正二十四年（公元1364年），朱标还只有13岁，朱元璋就要他去临濠省墓，还对朱标说：商高宗小时候亲自在外劳动，周成王早就闻听《无逸》的训导，都知道小民的疾苦，所以在位的时候就很勤俭，为有名的守成之主。你生长在富贵人家，习惯于安逸。现在要你外出到周围郡县去，去看看山水，走走田野。这样的话，就可以因为道路险易不同而知道鞍马劳顿，观察市井百业而了解衣食艰难，体察民情好坏而懂得风俗美恶。到了祖先居住的地方，还要访求父老，寻访我起兵时的那些事情，牢记在心，这样可以知道我创业的不容易。
朱标被立为皇太子后，一些官员建议仿照元朝的做法，以太子为中书令。朱元璋不以为然，认为元代太子属下官僚自成系统，与廷臣容易产生摩擦，下令考察历代官制，选择有功勋德行老成之辈及新进的贤德之人兼领东宫事。于是，李善长、徐达以下文武官员都兼任太子属官。朱元璋的解释是：因现在军事行动没有停止，我如果有事外出，必定是太子监国。假使另外设立一套班子，你们这些文武官员有事应该奏明太子，太子一旦与你们意见不合，你们必然归咎于那些太子的属僚引导，容易产生嫌隙。朱元璋还说明：之所以要在太子身边设置宾客、谕德等官员，而且挑选名儒担任，是为了辅助太子养成德性。朱元璋强调，以前周公教成王了解军事，召公教康王指挥军队，这是居安思危、不忘武备。因为继承大位的君主，生长富贵之家，习惯于安逸，不懂军旅之事，一朝有紧急情况，就会罔然不知所措。周公、召公的话，你们都要好好领会。
明太祖洪武十年（公元1377年），朱元璋下令：政事要事一并报告太子处理，然后再上报到他那里。
让朱元璋始料不及的是，他精心培养的朱标，行事居然与他大相径庭，倒是有其母之风。父亲独断专行，心狠手辣；儿子却为人友爱，心地仁慈。
亲兄弟之间，朱标也多所维护。朱标的二弟秦王在明太祖洪武十一年（公元1378年）就藩西安，过失较多，被朱元璋召回应天，想要削藩。朱标为之说情，才被放回国。三弟晋王在明太祖洪武十一年（公元1378年）就藩太原途中鞭打厨子徐兴祖，此人曾长期侍奉朱元璋。当朱元璋听说此事后，怒不可遏地说：我率领群英平定祸乱，从来不事姑息。独独这个厨师徐兴祖服侍我二十三年，一直没有打骂过，你小子知不知道？经朱标劝说方才息怒。晋王在藩国也多有不法，不时有人告发他谋反，朱元璋听信了。又是朱标流着泪劝说，直到朱元璋回心转意。
对待堂兄朱文正、表兄李文忠，以及朱元璋的养子沐英等，朱标也是如同兄弟一般。他们几个都是朱元璋得力助手，但也会有犯错误的时候。朱元璋对此总是毫不留情。而朱标知道后，总是回去告诉母亲马氏，让她从中劝解。
尽管朱标行事与朱元璋不相类似，因为是嫡长子，还是很得朱元璋喜爱。也许正是因为在朱元璋眼中，朱标显得过于柔弱，他的文臣武将们才遭到凶狠的杀戮。朱元璋为了开导太子，曾拿来一根满是棘刺的树枝放在地上，命太子去拾取。太子面有难色。朱元璋就教训说：“有棘刺的树枝你不取，我替你削掉棘刺怎么样？”太子十分聪明，明白朱元璋之意，但并不以为然，委婉地劝谏父皇朱元璋说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”言外之意是为君不能残暴。朱元璋十分恼怒，随手抄起一把椅子向太子砸去。这故事说明朱元璋坐上龙椅之后，把功臣视为棘刺。朱元璋深知：取天下要在马背上，守天下要在马下。狡兔死、走狗烹，天下一统，用不着武臣，朱元璋为了子孙的安全，就要向他们开刀。
朱元璋对于选择什么地方作首都，一直有些想法。明太祖洪武二十四年（公元1391年）八月，朱元璋要朱标去关中考察。朱元璋吩咐儿子：天下山川只有秦地号称险固，你去看看那里的风俗人情，兼带慰劳一下那里的父老子弟。
朱标出发后，朱元璋不放心，派人告诉朱标：你昨天渡江，雷声忽然在东南方响起，像是为你作前导，这是威震的征兆。但是一旬以来久阴不雨，应该引起警惕，举动宜谨慎，要严加防范，还要施仁布惠，以挽回天意。
朱标此行总算没有出什么娄子，还向朱元璋献上陕西地图交差。然而，之后朱标就生病了。就是在病中，朱标还勉力写了份奏章，陈说他对建都的看法。
明太祖洪武二十五年（公元1392年）四月，朱标去世，朱元璋一番心血白费。朱标的去世对朱元璋来说，这个打击太大了！于是，朱元璋又立朱标长子朱允炆为皇太孙。一切都要从头来过，最令朱元璋担忧的，是朱允炆的年龄太小了。
废相分权，精明治国
朱元璋很早就注意到占领区内的政权建设。
元顺帝至正十五年（公元1355年）六月，朱元璋率军攻下太平后，即改太平路为太平府，设置了太平兴国翼元帅府，自领元帅事，召陶安参幕府事，李习为知府。第二年三月，朱元璋攻占集庆，他又改集庆路为应天府，称吴国公，置江南行中书省，自领总省事，置僚佐，并在辖区内设置府、州、县官，在江南建立了他领导下的政权系统。
其后，经过八年征战，朱元璋的辖区进一步扩大，湖广行省、江西行省也纳入了朱元璋的版图。因而，朱元璋又在元顺帝至正二十四年（公元1364年）春正月，改称为吴王，建立中书省，设置左、右丞相管理行政，左、右都督执掌军政，御史大夫执掌监察。并于地方建置行中书省、府、州、县等地方行政机构和主管地方军事的行都督府，基本上确立了后来的明朝政权的组织规模。
建立明朝后，朱明王朝的政治制度仍沿元朝旧制。中央设中书省，置左、右丞相；中书省下设六部，各部设尚书、侍郎。地方设行中书省，置平章政事和左右丞。中书省是“百司纲领，总率郡属。”凡事必先“关白”丞相，然后奏闻皇帝。行中书省总管一省民政、军政和司法。
不久之后，朱元璋即发现丞相和行中书省的权力过大，决心加以改革。明太祖洪武九年（公元1376年），朱元璋废行中书省，在全国陆续设置了13个承宣布政使司，同时又设提刑按察使司、都指挥使司分管一省民政、司法和军队。
布政使司设左右布政使各一人，从二品；左右参政，从三品；左右参议，从四品，均无定员。布政使掌一省之民政，主要责任为传布朝廷命令、考核属下官员和征收赋役。参政、参议分守各道，掌管粮储、屯田、水利、抚民诸事。布政使司下又设府、县二级地方政权，长官称知府、知县。
提刑按使司设按察使一人，正三品；副使，正四品；佥事，正五品，均无定员。按察使负责本省刑狱与监察。
都指挥使司，管辖本省卫所，负责军务，设都指挥使一人，正二品，是省最高军事长官。
都、布、按并称三司。三司的设立，一方面使地方机构职权趋向专一化，从而加强了办事效能；另一方面，由于三司地位平等，虽共掌一省政务，但互不统属，分归中央有关部门管辖，从而有效地达到了权力制衡，加强了中央集权。
明太祖洪武十年（公元1377年），朱元璋设通政使司，长官称通政使，主管章奏出纳和封驳，稍夺中书省的“关白”之权。第二年，朱元璋又下令凡奏事不得先“关白”中书省。明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋以“谋不轨”罪名杀左丞相胡惟庸，罢中书省，拆中书省之政归六部，以尚书任天下事。六部尚书执行皇帝命令，直接对皇帝负责。六部即吏、户、礼、兵、刑、工。六部各设尚书一人，正二品；左右侍郎各一人，正三品。下置各司设郎中一人，正五品；员外郎一人，从五品。
吏部下辖文选、验封、稽勋、考功四清吏司。尚书掌天下官吏选授、封勋、考课之政令，以甄选人才，赞天子治。
户部下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司。户部尚书掌全国户口、田赋之政令。十三司各掌其分省之事，兼领所分两京、直隶贡赋及诸司、卫所俸禄，边镇粮饷，并仓场盐课、钞关。
礼部下辖仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司。尚书掌天下礼仪、祭祀、宴飨、贡举之政令。
刑部下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司。尚书掌天下刑名及徒隶、勾复、关禁之政令。十三司各掌其分省及兼领所分京府、直隶之刑名。
工部下辖营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。尚书掌天下百官、山泽之政令。
明以前历代中央辅政体制是丞相制。其基本权力由两部分构成。一是决策权，一是行政执行权。丞相既“掌承天子”，直接拥有一定的决策权；又“辅助万机”，作为百司首脑，主持对决策的实施。朱元璋的废相，对此结构作出了一大变更，行政执行权归属六部，决策权则全部收归皇帝手中。因而，皇帝的权力大大加强。
政治上集权的同时，朱元璋在军事上也实行“分权制衡”。明初基本的军事力量是卫所军。卫所设有卫指挥、千户、百户等官。洪武初年，由大都督府的大都督节制中外诸军。明太祖洪武十三年（公元1380年），改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京卫所和在外都司。都督府所管仅是兵籍和军政，不能直接统率军队。军官的选授权在兵部，而军队的调遣和最高指挥权则在皇帝。打仗时，兵部奉旨调兵、任命总兵，发给印信。战后，总兵官交还印信，士兵回归原来卫所。这样，兵部、都督府、总兵官都不能独专军权。
监察是中国古代政治生活中的一个重要内容，明太祖朱元璋将它视为其政权的三大支柱之一。朱元璋即吴王位时便设置了御史台，设左、右御史大夫和御史中丞等，以邓愈、汤和为御史大夫，刘基、章溢为御史中丞。朱元璋指出“国家立三大府，中书总政事，都督掌军旅，御史掌纠察。朝廷纪纲尽系于此，而台察之任尤清要。卿等当正已以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以纵奸，毋假公济私以害物。”
