建国后，朱元璋即从中央到地方建立了一整套监察机构。明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋罢御史台。明太祖洪武十五年（公元1382年），朱元璋置都察院，设左、右都御史，左、右副都御史，左右佥都御史。“都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪、小人构党、作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱陈宪、希进用者，劾。遇朝觐、考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。”
都察院下设浙江、河南、广东、广西、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、四川十二道监察御史。各道监察御史的职责为察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。军队行动则监军纪功，各以其事专监察。并且对御史台出巡有具体要求，明代御史官秩不高，但权力很大，职权行使，颇有雷厉风行之势，并且权限范围极广，每一御史都有权对内外所有机构、官员进行弹劾，并直接对皇帝负责。
除都察院系统外，对应于中央六部，朱元璋还创立了拥有独立监察权的六科给事中，六科即吏、户、礼、兵、刑、工六科。各科均设都给事中一人，左、右给事中各一人。给事中，吏科四人，户科八人，礼科六人，兵科十人，刑科八人，工科四人。六科职责为掌侍从，规柬、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。六科给事中的创置，对于地位和职权都已提高的六部，起着钳制的作用，同时也分解了都察院的监察权。都察院和六科之间有一定分工，但并不绝对。给事中同御史之间，亦可互相纠劾。
明代的司法机关较前代也有了进一步的扩展，其中央司法机关的刑部、大理寺和拥有一定司法权的都察院与前代不同。明代，刑部掌审判，大理寺则一般不再掌管审判，而专掌复核。因审判归刑部，事务性工作大增，因而刑部规模也相应扩大，由前代的四司扩充为十三清吏司，分别受理地方上诉案件，以及审核地方上的要案和审理中央百官的案件。明代对罪犯的处罚分死、流、笞、刑、徙几等，刑部有权处理流刑以下案件，但定罪以后，须将罪犯连同案卷送大理寺复核。死刑案件必须奏请皇帝批准。刑部的审判和大理寺的复核均须接受都察院的监督。
大理寺为明代中央司法复审机关，设有大理寺卿一人，左、右少卿各一人，左、右寺丞各一人。所属有司务厅和左、右二寺。案例审理完毕，凡未经大理寺复核者，诸司对罪犯均不得擅自发遣，否则即追究责任。
为保证案件审理无误，明代中央还建立了“三法司”联合审判制度。三法司即指刑部、大理寺、都察院。凡遇有大狱重囚，均由三法司联合审理，称“三堂会审”。
地方司法机构，如府、县一级仍与行政机关结合在一起，由知府、知县等地方行政最高长官掌握辖区司法审判工作。省级则专设司法机关——提刑按察使司，按察使有权处理徙以下案件，徙以上重案就必须报送中央刑部审理。从司法审判系统看，明朝自县、府、省以至中央刑部、三法司，形成了一套完整的体系，最高司法权则仍属皇帝。
此外，明朝特设的厂、卫特务组织，虽然不是正式的司法机构，但也被皇帝特令兼管刑狱，赋予巡察侦缉、专理诏狱和审讯的权力。特务司法是明代司法独具的特点。
断章取义，大兴文字狱
朱元璋虽然明白治世用文的道理，但他对读书人并不是没有猜忌，朱元璋尤其对元朝遗臣常常持有一种非常微妙的态度。在朱元璋这个新皇帝和元朝的旧臣之间总是有种微妙的关系。
元朝的士大夫文化人，他们如果要出仕新朝，就是对元皇帝的背叛，按照封建礼仪，就像再嫁的妇人一样失节；倘要守身不出，拒不应召，就是对新皇帝的蔑视，很可能引来杀身之祸。朱元璋既要他们忠贞，又要他们从命，这实在是强人所难。
危素就是这样一个可怜的老臣。危素是元代翰林学士，精通史学。元朝灭亡后，被明朝政府继续留用，在翰林院供职。当时也很受朱元璋器重，但是后来越来越受到猜忌。
明太祖洪武三年（公元1370年），危素应召到大内东阁，朱元璋听到脚步声，问道：“是谁？”危素回答：“老臣危素。”朱元璋随口说道：“我只道是文天祥。”危素感到羞辱，却又无法反驳，只能跪在地上连连叩头。
不久，朱元璋对这个年近七十的老翁再加羞辱。元顺帝有一头会舞蹈朝拜的驯象被送到南京。这一天，朱元璋朝会群臣，让大象跳朝拜舞。大约是整个环境条件改变，这头大象就是不跳，只是伏地不起，大有不事二主的气概。朱元璋就成就了它的“忠义”之志，命人把它牵出去杀了。然后，拿来两块木牌，一块写着“危不如象”，一块写着“素不如象”，挂在危素的两肩上。这帮御史大夫见皇帝如此，便一哄而上，纷纷上书，说危素是亡国之臣，不适合做皇帝的侍从。朱元璋便打发危素到和州，为元朝忠烈余阙去守庙。危素不久就因为羞愤而病死。
正是朱元璋的这种心理，加上武臣对文臣的成见，终于导致了明朝一场非常严重的文字狱。
在武将看来，明朝的这份天下是他们在沙场征战中用血肉换来的。皇上却常在他们面前反复说，乱世用武，治世用文。武将们听了心里非常不高兴，心想：这些人在皇帝面前摇头晃脑哼上几句，就成了皇帝的座上宾。但是，不管是一般武将还是勋臣权贵，谁也不敢贸然在皇帝面前说什么。但是，他们仔细观察着朱元璋的举动，猜测着他的心理。
一天，朱元璋大宴群臣，并让群臣当场做诗。大家正在冥思苦想做什么的时候，有一个武臣突然高声说道：“我先来几句。”于是念道：“皇帝一十八年冬，百官筵宴正阳宫。大明日出明天下，五湖四海春融融。”群臣立即明白，这是皇帝特意安排的，于是都不敢再把自己的诗拿出来。这件事使武臣们很得意。他们渐渐明白了皇帝对文化人用尽管用，但并不信任。不管朝里的还是朝外的文臣，几乎很少有人做官做的长的，常常是没几年，就被频频升降调换，不少人朝着紫袍，晚服囚衣。他们这批老兵旧将，尽管经常被训斥，但高的成为皇亲国戚，低的也能按时升迁，子孙世袭，禄位常在。勋臣们便尝试着在皇帝面前讲文臣的坏话。
明太祖洪武十九年（公元1386年）的一天，几个武臣又向朱元璋说道：“诚如皇上教诲的，乱世用武，治世用文。只是这些文人善于用文字骂人，不知不觉就落入了他们的圈套。”
朱元璋心里一动，说道：“是吗？”
武臣接着说：“当年张九四原本是礼重文人的。他请文臣给起个大号，文臣就给起了士诚这个名字。”
朱元璋说：“这个名字不是很好吗？”
武臣们回答说：“《孟子》有‘士，诚小人也’这样的话，岂不就是骂他张士诚是小人吗？张九四一辈子蒙在鼓里，哪里知道上了这些读书人的当？”
朱元璋命人取过《孟子》一查，果然有这句话，不觉把脸一沉，说道：“我知道了，你们去吧！”
朱元璋越想越觉得疑心，越想越觉得这些文臣们奸险狡诈。
朱元璋认为，越是文人写的歌功颂德的文字，越是陷阱，越是不能大意。从此以后，朱元璋十分注意臣下的奏章表笺，仔细阅读，并展开联想，只从坏处琢磨。果然发现，许多地方都有和尚、盗贼之类的文字，好像都与自己有关，越疑心就越像背地里骂自己，就连“近朱者赤，近墨者黑”也好像是在损自己。加上许多文人持不合作的态度，更增加了朱元璋对一般文人利用文章反皇帝的疑心。朱元璋用自己对事物的理解，凭个人的文化素养来读大臣的文章。只要有触犯忌讳，不合他的意思的，便派锦衣卫把作者押来，杀头泄愤，这就是朱元璋时代著名的文字狱。
朱元璋读表文，把所有的“则”都念成“贼”，十分恼怒，说：“则音贼，骂我作过贼，用心险恶，一律处死。”浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，因文中有“作则垂宪”一句，被杀；北平府学训导赵伯宁为都司作《祝万寿表》，因文中有“垂子孙而作则”一句被杀；福州府学训导林伯壕为按察使撰《贺冬至表》，因文中有“仪则天下”一句被杀；桂林府学训导蒋质为布按吏使作《正旦贺表》，因文中有“建巾作则”一句被杀……
常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》，文中没有“则”字，但有“睿性生知”一句。朱元璋看了，把“生”字破读成“僧”。于是大怒说：“生者僧也，骂我当过和尚，立即处斩。”
怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，因文中有“遥瞻帝扉”一句，被杀。朱元璋说：“帝扉就是‘帝非’，他诽谤朕不是，乱言惑众，不斩留他无益。”祥符县学教谕贾翥为本县作《正旦贺表》，其中有‘取法象魏’一句，朱元璋读成“去发象魏”，说：“去是落发，说我是向秃子，立即处死。”毫州训导林云为本州作《谢乐宫赐宴笺》，因文中有“式君父以班爵禄”一语，被杀。朱元璋认为“式君父”就是“失君父”，这是诅咒王朝，不杀还留他做什么？德安府训导吴宪为本府作《贺立太孙表》，文中有“天下有道，望拜青门”两句。朱元璋说：“‘有道’就是‘有盗’，‘青门’就是‘和尚庙’。文人变着法儿地揭我短，讽刺我。”于是下令，一律处以死刑，立即执行。
朱元璋看文章，也从鸡蛋里挑骨头，对遇到自己不理解的词语、句子，也认为是别有用心，对这些作者必杀无疑。
陈州州学训导为本州作《贺万寿表》，其中有“寿域千秋”一句，朱元璋念不出花样来，却认为此句恶毒，还下令把做表的人杀了才放心。象山县教谕蒋景高因为表、笺笔误，被逮至京师处斩。
明代首屈一指的诗人高启善写豪宕凌厉、奔放驰骋的歌行体诗，为世人所推崇。高启作了一首《题宫女图》，其中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来？”
朱元璋看了，认为是讽刺他，怀恨在心，寻找借口把高启逮到南京。高启自问无愧，一路吟咏，有“枫桥北望草斑斑，十去行人九不还”、“自知清澈原无愧，盍倩长江鉴此心”的名句。到京后，未加审问，高启便遭到腰斩，当时他才三十九岁。高启的弟子吕勉悲愤之极，遂迁居城外，绝口不谈读书做文章的事。到明成祖永乐年间，吕勉才将高启的文稿刊刻传布。
就这样，朱元璋通过严酷的文字狱控制了文人儒士，让他们乖乖按照大明朝的要求做事，进一步加强了朱元璋对全国的控制。
党同伐异，诛杀功臣
胡惟庸案是明太祖洪武四大案之一，死于此案的公侯爵位者近20人，被诛杀者有3万人之多。按说朱元璋生性多疑，平生最忌别人对自己有隐瞒，但怎么会发生如此一个案狱连绵：酿成一场骇人听闻、空前绝后的浩劫呢？
胡惟庸，定远人，不但是李善长的同乡，而且也算是朱元璋的同乡。胡惟庸虽然跟随朱元璋挺早，但一直不得志。胡惟庸从最低的元帅府奏差、迁宣使、宁国主簿进知县、吉安通判，擢湖广佥事。元顺帝至正二十七年（公元1367年），经过李善长的举荐，胡惟庸被调为太常寺少卿，又进官至太常寺卿。到明太祖洪武三年（公元1370年）时，胡惟庸入为中书省参知政事。次年正月，李善长告老，嗜酒而无能的汪广洋升右相，胡惟庸为中书左丞。汪广洋受淮西集团的排挤，于明太祖洪武六年（公元1373年）正月左迁广东参政，胡惟庸得以独揽大权。
胡惟庸没有李善长那样的大功，但是却有李善长那样的专断。胡惟庸贪财而露骨，来者不拒，多多益善。胡惟庸打击每一个不迎附自己的人，只要他不顺眼、不顺心的，便置之死地而后快。
胡惟庸深知自己做得太绝，被朱元璋抓住把柄将会处以极刑。于是，胡惟庸用手腕在几年之中，便把许多朱元璋的功臣拉上了自己的贼船。
胡惟庸为相七年，大权独揽，专断独行，使朱元璋觉得大权旁落，除了翦除，别无选择。于是，朱元璋开始找胡惟庸的茬儿，谁知胡惟庸不但不收敛，而且更张狂。在明太祖洪武十二年（公元1379年）九月胡惟庸又私藏占城国贡品，结果被中官发现。御史中丞涂节又告发胡惟庸，说他密谋害死刘基……令朱元璋龙颜大怒，赐胡惟庸死。然而这只是一个开始，当朱元璋对胡惟庸案深挖，以至于新证、人证的不断扩大，牵连众多的功臣，诛杀了多年才淡息下来。
胡惟庸原以为被自己拉下水的人越多自己也就越安全，哪里会想到朱元璋竟能真的诛杀这么多功臣。从这个案件的结果来看，怪就怪胡惟庸持权太重，架空了朱元璋，这是朱元璋所不允许的。朱元璋以擅权枉法罪状杀了胡惟庸，趁此机会取消了中书省，由他直接管理，集大权于一身，成为一个真正的独裁者。
明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋宣布以“擅权植党”罪处死胡惟庸。以“擅权植党”罪处死胡惟庸在情理之中，要以它来罗织一个“胡党”，株连一大批功臣宿将却是为了把罪网罗织得更大。在胡惟庸死后，朱元璋的黑暗面状逐步升级，显然是要置那些“胡党”于死地。明代的心腹大患是“北虏南倭”，由此着手制造罪状最具杀伤力。于是，胡惟庸死后罪状升级为“通倭通虏”，用它来株连开国元勋。胡惟庸的被杀完全是咎由自取，但受胡惟庸牵连被杀的大批功臣完全是无辜的。胡案实际上成为朱元璋整肃功臣的借口，凡是他认为心怀怨恨、行为跋扈的大臣，都被加上“胡党”的罪名，处死抄家。
明太祖洪武二十三年（公元1390年），即胡惟庸被杀十年之后，罪状又升级为“谋反”。朱元璋安排亲信精心策划，唆使李善长的家奴卢促谦无中生有地告发李善长与胡惟庸往来勾结，串通谋反。看得出来，朱元璋要借此除掉李善长，朱元璋冠冕堂皇地说：“（李）善长元勋国戚，知逆谋不发”，“狐疑观望怀两端，大逆不道”。77岁的李善长及其一门七十余人被杀，纯属冤案一桩。一年以后，解缙上疏为其申冤，他起草的《论韩国公冤事状》，由郎中王国用冒死呈上，大意是：李善长为陛下打天下，是第一勋臣，假使帮胡惟庸成事，也不过如此，况且他已经年迈，根本没有精力再折腾，何苦如此！朱元璋看了以后，无话可说，可见他也默认是枉杀了李善长。
与此同时，朱元璋又策划陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，串通胡惟庸“共谋不轨”。一场“肃清逆党”的政治运动铺天盖地而来，株连被杀的功臣及其家属共计达三万余人。为了平服人心，朱元璋特地颁布《昭示奸党录》，株连蔓延达数年之久。连一向与胡惟庸关系疏远的“浙东四先生”也未能幸免，亦以“胡党”被杀，宋濂的孙子宋慎也牵连被杀，宋濂本人则贬死于四川茅州。
后世史家对胡惟庸党案颇持怀疑态度。王世贞就对胡惟庸“谋反”之说表示难以相信；谈迁说的更加明确：“惟庸非判也”，乃“积疑成狱”，可谓一语道破。
蓝玉是开平王常遇春的妻弟，在常遇春麾下勇敢杀敌，所向披靡，堪称常胜将军，战功显赫。明太祖洪武二十年（公元1387年），朱元璋升蓝玉为大将军，两年后晋封谅国公。皇恩浩荡之下，蓝玉忘乎所以、骄横跋扈，使朱元璋感受到了将权与皇权的冲突。于是，朱元璋又精心策划了一场大屠杀，为了显示杀戮的正确，把被杀的人又扣上了“蓝党”的帽子。
