春秋时期，弑君篡立之事层出不穷，即庄存与所谓“《春秋》诸侯其能解免于篡者希矣”（同上。）。所以，《春秋正辞》一方面对各种篡立行径，辨析毫末，严加防范，痛加斥责；另一方面，极力强调讨弑君之贼的重大意义：“讨贼之义大矣，不讨贼之罪重矣”（庄存与：《春秋要指》。），使讨贼成为庄存与全至尊的重要内容。不能讨贼者一概被视为诛绝之罪，而对能讨贼的任何人都予以肯定赞扬。为此，庄存与也不惜求异于《公羊》学，如楚庄王入陈诛杀弑君的夏征舒，《公羊传》与董仲舒都以为称楚子为楚人是贬，“不予专讨也”（《春秋繁露·楚庄王》。）；而庄存与则以为，书“楚人杀陈夏征舒”是“讨贼之辞”，是对楚子的褒奖（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）。《公羊传》与董仲舒的说法，本来就是反对诸侯专讨，维护天子权威的尊王之义，与庄存与的全至尊是一致的，庄存与也有不少反对诸侯专杀的论说。那么，在这里又为什么要求异于《公羊》学呢？可能在庄存与看来，对于全至尊而言，弑君较之诸侯专杀危害更大，因而，诛讨弑君的乱臣贼子，较之反对诸侯专杀更为重要。所以，他不取《公羊》学之说，并不是不反对诸侯专杀，而是要强调君王的神圣不可侵犯。又如文公十年“楚杀其大夫宜申”，此条《公羊传》无说，庄存与却大加议论，以明讨贼之义，认为楚君商臣是弑君的贼子，故宜申以十年的时间谋杀商臣不是弑君，而是讨贼，他虽失败被杀，但还应该肯定，故被《春秋》许为楚国的大夫。（庄存与：《春秋正辞·外辞第六》卷八。）
从庄存与全至尊的论说中，可以看出他的全至尊主要在维护君王与王室的绝对权威，而不在《公羊》学所说的大一统。尽管庄存与在《奉天辞》中也讲大一统，并承认《公羊》学大一统的尊王之义。但是，在最能表达他的全至尊的所有论说中，我们都没有发现他有尊王与大一统相关联的论说，这与《公羊》学的尊王总是落实于大一统是不同的。这是庄存与与《公羊》学的又一个区别。由于庄存与的全至尊是以至高神圣的天为依据的，所以，全至尊的尊王、维护王室并不是、至少主要不是对清王朝的维护，而更多的是庄存与对理想政治的维护。
庄存与认为《春秋》所立人纪，无所不包，可通于万事。而在全至尊之外，尊贤、重民、仁义为本则是较为重要的内容，对此，《春秋正辞》也有较多的论说。关于尊贤，他说：“《春秋》之义，用贤治不肖。”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）“义者宜也，尊贤为大”（庄存与：《春秋正辞·内辞第三下》卷五。），尊贤是《春秋》的大义。因为“非贤，不可以为卿，君不尊贤，则失其所以为君”。“彼世卿者，失贤之路，蔽贤之蠧也”（同上。）。因此，他对《公羊》学的讥世卿特别赞赏，一再引以为说：如隐公元年“公子益师卒”，他解释说“鲁无异姓大夫，则贤贤之义缺矣……而世卿之害家凶国，为王法所必禁矣”；（同上。）释隐公三年“夏四月辛卯尹氏卒”，也引公羊子的讥世卿之说，以世卿为非礼；文公十年，“春王三月辛卯臧孙辰卒”，据大夫日卒为正，此条无记载当无所贬，但是，庄存与却认为“义不得无贬”，因为臧孙辰有“弊贤（柳下惠）”之大罪，“小善不足以自赎也，其绝之也，义在指矣，曷不读乎《春秋》”（同上。）。庄存与在这些地方所说的尊贤，也就是在《春秋正辞叙目》中所说的尚贤，所以，以为庄存与所说的尚贤只是尊董仲舒、何休等人，实非庄存与尊贤之义。
关于重民，庄存与认为同样是《春秋》的大义所在，“民者，王者所甚重也，《春秋》重民”（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）。他在《春秋正辞·内辞》中提出，“民者，君之本也”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。），以民为君本，认为君主应该以民事为务，“诸侯非民事不举”，“苟有天子之命，有百姓之事，则野死不以为危”；而对不顾人民，只知自己享乐腐化的君主则提出批评，如批评“隐公观鱼五”，“桓公狩以四”，是“以稼穑之地为禽兽之地”，“妨神农之大事”，指斥这些做法为不爱民的“乱政”。他对于春秋时期不顾人民死活的战争，尤其深恶痛绝，他说，“《春秋》之法，苦民尚恶之，况伤民乎？伤民尚痛之，况杀民乎？民者，《春秋》之所甚爱也；兵者，《春秋》之所甚痛也”（庄存与：《春秋正辞·外辞第六》卷八。）。“轻用民死，谓之殃民”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。），“与寇贼何异？”（同上。）如他评论桓公十年“齐桓、卫侯、郑伯来战于郎”，是“使百姓肝脑涂地而不恤，不仁甚矣，以爵称之，言不可一日在民上也”（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）；论桓公十一年“齐人、卫人、郑人盟于恶曹”说：“人之，贬之也。《春秋》恶兵，所犹痛者，糜烂其民而战之也。日以志志，痛此苍生同日而就死地也”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）；论桓公十二年“及郑师伐宋，丁未战于宋”，则指责鲁桓公有“殃民之罪大矣”（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）。他指责从事战争的君主是大不仁，应该用最严厉的刑罚来处罚，“师者，服上刑，而其君，为大不仁矣”（庄存与：《春秋正辞·禁暴辞第七》卷九。）。
在论说尊贤、重民时，庄存与就涉及了仁义为本的大义。如他说：“无故无新，惟仁之亲，尊贤养贤之家法也。”（庄存与：《春秋正辞·天子辞第二》卷二）以亲近仁人为尊贤的家法。他反对杀民的战争，就因其“不仁甚矣”。在庄存与看来，“三王之道，仁义为大”（庄存与：《春秋正辞叙目》。），因为仁义是一切道德之本，能够解决社会人事的一切问题，而没有仁义，社会国家就会危亡，“仁为让本，以仁去利，让为礼本，以让去争，礼为国本，以礼去兵。苟不务仁，不能去利、去兵，无益，亡之道也”（庄存与：《春秋正辞·禁暴辞第七》卷九。）。故他认为，诛讨乱臣贼子，只是治理社会国家的末务，仁义才是治乱的根本所在：
然则，乱臣必诛，贼子必诛，治之末也，非《春秋》之贵。《春秋》即天下之人之心，而明示以不义，即天下之人之心，而众著之以义，以义死之而弗敢犯也；以不义贿之天下，而途之人莫之从也。为人子者，冠以著代婚授之室，必将敬且哀焉，莫敢以为利，苟以为利，则弑之端也。《春秋》使其知其代之者，使天下后世之人知大恶之端恒于斯，而绝之早也。（庄存与：《春秋正辞·外辞第六》卷八。）
《春秋》所贵不在讨贼，而在仁义。而危害仁义的大敌是利，义为善，利为恶，“不善则恶，无中立也”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞叙目》。）。所以，庄存与特别强调义利的对立不相容，以人有有利之心，为乱臣贼子弑杀君父的根由，要求人们从根本上向义去利。庄存与说：“《春秋》之义行，则庶土交正禹之明德也，非圣人孰能修之？”（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）将仁义的精神深化于人心，使庶民都能够争行大禹之德，在庄存与看来这就是孔子修《春秋》的目的，也是《春秋》只可能出于圣人之手的证明。
庄存与由《春秋》所发明的诸大义，虽然说以仁义为本，但是，重点却在全至尊、尊贤、重民上，仁义属伦理学说，全至尊等说是政治理论。因此，庄存与发明的大义是以政治理论为主的，而不是以伦理学说为主。这显然是不合于宋学的言心性，讲性理，以伦理为主，二者恰好形成鲜明的对比。《公羊》学在本质上是一种政治学说，因此，庄存与的发明大义与《公羊》学的基本精神完全一致。他发明的尊王、尊贤、重民等大义，也是《公羊》学所特别注重的。所以，尽管庄存与在发明大义时，不仅多求异《公羊》学，而且于《公羊》学无说之处常大力发挥，但是，精神却不脱《公羊》学。
§§§第五节庄存与经学的评价
在以文字训诂为务的汉学极盛之时，庄存与的经学却以发明大义为主，这无异于独树一帜。所以，他的经学著作遭到许多株守汉学者的猛烈指斥，如李慈铭说：
庄氏之《尚书既见》，向读龚定庵所撰《碑文》云云，私揣其书必毛氏《古文尚书冤词》之流，而侍郎素称魁儒，又在毛氏之后，既有为而作，当更援据精慎，不似毛氏之武断。乃今闻之，既无一字辨证其真伪，亦未尝阐发其义理，但泛论唐虞三代之事势，凭私决臆，蔓衍支离，皆于经义毫无关涉。……附会纠缠，浮词妨要，乾隆间诸儒说经，斯最下矣。阮氏《学海堂经解》中屏之不收，可谓有识。（李慈铭：《尚书既见》条，《越缦堂读书记》，（台北）世界书局，1975年，第109页。）
今读其《尚书既见》皆泛论大义，多主枚书，绝无考证发明之举。……皆未免轻弃传记，凭私臆造。其《毛诗说》，以“日居月诸”（“日居月诸”为《邶风·日月》中每一段诗句的开头一句。）为卫人杀州吁后，庄姜念先君两子皆败，自伤之诗；《葛覃》以后妃亲葛为俭而失礼，谓葛之覃为美后妃之容，黄鸟之鸣为美后妃之言，皆穿凿不可信。（李慈铭：《尚书既见》条，《越缦堂读书记》，第109页。）
……皆未免轻弃传记，慿私臆造。（李慈铭：《味经斋遗书》条，《越缦堂读书记》，第1167页。）
胡玉缙在《毛诗说书后》，称引李慈铭的批评后进一步说：“实则全书似此类者不胜偻指。”（胡缙玉：《学林集林》第四册，第31页，上海远东出版社1995年9月。）又说：“《周官记》五卷，《周官说》二卷，《补》三卷”七卷，“为例未免不纯。无《宗伯》、《司寇记》亦不可解……而《冬官司空记》缀以韵语，凡三十六句，盖仿《考工记》、《嘉量铭》、《祭侯辞》而失之。要之，存与倡西汉之学，《春秋正辞》外大率任臆而谈，别为一派。此书未必尽合周公制礼之意，而尚有依据。王氏刻《经解续编》补收之，其亦不得已而思其次欤？”（同上。）从李慈铭与胡玉缙为代表的汉学家的批评中可以看出，汉学家最不满庄存与经学的地方，是庄存与的“绝无考证发明”，多“穿凿不可信”。而讲大义，重义理，恰恰就是要不能斤斤于考据训诂，所以，汉学家的批评不能说不是门户之见。但是，庄存与的经学忽略文字训诂，甚至为明大义而不顾清代考据的已有成果，这也不能说不是庄存与经学的缺点。
但是，一些能够跳出汉学局限的学者，则持完全相反的看法，对庄存与的经学给予极高的肯定，如谭献说：
阅庄方耕先生《尚书既见》，虽未决去伪古文，而文事深淳古厚，直接董、荀……国朝诸儒，如惠氏一家、王氏一家、庄氏一家，皆第一流。（谭献：《复堂日记》，（台北）华广书局，1970年影印光绪15年刊本，第2页。）
阅刘申受《书序述闻》，说《尚书》精深，源于宗伯公。吾故以谓庄氏学精于惠，大于王也。（谭献：《复堂日记》，第3页。）
李兆洛撰《礼部刘君传》称：
礼侍公鸿识卓学，甄综天人，经纬圣哲……兼通五经，各有论述，著《春秋正辞》，涵濡圣真，执权至道，取资三传，通会群儒。（李兆洛：《养一斋文集》一四卷《续修四库全书》，上海古籍出版社，2002年，第2页。）
董士锡说：
其为文，辨而精，醇而肆，旨远而义近，举大而不遗小，能言诸儒所不能言，不知者以为乾隆间经学之别流，而知者以为乾隆间经学之巨汇也。（董士锡：《易说序》，《味经斋遗书》卷首。）
徐世昌说：
方耕于六经皆有撰述，深造自得，不斤斤分别汉宋，但期融通圣奥，归诸至当，在乾隆诸儒中实别为一派。（徐世昌：《清儒学案·方耕学案》。）
在他们看来，庄存与的经学，精审超过惠栋父子，宏大超过王念孙父子，合于圣道之真，言诸儒所不能言，是当时“第一流”的经学，为乾隆间经学之巨汇。
这两种截然相反的评价，都说明庄存与的经学具有不同于时俗，直接汉代经学，追迹三代的新风。这就是宋翔凤所说的：“目见三代前，思与两汉并。”（宋翔凤：《赠何子贞绍基》，《洞箫楼诗纪》，（台北）圣环图书公司，1997年，第368页。）而魏源则指明了庄存与经学与当时乾嘉汉学的区别所在，他在列举了庄存与的著作后说：
崒乎董胶西之对天人，醰乎匡丞相之述道德，醰乎刘中垒之陈今古，未尝凌杂析，如韩（婴）、董（仲舒）、班（固）、徐（干）所讥，故世之语汉学者鲜称道之。呜呼！君所谓真汉学者，庶其在是；所异于世之汉学者，庶其在是。（魏源：《武进装少伯遗书序》上册，《魏源集》，第237-238页。）
董仲舒、匡衡、刘向都是西汉的今文经学家。所谓韩、董、班、徐四子所讥，据魏源所引四子之语，是指韩婴的反对言说天地之灾之类的无用、不急之辨，而主张用心于切磋君臣之义、男女之别；董仲舒的圣人所欲说在仁义，而不在鸟兽；班固的反对后世说经繁琐之风，认为不合古学之道；徐干的学当以大义、明道为先，名物为后。魏源所说的四子所讥，其实就是乾嘉汉学的弊端所在；又说庄存与的经学有董仲舒的崒、匡衡的醰、刘向的醰，而无四子所讥之弊，这不正是说庄存与的经学不同于乾嘉汉学，而同于西汉董仲舒等人的今文经学吗？魏源是刘逢禄的弟子，深许庄存与之学，而此段话出于庄存与的孙子庄绶甲在刻印庄存与遗书时请魏源所作的序中，这是对庄存与经学精神的正确说明。
在雍正、乾隆之时，经学言义理者，还是以程朱理学为主，而庄存与则以西汉董仲舒及其《公羊》学为宗。虽然《公羊》学的微言并未被庄存与有所发明，但是，他以《公羊》学的书法为阐释大义的主要手段，发明《公羊》学所重的大义，却无疑开启了一个新天地。而他的重《公羊》、宗西汉，引导了清代后来学者对《公羊》学微言的重视，甚至发展为借微言以讥时政，我们正是从这个意义上来说庄存与是清代《公羊》学的开创者。
钱穆先生对庄存与的经学评价独树一帜。他说：
庄氏为学，既不屑屑于考据，故不能如乾嘉之笃实，又不能效宋明先儒寻求义理于语言文字之表，而徒牵缀古经籍以为说，又往往比附以汉儒之迂怪，故其学乃有苏州惠氏好诞之风而益肆。（汪中与毕沅书，自谓为考古之学，实事求是，不尚墨守，以此不合于元和惠氏。王引之与焦理堂书，亦谓惠定宇先生考古虽勤，而识不高，心不细，见异于今者则从之，大都不辨是非。王念孙《拜经日记序》，亦谓世之言汉学者，但见其异于今者则宝贵之，而于古人之传授，文字之变迁，多不暇致辨，或以细而忽之。惠学流弊，当时已多能言之。）其实，清代汉学考据之旁衍岐趋，不足为达道。而考据既陷绝境，一时无大智承其弊而导之变，彷徨回惑之际，乃凑而偶泊焉。其始则为《公羊》，又转而为今文，而常州之学，乃足以掩胁晚清百年之风气而震荡摇撼之。卒之，学术治道同趋澌灭，无救厄运，则由乎其先之非有深心巨眼、宏旨大端以导乎夫先路，而特任其自为波激风靡以极乎其所自至故也。（钱穆：《中国近三百年学术史》下册，第525页。）
钱穆此说包含有三层含义：一是庄存与的经学是在乾嘉汉学陷于绝境时出现的；二是庄存与其人不是有深心巨眼的大智者，其经学不过是徬徨回惑、凑而偶泊的产物，而无有宏旨大端；三是庄存与的经学并没有为汉学的困境找到出路，只是惠氏好诞之风的肆虐，所以，由庄存与开创的今文经学虽然在晚清风靡百年，但最终不脱学术治道同趋澌灭的结局。钱穆此说明显带有贬斥庄存与经学之义，并且否定了庄存与经学出现的必然性及其本有的时代价值。如果说庄存与及其后来的今文经学仅仅是彷徨回惑、凑而偶泊的产物，仅仅是在乾嘉汉学没有出路时，由一批非有深心巨眼、宏旨大端的人偶然为之，就不能解释为什么今文经学可以在晚清风靡百年的现象。一种能够在社会上风靡百年的思潮，一定有其历史的合理性及相应的价值，不可一笔抹杀。
但是，钱穆此说却较梁启超等人肯定庄存与经学的观念要深刻得多。梁启超等人肯定庄存与的经学有其历史必然性，然而，这种必然性所体现的并不是今文经学在清代的必然复兴，而只是在晚清的特定历史转型期，变法革新已经明显成为时代发展的趋势之时，由于全新的代表时代发展方向的理论还不具备形成的条件，只有今文经学尤其是其中的《公羊》学，最为适合这个时期的变法需要，所以，今文经学、《公羊》学才得以风靡百年。而这个风靡，并不是《公羊》学、今文经学在学术上、政治上的辉煌；恰恰相反，从总体上来说是今文经学、《公羊》学被弯曲、异化，成为新学家反对旧制度、旧文化的理论形式，最终则导致了经学的终结与清王朝的灭亡。所以，钱穆的否定更合于历史发展的趋势，并且高于梁启超等人的肯定。
