从相关实践来看，我们现在能够知道的，是陈焕章在1899年就在自己家祠中祀天以孔子配了：“吾昔在高要创昌教会，即设圣位于砚洲乡之陈氏祠，继又设圣位于纽约之中华公所，后又设圣位于砚洲书院，去岁冬至且在砚洲南郊高筑天坛，以祀天而推圣师为主，以实行公羊无主不止，及中厅配天之义。今春在乡建励刚家塾，以祀先君丽江公并及三代，则又特奉昊天上帝与至圣先师之牌位而崇祀之，以创尊天尊圣尊祖之仪，而为三本一堂之制。皆此志也。今国人莫不有家，家莫不祀其先人，盖报本之教然也。曷不推大报本之义，而宗祀孔子于家，以配上帝，且以时读经，以为安身立命之计乎。诚如是，则家家皆有一孔教堂，处处皆有无数孔宅矣。”（陈焕章：《孔宅诗序》，载《宗圣学报》，总第十六号。）三本堂也见于康有为晚年在上海设立的天游学院。刘海粟回忆说：“学院右边有一间平房，门上康先生题着‘三本堂’横匾。我请他解释，他说：‘人受生于天，受教于圣，传类于祖若父母，三者人生之本，绝不可忘，每逢朔望，必率儿孙后辈至三本堂焚香叩头。孔子圣诞，所有学子皆来拈香。’”（刘海粟：《忆康有为先生》，见夏晓虹编：《追忆康有为》，309页。）
如果陈焕章在家祠中祀天以孔子配的做法来自康有为的话，那么，我们说，康有为至少在1899年之前就有了这个想法，但从康有为的现存文献来看，他对祀天以孔子配这一制度设计的具体阐述则初见于国教折。我们知道，梁启超曾称康有为为“孔教之马丁·路德”，据说是出于康有为的自况，这个说法当然主要并不是说康有为以基督新教为蓝本——或模仿基督新教——而建立孔教，而是说，康有为对于孔教的改革，类似于马丁·路德对于天主教的改革。（诚然，不可否认的是，康有为人人祀孔、人人祀天的孔教改革主张，的确受到基督教的影响。在写作于1914年12月的《人民祭天及圣袝配以祖先说》一文中，康有为认为人人祀天、祀孔、祀祖对孔教来说堪称完备之礼，也明言其中人人祀天之义得自基督教的启发：“故吾国民于所在地祀天及圣，以其神及祖先配之可也，义之至也，礼之隆也。基督教人祀天圣而不祀先，吾国民祀先而不祀天，其士祀圣亦不祀天，各有缺典，皆不完不备之礼也。孔子曰：‘明乎郊社之礼，禘尝之义，治国其如示诸斯乎！指其掌。’盖人道莫大于仁，而孝弟为仁之本。故祀天以明万物皆本于天也，则万物一体矣，所以教仁莫大焉；祀先以明身体与宗族皆本于祖、父也，则以亲九族矣，所以教孝莫深焉。令国民皆仁且孝，人道备矣，天下治矣，孔子之道行矣。故及今宜令国民祀天及圣，以祖先袝配之礼。”（《康有为全集》第十集，202页））比较一下我们会发现，康有为的孔教改革与马丁·路德的宗教改革最相似的即在人人可以祀孔、人人可以祀天这一点上。马丁·路德的宗教改革是通过“因信称义”的教义而使信徒能够直接与上帝沟通，在客观上削弱了教会的权力；康有为的孔教改革则通过援引经典而提出人人可以祀孔、人人可以祀天的主张，关联于当时的实际状况，这一主张当然意味着打破原本由官方垄断的祀天、祀孔权力。我们知道，根据文献记载，上古时期的中国曾发生过一次宗教改革，史家刻画为从“家为巫史”到“绝地天通”，如果不考虑其中“巫史”概念与后来儒教义理之间的实质差异的话，那么，我们说康有为的孔教改革所遵循的路线其实是类似于从“绝地天通”返回到“家为巫史”。
另值得注意的是，在国教折中，康有为依据他的三世说，刻画了中国政教关系应该遵循的发展道路，即从适应于据乱世的治教合一发展到适应于升平世的治教分途，他也明确指出，在这一发展过程中，要点是从原来的“立天下义、立宗族义”发展到今后的“立国民义”：“夫孔子之道，博大普遍，兼该人神，包罗治教，固为至矣。然因立君臣夫妇之义，则婚宦无殊；通饮食衣服之常，则齐民无异。因此之故，治教合一。奉其教者，不为僧道，只为人民。在昔一统闭关之世也，立义甚高，厉行甚严，固至美也。若在今世，列国纵横，古今异宜，亦少有不必尽行者。其条颇多，举其大者，盖孔子立天下义，立宗族义，而今则纯为国民义；此则礼规不能无少异，所谓时也。孔子自有平世之义，臣所辑《春秋笔削大义微言考》，略发明之。但今未明，若尽以据乱旧道绳人，则时义事势不能行；若不以孔子大教为尊，则人心世道不可问。故今莫若治教分途，则实政无碍而人心有补焉。”（《康有为全集》第四集，98页。）我们知道，康有为原来认为中国两千年总总皆小康之道，而西方已先中国一步渐至大同。但他后来转变了看法，认为西方与中国差不多皆处于据乱之世，而尚未达至升平之世。他的这一看法的转变，正是在1904年游历欧洲之时。（钱穆1944年作《读康南海〈欧洲十一国游记〉》，其中说：“南海早年，实为欧洲文明之讴歌崇拜者，其转而为批评鄙薄，则实由其亲游欧土始。”（《中国学术思想史论丛》卷八，325页））此义见于《意大利游记》：“窃观今者欧美风俗人心，与中国正相若，其去性善自由，皆甚远也。国争若是，险诈横生，此正大行《春秋》之时，且一切据乱之义，尚合于今时，而万不能求之高远。吾昔者视欧美过高，以为可渐至大同，由今按之，则升平尚未至也。孔子于今日，犹为大医王，无有能易之者。”（《康有为全集》第七集，374页。）可见，国教折“立国民义”背后对时代性质的判断与《意大利游记》中对时代性质的判断是一致的，即二者皆断当下的时代为据乱世，而所提治教主张皆留意于如何从据乱世达至升平世。
随后，康有为提出了“官立教部，而地方立教会”的国教主张，并明确阐述了“政教各立，双轮并驰”的强国卫教之策：“夫举中国人皆孔教也，将欲令治教分途，莫若专职以保守之，令官立教部，而地方立教会焉。首宜定制，令举国罢弃淫祀，自京师城野省府县乡，皆独立孔子庙，以孔子配天，听人民男女皆祠谒之，释菜奉花，必默诵圣经。所在乡市，皆立孔子教会，公举士人通六经、四书者为讲生，以七日休息，宣讲圣经，男女皆听。讲生兼为奉祀生，掌圣庙之祭祀洒扫。乡千百人必一庙，每庙一生，多者听之。一司数十乡，公举讲师若干，自讲生选焉。一县公举大讲师若干，由讲师选焉，以经明行修者充之，并掌其县司之祀，以教人士。或领学校，教经学之席，一府一省，递公举而益高尊，府位曰宗师，省曰大宗师，其教学校之经学亦同。此则于明经之外，为通才博学者矣。合各省大宗师公举祭酒老师，耆硕明德，为全国教会之长，朝命即以为教部尚书，或曰大长可也。各国学校，皆隶于教，学生日必顶礼，况我孔子，向专为学校所奉哉？应密其仪节矣。至凡为传教奉职讲业之人，学业言行，悉以后汉、宋、明之儒先为法。矩矱礼法，不得少逾，执持大义，匡弼时风。虽或极迂，非政客士流所堪，难从难受，而廉耻节义，有所扶赖。政教各立，双轮并弛，既并行而不悖，亦相反而相成。国势可张，圣教日盛，其于敬教劝学，匡谬正俗，岂少补哉？”（《康有为全集》第四集，98页。）
从上面的引文可以看到，可能让很多人深感意外且难以想象的是，康有为在此提出立孔教为国教的主张，正是为了在制度安排上实现政教分离。在康有为看来，就中国而言孔教与君主制在汉代以来的结合可谓至美，但那种治教合一的模式仅仅适应于往昔一统闭关之世，而现在的世界则是列国纵横，所以，政治制度要发生变化，孔教的落实方式也要发生变化。正如政治制度的变化主要是以“国民义”为圭臬一样，孔教的落实方式的变化也必须以“国民义”为圭臬。既然从汉代以来孔教一直是中国国民的主导性教化，那么，以“国民义”为圭臬来考虑孔教的落实方式自然就是在新的政治制度架构内立孔教为国教，而这个重新安置孔教的步骤也就是治教分途，即分别建立孔教制度与政治制度。（从现有文献来看，康有为最早论及治教分途是在改定于19世纪90年代初的《实理公法全书》的“教事门”条下：“治教本有自然分为二事之形，盖一人不能同时兼任二事，且事体不同，则人性多各有所长。”此为教事门中实理之二。其公法则曰：“教与治，其权各不相涉。”后加按语曰：“此乃几何公理所出之法，最有益于人道者。”其比例之一曰：“行教者可侵政权。”后加按语曰：“此必有害。如某教士侵某国政权，则其害何如，皆可具征。”比例之二曰：“教事以行政者主之，教士应得之权，行政之人，得以无理想制。”后加按语曰：“如此亦有害。”（《康有为全集》第一集，156页））
为了实现政教分离而主张立孔教为国教，毫无疑问这是国教折的核心思想。其中，一个以“国民义”为圭臬的现代国家构想呼之欲出。需要指出的是，康有为曾在两种不同的意义上使用“国教”这个概念，其一是一个指向制度安排的、具有规范意义的概念，其二是一个指向客观事实的描述性概念，即用来描述他所认为的汉代以来孔教就成了中国的国教这一事实。更多的时候，康有为是在第二种意义上使用“国教”概念的。以国教折为例，标题中“请尊孔圣为国教”的提法似乎意味着这里的“国教”概念基本上是一个指向制度安排的、具有规范意义的概念。国教折的正文中只有两处出现“国教”一词，分别是开始时的“以重国教”和结尾处的“以崇国教”，二者的提法基本相同，意味着正文里的“国教”概念基本上是一个指向客观事实的描述性概念。在写作于1904年的《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》中，康有为说：“中国数千年民俗之宜、功德之盛，无有如孔子者，此为吾国国教也。”（《康有为全集》第八集，32页。同样的内容亦见《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》，见《康有为全集》第八集，125页。）这是在第二种意义上使用“国教”概念；在同一段，康有为又有“宜立儒教为国教”的说法，这是在第一种意义上使用“国教”概念。因此，说康有为主张立孔教为国教，更确切的意思是说他主张将汉代以来一直是中国国教的孔教予以政治上的重新确认和制度上的明确安置。（干春松在《宗教、国家与公民宗教——民族国家建构过程中的孔教设想与孔教会实践》一文中注意到康有为国教概念的特别之处，即康有为主要是从文化和风俗的角度来理解国教的，该文载《哲学分析》，2012（2）。）
在上面的这段引文中有一个问题值得留意。其中康有为谈到县、府、省等各级的讲师或宗师“或领学校，教经学之席”，还引其他国家学校的情况加以比较、说明：“各国学校，皆隶于教，学生日必顶礼，况我孔子，向专为学校所奉哉？应密其仪节矣。”在国教折的最后，康有为还提出了改淫祠为孔庙或学校的建议。我们知道，在保教折中，并没有提到学校，在针对淫祠问题而提出的建议中也只是说改淫祠为孔庙。学校之开设，始于光绪帝1898年7月3日的圣谕。随后康有为上了一道折，即前面讨论过的《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》，建议开设中小学及高等学堂，其中不再建议改淫祠为孔庙，而是建议改淫祠为小学。国教折最后建议改淫祠为孔庙或学校的建议显然是康有为后来关联于光绪帝开学校之圣谕而有意补写的。
至于“各国学校，皆隶于教，学生日必顶礼”的情况，在康有为戊戌以后的著述中则见于1904年他游历英美大学所写的游记。如在《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》中，康有为在述及剑桥大学的教堂时说：“其祈拜耶稣之殿，尖塔无数，耸峭宏丽。盖每校有之，而总大学别为一所焉。盖凡教学，必尊其先圣先师，此中西之通义也。遍观各国大中小校，莫不皆同。其本校教授之有名者，悬其像于中，所以敬先师也。皆有祈拜耶稣之殿，所以敬先圣也。吾国人之就学者，虽非同教，既入其学，亦施敬焉。其重先圣先师亦至矣！”（《康有为全集》第八集，32页。同样的内容亦见《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》，见《康有为全集》第八集，125页。）在同样写作于1904年的《苏格兰噫巴颠大学参观记》中，有如下的记载：“有祭殿，甚庄严，以祈于先圣耶苏者也。每来复日，教习率学生习焉。盖欧土学校，无不有殿以尊先圣者。一室遍悬前教习像，数百年中之名师皆备此，则尊先师也。立学必尊先圣先师，以教后士，此真中西所同。我国之立学，宜尊孔子，乃义之宜。”（同上书，55页。）
在以治教分途为主旨提出了“官立教部，而地方立教会”的国教建议之后，康有为接着提出了以孔子纪元的建议：“抑臣更有请者，大地各国，皆以教主纪年。一以省人记忆之力，便于考据；一以起人信仰之心，易于尊行。日本无教主，亦以开国二千五百年纪元，与其时王明治年号并行。一以归当王，一以便考古。若吾国历朝数十，阅帝数百，年号几千，记述既艰，考据不便，苟非通博专门，今人不知何世。既为前代，无关尊王，不若以教主纪年，更于敬教有补。”（《康有为全集》第四集，98页。）
从现有文献看，康有为最早讨论纪元问题是在《实理公法全书》的“纪元纪年用历”条下。在公法部分，他主张以地球开辟之日纪元，其言曰：“以地球开辟之日纪元，合地球诸博学之士者，考明古籍所载最可信征之时用之。而递纪其以后之年历学，则随时取历学家最精之法用之。”在比例部分，康有为则分别批评了以圣纪元、以君纪元和以事纪元的“无益于人道”。其批评“以圣纪元而递纪其以后之年，倒纪其以前之年”曰：“此法甚不合实理。盖圣人以前之人，不能知有后来之圣，倒纪其年，则无理矣。倘同时而数圣之功相若，则将各有纪元纪年，甚无益于人道矣。后人知识固甚于前人，其功亦可过前人。然则不令后人有改元之事，固与公理不合；或令其可以改元，则数数改元，亦无益于人道也。”随后康有为则非常简略地批评以君纪元与以圣纪元相比“更无益人道”，而以事纪元则尤为陋习。（参见《康有为全集》第一集，154页。）
