蒙文通对其师廖平及康有为等关于古文经学本于刘歆作伪的观点持有不同的意见，他认为古文经决不会尽是刘歆伪造的。他说：
可见在古文经是否为伪的问题上，蒙文通与其师说存在着不同的见解。他不同意廖平、康有为等近代今文家关于古文经是刘歆为了迎合王莽篡汉、“饰经佐篡”而伪造的观点。认为古文与王莽、刘歆的关系不过是刘歆为了把古文振兴起来，借助王莽的势力把古文经传立在博士，并前后征聘了数千知晓佚经古记的人，集中起来讨论，亦依照石渠阁会议的作法来“正乖谬、壹异同”，其结果大概是古文家占了胜利。所以古文经“决不会尽是刘歆伪造的”，即古文经基本上不是伪造的。他认为这部分古文经书，从武帝起就已经在经师中讨论了，河间献王曾把所收藏的《佚书》、《佚礼》、《周官》、《左氏》、《雅乐》等古文经书进献给武帝，只不过武帝不喜欢这些书，将其一齐藏于内府，不要人讲，所以诸儒莫得其知。蒙文通并分析了古文经书之所以藏之秘府，而遭排斥的原因。他说：
河间献王献上的书，武帝一概排斥，究竟是为什么呢？看杜业说，武帝见河间献王很有学问，应对如流，他说了句“汤以七十里，文王以百里，王其勉之”。献王回去，就不再讲学，不久就死了。可见武帝因为忌刻献王，才一并排斥这一部分书。古文一部分书，都是受了河间献王的影响。古文学的内容，本来是熔合许多不相同的成分来冶为一炉的，其中有些是古史，有些是孔壁的佚经，有些是散在民间的经传，献王把他们一齐集合在河间来，后因武帝忌刻献王，他们同遭排斥，一同失败，于是结合起来自成一派，和博士反抗，这便是他们结合的缘起，是和今文学的结合是一样的。……古学的结合，当然是起自献王，新莽不过随着他走罢了。
指出武帝忌刻献王，是古文经书遭排斥的原因，也是古文学被排斥的原因。认为古文学的内容是熔铸多种不同的成分于一炉，是在献王时由古史、孔壁的佚经、散在民间的经传结合而成。因为献王把组成古文学的内容一齐集合到河间来，后献王遭武帝排斥，献王搜集的古文经书也遭排斥，一同失败。但古文派并没有消失，而是结合起来自成一派，同博士反抗，蒙文通认为，这即是古文学结合的缘起。他强调，古学的结合，当然是起自献王，其目的在于认定古文学在献王时已有，其经书在献王时已献给武帝，所以不能说古文学是到了刘歆、新莽时才有，而其古文经典是由刘歆所伪造的。以此否定近代今文家关于古文经是为迎合王莽篡汉、由刘歆所伪造的观点。在这里，蒙文通关于古学派结合起来，与博士反抗，即古学的结合，起自献王的观点，与他本人后来所言古学由刘歆所创立的观点多少有些出入。在《经学抉原》写作时，蒙文通说：“刘歆之创立古学，发端于《左氏》，归重于《周官》。方其初起，尚近今文，后乃益去而益远。”认为古学乃刘歆所创立，这与他在《经学导言》所讲的有所不同。或者说，古学在献王时已开始结合、逐步形成，到刘歆时则正式创立。
虽然蒙文通肯定刘歆创立古文学的贡献，但对刘歆所言古文经典出自于孔壁，由孔安国献于朝廷、藏于秘府的说法却持不同意见。他认为这种说法是刘歆挟古文以自重。他说：
至孔壁得《逸书》十六篇，孔安国以今文读之，兒宽受学于孔安国，欧阳、大、小夏侯三家皆出于宽，则壁中《尚书》、《礼经》，古文家见之，今文家固亦见之也。刘歆必曰：“天汉之后，安国献之，遭巫蛊仓卒之难，未及施行，藏于秘府，伏而未发。” 然《史记》终于太初元年，而《儒林传》已言“安国至临淮太守，早卒”。是安国已卒于太初之前，乌得天汉之后，巫蛊祸起，而安国尚于时献书，此刘歆曲为博士不见壁书全经之说，而挟古文以自重也。
即是说孔子十二世孙孔安国得到鲁恭王坏孔子旧宅时在孔子住宅壁中发现所藏的《逸书》十六篇等古文经书，以今文读之。兒宽曾受学于孔安国，其后欧阳、大小夏侯三家今文《尚书》学皆出于兒宽。如此，蒙文通认为壁中经书，古文家和今文家均见之。但认为刘歆所说的武帝天汉之后，孔安国将壁中书献给朝廷，遇巫蛊之难，未及施行，将其藏于秘府的说法却不可信。这是因为，《史记》所记，终于太初元年，而孔安国在太初之前已卒，不可能在天汉之后的巫蛊祸起之时，已去世的孔安国尚能献书。蒙文通认为，这是刘歆以博士未见壁中书全经之说，而挟古文经书以自重而已。然鲁恭王得孔壁古文的记载见于《汉书》，而不见于《史记》本传，故引起后来学者的怀疑。即壁中书和刘歆所说孔安国将其献给朝廷之说，均有所疑。对此，蒙文通说：“古文之学，以有壁中佚经而兴，然古学者乃不传佚经，古学之大异于今学者，为独宗《周官》、《左氏》，而《周官》、《左氏》固自不出于壁中，孔壁佚经果有足为古学之根据者，古文家宁不传之。则知孔壁古文，实非贾、郑古学家之所本，汉魏之交，其籍犹存，而刘歆以后之古学，其所据以立义者，固在彼不在此也。”虽然蒙文通称，古文之学以有壁中佚经而兴，但他对孔壁古文佚经不甚看重，原因在于佚经并未被古文学者所传，而古文学大异于今文学的地方，正是在于其独宗《周官》和《左氏传》，然而这两部书却不出于壁中。壁中古文据《汉书·艺文志》所言，有《古文尚书》、《礼记》、《论语》、《孝经》数十篇。如果说孔壁佚经真有足以为古学之根据的经书，古文家难道不传它吗？既然孔壁中没有最具古文学学派特色的《周官》和《左氏传》两书，那么就可知孔壁古文实非贾、郑等古学家之所本，虽然在汉魏之交，其壁中古文犹存，但刘歆以后的古文经学，其所据以立义的经书，自然不是壁中古文佚经，而是《周官》、《左氏传》等其他经书了。结合上面蒙文通所说的河间献王搜集古史、孔壁佚经、散在民间的经传，并把所收藏的《佚书》、《佚礼》、《周官》、《左氏》、《雅乐》等古文经书进献给武帝，武帝将其藏于内府。河间献王所收藏的古文经书倒是包括了古文学所独宗的经典《周官》和《左氏》，这倒可以弥补壁中古文佚经之不足。
除肯定古文经学为两汉经学之一脉，反对将古文经说成是伪造的外，蒙文通也对古文经学的流弊提出了批评。认为从史学言之，古文学倒无大错，但如果站在儒学发展的角度看，则古文经学立而儒道衰。他说：
井研廖师以今文为哲学，古文为史学，诚为不易之论。若以史言，则贾、马之俦固无大失；若以儒言，则今文已远于孟、荀之绪，又况古文之学哉！自今文之学起而儒以微，至古文之学立而儒以丧。考之先秦学术之变，而知儒之日益精卓者，以其善取于诸子百家之言而大义以恢宏也；儒之日益僿陋者，以其不善取于旧法世传之史而以章句训诂蔀之也。自孔、孟以下，儒者也；今文章句之学，则经生也；古文训诂之事，则史学也；三变而儒道丧、微言绝、大义乖，皆汉师之罪也。
指出其师廖平的“以今文为哲学，古文为史学”的见解乃为不易之论，如果以史学的角度看，贾逵、马融等古文经师亦无大的过失；然以儒学发展的眼光看，则今文经学已远离了先秦孟、荀之学的端绪，又何况古文经学呢！由此，蒙文通直把儒学微丧的原因归罪于汉代经学，认为西汉今文经学起，使得儒学衰微；至东汉古文经学立，更使儒道丧。在蒙文通看来，先秦孔孟之学，乃是儒学；而今文章句之学，则为经生之术；至于古文训诂之事，只能算史学。如此“破碎大道，孟、荀以来之绪殆几乎息矣。……自儒学渐变而为经学，洙泗之业，由发展变而为停滞”。为了纠正汉学这种儒道丧、微言绝、大义乖的流弊，蒙文通主张超越两汉，上溯周秦以广其学，而不能以章句、经训自限。
在对汉学流弊的批评中，蒙文通既指出先秦儒学与汉代经生之学的差异，更于两汉经学中，集中批评了东汉古文经学，正因为古文经学唯以训诂考证为学，才使得孔氏儒学晦而不明。他说：“晚周之儒学，入秦汉为经生，道相承而迹不相接。孟、荀之术若与伏生、申公之业迥殊。……而古文家因之以兴，刊落精要，反于索寞，唯以训诂考证为学，然后孔氏之学于以大晦。道之敝，东京以来之过也，贾、马、二郑之俦之责也。”认为学晦、道敝是东汉古文经学的过错，亦是贾逵、马融、郑兴、郑众等古文经学家的责任。
在对古文经学的批评中，蒙文通还揭示了古文学的特点是敦于笃行，而疏于思究，缺乏理想。他说：“古文之学，缘隙奋兴。舍传记之博、师说之奥，专事经文，视如旧法世传之史。刊落精要，反于悃愊，徒以考证训诂为学。复以《周官》之俦，旧法之史为主，而义以特异。然后儒者之学，于是再变，而道以大晦。故东京之学，不为宏言卓论，谨固之风足尚，而恢宏之致顿消。士敦于笃行，而暗于思究。”客观地指出古文经学的长处和短处。专心致志于经文的训诂考证，用力至诚，脚踏实地，严谨固守，而敦于笃行，是其长处；但由此而转化为以对经书的考证训诂代替了对儒道的探究，使得“道以大晦”，而暗于思究，这是其短处。并且，古文学缺乏哲学思辨和政治理想。他说：“自古文之学盛而经术晦、哲学绝，乱师儒之微言于姬周之史迹，凡经训所陈‘革政’之义，其为建国宏观、政治理想，体大而思精者，说且不明，安望见之于行事？”认为古文经学的盛行造成了“经术晦、哲学绝”，以对史迹的考证替代了师儒之微言大义，由此不明于儒学的政治理想和体大思精的道理，由于学说不明，则难以行之于事。这些都是训诂之学兴，使经学失其思想内容，反映了古文经学的流弊。
（三）破弃今古家法，而宗周秦儒学之旨
破弃今、古家法，通过剖析今、古文经学家所依据的典籍，上追晚周儒学之旨，是蒙文通超越两汉，向先秦讲论思想的又一体现。蒙默先生在谈论蒙文通经学第二变时指出：
后又见今、古文所据周秦典籍，各书有各书之面目，各书有各书之旨意，以今、古之学乃汉师就此诸书不合理之强制组合。……今、古之学固已自相矛盾，欲执今、古家法以明周秦之学，殆绝不可能。故主于破弃今、古家法，而“剖析今古家所据之典籍，分别研讨，以求其真，则晚周学派之实庶乎可见”。况于汉师所据者外之晚周典籍尚多，更非汉师家法所能概括，更何家法之足守？于是截然将汉代经学与周秦划分为二。与廖氏六变之皆归于孔氏者已大不侔，然与廖氏破弃今、古，上追周秦之旨则仍相合。此先君之二说也。
正因为两汉经学，包括西汉今文经学和东汉古文经学均有毛病，使得儒学之道丧，微言大义绝，儒学衰微，发展停滞，而今、古文学在传授儒家典籍的过程中，各有其家法 ，相互之间自有不同。故蒙文通认为，不能以今、古文家法来明周秦之学，先秦典籍之旨也非两汉经师之家法所能概括，因而他主张破弃两汉经师的今、古文家法，将汉代经学与周秦儒学划分开，以周秦为宗，上追晚周儒学之旨。这也是对廖平“弃两汉，宗周秦”思想的发挥。他说：
文通昔受今文之义于廖师，复受古文学于左庵刘师，抠衣侍席，略闻绪论，稍知汉学大端，及两师推本齐鲁上论周秦之意。自壬子、癸丑迄于癸亥，十年之间，寻绎两师之论，未得尽通，然廖师之论每以得刘师之疏疑释滞而益显，中困于匪窟，而作《经学导言》，略陈今古义之未可据，当别求之齐、鲁而寻其根，以扬师门之意。时左庵师已归道山，而廖师犹于病中作书欣许以诲勉之，不以稍异于己说为嫌。旋以寻绎师门五帝尧舜之训而作《古史甄微》，更为《天问本事》以辅之，乃觉周秦学术谅有三系之殊，复改定《经学导言》旧稿为《经学抉原处违论》，略陈汉师今古学之未谛，以思究宣师门弃两汉、宗周秦之微旨，师皆见之也。及再绎五运之训，而略见周秦之学复如彼其曲折，按古官之沿革，而又确知今古家各据《王制》、《周官》以为宗者为可议。今古学之纲宗本可疑，故依以成之今古学，持之以衡两汉固若纲之在网，无往而不协；若持之以通周秦，则若凿之于枘无往而有当，无怪其然也。廖师之揭齐鲁以易今古之学而召后进，其义固确然不可易，而以五帝五运之说命文通，其训亦深微也。文通既钻研师门之义，由礼数之故以求两汉之学、今古之事殆十年，始于《公》、《谷》之异同见《王制》为杂取齐、鲁之书。《王制》之为齐、鲁糅合而成，亦犹郑康成之糅合今古两学，于是舍今古之异同而上求之齐、鲁。于是略窥师门舍两汉而探晚周之意。
蒙文通分别受学于廖平和刘师培，得今、古两家之义。廖、刘二人都有“推本齐鲁上论周秦”之意，这对蒙文通思想产生影响。后蒙文通进一步寻绎探讨两师之论，求之于齐、鲁之学而寻其根源。此时蒙文通已与廖平师说有异，在研究过程中他认为今、古家各据《王制》、《周官》以为宗之说有可议之处。即拿它来衡量两汉今、古文学则可，但如果以此说来通周秦，则“若凿之于枘无往而有当”，指出即使《王制》篇也是糅合齐、鲁而成，犹如郑玄之糅合今、古两学。于是蒙文通舍今古之异同而上求之齐、鲁，将师门“舍两汉而探晚周之意”作了进一步发挥。
蒙文通还批评今、古文经学乃汉人不合理强制组成之学，不能持之以上概先秦之学。他说：“苟知今古学实为汉人不合理强制组成之学，而剖析今古家所据之典籍，分别研讨，以求其真，则汉人今古学之樊篱立即动摇，徒究心于今古已成之后，而不思求于今古未建之前，……徒争今古学，而不知今古之自身本即是不一致之学，即学术中绝无所谓今古学，尤不能持之以上概先秦。”即今、古文学乃汉人之学，各有其所依据的典籍，通过研讨，可知其来历，但不能以汉人不合理的强制之学为依据，来上概先秦儒学。蒙文通破弃今、古家法，通过剖析今、古文经学家所依据的典籍，上追晚周儒学之旨，是他超越两汉，向先秦讲论思想的体现。
