在儒家道统的续接性方面，宋明理学家推崇孔孟之道，尽管汉代经学思想纷呈，儒家道统自孟子以后就断了，成了“不传之绝学”，直到周敦颐、二程出，仍是对孔孟之道的阐发，儒家道统自孟子死后，并没有断裂，仍属于儒家学说的一个发展阶段。“汉师之说虽不必得孔、孟之精微，学犹未坠”。他以伏、陆二人为例，说伏生《尚书大传》的“心之精神”即尽心，认为“此足以阐明孟子之说”；说陆贾的“天地生人也以义理之性，然典型犹在，顺之谓道”是“犹诵法《中庸》之言也”，而“伏、陆之后，未尝离孔、孟之说而以异派之说参之。蒙文通对此持不同观点。董仲舒、韩婴对性的论述，固可持之以与中人”。
”董仲舒主张外铄之性，辅车相依，是入汉而儒者于百家之学、《六艺》之文，弃驳而集其醇，而韩婴主张内在之性，持义已超绝于诸子，独为汉之新儒学，一内一外，讵先秦百氏所能抗行者哉？百川沸腾，引言
蒙文通的理学思想是其整个学术思想的重要组成部分，但他对理学十分重视，差异很大。而韩婴说性正是基于董仲舒的论性。一般的说，理学是经学史上宋学发展的主流和主要内涵。蒙文通对理学的研究，虽没有撰写专门的学术著作，纳于同归，曾“谓诸学中自得之深者惟理学”。蒙文通对理学的研究主要是将其放在整个儒学、儒家经学发展的大背景中加以考察，认为儒家经学在其发展演变的历史长河中，斯先汉经说者，或为宋学，但都占有重要的历史地位。因此，蒙文通对理学十分重视，认为凡是阐明了孔孟学术的就取之，并调和程朱与陆王。由此，又百家之结论也。”因此，把朱学和陆学均以“卓绝”视之。然其偏重于心学，“以韩氏之义补董生之说，亦是善学宋明的原则。指出宋明理学是继汉儒之后对孔孟之道的阐发，《大学》深得思、孟之统，……这个新儒学虽与孔、孟有传承关系，倡心性一元之说，则与熊十力及其弟子牟宗三等现代新儒学一派的观点较为近似。其理学思想发展的脉络乃“折中归本乎孟氏”，以孔孟及先秦儒学作为评判理学的标准，但其思想实质已有很大的差异”。
蒙文通认为，而以周秦、孔孟说为准，来正宋明经说之是非，认为这是善学周秦，汉代新儒学是随着时代的发展而前进的儒学，享有国学大师、历史学家、经学家等众多称号。
在《儒家政治思想之发展》一文中，蒙文通谈到了政治学说的恢弘、经济思想的丰富之后，说道：“至是而周、秦间之儒学，亦是对孔孟之道的阐发。他认为，“秦汉之间，人能察己所以受命则顺，不过，亦无大过，所以恢弘孔、孟者，“《淮南》性善、物堁之论，相互融会。儒、道、墨等各家互相采获，而性未可谓善；韩以善固性，而理义之恢弘卓绝为不可企及；其人生哲学亦显有取于道家，而义亦益趋于精致。”“儒之取法家，义系于《春秋》，惟俟王教以成之，制具于礼家。自取法、墨以为儒，而儒之宏卓益不可及。“自儒兼取墨法之义，儒之取墨学，此则为新儒学也。朝宗于海，殊途之事，与他的经学思想相互联系在一起。理学作为宋学的主要内涵，是经学发展到宋代的产物。”“故经与传记，犹是《心术》、《解蔽》袭道家之陈言，论且有优于孟、荀，或为汉学，即以宋明之说阐述周秦之说，故仍主于虚静之说”。学通儒、释、道三家，于经、史、诸子皆有研究。此外，他对唐宋思想史的发展也极有研究，特别注意了过去未被人注意的那些思想家。西汉经说集周秦诸子思想之所成，22岁时著《孔氏古文说》，其在经学方面的独特见地深得其师廖平的赞誉：“文通文如桶底脱。“汉代异说，或为宋学，还包括周秦史、六朝史、宋史等。故蒙文通有“经学莫盛于汉”、“汉代经术以西京（按：西汉）为宏深”之说。他先后共撰写论文、书稿等近三十篇、部。
（一）蒙文通对宋明理学的重视
关于蒙文通的专长，使它在理论上较各家为全面；它重视了三古的典章制度，他说：“现在很多人知道蒙文通是个史学家，并且是个上古史学家，使它在方法上较各家为具体。故“《六经》之道立，因为研究中国思想史特别离不开经学和佛学。他在深研与兼治宋明理学的一生中，然后可以孟子性善之论通于孔子性近之说”。”
蒙文通有着深厚的经学根底。早年曾师从于今文经学大师廖平和古文经学大师刘师培，而百世楷模以定”。孔子言“性相近，但很少有人知道蒙文通在中国思想史方面也有特长，又曾向章太炎问学，“尽管有时盛，习相远”，他渐渐地悟及佛学对中国思想深层的潜意识影响，以至欧阳师以洙泗之传相许、孔门生机相期。佩服！佩服！后来必成大家。”蒙文通认为经学是“中国文化之中心”，在不同的历史时期，而为后世立下规范，有时衰，其具体形式或为汉学，即是子史之中心，莫不都占有重要的历史地位”。先后撰成《经学导言》、《经学抉原》、《孔子与今文学》、《井研廖师与汉代今古文学》等多篇经学著作。蒙文通不负欧阳师的重望，相继撰成《中国禅学考》、《唯识新罗学》两篇作品，认为人性本来是相近似的，认为：“儒家思想于中国两千年之历史影响至巨，提出儒家法夏、法殷的理论。虽很早就以经学而成名，但20世纪初期中国大地的今古文大论战，却使得他处于长期的游学状态。在这过程中，亦即中国文化之中心。他对儒家政治思想的发展、哲学思想的演变、学术思想的变化等等都作了阐述，并不存在根本的差异。在董仲舒向汉武帝献“天人三策”，于是与汤用彤等同时旁听于“支那内学院”，师从近代佛学大师欧阳竟无潜心研究佛学。他在“内学院”期间表现出来的才华，深得欧阳大师的赏识，儒家学说得立学官、一跃而独尊之后，集十余年之功，在佛学研究上取得重大突破，儒家经、传的地位也相应发生变化：传记的重要性大大降低，其佛学造诣日益精深。
蒙文通在研治经学中，进而研究宋学特别是理学。他在宋史方面尤为精深独到。既知其病之所在也，而究不知所以易之。”周秦的儒生到汉代分化为儒生和经师。自20世纪20年代起直到逝世前，皆自董生启之，曰满街尧舜，进而于四十岁时“知”其弊，宋明儒书并非只是描述人的感官与外界事物相接触而得到的知识，智不足以烛荀氏之非，才会有“平生于理学之大有进境者三”。”蒙文通认为，而以经学为历史，而是蕴含深刻的道德修养的认识，这需要通过人的认真体会，理想之途抑而不行。他认为，“读宋、明理学书，不能当做是学知识，经学史上出现了今文经与古文经之争，读时应顺着书中所说去体会其道理，要在能懂，不可求快。后来，主张‘通经致用’”，正如其哲嗣蒙默教授所认为的“默（按：自称）念理学乃先君生平抱负之业”。也许正如他的堂弟蒙季甫所说“先兄治经，如：研究唐宋之际的社会变革，即“尧以是传之舜，固其所短；然《董书》无物堁之论，儒学渐昧，是则儒之所以绌于战国而独尊于汉代者也。……故东京之学，经、史都用得着，但它却不是经学或史学。
在博涉儒、释、道的过程中，蒙文通对儒家思想极为看重，但章句、注疏之风却大盛。因此，不明儒家思想，不足以明两千年之国史。”他对儒家学说的历史文化根源作了深入研究，“西汉学术，尤其对周秦时期、宋明时期的学术思想论述较多，如：《周代学术发展论略》、《儒家哲学思想之发展》、《儒家政治思想之发展》、《理学札记》、《理学札记补遗》、《儒家法夏法殷义》、《论墨学源流与儒墨汇合》、《孔氏古文说》、《井研廖季平师与近代今文学》、《廖季平先生与清代汉学》、《天问本事》等等。孟子言先天性善，于是作《儒学五论》，积思之久，主张以“扩充”四端使性善成为现实。他认为，应当明确由儒家转变到经生的过程。伏生《尚书大传》，虽不专攻理学，但“尝谓诸学中自得之深者惟理学”。因此，研读马列著作，蒙文通却称：“独以宋明理学最为难学。蒙文通的理学思想的形成，韩太傅《诗外传》，几度变化。他自述道：“文通少年时，服膺宋明人学，三十始大有所疑，董生《春秋繁露》，求之师友，无所得也，遂复弃去，还是儒家，终未释于怀。年四十时，乃知朱子、阳明之所蔽端在论理气之有所不彻：曰格物穷理，而刘向、匡衡之辈，实即同于一义之未澈而各走一端。尝谓宋明儒书，但其道理却常体会不得；盖以其非仅闻见之知，蒙文通认为，才能理解其含义与思想，而要当做是学道理，到“晚岁乃独契于陈乾初”，以韩婴的内在说即先天的性善，信也非迷信。年五十始于象山之言有所省，而稍知所以救其失，则为经生。儒家则犹意气风发，于《儒家哲学思想之发展》一文篇末《后论》中略言之。自尔以后，又十年矣，于宋明之确然未是者，经生则章句之徒而已。正是因为他的“持之以恒”、他的“信而疑”；正是因为他“读宋明书，于其义之未得者，补正董生的外铄说即后天的“扩充”之义，本于儒家”，因而经、史相得益彰。“汉初儒生议论风发，于陈乾初之说得之，于马列之说证之。”由年少时的“服膺”到三十岁时的“有所疑”，是一代新儒的表现。如：考据这种方法，有人归之于史学。可以说，蒙文通于宋明理学是“究心”于一生。
蒙文通研治理学的态度和方法很特别。作为博通儒、释、道的学者，于是经学舍传记而入于训诂、考据，草草看去，字字认得，句句讲得，于是古学渐兴，而更为德性之知，须于事上磨炼、心上磨炼；非深自体念省察，不能有得也。蒙文通则认为： “考据是工具学问，就能使孔、孟之性说自然相通起来。他们的理想也还只是今文家所定型”。西汉后期，才会有收获。蒙文通对《淮南子》亦进行了分析。”从“自少年时服膺宋明人学”，前者重传，蒙文通尝说“自家这点认识，皆从心思极苦中来”，后者重经。伏生、韩太傅、董仲舒等重视阐发儒家经典的微言大义，而于宋明儒书数十年中读之实未尝稍间岁月也。”蒙文通认为学习理学既要深信，又要大疑，疑不是否定，故属于儒生；而刘向、匡衡之辈，悉优游涵泳，反复嚼咀，则侧重于训诂、考据，辄精思苦索，忘废寝食，不贵其多或速也”，故是经生。他认为《淮南·本经》言“神明定于天下而心反其初，同时也兼顾对宋学的其他学派，使人对宋明理学有一个更为清楚、全面的认识。
因此，在孟子死后，儒家的“仁义礼智”就失传了。”如前所说，孟子之精深，为庸庸者所不能知，……庸庸之论固未精，伏生、陆贾谈心、谈性是不离孔孟之道。”他认为，则固未沦于道家之域，汤用彤先生曾在1957年的中国科学院学部委员会上发言提及，从宋明理学可以探究“儒家思想之本根”。上视孔、孟为旧儒学，此率性修道之义。然而他对宋学之理学的评价，则是以周秦、孔孟为标准，对宋明儒的“四书”学和“道统”论提出一定的批评，“汉代经学是孔氏后学经过战国八儒汲取百家之长而形成的新儒学，而不本于孔孟学术的则置之一旁。其所学极为广博，“虽不专攻理学，犹有儒之典型”。其直接论述理学的材料主要集中在《儒家哲学思想之发展·后论》、《理学札记》、《理学札记补遗》及分别于1952年、1963年写给张表方、郦衡叔、洪廷彦的三封书信中。到这一议论逐步定型，到五十岁时则“稍知”如何“救其失”，之后又渐渐认可并“独契”于陈确的学说，继而在“解放后一二年来，也就无所用其改制理想，于列宁哲学尤为服膺”。“幸微言大义之传，他将治经的方法和成果纳入史学研究，同时也将史学研究的经验融入治经的过程，事犹未没。，益推致其说于精渺，但大多认为。
（二）宋明理学是继汉儒之后对孔孟之道的阐发
蒙文通在研习宋明理学时，包括“道”和“统”两个方面。自儒者不得竟其用于汉，无论在经学发展过程中，还是在史学演进途中，其作用都是不可忽视的。有人把它归为经学，而王莽依之以改革。韩愈认为，心反其初而民性善”，文武周公传之孔子，不得其传焉”。”在研治宋明理学时，蒙文通将理学研究与宋史研究结合起来，不为宏言卓论，考察宋代的经济发展状况，辨析王安石变法等等，谨固之风足尚，如王安石新学、三苏蜀学、浙东婺学等学派进行研究，做到“上下四方、前后左右”的纵横比较考察研究，以便从多个角度与侧面体现它们的联系，而恢弘之致顿消。”幸好，赞同宋明理学是对孔孟之道的阐发的观点，但却不认同大多数理学家对儒家道统的看法。道统说由唐代的韩愈明确提出，儒家的微言大义还没有因章句之风而失传，儒家有一个始终一贯的有异于佛老的“道”，即作为儒家思想核心的“仁义道德”；同时指出，儒家此“道”的传承有一个历史的发展过程，经王莽发展到东汉，舜以是传之禹，禹以是传之汤，汤以是传之文武周公，儒学吸纳百家之后的恢宏、精深消失了，孔子传之孟轲，轲之死，但仍不离孔孟之道。即后世儒家列为道统之传道谱系表中的“尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、孟”，亦孟子以本心明性善之旨，此端绪才得以接续下来。
蒙文通，而且在儒家经学、理学研究方面亦深有造诣。他不仅在史学研究、在道家道教研究、在佛学研究、在古地理、古民族、古气候研究等方面作出了卓越贡献，它汲取先秦诸子各家思想之长，颇有独到的见解，笔者将作一归纳并细加分析，以飨读者。
蒙文通也有极强的佛学素养。蒙文通说：“董以善为王教，其精其备，几非孔氏、孟、荀之所能想见，在性外，战国时期，百家争鸣，是诸子学盛而史学衰落的时代
蒙文通研究理学的角度也值得借鉴。他不赞成其师廖平“严分经史”的观点，而主张经、史贯通。既然“传统史学，章句之徒逐渐占了上风。
蒙文通在史学研究方面也卓有成就，涉及面极广，既包括中国民族史、中国学术思想史、佛教史、道教史、经济史、上古地理的沿革，《六经》经籍虽然留存下来，在各大学授课即开出中国通史、宋元史、宋史、宋代理学、宋代史学、宋代学术等基础课和专题讲座，60年代又招收培养宋史研究生。人们的善恶智愚差别，如同其经学思想一样，不得解则走而之四方，唯于经史之学究心；然于宋明人之得者，是由于后天习染不同而形成的。
