在先秦儒学与诸子学互为采获，由此共同推动中国文化发展的基础上，蒙文通认为，到了汉代，则是儒家经学融会百家之长而综其旨要于儒家，取代诸子百家而成为中国文化发展的主流。他说：“战国诸子百家都各有其精深独到的理论，但百家争鸣的结果，到汉代是儒家取得独尊的地位，儒家能战胜百家而取得独尊地位，当然绝不偶然，这应当到当时儒家——主要是今文学家的思想内容中去找原因。……儒家（今文家）之战胜百家，就在于它汲取了百家之长。”认为汲取诸子百家的长处是汉代儒学之今文学战胜百家而占据社会意识形态主导地位的原因。由此他提出汉代经学融会百家而综其旨要于儒家的思想，这也是他经学思想发生的第三次变化。
蒙文通经学思想的第三变是在倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古和破弃今、古家法而宗周秦儒学之旨之后，又于1944年在其所作的《儒学五论》中提出汉代经学，尤其是“先汉经说”乃融会百家之学，出入“六经”，综其旨要于儒家而创立的新儒学。认为宗儒（家）之学取代宗道（家）之学是汉代学术发展的趋势，汉代新儒学不仅超越诸子学，于百家之学、“六艺”之文，弃驳而集其醇，从而集其大成，而且其学有优于孟、荀之处，发展了先秦儒学，给汉代新儒学以比较高的评价；并认为今文经学是东汉以下思想的根本，“先汉经说”不仅是子史之中心，而且亦是中国文化之中心，充分肯定西汉今文经学的历史地位。蒙文通思想的第三变已与其早期超越两汉，向先秦讲论的思想有不同。体现了随时间推移他本人思想所发生的变化。
在探讨儒家思想发展的轨迹和汉代“六艺”经传之学即汉代经学产生的原因时，蒙文通着眼于中华文化发展的大背景，从不同思想文化流派的交流融会而产生新思想、促进中国文化的发展的角度，分析了周秦、汉代各种不同思想文化间交流融会的重要意义。他说：
苟究论于儒家思想发展之迹，出入异家之故，足知“六经”传记者诚百氏之渊海也。……《吕览》、《管书》，汇各派于一轨，《淮南子》沿之，其旨要皆宗道家。司马迁之先黄老而后“六经”，亦其流也。“六艺”经传之事，盖亦类此，汇各家之学，而综其旨要于儒家。宗道者综诸子以断其义，纯为空言；宗儒者综诸子而备其制，益切于用。自宗儒之经术继宗道之杂家而渐盛，遂更夺其席而代之，于是孔氏独尊于百世。罢黜百家，表彰“六经”，仲舒之说，建元之事，其偶然耶！窃尝论之，“六艺”之文，虽曰邹鲁之故典，而篇章之盈缺，文句之异同，未必即洙泗之旧。将或出于后学者之所定也。故经与传记，辅车相依，是入汉而儒者于百家之学、“六艺”之文，弃驳而集其醇，益推致其说于精渺，持义已超绝于诸子，独为汉之新儒学，论且有优于孟、荀，讵先秦百氏所能抗行者哉？百川沸腾，朝宗于海，殊途之事，纳于同归，斯先汉经说者，又百家之结论也。此余本论之所为作也。
蒙文通历述先秦、汉代包括儒家在内的诸子之学，互为采获，以相融会而推动中国文化发展的历史事实。其时，韩非虽集法家之大成，但他也汲取了道家的思想。而荀子作为战国末儒家著名人物，他也明显汲取了道家和法家的思想，融儒、道、法于一体。而《庄子》一书既有批评孔子儒家之处，这应是《庄子》书的本义，但《庄子》之《杂篇》又有推崇孔子的地方，这是庄子后学受儒学影响，有取于儒家之处。《吕氏春秋》、《管子》书也是“汇各派于一轨”，融会诸家思想的产物。至西汉初《淮南子》沿袭之，虽“以道绌儒”，而宗道家，但也杂取先秦诸家学说，并对儒家经典也多次称引。而司马迁则先受到黄老道家的影响，后又返之于儒学“六经”，这些都是不同思想文化流派之间交流融会的表现。正是在这种文化交流融通，相互取长补短的时代背景下，汉代经学得以产生和发展起来，是“汇各家之学，而综其旨要于儒家”的产物。其时，西汉初黄老之学盛行，文、景帝及窦太后皆好黄老之言，尊其术，不任儒者。至后来，宗儒者亦综诸子而备其制度，益加切于日月。使得宗儒家的经术继宗道家的黄老之学后而渐次兴盛，以至取代汉初黄老之学的地位而成为社会意识形态的指导思想，于是表彰“六经”，罢黜百家，而独尊儒术。蒙文通认为，董仲舒的学说被汉武帝所采纳，不是偶然的。并指出，儒家“六艺”之文在其流传的过程中，存在着篇章盈缺、文句异同的现象，未必是经典的原貌，有可能出自后学所定。所以经书与传记可相依互补，西汉时儒家学者对于诸子百家之学和儒家“六经”之文，均作了研究整理，弃驳集纯，去短取长，把儒家学说加以发展，使之更为精妙，不仅超出诸子学，成为汉代的新儒学，而且其思想更有优于孟、荀等先秦儒学代表人物之处，这岂是先秦诸子百家之学所能比拟的。直把“先汉经说”，即西汉今文经学，说成是对诸子百家之学的总结，是融会了百家之学，而综其旨要于儒家而创立的新儒学，体现了殊途而同归的学术走向。蒙文通强调，这正是他立论之所在。由此他反对所谓先秦学术卓越，而到了汉代则暗淡无辉的说法。蒙文通认为，汉代经术乃学术之根底，而诸子百家之学则为其枝叶，西汉今文学虽导源于先秦诸子之学，然又出入百氏，反求诸“六经”而得之，集先秦思想之大成。他说：
殆以诸子之义既萃于经术，则经术为根底，而百氏其柯条。支义奇词，胥就董理，诸子之于经术，倘正辩证法发展之谓欤！此则孟、荀儒者之术，入汉而为经生之业，以恢诡无方之诸子，转而为湛深纯一之经术，道之相承，固宜如此。……汉师之所论者亦约也，先秦之所究者则博也。不以今文之旨要探先秦之归宿，则诸子之术散漫无统宗；不以诸子之博衍，窥汉儒之宏肆，则今文之说终嫌于枯窘。故必经与子交相发，而后义可备也。纲条既张，枝叶自傅。举凡西汉之籍，其有事非释经，而陈义精卓者，莫不与纲条相通贯。其导源于诸子之迹，亦灼然可明。诚以今文之约，求诸子之约，以诸子之博，寻今文之博。究于嬗变之迹，立义之由，则本末兼该，而始终之故亦举。所谓出入于百氏，反求诸“六经”而后得之者，亶其然乎！是先秦以往之思想，至汉而集其成。故后汉而下之思想，亦自西京而立其本。虽后来义有显晦，学有偏精，然其或出入者，为事亦仅。“六经”之道立，而百世楷模以定。由是观之，先汉之业，顾不盛欤！
作为经学家的蒙文通，作《儒学王论》时确对汉代经学很看重，而与他以往超越两汉，向先秦讲论，以及破弃今、古家法的思想有所不同。此时他认为诸子百家之义荟萃于经术，汉代经术为根本，而先秦诸子学仅为枝叶。先秦孟、荀之儒学，入汉后也发展为经学。从先秦“恢诡无方”的诸子学演进到汉代“湛深纯一”的经学，是一“道之相承”、辩证发展的过程和“固宜如此”的趋向。蒙文通并指出，汉代经学与先秦诸子学各有其学术特点，汉代经学为约，先秦诸子学为博，如果不以今文经学的旨要去探究先秦诸子学的归宿，那么诸子学就会散漫无所统宗；反之，如果不以诸子学的广博去反观汉儒的立意宏大，则今文之说就会枯竭贫乏。所以蒙文通主张经术与诸子交相互发，以经为纲、为本；以子为末，为枝叶。强调西汉经术导源于诸子，出入于百氏，反求诸“六经”而后得之，是对先秦以往思想的总结发展而集其大成。并盛赞西汉今文经学，认为西汉今文经学为汉以后中国思想文化立其根本，儒学“六经”之道立，定百世楷模，直为后世所效法。不仅如此，蒙文通还推崇西汉今文经学，把它视为子史之中心，乃至整个中国文化之中心。他说：“既以先汉经说为子史之中心，亦即中国文化之中心。”对西汉今文经学在中国文化史上的重要地位，给予了充分肯定和很高的评价。
蒙文通并探讨了汉代儒学之所以战胜百家，而取得独尊地位的原因。认为今文经学汲取了百家之长是其重要原因。除融会百家，汲取诸家之长外，蒙文通还探讨了其社会政治方面的原因。他说：
周之制为封建，而贵贱之辩严；秦之制奖兼并，而贫富之辨起。先汉经说者，固监于二代之败，显然欲致贵贱、贫富之辨而并绝之者也。商贾盛于周，君权极于秦。先汉经说者，固显然摈抑商贾与君权者也。故窃谓周也，秦也，先汉经说也，截然而为三。非周制既弊、秦焰已张之后，何易有此宏义。此汉师之持义，固有监于历史之衍变，其迹有未可掩者。即以周秦而言，百家之学，亦何莫非因时势之激刺，而陈义以日新。汉师经说，固源于诸子，非能独异，则历史之有关于思想，其孰能非之。至若汉世帝王，既采儒家之经济思想，以抑商贾；经生亦让步其政治之主张，不绌君权。中国历史亦于此而植其基，遂与欧西之事似若各异。自汉而下，二千余年，社会经济无显著之变动者，求诸经生之说，有固然也；而君主之制遂亦维系于永久，倘亦基于是耶！
蒙文通分析了周、秦二代之所以败亡的原因，他认为周制之弊是贵贱之辨严；而秦制之弊则在于奖励兼并，而起贫富之辨。至西汉经师“监于二代之败”，显然要致贵贱、贫富之辨而并绝之。而此时的统治者——西汉帝王在经济上采用了儒家“抑商贾”的思想，那么在政治上，西汉经师对西汉帝王也作了让步，而不绌君权。蒙文通认为，这样一来，中国社会历史的发展演变也因此奠定了根基，使得汉代以来两千余年的中国封建社会，社会经济无多大的变动；同时使君主制延续下来，得以长期维持。换句话说，西汉儒学经师与汉世帝王都对彼方的思想作了汲取和让步，这使得汉代儒学得到统治者的认可，而取得了独尊的地位。一方面，西汉今文经学“汲取了百家之长”，它是融会百家而综其旨要于儒家而创立的新儒学，自有超出先秦诸子学之处；另一方面，西汉经师与西汉帝王互为汲取和让步，使统治者接受了以今文经学为代表的西汉新儒学，这就是蒙文通所分析的汉代儒学之所以战胜百家，而取得独尊地位的原因。
在经学与诸子学的关系及学科分类问题上，蒙文通一定程度地肯定诸子学的地位和作用，但与经学相比，儒家经学的影响还是远超过诸子，包括诸子在内的子、史、文艺之学，都是不可与经学相比拟的，经学的重要性体现在各个方面。并强调经学乃一整体，不应以西方学科之分类来衡量经学。他说：
由秦汉至明清，经学为中国民族无上之法典，思想与行为、政治与风习，皆不能出其轨范。虽二千年学术屡有变化，派别因之亦多，然皆不过阐发之方面不同，而中心则莫之能异。其力量之宏伟、影响之深广，远非子、史、文艺可与抗衡。自清末改制以来，昔学校之经学一科遂分裂而入于数科，以《易》入哲学，《诗》入文学，《尚书》、《春秋》、《礼》入史学，原本宏伟独特之经学遂至若存若亡，殆妄以西方学术之分类衡量中国学术，而不顾经学在民族文化中之巨大力量、巨大成就之故也。其实，经学即是经学，本为一整体，自有其对象，非史、非哲、非文，集古代文化之大成、为后来文化之先导者也。
指出经学就是经学，它是两千年来中国学术、文化的中心，为中华民族的最高法典，整个民族的思想行为、政治风习均以经学为指导。可以说，两千多年来的民族精神和民族习尚皆由四书五经所铸成。强调经学对中国社会和中国文化的指导，它的宏伟力量和深广影响远非诸子、史学和文艺学所能比拟。但自清末废科举、兴学校以来，以西方学术的分类法来衡量中国学术，把原为统一整体的经学分隔为文、史、哲数科，人为地将经学这种综合性的学问分门别类地割裂开来，使得经学对中国文化的指导作用大大降低。蒙文通强调，经学既然作为一个整体，就有它的研究对象，它非史学、非哲学、非文学，而是在文、史、哲之上，超越文、史、哲，对中国社会和中国文化起指导作用的学问；经学既是对古代文化的继承而集其大成，又开后来文化的先导。从而批评以西学之分类法来衡量经学，而不顾经学在民族文化中的巨大力量和巨大成就的现象。蒙文通通过探讨经学与诸子学的关系，来阐发经学超越诸子、史学、文艺学的重要性和对中国文化、中华民族精神的指导意义；批评沿袭西方学术分类法，将经学割裂开来，人为地划分为文、史、哲等几个部分的作法。这体现出蒙文通治经学的指导思想，乃在于客观地肯定经学对中国文化和中国学术的重要性、指导意义和价值；也表明蒙文通非为治经学而治经学的一般学问家。
