在现代唯识问题的研究和讨论中，值得一提的还有两个问题：一是唯识新旧两译不同问题的讨论，二是见相别种问题的讨论。两问题均曾起极大之波澜，亦引起探讨唯识学者之广泛注意。梅光羲先生于1931年，发表了《相宗新旧两译不同论》，指出菩提流支与真谛为旧译，玄奘为新译，颇为当时佛学界瞩目。太虚大师专门写了《〈相宗新旧两译不同论〉书后》，守培法师写了《读唯识〈新旧二译不同论〉后的一点意见》，印顺大师发表了《评破守培师之〈读唯识新旧二译不同论后的一点意见〉》，守培法师更为之著文驳斥印顺大师，印顺大师又为之作答，从而引起了对新旧两译论点不同分歧之讨论，如正果法师就写了《在唯识学上新旧两译关于第七第八识两识论点的分歧》一文。所谓见相，是指能见相，指见初动之相，又称转相，系三相之一，九相之一。依初动业识，转成能见之相。此系依无明业相所起而认识对相之心（主观）。有景昌极先生发表了《见相别种辨》论文一篇，引起了民国初二十年间佛学界之论议，先后有唐大圆先生撰《见相别种释疑》，景昌极先生又著《见相别种未释之疑》，唐大圆先生再著《释景幼南（景昌极）〈见相别种未释之疑〉》，太虚大师亦撰写了《见相别种辨释难》，展开了对见相别种的讨论。这两个问题的讨论和对熊十力先生《新唯识论》的讨论，一时成为现代中国思想界和佛学界（特别是唯识学界）三起白热化的学术公案。
熊十力先生的《新唯识论》全书分明宗、唯识、转变、功能、成物、明心等六篇，共析为九章。1932年出版的为文言本，1942年出版的为语体文体。全书综合儒释道及西方哲学等各种哲学，而加以分析、评破、抉择。其中对唯识等义理颇多评破，而最终宗旨则归之于儒家之《易经》。该书体系完整，颇为时贤所重，然佛教界对之则多不以为然。熊十力先生糅合佛儒中西的学问，发掘中国传统哲学中的辩证法因素，并使之现代化，这是他的学术特点。但熊十力不是佛家而可以说是儒者，用佛教理论去充实儒学，总体属于王守仁的哲学体系。《新唯识论》是在一个特定时代里，独具一格汲取佛学内容较多的陆王心学的翻版。《新唯识论》误解了唯识学的重要论据，只是片面地对《显扬圣教论》中提“三自性”解释不全面的方面予以抨击。1959年，熊十力先生又撰《体用论》一书，为据《新唯识论》而改撰者。该书序又谓：“此书即成，《新论》无保存之必要。”
熊十力先生《新唯识论》出版后，印顺大师曾撰《评熊十力的新唯识论》一文，就该书内容对佛学的曲解加以订正；刘衡如先生著《破新唯识论》，也提出了批评，但刘著没有抓住要领，未能击中要害，熊十力乘机著《破破新唯识论》进行反驳。佛教界很多前辈，如印顺大师、王恩洋先生对熊十力的文章也进行了批驳，可惜都没有击中要害。实际上熊十力认识上的错误，支那内学院的前辈们都是很清楚的，特别是吕秋逸先生，只是出于某些原因而没有进行批驳，使其《新唯识论》的观点得以流传，至今仍有些人赞不绝口。
另外，以现代思想阐述唯识，对现代人来说，是比较亲切，比较容易接受的。但以现代的立场解释唯识，是否就恰到好处？如实阐扬唯识的正义，那又是很难说的。因为要如实地阐述弘扬唯识的正义，除了对现代东西方哲学应有相当深刻的造诣外，同时对唯识本身需要有全盘和精深的理解，这样才能比较正确地把握到唯识的主旨。现代关于这方面的论著也不少，其中法舫法师的《唯识史观及其哲学》是其佼佼者。
可以说1923年至1960年间，特别是上世纪的二三十年代，对唯识学的研究形成了一个十分重要的高潮。为了使这个高潮时期发表的有相当学术价值和历史意义的论著不致散失，成都国学研究会将其汇编成《唯识论文集》之第一辑和第二辑，这些论文对推进唯识学的学习、研究，将作出重要的贡献。
唯识学在现代之复兴，有助于佛学院及佛学学术团体的建立和发展。民国以来，佛教所兴办之新式佛教教育机构和学术团体，其教育方式和研究模式，异于传统丛林，大体与新式学堂和研究机构相近似。其中著名者有支那内学院、武昌佛学院、闽南佛学院及汉藏教理院和三时学会。而以研究唯识为著者，乃支那内学院、汉藏教理院及三时学会。
支那内学院是我国著名之佛学院，为欧阳渐先生创办于1922年。因古印度称中国为支那，佛学自称内学，故有此名。院址在南京市公园路。院务由欧阳先生本人主持，设学务处、编校流通处、事务处，分掌研究、讲演、图书、出版、校勘、编纂、庶务等责。教师除欧阳先生本人外，另有汤用彤、吕秋逸、邱虚明、王恩洋、聂耦庚等人。学生除正式招生者外，社会各界亦经常有来该院问学者。1925年，该院开设法相大学特科，招收比丘、居士等学员四十余人，1927年特科因故停办。1937年抗日战争爆发，南京被日本占领，该院迁往四川江津，定名为蜀院。1943年，欧阳先生谢世，院务由吕秋逸先生接掌。该院以“师、悲、教、戒”为院训，俨然为当时我国佛学研究中心之一。该院原在南京刻经一百一十部一千零五十五卷，入蜀后又刻经三十部五十余卷，其中以《藏要》三辑为唯识研究的主要经论之汇集。该院出版之《内学年刊》，与太虚大师之《海潮音》杂志，为民国以来之两大佛教刊物，多载唯识学方面的论文。
与支那内学院欧阳先生并称之“北韩”为韩清净先生，他1873年生，名德清，别署清净居士，为继唐代之后复兴唯识学之大宗匠之一，1927年和徐森等居士组织三时学会，以研究唯识著称。1922年5月，韩清净先生于北京创立北京法相研究会，1927年方改名为三时学会。“三时”为第三时说法之意，语出《解深密经》卷二《无相性品》，谓在第三时中，佛陀普为发趋一切乘者而说法，该会宗趣于此可见。当时参会者以在家众为中心，会员中有叶恭绰、梅光羲、徐鸿宝、胡瑞霖、林宰平、朱芾煌、周叔迦等人。韩清净先生治学精审，穷究《瑜伽师地论》本论，并兼及十支末论，能于《瑜伽师地论》、《摄大乘论》等论典，字句熟背而直言出处。其并致力于唯识学之古籍，讲学著述之际，亦力持古义，于华北佛学之开展，颇有启迪之功。韩清净先生毕生心血悉集于《瑜伽师地论科句披寻记纂编》一百卷，另著有《唯识指掌》、《唯识三十颂诠句》、《成唯识论述记讲义》、《〈解深密经〉分别瑜伽品略释》。三时学会所刻之佛书，版本甚善，颇为学界所重。1950年，汉藏教理院结束之后，正果法师应法尊法师之召赴京驻锡北海公园菩提学会，1954年应邀至三时学会任研究室主任，指导几位僧人和学者研究法相唯识，如传印、明哲、净慧等几位法师，就是那时候由正果法师所带之唯识学的研究学僧。
汉藏教理院创办于1930年，全称为世界佛学苑汉藏教理院，简称汉院教理院或汉藏教理院。院址为重庆市北碚区缙云寺，刘文辉为名誉董事长，刘湘为名誉院长，太虚大师为院长，何北衡为院护，潘昌猷、王阳东、王晓西等人为院董，负责建院工作。1932年8月正式开学，1950年由西南军政委员会接管，并入重庆大学，学僧及部分教师由国家安排工作。汉藏教理院办学十七年，是民国时期办学时间最长的佛学院。
世界佛学苑是太虚大师得到民国政府的资助，1928年赴法、英、比、德、美等国弘扬佛法时，发起组织的世界性佛教团体，以“昌明佛学，陶铸文化，增进人生之福慧，达成世界之安乐”为宗旨，在法国巴黎东方博物馆及德国、美国都设立了通讯处，在中国南京之毗卢寺亦设有通讯处。世界佛学苑总苑于1931年春在南京佛国寺建立。总苑之下，除汉藏教理院外，尚设有巴利语佛学院，原四川省佛学院之教师宏根法师即世界佛学苑巴利语佛学院之毕业学生。
汉藏教理院以“淡宁明敏”为院训。淡是淡泊于物质，不起贪欲，才能持戒；宁是宁静，保持禅定静修，不起妄念；明是能明因识果，分别善恶、是非曲直，不迷于主观、客观，即是智慧；敏是行动灵敏通达，能审时度势，如理行事。在这院训精神的指导下，汉藏教理院凝聚了一大批佛学专家，如法尊、印顺、雪松、巨赞、观空、遍能、满智、福善、虞愚、陈健民、土登喇嘛、安东格西、东本格西、喜饶嘉措、悦西格西、桑吉格西等，培养出大批的法门龙象，其中之佼佼者有前中国僧团之领袖、北京广济寺住持、中国佛教协会副会长正果法师，重庆市佛教领袖、重庆慈云寺方丈、重庆佛教协会会长、中国佛教协会常务理事惟贤法师，重庆市原佛教协会会长、罗汉寺方丈竺霞法师，贵州佛教协会会长、黔福寺住持慧海法师，新加坡名僧、佛学家演培法师等，学生遍及世界各地。这批法师培养的弟子，算汉藏教理院再传吧，其在国内出于正果法师门下，其杰出有成就者为圆持、圆慈、广兴、圆智、圆真等法师及弘学居士等；出于惟贤法师门下者有正刚、正成等法师及蒲正信优婆夷；出于慧海法师之门下者，有居士王路平等。其中正刚法师嗣任重庆北碚缙云寺方丈，并恢复了汉藏教理院，对教内易名为“慈氏内学研究院”，对外则以重庆佛学院研究生院名义招生。嗣其汉藏教理院法统一系，弘学居士亦被聘为慈氏内学研究院教授。慈氏内学研究院于2009年正式招收本科学历六年制之研究生。
汉藏教理院于1937年设立编译处，编撰汉藏合璧教科书及四十余种汉藏经典，其中均以唯识学为主体。并建立了“双柏精舍”，作为研究生院。太虚大师谢世之后，由法尊法师任院长，正果法师任副院长兼教务主任，正果法师师事太虚大师和雪松法师，并以法尊法师为依止师，四十余年如一日。重庆解放前夕，法尊法师应中共之邀请去了香港，汉藏教理院由正果法师执掌，当时国民政府当局令迁台湾，教师拟议移至海外，而海外之佛教团体纷纷建议移迁海外，并保证提供教学经费。但在法师法师及正果法师之爱国精神的主持下，力排众议，将汉藏教理院留下来，赵朴初在正果法师的挽诗上有“力排众议迎解放”之褒句，汉藏教理得以完整地移交给了党和国家，显示出太虚大师一脉之爱国爱教的高尚情操。
