明初废相，开创了将行政机构直接隶属皇帝的先河。作为宰相衙属的中书省也彻底退出历史舞台，只剩下中书舍人一职，变成一个闲差。宋代的门下省也没有恢复，只是将给事中一职散入各部，依然管封驳。这样，传统的三省六部（元代不计）就变成了六部体制。
在原来的体制下，六部隶属省（隶属于尚书省或是中书省），属于执行机关。虽然权力不小，但地位毕竟不高。现在六部直属皇帝，成为一人之下的最高的行政官职。地位提高了，官阶也提高了，各部尚书一人，正二品，侍郎一人，正三品。他们不仅负责行政事务的执行，而且可以参与军国大事的决策，如某事属于某部管辖，如果足够重大，那么就由某部负责人尚书或者侍郎主持廷议，与其他各部长官、内阁成员以及科道（御史和给事中）互相讨论。如果所需讨论的事情难有归属，那么就由吏部尚书主持。当需要讨论高级官员任用时，廷议就变成了“廷推”，同样由吏部长官主持。有的时候，皇帝往往将专属于某部的事情派到某部，令其在部内讨论，这叫“部议”。讨论如何惩罚官员，则下刑部议；讨论河工，则下工部议。当然，无论何种“议”，最后都要皇帝定夺拍板。其实，在“议”的背后，司礼监和内阁往往起着决定性作用。一项决策，是否进入廷议和部议阶段，往往看内阁与司礼监的意愿；进入廷议还是部议，往往取决于他们是否愿意让其通过，成为决策法令。如果他们乐观其成，进入这个程序又有利于通过的，那么就进，如果反之，则不进。
六部负责人虽然分为尚书和侍郎，有官阶高低之别，但他们并不是正职和副职关系，只是官阶上有区别而已，对部务具有差不多的发言权，同列堂官，两位都可以单独向皇帝上疏。虽然在处理公务上按惯例官阶低的应该尊重官阶高的，但如果侍郎认为尚书处理不当，可以阻止决策下达，上报皇帝。这种安排，本身就蕴涵着互相牵制的意思。当然，一个部的堂官之间，真正闹到互相告状、走向决裂的情景其实并不多。按中国政治的惯例，一般都在私下尽可能协调好，而避免公开决裂。当然，到了非闹翻不可的时候，侍郎也可以阻挡尚书的意志。
六部以吏部为首，因为吏部是管官的部门，所以权力最大。在内阁存在的情况下，只有吏部还可以跟内阁抗衡一下。在地位和礼遇上，吏部也明显高于各部，吏部的侍郎与各部尚书地位相当，而吏部尚书则高于各部尚书。其次是户部，户部主管全国的财政和户籍。明朝对天下的户籍都有统计，编为黄册，黄册每十年修改一次。地亩也有统计，编为鱼鳞册。这些都归户部管。明朝地方没有财权，任何一项大一点的开支，都要在户部报销，因此户部权重事繁，事务比吏部还要多。排在第三的是礼部，在明代，礼部的权限有所扩大，主管朝廷礼仪、祭祀、学校和贡举，由于学校和科举制度是连在一起的，所以这项事务赋予礼部很大的权力，等于是参与了官员的选拔。排在第四位的是兵部。明朝始终处在北方游牧和游猎民族的压力之下，所以，兵部颇受重视。开国之初，吏部和兵部并重，地位一般齐，但后来的皇帝惯于呆在深宫，官僚体系又有文官化倾向。时间一长，兵部地位就下降了。排在第五位的是刑部。刑部负责司法，主管刑律修订，律条解释，组织每年的秋审和诏狱的会审，与都察院、大理寺合称三法司。排在最后的是工部。工部负责所有国家工程，包括宫室、道路、城池、河工等等，实际上也是一个很实惠的部门。但由于工部在人事和钱财上缺乏自主，加上人们习惯性地对“工”有歧视，所以在各部中地位最低。当时，人们习惯给六部各以一个字命名：吏部曰“贵”，户部曰“富”，礼部曰“穷”，兵部曰“武”，刑部曰“威”，工部曰“贱”。虽然并不很确切，但却很传神。
除了六部之外，还有一个中央部门是明朝的政治运作过程必须经过的一环，即通政使司。通政使司是明朝特有的机构，始设于洪武十年（1378年），职能是接受四方的奏章和臣民的上书。当初设置这个机构，主要是为了架空中书省（宰相），使奏章直接送交皇帝。后来宰相被取消，通政使司就成为名副其实的信息中枢。它一方面承担着政令上传下达的使命，一方面则确保着皇权的绝对尊严。所有奏章和臣民上书，只能交给皇帝一个人。通政使司有一块红牌，上书“奏事使”三字，通政使司的官员，只要手持这个牌子，就可以随时入宫，任何人不得阻拦。六部和各地督抚，如果不经过通政使司，什么公文都不可能上达，而经过皇帝批朱的奏章和皇帝的上谕，也要经过通政使司下达各个部门。通政使司设通政使一人，正三品，比六部尚书略低；左右通政各一，誊黄通政一，官阶四品；左右参议各一，官阶正五品，办事机构有经历司。
明朝制度还有一个奇特之处，就是在永乐年间迁都北京之后，在南京居然还保留了一整套的政府班子。这套班子机构设置完全跟北京一样，有六部和各个监寺。由于永乐是篡位做的皇帝，心里亏，不得不在孝道上做足文章，国都实际上已经迁到了北京，却保留南京政府，以示不改祖制。当然，南京政府虽然部门齐全，但基本上无事可做，管辖范围只限于留都（南京）所属的州县。即使如此，还要受到北京政府司礼监的干涉。所以，人们称在南京做官为“仕隐”，意思是做着官的隐士。
