明代的地方区划，明显要比元代整齐，层级也大大减少，只有省、府、州县三级。鉴于元代地方分散主义倾向严重，明代在地方政府制度安排上，更多地强调中央集权，地方政府的权力遭到极大的削弱。
1．省级政府的架构及其变化
明代继承了元朝行省的区域框架，但却将行中书省的机构取消，把“省”彻底变成一个地方级别。但是，明朝的疆域远逊于元，所以，明朝的省相对于元也要小得多，类似西汉时的州。尽管如此，明代的第一级地方建制依然显得过大。鉴于元朝行省机构的专权，明朝采用了“三权分立”的做法，将一省的民政、刑政和军政大权，分属三个机构。
首先是承宣布政使司。这个机构是从原来的行中书省直接转化过来的，人们还习惯称之为“省”。但从负责的具体事务来看，承宣布政使司的工作范围比元朝的行省大大缩小，仅仅负责民政和财政，而且限于例行公事。因为财政上可供省级支配的份额非常小，动一点钱都得报中央政府批准。从朱元璋给这个机构起的名称上看，无非是传达皇帝的诏令，强调的是君主的绝对权力，不鼓励地方行政的积极性。
布政使司设左右布政使各一，从二品，属于省级最高长官。其下有左右参政各一，从三品，左右参议各一，从四品。鉴于省所管辖的区域比较大，因此，由参政和参议分口管辖，负责府县（属于“块”的方面）和负责特种专项事务（属于“条”的方面）。分管地方的叫分守道，分管专项事务的则以所管事务命名，如督粮道。他们有的驻省，有的则驻在下面的府县，后来人们干脆称之为“道台”。道不算一级政府，属于省级派出机构。
其次是提刑按察使司。这个机构负责一省的刑狱和监察，设按察使一员，正三品。副使二员，正四品，再加员额不定的佥事，正五品。副使和佥事属于按察使的副手，但在实际工作中，主要担任分巡地方的任务。跟布政使司一样，他们的分工也有属于专项业务的（条）和分管地方的（块），分管地方的叫“分巡道”。后来，由于对某些地方治安的特别重视，特意在这些地方设置兵备副使，负责此地的治安，被称为“兵备道”。后来，兵备道在各省普及。
其三为都指挥使司。都指挥使司又称都司，负责一省驻军的管理，如平时的训练、屯田、军籍等事务。都司设都指挥使一员，武职正二品；同知二员，武职从二品；佥事四员，武职正三品。由于各个卫所驻扎各地，一边屯田一边驻守，往往各成体系，因此，都司用不着派副手下去分管各处。
这种地方行政分权体制，设置的原意是想让它们相互牵制，避免尾大不掉、地方专权，同时强化分工，使其能够各司其职。分权之后，部门之间的牵制功能的确发挥得很好，各个部门权力都受到了压缩，谁也难以独自决定任何一件稍微大一点的事情。本来地方事务就是相互交叉的，你中有我我中有你，赋税的征收，难免碰到行政、民事管理，更是难免民事纠纷。分工管理固无不可，但缺乏统一的协调则事事滞碍。中央政府六部各有各的“条”，对下面都是条条管理，各管各的业务，每个中央部门都要跟三司打交道，彼此交叉。按察使负责地方治安，手里却没有兵（古代无警察），必须借助都司；而都司调兵又要经过都督府和兵部；治安事件的处理又必须跟布政使管辖的地方官协调；如果需要动用粮草，又必须经过户部。三个机关各自独立，谁也管不了谁，遇事互相牵制，结果谁也不听谁的，什么也办不了，行政效率极低。
这种体制一确立，马上暴露出一系列弊病，尤其是在边地有事的地区，问题就更加突出。只是明初实行藩王镇边的制度，所以边境问题还不至于危及大局。永乐以镇边藩王的身份，篡了建文帝的位，藩王镇边制度当然不能再实行了。于是，边地的危机马上突出起来。各省的三司，根本无法协调处理少数民族的骚乱。于是，永乐开始向边地派遣镇守总兵和镇守中官（太监）。永乐之后，又开始加派文臣巡抚各地。久而久之，文臣出镇地方成为定制，镇守总兵、中官和文臣因为都是中央派出官员，因而凌驾于三司之上，号称“三堂”。由于三堂之间又出现了协调问题，于是逐渐镇守中官退出，总兵地位下降，而文臣则以巡抚名义在各省长期存在，巡抚成为真正意义上的省级负责人。三司在事实上下降为省级的业务部门。另外，当出现紧要军务的时候，朝廷还派出可以统率数省的总督，统一指挥调控各省的军政事宜。
由于这种体制是从临时性派出机构演化出来的，巡抚体制在明代总的来说，还是有点混乱。既有因某一事项派出的巡抚，也有专门负责一省的巡抚，还有管理某些特殊省份以下地区的巡抚。有人将明代的巡抚分为四类，第一类是省级最高长官，像广东、浙江、福建、河南、山西、山东、陕西、四川、湖广、江西、广西、云南、贵州等省的巡抚均属之。第二类是准省级建制的最高长官，如凤阳、应天、顺天、保定、辽东、宁夏、甘肃、延绥巡抚均属之。其中凤阳由于是朱元璋的老家，特设一个准省级建制；应天管辖的是南京的直隶府州；顺天管辖的是北京的直隶府州。辽东原是山东辖区，因对付满人崛起，特设巡抚单独管理。宁夏、延绥、甘肃原属陕西的三边地区，为了边防需要，分别独立为准省级建制。第三类为南方少数民族特区，南赣、郧阳、松潘、偏沅四巡抚属之。第四类是在战时非常时期的变态，即为了抵抗入侵的特别需要，在一些战略要地特设巡抚强化抵抗能力。宣府、大同、天津、登莱、安庐、密云、淮扬、承天巡抚属之。（参见杜婉言、方志远：《中国政治制度通史》，第9卷，208～209页，北京，人民出版社，1996。）
无论何种巡抚（包括因特殊原因设置的总督），在名义上都是中央的派出官员，在国家的正式编制上，并不存在这样的地方官员，更没有他们属下的衙门。巡抚最初的主要职责有两个，一是强化军事，二是整理地方吏治。绝大多数巡抚都带有兵部官衔，而从四类巡抚的设置看，大多数带有强化当地军事力量的意思。同时，巡抚往往带有都察院（监察机关）的官衔，之所以分巡地方，就是为了监察地方官。但是，很快就由这两个权力衍生为管理一切事务，变成了实际上的地方最高长官。只是在明代，督抚还不够稳定，不算常设官职。
2．府、州、县
府的地位相当于唐朝的州，属于明代二级地方建制。府设知府一员，正四品。属官有同知、通判、推官和儒学教授、训导等。明代的州分为两等，一为直隶州，直属省管辖，地位与府相同，但辖区要小得多；一为属州，与县相当。州设知州，两种性质的州都官阶正五品。属官有同知、判官、儒学学正、训导等。县是基层政府，设知县一员，正七品，属官有县丞、主簿、儒学教谕、训导等。明代地方还设有驿站、巡检司和税课司。驿站有驿丞，负责官方的来往公文传递，官员的往来接待，巡检司设巡检、副巡检，负责捕盗。税课司设大使、副使，负责来往行商的税收。以上均为九品或者不入流的小官。县级政府，事实上跟前面几个朝代没有多少不同。
