明朝立国之初，承袭元制，在中央政府设中书省，有左右丞相和平章政事总理朝政。但是，很快这种体制就令朱元璋感到不自在，有大权旁落的感觉。此公是有名的雄猜之主，有做大事的才略和胆魄，但也难免心地狭隘，猜忌心重。出身游民的他，早岁颠沛流离，生活中充斥着白眼和歧视，不得不时刻处于防范他人伤害的警惕之中，生怕一不留神就会被同伴和对手算计了去。在打天下的时候，这些隐藏在深处的阴暗心理还能克制，尽量表现出大度、善于用人的一面。然而，做了皇帝以后，身在深宫里的他，越来越对大臣们放心不下，生怕人家在背后捣鬼，瞒着他做一些对他不利的事情。他觉得这个制度将他与国家日常事务分开了，真正操控一切的是宰相，而不是他本人。加上担任宰相和其他高官的大多是他昔日的伙伴，帮他打天下、立下汗马功劳的功臣，他的猜忌心就更重了。他未尝不知道这些人对他的忠心，只是他更了解他们的本事。当天下初定之后，对功臣本事的担心越来越重，生怕他们在天下太平之后，将这些本事用在他的身上。事实上，除了自己的亲骨肉以外，朱元璋什么人都信不过。
徐达是朱元璋的“布衣之交”，又是朱的亲家，为人忠厚老实，对朱元璋一向忠心耿耿，虽然能征善战，功勋卓著，但从来不居功，不揽权。在战争岁月，深得朱元璋的信任，朱对徐达的评价是，“中正无疵，昭明乎日月”。可是，朱元璋当了皇帝以后，却对这个老实人也不信任，一次，要将自己当初做吴王时的旧宅赐给徐达，试探徐的反应，徐达坚决地拒绝了。但是，朱还不死心，一次借故和徐来到他的故居，将徐达灌醉，然后令人抬到正室的床上。徐达醒了以后，发现自己原来在朱元璋的旧居正房里，吓得连忙爬起来，跑到朱元璋脚下跪倒，连呼死罪。显然，朱元璋对徐达的表现还算满意，于是龙心大悦。（《明史》卷125《徐达传》）
于是，一场阴谋开始了。洪武十三年（1380年）朱元璋拿独任丞相的胡惟庸开刀，说他谋反，一口气株连了三万余人，封了侯的功臣被杀了二十几个。原来功劳最大的李善长、宋濂等都被牵连进去（李被诛，宋赖皇后太子救援，总算保住了性命，遭到贬斥）。从某种意义上说，功臣问题和宰相体制是连在一块的，胡案也可以说是朱元璋为了废相而寻出来的。胡惟庸一倒，朱元璋迫不及待地将宰相制度废掉，提升六部的规格，同时将原来负责军事的大督都府一分为五，六部、五府均直接隶属皇帝。从这种深思熟虑的安排看，应该是早有准备。朱元璋只等着拿胡惟庸的人头做引子，启动这个过于重大的制度变革，结果是在三万人头落地的声响中，一个延续1500年的制度就这样被革掉了。胡案之后，朱元璋又接连兴三个大狱，几乎将跟他打天下的功臣悉数杀掉。没有被杀的，实际上也在这接二连三的大动荡中忧惧而亡。朱元璋连半个旧臣宿将也没给他的继承者留下，原以为是帮子孙的忙，替继承他的皇太孙去掉隐患，结果却是使他的继承者建文帝身边连一个有经验的大臣也没有。在削藩过程中举措失当，面对朱棣的反叛，丧失了抵抗能力，这也是朱元璋所始料未及的。
在废相15年后，朱元璋怕他的子孙再次恢复旧制，特意将不立宰相作为朱家的家法，定为永制，不许更改。自以为是的他至死也不知道，他的这个改革，给他的子孙和他创立的王朝，带来了无穷无尽的麻烦。
1．作为皇帝秘书班子的内阁的由来和演变
（1）从四辅官到殿阁学士。
废相之后，朱元璋实现了大权全揽，用今天的话来比方，就是既是国家元首，又是政府首脑。但是这样一来，原来由宰相分担的政府日常事务，就悉数压在了他自己肩上。加上此老猜忌心重，事无巨细均要过问，臣子早就在接连的大狱中给吓破了胆，自然什么事情都推到他那里去，请他定夺。每天要处理几百件事，弄得他废寝忘食，还忙不过来，很快，他就觉得受不了了。当然，刚愎自用的他，决不可能也决不乐意恢复旧制。他还是坚持亲自处理政务，只是要找几个帮忙的。在废相的当年，他找来了几个在他看来比较老成的儒者，任命他们为四辅官，春夏秋冬各一，每官有数人。按季节值班，帮助皇帝处理公务。四辅官实际上是内阁的先声。
不过，几个老儒虽然够老实，但办事能力和经验却一点也没有。没办法，朱元璋只好撤掉四辅官，另寻出路。洪武十四年，也就是废相的第二年，他下令让翰林院的词臣先帮他挡挡驾，奏章上来，先让他们看一道，认为合适才闻奏。接着，他设置了殿阁学士一职，从翰林院里挑选一些文辞优美的翰林，担任殿阁学士，帮他审阅奏章，操持笔墨，做名副其实的秘书。所谓的殿阁学士，意思就是能进皇宫里的殿阁的学士。到了这个阶段，内阁已经有一点眉目了，只是这些学士还没有办公地点，只是跟着皇帝转。
（2）殿阁学士有了办公处。
在朱棣夺取政权以后，皇帝对于秘书班子的要求趋于年轻化。他从翰林院挑选了一些年轻干练的一般翰林，作为他的秘书。定都北京之后，在新建皇宫的东阁开辟了一个办公处，让这些秘书在里面办公。这些秘书被明成祖朱棣依为心腹，朝夕相处，甚至皇帝上了床，想起什么来，还要招他们来，在卧榻上嘁嘁喳喳。这些人不仅帮助皇帝处理公务，操持笔墨，而且在军国大事上提供咨询，地位已与朱元璋时代不能相比。这些人后来陆续被提升为翰林院侍读、侍讲、学士和殿阁大学士，备受信任。他们不仅为皇帝出谋划策，而且还担负教育太子的职责，实际上成为最核心的智囊团。到此，内阁的雏形已经具备了。只是，秘书班子还没有属员和印信。这些皇帝的秘书，虽然身在中枢，参与机要，但仍然是翰林院的官员，官阶不过五品，比起六部长官还差得远。
（3）内阁制度的最后形成。
朱棣的儿子仁宗朱高炽，是长在深宫里的皇帝。由于他一向不为父亲所喜，因而地位几乎不保，幸亏他有个好儿子，格外聪明讨朱棣的喜欢，加上作为他师傅的内阁成员拼死相争，他才能最终登上帝位。他一上台，马上提升他师傅们的官阶，让他们挂上了六部堂官（负责人）的头衔，并加太子少傅和少保衔，领双份薪饷。这样，内阁成员的地位一下子跃上了官僚机构的顶端，地位远在各部尚书之上，突破了原来位卑权重的秘书模式，向重臣方向演进了。后来，内阁成员也不再限于从翰林中选拔，凡六部尚书和侍郎中有被皇帝看上的，就可以入阁。
更重要的是，内阁正式获得了“票拟权”。所谓的票拟，又叫条旨，就是内阁成员先将需要处理的公文奏章审阅一遍，然后代皇帝草拟好处理意见，即代皇帝拟好批答谕旨，然后贴在奏章上送交皇帝最后拍板。皇帝如果同意，再用朱笔誊改一遍，作为正式谕旨下发，如果不同意，则交内阁再议。至于那些仪式性的制、诰等类的皇帝诏书，更是出自内阁的手笔了。其实，在朱棣时代，皇帝批答奏章也经常参考“秘书”的意见，复杂的诏令，让“秘书”先打个草稿的事情也是有的，只是当时朱棣经常喜欢操笔涂鸦，也没有票拟这个说法，所以，人们一般认为票拟权是在永乐以后才有的。票拟权的出现，使得内阁实际上掌握了朝政的处理大权。由于皇帝对奏折的批示意见是内阁起草的，六部开始向内阁请示工作，以便预先留有余地，免得奏折被驳回。宣宗即位，内阁的名称，也逐渐开始见于官方文献。到了明英宗时，人们开始将内阁类比中书省，英宗甚至称阁老为辅相。到了嘉靖年间，内阁开始出现首辅和次辅的排次，更加接近于原来有宰相时的左右丞相，入阁的人，外间统称阁老，以示尊崇。
（4）明代内阁的特点。
明代的内阁，从本质上来说，实际上是朱元璋以后的皇帝对宰相体制的部分恢复，或者说一种替代补偿机制。因为让皇帝亲自处理繁杂的日常政务，对皇帝来说，实在是一项过于辛苦的差事。有从政经验的虽然辛苦，也许还能对付，轮到那些生长在深宫里的皇帝的时候，往往不堪其苦，不仅身体受不了，对精神和心理都是一种折磨。况且，作为世袭制的帝王，能力参差不齐，碰上能力差的，可能连应付都应付不下来，祖制又不能违反。或者后来的皇帝内心里也不想违反，所以只能在原来的秘书班子上打主意，不断地增加他们的地位，添加其权力，让他们帮自己干活，部分地做事实上的行政首脑。
