六国灭亡后，秦始皇始终对六国旧贵族、富商大贾不放心，把他们视作扰动天下不安的祸源。这些人在秦灭六国的过程中，并没有对秦军进行武装抵抗，也不公开与秦政权为敌，秦始皇找不出理由在政治上对他们法办，在经济上剥夺其财产。为解决这一问题，秦始皇从当年吴起在楚国变法“令贵人往广虚之地”中得到启发，于统一天下的当年（公元前221年）断然下令，将六国旧贵族强行迁至咸阳。
随着这些六国富豪、旧贵族的西迁，他们在当地的势力、影响也将随之消失，而他们在当地的财产实际上已被剥夺。这样他们也就没有了作乱的资本。因此，强行迁徙富豪、旧贵族于咸阳，被认为是消除六国贵族在原地所具有的政治、经济实力的最佳方案，被秦始皇以法令的形式颁布执行。据史料记载，公元前221年，有12万户的六国富豪、旧贵族被强令迁居咸阳。
从某种意义上说，收缴兵器并熔铸十二铜人与强令迁徙富豪、旧贵族，是秦灭六国战争在更深层次上的实施与延续。其目的在于彻底铲除六国的残余势力，为构筑未来的帝国大厦提供更加稳固的基础和安定的环境。在此，我们又一次看到了作为帝王的秦始皇在政治上的深谋远虑。
建立专制主义中央集权的政治制度
秦始皇所创立的“君权神授”的皇帝制度，赋予了皇帝以“天下之事大小皆决于上”的生杀予夺大权。然而，皇帝为行使这一权力，还有赖于一整套从中央到地方的严密的政权机构和官僚制度，有赖于上下有序的承传制度。
大秦帝国建立伊始，在实行中央集权的郡县制度还是实行周以来的分封制度的问题上，在秦国的大臣中曾经引发了一场争论。
这天，在朝会上，丞相王绾等人向秦始皇上言道：“各诸侯国新近被攻破灭亡，燕、齐、韩等国地处偏远，不设置王国，便无法镇服这些被征服的国家。依微臣之见，不如派遣皇子到燕、齐、韩等地为王，以分陛下之忧，承望圣上准奏，如此则天下甚幸。”
秦始皇看了一眼跪在大殿之下的王绾和文武群臣，说道：“是否要设置诸侯国，乃国家体制之大事，还需谨慎度之，不知众卿意下如何？”
“王丞相所言甚是……”“臣等也认为应沿袭周制，设立诸侯国……”“陛下膝下皇子众多，若分派至各地为王，的确可以为圣上分忧……”大殿之下，文武群臣都认为王绾等人的意见很有道理。
看了看议论纷纷的群臣，秦始皇把目光投向了一直沉默着的廷尉李斯身上。他知道，李斯博学多识，而且思维缜密、行事谨慎，此时一言不发，必定有不同的意见。
“李爱卿，你有何建议，不妨说来听听。”
“启奏陛下，微臣以为，沿袭周朝的分封制度，甚为不妥。周武王将打下的天下分封给众多的同姓子弟，分而治之，表面上是缓解了朝廷的负担，实际上则是分散了朝廷的权力。而且，这些诸侯王的后代逐渐彼此疏远，相互攻击，连周天子也不能禁止。今日，四海之内，幸陛下的神武得以统一，各诸侯国都成为我大秦的郡县。圣上的诸皇子以及功臣享有赋税收入及重赏即可满足。以诸侯国为郡，如此则容易控制，天下人对此也无异议，这才是使国家得以安宁的办法，而设置诸侯国则对国家不利。”
嬴政本来就不同意在统一天下之后分封诸侯国，但他见王绾等人提出这一建议，而王绾又身为丞相，不便立即表态，就故意交付众臣讨论，通过不同意见之间相互辩论，来进一步阐述郡县制的优越性，驳斥实行分封制的主张。因此，他见李斯已经论证了“置诸侯不便”，就在李斯议论的基础上，进一步明确指出：
“天下长期苦战不休，就是因为诸侯王的缘故。如今，蒙我大秦列祖列宗的神灵庇佑，朕得以统一天下。若再设立诸侯国，这是在他们之间树立刀兵，如此还想求得安宁，岂不比登天还难？还是廷尉之言有理啊！”
于是，秦始皇颁布诏令：废除分封诸侯的制度，全面推行郡县制度。以郡作为国家地方政权唯一的存在形式，把全国分成三十六郡（以后又陆续增设至四十余郡），每郡统辖若干县。
秦始皇以战国时期秦国官制为基础，把官制加以调整和扩充，建成一套适应统一国家需要的新的政府机构。
大秦帝国的国家最高权力机关是“朝廷”，“朝”即宫内皇帝朝见百官、商议并决定国家大事的朝堂，“廷”是宫外国家各职能部门办事的机关，亦称“外廷”。朝廷的首脑就是皇帝，他凌驾于律法之上，享有至高无上的权力，对国家一切事务拥有最高决断权。
直接隶属于皇帝之下的中央政府，即所谓的“外廷”，是国家的最高行政机关，设丞相、太尉、御史大夫。
丞相有左右二人，以右为上，掌政事，是中央政府的最高行政长官，在皇帝的直接领导下，负责处理国家日常的一切行政事务。丞相为“金印紫绶”。
太尉掌军事，是中央政府的最高军事长官，在皇帝的直接领导下，负责处理国家日常的一切军事事务，战时拥有领兵作战的权力，但没有调兵权。太尉也为“金印紫绶”。
御史大夫，主管监察百官。“掌副丞相”，又“掌图籍秘书”，相对于现在来说是秘书长的职务。御史大夫“银印青绶”。
丞相、太尉、御史大夫作为皇帝处理国家行政、军事、监察及文秘三方面事务的助手，以中央政府中上述三方面的最高长官的身份直接对皇帝负责，位在皇帝一人之下，居百官之上，合称为“三公”。
丞相、太尉、御史大夫分管国家的行政、军事和监察大权，并使之互相制约，这就从组织上防止了丞相集行政权与军权于一身。而主管军事的太尉只有统兵权，没有调兵权，有军事行动时，往往是由皇帝临时指派统兵大将，这就使军权牢牢地掌握在皇帝一人手中。御史大夫负责监察百官、参与机要，最得皇帝信任，对丞相、太尉的权力也有所制约。
在丞相、太尉、御史大夫以下，是分掌具体政务的诸卿，其中有掌宫殿掖门户的郎中令，掌宫门卫屯兵的卫尉，掌京畿警卫的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷货的治粟内史，掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的少府，掌治宫室的将作少府，掌国内民族事务和外事的典客，掌宗庙礼仪的奉常，掌皇室属籍的宗正，掌舆马的太仆等，统为“九卿”。
地方行政机构分郡、县两级。郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡；郡尉辅佐郡守，并典兵事；郡监司监察。县，万户以上者设令，万户以下者设长。县令、长领有丞、尉及其他属员。郡、县主要官吏由中央任免。县以下有乡，乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下有里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”（即强有力者）为之。此外还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。两亭之间，相距大约十里。
统治一个大国，需要全国一致而又比较完备的法律制度。秦始皇统一六国以后，以秦律为基础，参照六国律，制定了全境通行的法律。秦律经过汉朝的损益，成为唐以前历代法律的蓝本。
维持一个大国的统一，还需要强大的军队。秦军以灭六国的余威，驻守全国。南北边塞，是屯兵的重点地区。秦制以铜虎符发兵，虎符剖半，右半由皇帝掌握，左半在领兵者之手，左右合符，才能调动军队，这是保证兵权在皇帝手中的重要制度。
自春秋战国以来，各国的土地制度、赋税制度不尽相同。秦自商鞅时废井田、开阡陌以来，逐渐允许土地私有和自由买卖，土地私有制度得到了迅速发展。
秦始皇统一全国后，为了在全国范围内普遍推行土地私有制度，于公元前216年颁发了“使黔首自实田”的法令，让占有土地之百姓按照实际占有的田亩数向国家呈报并缴纳赋税，国家对他们占有的土地予以保护，承认他们对所占土地的私有权，并在全国范围内完成了土地私有化进程，使封建土地私有制在法律上得以确认。
“使黔首自实田”法令的颁布与封建土地私有制在全国范围内确立，是大秦帝国在土地制度上所完成的一次具有重大历史意义的改革。从此，封建土地私有制成为中国封建社会经济基础的核心内容，这是秦始皇对中国历史发展的又一大贡献。
法律的完备和统一，皇帝对军队控制的加强，土地私有化制度等等，这些都是专制主义中央集权制度的主要内容。专制主义中央集权制度，在当时的条件下是维持封建统一所不可缺少的条件。但是这种政治制度对百姓的束缚极大；而且它对经济文化发展的促进作用也可以转变为阻滞作用，这在封建社会后期更为显着。
秦始皇不但建立了一套专制主义中央集权的统治机构和制度，而且还采用了战国时期阴阳家的“五德终始说”，来宣扬秦代周是顺应天意，自己贵为“天子”，是受命于天。
“五德终始说”认为，各个相袭的朝代以土、木、金、火、水等五德的顺序进行统治，周而复始。秦得水德，水德尚黑，所以秦的礼服旌旗等都用黑色；与水德相应的数是六，所以符传长度、法冠高度各为六寸，车轨宽六尺；水德主刑杀，所以政治统治力求严酷，不讲究“仁恩和义”；与水德相应，历法以亥月即十月为岁首，等等。
秦始皇还确定了一套与皇帝地位相适应的复杂的祭典以及封禅大典，择时进行活动。秦始皇在咸阳附近仿照山东诸国宫殿式样营建了许多宫殿，并于渭水之南修造富丽宏伟的阿房宫。咸阳宫殿布局取法于天上的紫微宫，俨然是人间上帝的居处，天下一统的象征。秦始皇还在骊山预建陵寝，墓室中以水银为百川、江河、大海，机相灌输，上具天文，下具地理。他采取这些措施，和他采用皇帝的名号一样，是要表示他在人间的权力与上帝在天上的权力相当，从而向臣民灌输皇权神秘的观念。皇权神秘观念，是专制主义中央集权制度的思想基础。
至此，一个疆域空前辽阔，以华夏族为主体的、统一的多民族的强大帝国崛起于世界的东方。
嗣君未立，祸起宫中
是流言诅咒，还是天意
秦始皇想让自己的王朝千秋万代，最简便的方法就是他自己长生不老。所以自从秦始皇登上帝位以来，就很宠信方士，让他们到处给自己寻找长生不老药。其中有一个叫卢生的前往蓬莱三岛去寻找，结果长生药没有找到，却找到了一块石碑，上面刻着四个大字“亡秦者胡”。
蓬莱岛一向被认为是神仙出没的地方，所以，虽然没找到长生药，但这石碑上的字想必就是神仙的意思，说的还是有关大秦王朝生死存亡的大事，秦始皇自然不敢怠慢。而且，神仙说得很明确，“亡秦者胡”，也就是说，秦朝会灭亡在这个“胡”上头。现在，问题的关键就是，这个“胡”究竟指的是什么？
如今六国已灭，全国一统。能在战场上与秦国军队为敌的，就只剩下北方的匈奴了。匈奴又被称为胡人。这个“胡”一定指的是匈奴。想到这里，秦始皇立即把大将军蒙恬宣上大殿，令他率领30万大军，即刻北上，征伐匈奴。骁勇善战的蒙恬大军一路征讨，收复了大片失地，把匈奴人赶得远远的。接着，秦始皇又修建了举世闻名的万里长城作为边境的屏障，阻挡匈奴南侵。做完这一切，秦始皇心中的一块大石头总算放下了，他觉得有了这样的双重保险，匈奴人一定不敢再侵犯边境了。“亡秦”的巨大威胁已经解除，日后大可以高枕无忧。
然而，就在公元前211年，一件奇怪的事发生在了东郡。据说有陨石坠于东郡，上面竟赫然刻着：“始皇帝死而地分”，消息传来，自然是朝野大震，秦始皇当即派御史私下查访，而始作俑者早已逃之夭夭，于是住在陨石陨落附近百姓统统被杀，陨石也被掷到火中烧毁。
一波未平，一波又起。这一年的秋天，又有人装神弄鬼，送给秦始皇一块玉璧，称：“今年祖龙死。”对于这无可逆转的自然规律，始皇帝也默然良久，才缓缓道：“山鬼也不过只洞晓一年的事情。”然而，当秦始皇把玉璧交由御府官保管时，忽然惊异地发现，这块玉璧竟然是他八年前乘船渡江，为祭奠水神而投入江中的那块，他不由得慌了神。
屏退左右后，秦始皇陷入了沉思，他默默地念叨着：“祖为人之先，龙为人之君。”这块玉璧是他的，莫非祖龙指的就是自己？忽然，一股寒气从他的脚底一直冲上头顶。难道这并非是什么流言和诅咒，而是上天的预示，骊山的大墓正一天天地拔地而起，那么雄伟，那么辉煌，那么壮观，难道自己真的就要和那些陶制的千军万马一起长眠地下了？想到这里，嬴政不由得打了个寒噤，一种死亡的恐惧向他袭来，他紧紧抓住龙袍的领口，大口大口地喘息着。
不，秦始皇不允许这样的事情发生，他立即宣来了太卜官为他求神祷告，推演龟甲，最终得出了“游徙吉”的解决办法，也就是说他只有远行才可避免此劫。
或许，这真的是天意？
巡行天下，命丧沙丘
秦始皇从他称帝的第二年起就开始了巡行天下，一直到去世的十年间，他曾五次巡行天下，足迹遍布大半个中国。这样做既可以观察各地风俗，考察民情，加强统治，还可以使天下万民都亲睹皇帝之威容，以此展示自己的权威，也顺便求仙访道。当然，秦始皇并不是个庸碌昏聩的皇帝，在巡游的时候他还没有停止治理国事，所以他的重臣，如左丞相李斯等都一路伴驾，跟随他左右。
公元前211年十月，年近50岁的秦始皇嬴政开始了他第五次的巡行天下，他让右丞相冯去疾留守咸阳，自己则带上左丞相李斯、中车府令（宦官）赵高以及他最疼爱的小儿子胡亥等人浩浩荡荡地从咸阳出发了。但他没有想到的是，这竟是自己生命中最后一次巡游了。
秦始皇一行人离开咸阳后，首先来到了云梦（今洪湖、洞庭湖一带），在九嶷山祭拜了五帝之一的虞舜。然后顺江东下登上庐山，过丹阳（今安徽当涂东北），在利用水路与运河至钱塘（今浙江杭州）时，秦始皇本打算从这里渡江至会稽（今浙江绍兴南），因为“水波恶”，而不得不西行，从狭中（今浙江富阳县附近）渡江，登会稽山，在这里祭拜了大禹，并在此刻石留念。下山后，经吴中（今江苏吴县）北上，从江乘（今江苏句容市北）渡江，一直沿着海边向北，希望能在海上遇到仙人或者求得仙药，但是一无所获。秦始皇一行人来到了琅琊，这已经是他第三次来到琅琊了。秦始皇之所以对琅琊情有独钟，这也与他追寻仙人的目的有关，因为传说中的仙人就住在东海蓬莱山上。这时，曾经为他求药访仙的方士徐福回来了，秦始皇便传问徐福是否求得仙药，这些年来，徐福借求仙药为名，每年从朝廷支取的费用已经不计其数，这无疑就是个巨大的骗局，仙药也自然是没有求得了。徐福怕皇帝治自己的罪，便又开始编瞎话，欺骗秦始皇说：“蓬莱仙岛上确实有仙药，只是海中有大鲛鱼作怪，兴风作浪，阻止海船行进，故终不得仙药。请陛下派神射手随我们一同出海，将其射杀，便可以登上仙岛，求得仙药了。”
