他给一些新的寺院主持开光仪式，并进行各类寺院和僧侣的大普查，他制定了财政制度，颁布了藏族自己的民族服装，他为整顿僧俗纪律巡视各地……罗桑嘉措自知将不久于人世，无奈还有许多未了的心愿，于是，罗桑嘉措把桑杰嘉措叫到床边，交代了三件事：
第一，布达拉宫还没有建成，要时时叮嘱工人，继续努力，把布达拉宫建好。
第二，就是蒙古人，也就是和硕特部，和硕特部一直在插手西藏的事务，要限制他们在西藏的权力，削弱蒙古人在西藏的势力。其实这件事儿罗桑嘉措也没少费心，可毕竟这不是朝夕之功，所以还得由接班人继续完成。
第三，当年罗桑嘉措转世而来的时候，受到了百般阻挠，差点儿坐不上这喇嘛的位子，现在，他的转世灵童也一定会遇到这样的情况，所以罗桑嘉措叮嘱桑杰嘉措，不要让小灵童过早和外人接触，孩子太小，容易被人控制，最好先把他培养长大成人，等到长大了，就不怕被人利用了。
这几件事都要桑杰嘉措帮忙完成，但是桑杰嘉措还太年轻，一旦蒙古人听到罗桑嘉措去世的消息，一定会蠢蠢欲动。所以罗桑嘉措叫桑杰嘉措隐匿自己去世的消息，秘不发丧，以自己的名义做事，这样 就会方便很多。等到将来转世灵童长大了，可以继承大业的时候再公布于众。
五世达赖喇嘛罗桑嘉措圆寂了，他留下来的话如皇帝的遗诏一样。
它的核心内容，就在于清除蒙古人在西藏的势力。而要清除蒙古政治势力，首先要找到五世达赖喇嘛的转世灵童，将他培养成一位佛学精湛，意志坚定的活佛。
年轻的桑杰嘉措承担了达赖的重托，就全身心地投入。也许是他明白五世达赖喇嘛打下这份基业的不易；也许是在与达赖的长谈中，坚定了决不让西藏政权旁落的决心；也许是为了感念五世达赖喇嘛的知遇之恩。既然接下了这副担子，就一定要挑起来。
桑杰嘉措对外宣称，五世达赖喇嘛身体不好，而且，他正在闭关修行，凡是政教要务，都由自己代理。其他人不明就里，还真信以为真了，因为喇嘛闭关修行是很正常的，时间长短也没有定数。暗地里，桑杰嘉措派出心腹，去寻找转世灵童。
那么，这位转世灵童，他在哪里呢？
寻访转世灵童是非常严格的，要经过辨别预兆、神谕启示、观巡圣湖、寻访灵童、辨认遗物这几大步骤。
辨别预兆，就是在活佛圆寂的时候会出现一些预兆，甚至会天生异象。因此，在寻访过程中，寻访者要向被寻访者的家属和周围的人们询问灵童出生前后所出现的各种预兆。自然，活佛圆寂之前会将一些内心所想的细节透露给随侍或者心腹。而在活佛圆寂之后，他们的身体会呈现某种姿势，这便是转生方向的暗示。这是一个很神秘又很神圣的启示，容不得别人有半点的怀疑和玷污。
神谕启示，说的就是神谕能预卜人间世事，因此在活佛圆寂之前都要请来最有威望的神谕前来占卜。而且要占卜好多次，其中乃穷神谕的占卜验证是最重要的。他会算出达赖喇嘛转世灵童所在的方位，而且还会描述灵童诞生地周边的具体特征。
观巡圣湖，是一个很神秘的仪式，在西藏，人们都很信仰圣湖，而且西藏也的确有很多圣湖。西藏山南地区加查县有一湖，名拉莫拉 错，被认为是神湖，通过虔诚的祈祷，湖中会显现一些景象，这些景象会显示出灵童出生的具体地方。至于怎么从圣湖中观察到转世灵童的情况，我们这些凡人不知道，可能只有那些佛法高深，洞悉一切的高僧或者占卜师才能看出来。不管怎么说，观巡圣湖也是寻找转世灵童最重要也是最神秘的线索之一。
寻访灵童，顾名思义，就是要出去寻找灵童，按照占卜的卦象和圣湖中显现的影像，找到转世灵童出世的地方。
辨认遗物，是最后的一个步骤，因为一般来说，活佛圆寂之时降生的孩子不止一个，被寻访到的灵童也不止一个。所以辨认遗物是非常重要的，也是必不可少的。灵童需要从真假遗物中辨认出前世活佛使用过的东西，比如手铃、小鼓、念珠等。但也会出现多个灵童通过考验的情形，鉴于这个，乾隆皇帝发明了一个法子，叫做金瓶掣签制度。
元代以后，教派首领或者大活佛，大都得到过中央的封号和印信，以后，请封、袭封便成为一种制度。那时候，能得到朝廷的册封是一件最光荣不过的事情。公元1792年，清乾隆五十七年的时候，为了排除寻找灵童时可能发生的弊端，完善灵童确认的程序，中央制定了金瓶掣签制度。
金瓶掣签规定，寻访或确定新的灵童时，首先由拉穆吹忠等四大护法降神，将已预选出的灵童的姓名、出生年月日，各写一签，贮于金瓶内，召集僧众连续祈祷七天，由驻藏大臣亲自监视。如吹忠等四大护法神所指的只有一名，亦须将一个有灵童名字的签牌和一个没有名字的签牌共同放进瓶内，假如抽去没有名字的签牌，还要另找灵童。
这是后话，在仓央嘉措出生的那个时候，灵童的确认程序还没有那么完善和复杂。也是因为如此，仓央嘉措才和前世活佛之间，有着一种无以名状的因缘。
一般杰出的人物出世，就会天降异象。汉族虽然也相信天降异象，但都当它是一种传奇；而藏人则深信天地之间有灵气，生死有轮回，他们敬畏每一根草木，路上的石头，风中的白鸽。
汉族关于天降异象的传奇，也有很多，即使不是很杰出的人物出世，也会有那样的传说，比如三国那个扶不起来的阿斗，当天晚上就有白鹤一只，飞来县衙屋上，高鸣四十余声，望西飞去。临分娩时，异香满室。而且甘夫人夜里梦到仰吞北斗，因而怀孕，所以生的孩子就叫做阿斗。阿斗不是个高人，他爸爸却了不起，那满屋的异香，是不是刘备所应该拥有的？
比如释迦牟尼，出生之时，脚踏莲花，向东南西北各行七步，一手指天，一手指地，作狮子吼，道：天上地下，唯我独尊。接着天地有六种吉祥之震动，还有天女散花之类的。
1683年，西藏门隅邬坚林寺附近的上空也出现了种种异象，传说门隅沃松的天空“七日同升，黄柱照耀，大地震撼三次，突然雷声隆隆降下花雨，枝绽花蕾，彩虹罩屋”。接着就出生了一个孩子，很多乡邻都说，这孩子一定不是个凡人。
据说那个孩子生下来就能开始说话，他说：
“我不是小人物，而是殊胜尊者。我是从拉萨布达拉宫来，所以要尽快回去了，久已把第巴和众多僧侣抛弃了，也应去朝见了。”
这下子可不得了了，众人都以为这家出生了一个神人，乡野之言的传递速度是很快的，而且在传递的过程中会升华加工。所以此事传到桑杰嘉措的耳朵里的时候已经面目全非，说是门隅那个地方出现了一个非常奇特的人，桑杰嘉措心中一惊，难道这就是我要找的转世灵童？
那么，门隅是个什么地方呢？
素有“藏南明珠”之称的门隅地处喜马拉雅山脉南麓，在历史上被视为神秘的地方，藏语称“白隅吉莫郡”，意为“隐藏的乐园”。作为世界第一大峡谷雅鲁藏布大峡谷出口的门隅地形狭窄、四季如春、江河纵横，聂门隅香河、章玛河、章囊河和绒囊河均流经她的怀抱，是藏南地区开发较早的富饶之地，更是藏族民众心中的一块圣地。
门隅的神秘，绝不仅仅是因了她的风光，而是因了她在西藏佛教中有着卓然不群的超脱地位。
相传，早在聂赤赞普时代（约公元前四世纪），门隅地区已有土着居民活动，与雅隆人有着密切的文化往来。聂赤赞普在前往雅隆地区时，曾经游览过“二十九地”。
《西藏王臣记》亦记载，在吐蕃建国之后，人们就把门隅人称为“黑门朱”。
“门巴族曾有三族”，即久居门隅地区的门巴嫡系、汉藏交界处之西夏以及工布等三族也。这些传说和史料记载，大致廓清了门巴族的族源：门巴族自古就是门隅土着群体和外部群体互相融合的后裔。
“此一雪域南方门隅地，自古逐渐形成之人类。”
在灿若星河的历史记忆里，这片秀美的山河丽川有幸成为佛教东传中土最早的途径之一。据考证，佛教最初由印度传入中土的途径经由两个方向，一是经过门隅北部的错那，一是经由西部的主隅（不丹的古称），由此便可一窥门隅在佛教东传过程中的重要性。
据藏文史籍《红史》记载，早在公元七世纪的松赞干布时代，吐蕃王朝的疆域就包括门隅地区。松赞干布在门隅派有官员主持政务，传说在他亲自绘制的状如仰卧罗刹女的吐蕃地形图中，就把门隅画作罗刹女的左手心，并在其上建有一座罗刹女庙。这座庙位于上门隅勒布四措之一的斯木措境内，名“斯木拉岗寺”，意为“罗刹女庙”，在后来每年举行的朝佛供神活动中，西藏地方政府都要派官员前往主持。
八世纪中后期，莲花生大师入藏，一路降妖伏魔，帮助赤松德赞修建了西藏第一座佛法僧三宝俱全的寺庙桑耶寺。在门巴族民间传说中，桑耶寺建成后，莲花生大师便沿河谷向南，翻越亚堆拉、雪香拉、俗坡达拉和波拉等大山南下门隅，至今在错那和上门隅勒布一带，还可以见到许多相传是当年莲花生大师传教时留下的遗迹。
门隅是藏区通往印度和不丹的主要通道，而不丹是古门隅的一部分，在那里也盛传莲花生传教和降妖伏魔的故事，尤其在不丹东部的布姆塘一带，留有诸多莲花生活动的圣迹。莲花生对门隅的影响力非常之巨，事实上，在门隅的佛堂庙宇中，供奉的主神均为莲花生大师。
莲花生后来还被宁玛派这一西藏最为古老的佛教派别奉为开山始祖，而宁玛派则是当地土着门巴族最为信奉的教派。
公元九世纪中前期，在佛教与西藏本土宗教苯教激烈的权力争斗中，吐蕃末代赞普朗达玛被推上历史的潮头。朗达玛上台后便焚经书，毁寺院，强令僧人改宗还俗，佛教在西藏腹心地区遭到毁灭性的打击。
此间，佛教僧人大批逃亡，一部分逃往西藏东部，一部分逃往南部门隅。吐蕃王朝崩溃后的二百多年间，西藏腹心地区已难觅佛教踪影，佛教仅在包括门隅在内的边地得以保存和继续传播。
随着封建农奴制在西藏的确立，西藏佛教进入了一个再度繁盛的时期，即所谓“后弘期”。萨迦派、宁玛派、噶举派、噶当派等佛教教派的出现，标志着具有西藏特色的藏传佛教的最终形成。藏传佛教的宁玛派、噶举派和在噶当派基础上改造而来的格鲁派都相继传入了门隅地区。
宁玛派是最早传入门隅的一个佛教教派。如果把莲花生作为宁玛派的开山祖师，那么早在吐蕃时代中期（公元八世纪）宁玛派就在门隅有所传播。然而，宁玛派作为一个佛教教派出现却是在后弘期。因此，宁玛派作为一个被认可的教派传入门隅的时间，目前所见资料一致认为是在公元十一世纪左右。其时，宁玛派活佛德尔顿·白玛宁巴从主隅布姆塘来到门隅的降喀（在达旺附近）传教，得到了当地头人的支持。其后，乌金桑布（白玛宁巴胞弟）也来到门隅，与当地土王楚卡尔娃之女多吉宗巴成婚。乌金桑布在降喀的索旺一带建了乌坚林、桑吉林和措吉林三座宁玛派寺庙，此地因此被称为“拉俄域松”，意为三神地。他还在原噶拉旺波土王宫所在地满扎岗为门巴信徒授以“马头金刚灌顶”，当地百姓纷纷接受教化，皈依佛法，地名也由满扎岗改为达旺。此后，乌金桑布在拉俄域松群众和白林施主的帮助下，在灌顶的地方建立了达旺寺。乌金桑布终其一生在门隅传教，最后逝世于乌坚林。他的后代一直在达旺一带传教和执掌宗教事务。
藏传佛教噶举派传入门隅当在十二世纪。噶举派支系众多，素有四大八小之分。据藏文历史文献《青史》载，1146年前后，噶玛噶举派僧人都松钦巴曾到门隅游历传教，他到过门隅的夏雾达郭地方，并作了门隅土王卡通的供奉上师。
对门隅影响较大的是噶举派帕竹噶举的主巴噶举支系。主巴噶举中的下主巴创始人为洛热巴旺秋尊追，他曾到主隅布姆塘地方建立了塔尔巴林寺，传播噶举派教法。主巴噶举派势力一直很强，在主隅占有重要地位。公元十七世纪初，阿旺南杰从西藏来到主隅，整合了互不统属的噶举派力量，形成了“南主巴”新的支系，并掌握了不丹的政教权力。主隅属古门隅的一部分，主隅的噶举派势力必然对门巴族的宗教信仰产生一定的影响。
藏传佛教格鲁派是最后兴起的一个教派，创始于十五世纪初叶，到十六世纪中期便形成一个势力强大的宗教集团。十七世纪中叶，更成为西藏社会占统治地位的政教势力。当时五世达赖喇嘛派门巴族喇嘛梅惹·洛珠嘉措到门隅传教，1680年，梅惹喇嘛将宁玛派寺庙达旺寺改属格鲁派，并对寺庙进行了扩建，名为甘丹朗杰拉孜寺，成为格鲁派在门隅地区最大也是最重要的寺院。
在历史传说中，门巴族人身上披着一层神秘恐怖的外衣，因为在这个部落中存在着一个非常古怪的传统，就是给别人下毒。
