日本人在搜索陈崇智行李时，找到一只白钢黑表面夜光防水手表，这一种白钢黑表面夜光防水手表，是英国联军发给工作人员戴用的。李汉光被捕后，日军从他身上搜到过同类手表。因此宪兵队领队看到此手表，即确定陈崇智与李汉光是一伙的了，陈崇智亦百口莫辩。日本人以此证物为由，拘捕陈崇智上车，载到宪兵队审问。
莫清这边得到东亚饭店的伙计亚成消息后，立即赶往林谋盛处报告陈崇智被抓的经过情况。
林谋盛此时所住的华林路洋房坐落于怡保郊外的林荫道中，周围的风景十分宜人。这一带原来都是一些大矿主大商人的别墅，日本人后来为了稳定经济，对这一带高级住宅区也不予干扰，尽量保持原来安全平静的环境。林谋盛住在楼上，吴在新如在怡保的话有时会过来住在楼下。为了安全的原因，林谋盛几乎不在这里会见客人。他下山一个月来，发现山下的情况远比他原来所想象的复杂和危险。他这回在登陆之前并没有思想准备，因为原来是安排他的副手庄惠泉登陆的。当时他给了即将登陆的庄惠泉一句话：留在山区工作，切勿贸然进入市区！而当后来他决定自己登陆时，庄惠泉反将他所说的“留在山中勿到市区”一言赠送给他。林谋盛其实知道山下的活动危险性极大，只是因为形式所迫，让他心焦如焚，才会采取亲自下山这一策略。然而，危险这么快就来临了，还是让他意料不到。
林谋盛根据莫清所提供陈崇智被抓的消息，结合莫清所知道的建益商栈和东亚饭店被包围搜查的情况，觉得日本人可能已经掌握了以建益商栈为中心的联军谍报人员网络线索，正在搜捕所有和建益商栈有关的商行或个人。情况非常严重，山下的间谍网络正受到摧毁性的攻击。因此，所有市区工作的人员需要马上撤退到山里去。
林谋盛首先让莫清去邮局发一份电报给远在新加坡的吴在新，用暗语警告他有危险要发生了，要他马上撤退！另外电活通知在打巴开店的余天送，让他明天(27日)在店内等候，一同撤退到米罗山上的总部营地去。
27日一早，莫清驾着那辆带夹层的黑色奥斯汀轿车，载着林谋盛自怡保向南出发。他们计划途经打巴镇时，可以到余天送的商店带他一同逃到米罗山区总部营地。莫清与林谋盛两人的汽车离开怡保向南开去不久，就到了一个叫务边的地方的三岔路口。这里有日军架设的临时检查站。由于宪兵队正在追捕逃窜的李汉光，对从怡保到米罗山方向的人和车检查得特别严格，而且所有公路相隔几公里就会有检查站。宪兵检查路人方式也和平时不同，会注意到被检查人的用品细节，还会仔细盘问。日本宪兵拦下了林谋盛的汽车，他们看到了林谋盛穿着十分考究的西服，带着贵重的手表，觉得他一定是个人物，所以开始的时候对他的盘问非常礼貌。但是用不了几句话，林谋盛身份的疑点就暴露了。日本人立即扣押了林谋盛和莫清两人，押回怡保总部审问。
余天送27日在打巴的杂货店里等候一天，未见林谋盛来会合，知道一定有危险的事情发生了。他在第二天一早带着一篮子的食杂礼物佯装要去探访亲友，准备撤退到山里去。但他刚走出店门不久，即被守候的日本暗探围捕，带到宪兵队里去审问。
关于林谋盛亲自下山指挥地下工作才一个月时间即被日本人抓获一事实在令人惋惜。从这件事的结果来看，重庆方面人员的市区地下工作网络表面上看起来华丽其实是很脆弱的。以当时的局势和林谋盛的身份和所负重任来看，他选择走务边镇的三岔路实在是过于冒险了。他应该知道在陈崇智被捕，建益商栈被查之后，日军一定会在路上严加查询的。事实上那天在前面的路上还有波赖、美棚、打巴、金宝等四个宪警检查点，林谋盛的车子根本是无法蒙混过去的。设想一下，如果那天林谋盛莫清和马共游击队取得联系，不坐汽车出逃，而是化装成平民走丛林的路线，是不是能安全到达米罗山呢？然而当时的情况是突然发生的，林谋盛所依靠的吴在新又不在怡保，他可能是不得已才选择了这么一条错误的出逃路线。还有一点应该注意到，林谋盛其实不是一个职业的军人，更不是一个高级的间谍。他只是一个读书人出身的实业家，从小到大过的是优厚丰足的城市生活。是日本人侵略中国及至侵略马来亚的战争才使得他走上了这样一条他所不熟悉的谍战之路。他之所以让后人永远铭记，不是因为他的间谍技巧，而只是他的民族精神和无畏的勇气。
吴在新是在3月21日离开怡保前往新加坡的。他很快见到了几个林谋盛以前的好友，筹到了一笔可观的款项。林谋盛事先告诉不要透露他已在马来亚的消息，也不要去打听他留在新加坡的妻子珠娘以及七个子女的消息。然而吴在新不经意间还是获得了一些林谋盛家人的消息。珠娘起先带着七个孩子住在市区PalmGroveAvenue，为了躲避炮火转移到了直落亚逸的工厂区，因为珠娘有个外甥在那里工作，腾出一间职工宿舍给她一家居住。后来她又带着孩子前往大海中的棋樟山居住，因日本人获得风声上岛来抓捕他们，又坐船偷偷搬回城里。后来的日子她变卖首饰，又靠着朋友的接济，一家人还算过着不受冻饿的日子。
吴在新本来准备在新加坡多住上几天，为下步行动筹足资金。然而在27日这天，他收到了林谋盛发来的电报，电报里暗示怡保和红土坎都出大事情了。由于是使用暗语，具体的情况无法详述。吴在新觉得问题严重，他得马上中止在新加坡的行程，赶回怡保去挽救局势。他判断这回地下网络很可能已被日本人侦破，日军一定会在各地的检查哨站查扣可疑分子。所以他马上撕毁了他一直所用的化名为“吴明才”的通行证件，怕这个名字已被日军列入查缉拘捕名单中。但是撕掉了通行证之后他马上又后悔了，因为失去了这张通行证明，他是无法坐火车回怡保的。苦思中他想到一个过去曾在怡保多次设盛宴款待过的日本官员中村嗣，这个人是昭南军政监部海事局局长，在当时的军政界有相当的信誉。他找到了中村嗣办公室，说自己在一个宴会中不小心把通行证件遗失了，请他帮忙再拿一张。中村嗣满口应承地说：“我给你写一张。只要有我的字条，火车站的宪兵就会放行的。”但是他提起笔来好久写不下字，良久才略显愧疚地坦陈自己不记得他的名字了。吴在新觉得这真是天助，再妙也不过了，赶紧随口起了个假名字让他写下来。他拿着中村嗣的特别通行证，顺利通过了当天宪兵警察暗探密布的火车站检查点，登上了向北的火车。而那个给他开出特别通行证的中村嗣后来则被宪兵队扣留审查了一个星期。
吴在新在回怡保之前，乘火车先到了吉隆坡，准备到几个有商务往来的商号去探听怡保建益商栈的情况。他经查问得悉在建益商栈被查封外，怡保总经理郑菊农和红土坎建益分栈陈天送(陈崇智的化名)均已被日本人抓捕。吉隆坡的商号友人问吴在新为何建益商栈会到此地步？吴在新为了不使他们知道建益商栈的秘密，发觉他的破绽，找了个原因解释说：可能是因为经办泰国米进口，用马来亚的汽车轮胎和红铜线去交换而触犯日本人的禁令而惹下麻烦吧。吴在新的解释得到了吉隆坡商人们的理解。因为那时从泰国进口大米，如果用车胎和红铜线去交换，可以获得丰厚的利润，而车胎和铜线则是日本人严格禁止出口的战争物资。建益商栈做了这样的生意被日本人查封则不奇怪。吉隆坡的商号友人建议吴在新慢慢地用钱来打通关节，日本人也是见钱眼开的。
吴在新因此不敢返回怡保，先在吉隆坡停留下来，观察事态发展再做打算。3月31日下午，他坐车前往思士巷恒美商号去赴约，他下车付钱给司机的时候，发现了思士巷的首尾两头和恒美商号的对面出现了很多宪兵暗探。日本人见吴在新出现后立即冲出来抓人。吴在新看到情况不妙，就立即反身逃跑，可他不熟悉地形而跑进死巷里，无法脱身。吴在新这批登陆的人员原先每人都带有一片剧毒的药片，一旦被日本人俘虏就咬碎药片即可死去而免遭日本人可怕的毒刑煎熬。这次他怕路上日本人会检查所以没有带上毒药，却遇上了最糟糕的局面。吴在新决定不做俘虏，于是对着石墙猛撞脑袋，直撞了六七下，然后血流如注，昏迷过去。日本人赶到后，立即将他送往医院抢救。
吴在新苏醒过来时，发现自己躺在医院洁白的病房里，手脚上了镣铐，边上有日本宪兵守护。看护的护士对他说他已经昏迷了七天了。他撞墙过猛造成了颅内出血，日本人让吉隆坡最好的脑外科医生给了做了开颅放血手术，以保持他的大脑完好不会消失记忆，因为他的大脑里有很多日本人需要的情报。手术中他失血很多需要输血，可是他的血型是一种十分罕见的RH型，血库里根本找不到。后来还是一个日本士兵的血型和他配对，抽了他很多血才救了吴在新的命。吴在新随后被送到日本军事医院医治，一个月后他基本康复，日本人将他带到华都牙也监狱关押。吴在新到监狱后，才知市区工作的同志林谋盛、陈崇智、余天送、莫清等人都被日本昭南宪兵队抓进来了，只有李汉光和龙朝英两人幸免于难。重庆方面特工人员花费近十个月建立的城市工作网络就这样被日本昭南宪兵队彻底摧毁了。
在这段时间的大搜捕中被捕的还有外围人员郑菊农、李淑叶。李淑叶被抓去后，李淑叶妻子已有身孕，因饱受惊骇，而酿成一尸两命的惨剧。郑菊农被抓审问时，因所知不多，审问者认为他不合作，重刑加身。战后他的后背上仍布满了日军用烧红铁条烫伤的疤痕。蔡群英帆船的两位船夫被日本人抓去带到海上搜寻联军潜艇之后，陈崇月因畏惧获刑而上吊自杀，另一位船夫陈昌蕃则成功逃脱，后投入马来亚人民抗日军第五独立队，成为了抗日战士。
有关林谋盛吴在新等人被日本人抓捕后在狱中的详细情况所留下的资料很少。除林谋盛死在狱中之外，其他被捕人员都坚持到了日本人投降而生还出狱。然而他们在后来几十年里所写的回忆资料里，对被捕后的这段苦难都是几句话带过，而对于被捕前的事情则会描绘得栩栩如生。这个现象的一种解释就是日本人所采用的酷刑在他们的精神中留下了永久的创伤，以致他们不愿去面对记忆里那种极端的恐怖和厌恶。然而尽管如此，我们还是可以从一些个人回忆片段去寻找林谋盛入狱后的一些情况。郑菊农在晚年时回忆说，最初他和林谋盛都是关在日本宪兵怡保中央警署，但对林谋盛的审问和施刑则是在另一条街上的日本宪兵部。郑菊农说那些天他几乎每天早上都看到林谋盛被日本宪兵带出去，中午时分才看到他被带回来。每次的模样都是刚经受过毒刑折磨，形容可怖。他们见面的时候不能说话，但郑菊农从林谋盛紧咬牙关的脸部表情和眼神能看出来他的示意：要坚强！吴在新在1946年的一篇文章里说到，当他在华都牙也监狱和林谋盛相见时，林谋盛说：“我们能为国家民族而光荣牺牲，实在是很大的光荣！”那个时候日本人是把被抓获的重庆人员分开监禁的，其中余天送的监舍和林谋盛的比较近，虽然相互看不到，可乘着狱卒不在时可以说话通一下气。在被捕的4个重庆分子之中，林谋盛的年纪比他们大了十来岁，因他的重要身份而受到的刑罚也更重，因此他的身体很快撑不住了。在被捕两个月后的六月初，华都牙也监狱发生了痢疾传染病，很快蔓延开来。林谋盛在得了痢疾症之后就起不来了。余天送看到了好几次送饭的人送给林谋盛的饭食没有动过又收了回来。余天送大声叫着林谋盛，开始的时候他还会用尽力气嘶喊着通一下声气，到后来就一点反应都没有了。华都牙也监狱的附属医院一位名叫姆尼安地的马来族老职工后来介绍：他的父亲当年就是华都牙也监狱医院的职工，多次见到过林谋盛。林谋盛在被疟疾病折磨得快死的时候，日本人要他说出联军的机密情报而换取对他的疾病医疗，但林谋盛不予理会，以致死在监牢里面。事实上，林谋盛在死去之前给妻子写过一封诀别书。这封书信在日本人投降之后的1945年由英国军方交给了林谋盛的夫人珠娘。在这封信里开头部分，他叙述如何在英国情报部门和重庆政府的指引下参加了渗透马来亚的行动。“我深切了解这项工作的危险性，但是，既然我已经开始做了，那就得义无反顾坚持到胜利了。”他这样写道：“每天都有成千上万的人为中华民族捐躯，因此，无论为公为私，皆不容我向后看。将养育孩子的整副担子交给你，我心里感到痛苦。但是我深深相信你会不负所托。”林谋盛的诀别语是：“别为我悲伤，相反地，你应该以我的牺牲为荣，并好好将孩子抚养成人。要告诉孩子们我的遭遇，并指引他们沿着我的足迹走。我不能活着得偿所愿，多遗憾！但是我不怀疑，你将竭尽所能为他们谋求幸福。”
林谋盛于1944年6月29日死去，他的尸体被草席包裹着埋在监狱和医院之间的坟场里。一年多之后抗战胜利，蒋介石追授林谋盛以陆军少将军衔。人们重新从坟场发掘华都牙也监狱遇难的犯人遗骸，林谋盛家人凭着他两腿弯曲的特征在众多的尸骨中把他辨认出来。新加坡政府在海滨公园伊丽莎白皇后径为他建立了一座林谋盛和平纪念碑，成为人们景仰及旅游的地点。
