而与之相反的是，清廷对左宗棠此次远征陕甘却寄予了很大的希望。陕甘回民起义爆发之后，清廷原先想让满人自己来镇压，但是屡次作战都极不顺利。接着又命湘军将领刘蓉、杨岳斌等人率部入陕，但仍然没有控制住回民起义的燎原之势。1866年冬，随着西捻军入陕，陕甘的形势进一步恶化，清廷在无可奈何之下，决定调派左宗棠出马，希望他能迅速扭转陕甘的战局。为此，清廷两下谕旨，督促他火速带兵入陕。
第一道谕旨御赐了左宗棠一个正式的头衔——进士，并授左宗棠为钦差大臣；第二道圣旨是“六百里加紧”送到的。
清代颁发廷谕按公文的急迫性质分为三个等级，一是“马上飞递”，要求驿卒日行三百里；一是“紧急”，要求日行四五百里；而“六百里加紧”则要求日行六百里以上，连人带马日以继夜地快递。
清廷的谕旨中写道：
陕西捻情益急，西捻由许州西上，已绕过潼关、商州，越过秦岭，扑向华阴。陇州、郧（yún）州之刘蓉军堵截不利，在华州被捻军击败，伤亡达七百余人。兹着左宗棠即赴陕甘，暂毋庸来京。
捻军是太平天国时期由捻党转化而来的活跃于安徽、河南和山东西南部及江苏北部一带的农民起义军。咸丰三年（1853年），太平军北伐路过安徽、河南，捻党纷纷响应，捻军起义由此兴起。咸丰五年（1855年），各路捻军首领齐集于安徽蒙城雉河集，推举张乐行（又作张洛行）为盟主，建立黄、白、红、黑、蓝五旗军制，规定“各旗统将皆听盟主调遣”。咸丰七年（1857年），张乐行被太平天国封为“征北主将”，后又加封“沃王”，捻军接受太平天国的领导。同治二年（1863年），清军僧格林沁部进攻雉河集，捻军战败，张乐行被俘遇害，雉河集根据地失守，只有任化邦、张宗禹等人率领余部突出清军的重围，活动于河南、湖北和陕西地区。突围出来的捻军首领张宗禹、任化邦与太平军余部的遵王赖文光开始联合作战，采用流动战术，易步为骑，迅速成为一支拥有十万余众的武装力量，并且屡次大败清军。
1866年10月23日，捻军在河南分为东、西两支：赖文光、任化邦率领东捻军在鄂、豫、皖、鲁之间转战；张宗禹、张禹爵率领西捻军，进入甘、陕，联合回民起义军，极大地震撼了西北大地。
调兵遣将剿西捻
在前面的章节中，我们已经提到，由于杨岳斌对镇压陕甘回民起义束手无策，清廷不得不另调闽浙总督左宗棠接任陕甘总督。左宗棠从福州取道江西到达汉口，随即进行各项准备工作。1867年2月，清廷又授左宗棠为钦差大臣，催其迅速北上，督办陕甘军务，受令负责进剿西捻，镇压回民起义。
同治六年正月初十日（1867年2月14日），左宗棠于湖北黄州（今黄冈市）向清廷上奏陈述了他的用兵方略：
方今所患者，捻匪、回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。……兰州虽是省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守。驻重兵，则由东分剿各路之兵又以分见单，不克挟全力与俱，一气扫荡。将来臣军入甘，应先分两大支，由东路廓清各路，分别剿抚，俟大局勘定，然后入驻省城，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后饷道常通，师行无梗，得以壹意进剿，可免牵制之虞。……已复之地，不令再被贼扰。当进战时，即预收善后之效。民志克定，兵力常盈。事前计之虽似迟延，事后观之翻为妥速。
于是，左宗棠把对清朝统治威胁最大的捻军视为首先拔除的目标，而其后在“进剿”陕甘回民起义的过程中，也基本上是按照这个战略构想进行的。
左宗棠深知到西北边远地区行军作战，粮饷难筹难运。仗怎么打，战略怎么定，左宗棠心中还没有策划好。左宗棠带着3000人马乘船从福州马尾港一路北上，一路上都反复思考着这几个决定全局的大问题。船队一到汉口，他便特地从湖北监利召来了旧日的同僚好友王柏心。
左宗棠之所以一定要把王柏心请来当“高参”，是因为左宗棠曾与他在湖北张亮基幕府共事，深知他工于心计，足智多谋。而且，王柏心曾做过林则徐和罗文俊的幕客，熟悉陕甘的情况。
经过讨论、分析，他们定下了平乱的基本打法：“先秦后陇”、“先捻后回”，分割西捻军与回民军的联合，次第解决。
左宗棠为了解决粮饷问题，提出兵屯之举。兵屯，意味着仗不好打。
一进兵，一打仗，就要耗尽地方钱粮。如果是旷日持久的战争，地方的力量无论如何是接济不上的。如果靠朝廷，西北边陲路途遥远，一时也难以为继。
如果断了粮道，那就前功尽弃。左宗棠决定取屯兵渐进之策。将各路军营中筛汰出来的老弱残之兵勇留下屯田垦荒，攻克一处，屯田一方，留下的兵勇虽少一些，但军粮可省，兵精将勇，后方稳妥，实为久远之计。
至此，左宗棠定下战争方略，遂上书朝廷，请求皇上宽以岁月，取屯兵渐进的打法。左宗棠立下军令状：“臣频年转战东南，于西北兵事未曾经历。……伏恳皇上假以方便，宽以五年，责臣以西陲讨贼之效，不效则治臣以罪，以明军令。”
兵马未动，粮草先行。左宗棠派人员采购良马，又派官僚买办胡雪岩打通上海海关，从英国汇丰银行借支白银120万两充做军饷，同时，急电催促各巡抚衙门运往西北的饷粮赶紧上路。
1867年6月18日，左宗棠抵达陕西潼关，驻营西关外。此时，陕西境内活跃着捻军和“乘捻逆之乱，络绎回陕”的陕西回军，以及被视为土匪的董福祥等武装势力。左宗棠主张“务将捻逆尽之秦中，免致流毒他方，又成不了之局。捻逆既平，则办理回逆余逆，亦易为力矣”。他的用兵之道，基于如下分析：“陕省全局之患，在捻与回。以贼势论，回狡而捻悍，回散而捻聚。以贼情论，回之通捻，图借捻以抗拒官军，遂其剽掠；捻之通回，图借回以牵制官军，便其纵横。盖回逆意在乱秦，捻逆意在窜豫，彼此各有所图，两不相喻。盗贼群居，无终日之计，故旋合而旋离也。官军之讨贼也，宜先捻而后回。盖捻强于回，捻平则回益震，一也；捻在秦不过秦之患，窜豫则中原之患，两害相权，在秦为轻，又一也。”因此，左宗棠在陕西尽管受到捻军、陕西回军、董福祥等武装的夹击，但始终以“剿捻”为首要任务，他亲自驻扎在邻近河南的潼关，目的是防止捻军攻入河南以威胁中原。
西捻军在受到左宗棠和刘典分别由陕东与陕南的夹击后，被迫于九月初向陕北进军，转入北山，试图打开进入山西的通道。左宗棠急忙重新部署兵力，力图阻止捻军进入山西。十月，清廷在给左宗棠的寄谕中称：“晋省为畿辅屏翰，左宗棠当如何力筹兼顾？陕西兵力不为不厚，总当就地歼除，不可以驱贼出境即为了事。倘任贼东渡，阑入晋疆，唯左宗棠是问。”左宗棠也试图把捻军剿杀于秦境，但他又深知剿灭捻军良非易事。还在其入陕之初，便认为“剿捻之难，甚于发逆（按指太平军）”。因此，他到潼关后，“凡所布置，均为就地歼贼起见”，对捻军“大举围逼，期歼贼于渭、洛之间”。他设防于陕豫、陕鄂交界处，防范捻军向豫、楚“奔逸”，却不料捻军向北突围，且“北山荒瘠殊常，官军追剿，皆以无粮不能急进”，加上陕西回军的牵制，使左宗棠对捻军的作战并不得力。十月下旬，捻军接连攻占陕北的延川、绥德二城。左宗棠调派与捻军作战的军队仅有刘松山所部10000人，郭宝昌3000人，刘厚基3000人，而高连升和刘典各所部5000人只能去应付陕西回军。“捻自南而北，千有余里；回自西而东，亦千有余里”，左宗棠感到心有余而力不足。
同治六年十一月二十二日（1867年12月18日），西捻军由宜川强渡黄河，从陕西进入山西。左宗棠非常惊慌，急派刘松山、郭宝昌入晋追剿，自己也随后拔队入晋。西捻军从山西经河南入直隶，于同治七年正月十二日（1868年2月6日）逼近卢沟桥，清廷大为震惊。清廷鉴于西捻军进入直隶的状况，“降旨”先行将剿办捻军的钦差大臣李鸿章随后并将署直隶总督官文和左宗棠“交部严加议处”，以让他们戴罪立功。清廷指令“左宗棠前赴保定以北，妥为督剿，以赎前愆（qiān），毋再延误”。左宗棠率部5000人尾随追击至保定后，把军队分成近防、进剿和防剿三大部分，前者驻固安、涿州，拱卫北京；二者驻保定、河间、天津，屏障北京；三者是随进随剿，三管齐下，围追堵截。朝廷采纳了左宗棠的打法，命左宗棠总统河北、山西境内各军防堵，与总统山东各军的李鸿章相配合。
张宗禹率西捻军由陕冲入晋、豫、直三省，原是应东捻军赖文光之求救以解东捻军在运河被困之势。但当西捻军仅到达晋、豫之际，东捻军已于同治六年十二月十一日（1868年1月5日）的扬州之战中被李鸿章部淮军全歼，赖文光被俘后就义于扬州。张宗禹不知此情，一意率西捻军北进，固然逼近京畿，但也陷入清军的重围。
左宗棠在直隶不仅亲自率军“追贼”，而且明定斩捻军的“首级赏格”，并对生擒、阵斩张宗禹等人“从优悬立赏格”，“以作士气而速戎机”。这一手段是非常拙劣的。西捻军在清军的追剿下，被迫撤出直隶，于同治七年二月三十日（1868年3月23日）夜，渡过漳河进入河南。三月初，左宗棠旋督军追至河南彰德（今安阳市）。西捻军又从河南进入山东西部并转入直隶静海。四月初四日（4月26日），左宗棠赶至山东德州。五月初，捻军在直隶作战失利，转入山东海丰（今无棣县）、宁津、陵县、临邑、济阳后，又从陵县转向西南进入德州。六月中下旬，张宗禹率西捻军试图从德州高家渡抢渡运河，结果为清军击退，被迫退至德平、平原等地。
1868年8月，西捻军在冀鲁边界沿海狭小地区内被封锁围困，终至全军覆没。清廷加左宗棠太子太保衔，再次令他回陕专力进攻回民军。左宗棠于1868年10月从西安出发，分路进剿起义的回民武装。
回民起义军的基本群众是遭受重重封建剥削的贫苦的回民百姓，但其领导者则是回族中的上层剥削分子，如马化龙是个地主，又是宗教领袖，马文禄是清朝的军官，而且是各自分股活动。左宗棠于是采取了先抚后杀、各个击破的策略。
1869年4月，左宗棠攻陷陕西回民军根据地。6月进驻泾川，发兵攻打马化龙部根据地金积堡，久战不胜。第二年，左宗棠令楚军决秦渠水灌淹金积堡，马化龙投降。1871年8月，左宗棠移驻静宁，分兵三路进攻马占鳌部回民根据地临夏。第二年春，马占鳌投降。1872年8月，左宗棠移驻兰州，分兵攻取西宁。1873年春，他增兵围攻马文禄部回民军根据地酒泉，屡遭挫败，炮轰、挖地道、爬濠均不奏效。后因回民军粮尽，马文禄开城投降。至1873年，左宗棠已经把陕甘的回民起义大体镇压下去了，为进军新疆打开了至关重要的通道。
