（4）意识的三层次说。根据我们对内丹学的研究，发现人的意识的器官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等，中国古医家认为心主神明，肝出谋虑，胆主决断，肾出伎巧等是有根据的。这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精、气、神也是一个系统，是可以相互影响，互相转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力、光三种效应相互对应，它们都是生命运动的存在形式，其中最要害的是神。人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动决非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑顺叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显不其重要的调节作用。我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识旧常的认知、思维活动、潜意识（隐藏在心理深层的欲望）和元意识（遗传的本能意识）。
常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为”一识神“，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。内丹功夫中识神的活动分为正念和邪念（即不利入静的杂念和游思、妄念等），内丹家要排除邪念，凝聚正念（意守丹田、归根复命之念），集中人的意念力透入深层意识之中，增强常意识的可控度，使之以意念力的形式得到凝炼和升迁片潜意识是一种非理性的意识层次，包括人们平常不易觉察的童年记忆（特别是心理未成熟时期的刺激）和隐藏的各种人生欲望、性欲、心理创伤等印痕。日常生活中的重大刺激往往会透过表层常意识在潜意识中留下痕迹。这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神病等心理状态中破译出潜意识的原形，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、各种魔境、幻觉等都是潜意识作怪内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来键入的各种印痕，并通过一定方式（如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等）将炼丹的程序编码输入潜意识之中。这种潜意识中的炼丹程序编码就是”真意“，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的”黄婆“。
潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为”阴神“。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的人体潜能。人类心理的最深层次是”元意识“，在内丹学中称作”元神“。内丹修炼到元意识显现时，呈一种极端清醒却毫无思维的心理状态，这说明元意识是比潜意识更深一个层次的意识，相当于佛教唯识学指的阿赖耶识，丹家亦称为宇宙和人体发生之初的”一点灵明“，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫长的生物进化中遗传在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真止的”自我“，因之丹家称为”主人公“元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为”阳神“。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的巨大神通。丹家将人的躯体称作”色身“，将阳神称作”法身“，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目标，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。它只有在自然科学能够充分地解释人的大脑神经的奥秘时，才可能在实证的层面上获得突破性进展。
（5）取坎填离术。内丹学认为后天的坎、离二卦是由先天的乾、坤二卦中间的阴、阳两爻互换位置造成的。《渔庄录》云：”先天八卦，乾南坤北。因男女交媾之后，乾体破而为离，坤体实而为坎。故后天八卦，谓离南坎北，盖以离代乾，坎代坤也。“内丹学要从后天返回先天，变离为乾，变坎为坤，因之丹功修炼要求将坎卦中的阳爻再抽回来，填入离卦中阴爻的位置上，使之回复到先天乾卦的纯阳之体，内丹家称之为”取坎填离“。离、坎二卦在阴阳双修丹法中是男女的代号，意思是以男子离器中的真阴（又称真汞、砂中汞、龙从火里出）摄取女子坎户中的真阳（又称真铅、水中金、虎向水中生），从而阴阳交媾而成丹。清净孤修丹法，又以离、坎二卦为心、肾的代号，或以离喻心神，坎喻元炁、真精。这样，取坎填离术在小周天中指心液下降、肾炁上升，又称还精补脑；在大周天中指消阴炼阳、炁定神纯，又称抽铅添汞，《悟真篇》讲”取将坎位中心实，点化离宫腹内阴。从此变成乾健体，变化飞跃总山心“，将取坎填离术看作内丹学的基本功夫。丹家称”取坎填离“、”抽铅添汞“、”还精补脑“、”心肾相交“等，用现代的语言说，实际上就是从自我调节人的性激素及内分泌入手，通过增强人的性功能来恢复大脑的青春活力。再确切点说，就是从调整人的内分泌入手改善整个神经系统的状况，协调人体性腺和丘脑的负反馈机制，由生理的和谐推进心理和谐及人体潜能的开发。道教医学本来就有补肾可以健脑的思想，内丹学则更突出了肾（中医的肾包括整个内分泌系统、生殖系统的功能、称作”先天之本“）和脑、包括神经系统及心理层次）的联系。内丹学初关仙术以精为基础，气为动力，神为主宰。人在高度入静的状态中，性腺、松果体、脑下垂体的内分泌相互激发，从而使全身在生理和心理上都达到一个和谐有序的新水平。这就是取坎填离的效果。
《参同契》云：”三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。“《悟真篇》云：”三五一都三个字，古今明者实然稀。“方壶外史·悟真篇小序》云：”三五与一，天地至精；龙从火出，虎向水生；二物欢会，俱归中宫；三家相见，怀胎结婴。“这些话被称为丹家之秘。实际上，水金和木汞通过真意（土）化合成丹，也是取坎填离的意思。心肝脾肺肾五气朝元，精炁神三华聚顶，都不外是摄取先天一炁与元神凝炼成丹而已。
（6）黑、赤、黄三道关窍说。丹家认定人身真气运行的经脉主要有三条，一称赤道，即脉；一称黑道，即督脉；一称黄道，为中脉。《泄天机》载闵小良曰：”丹家理气，原有二道，曰赤，曰黑，曰黄。赤乃任脉，道在前，心气所由之路。心色赤，故曰赤道，而赤性炎上，法必制之使降，则心凉而肾暖。黑乃督脉，道在后，肾气所由之路。肾色黑，故曰黑道，而黑性润下，法必制之使升，则髓运而神安。原斯二道，精气所由出，人物类以生存者，法故标曰‘人道’，丹家、医家详述如此。黄乃黄中，道介赤黑中缝，位在脊前心后，而德统二气，为阖辟中主，境则极虚而寂，故所经驻，只容先天。凡夫仙胎之结之圆皆在斯境，虽有三田之别，实乃一贯，法故标曰仙道。“赤、黑二道丹家称为人道，兼容先、后天之精气运行，黑道有尾间、夹脊、玉枕三关，过三关才入泥丸宫；赤道有上田、中田、下田三窍，此外尚有天门（眉心）、重楼（气管）、绛宫、黄庭、生门（脐门）等要穴。黄道只容先天真精、元炁通过，称仙道，自虚危穴（一名阴NFDA5）透入，过中黄，直达顶骨（天灵盖、囟门）。阴NFDA5穴乃黄道之天关，关乎人之生死，故又称生死窍、复命关；真气归黄，必须纯为先天，否则清浊混杂，易生”闯黄“、”闹黄“之症。囟门盖骨乃人身生气所凝结，上应镇星（位于中天，乃五星之中，高出日月星辰之上），丹家称为”人镇“，其光华称”意珠“，可卫护婴儿（未成熟之阳神）。
（7）玄关一窍说。玄关一窍为丹家之秘，又有玄窍、玄扎、玄扎之门、虚无窟子、偃月炉、西南乡、戊己门、谷神、天地根等异名。丹家因师传不同，对玄关一窍理解不一，有无定位和有定位两种说法。然而揽诸丹经，我们可确定玄关一窍的特征：这一窍，不在身内，不在身外；亦在身内，亦在身外；无形物可觅，无方所可指。丹书谓：”此窍不着于幻身，亦不离乎幻身。不着于幻身者，非一切有形之物；不离乎幻身，非可于身外求也。“”着在身上即不是，离了此身向外寻求亦不是。泥于身则着于形，泥于外则着于物。“这一窍，全自虚无中米，自虚无中生，自混沌中求，自虚寂中得。丹家谓”先天一炁，自虚无中来“，欲一识玄关，须穷取生身受炁之初，寻找乾坤阖辟之祖，阴阳互抱之根。这一窍，功到机现，时至神知；机发则露，机息则隐；只可以无心得，不可以有心求。《唱道真言》云：”玄关者，万象咸寂，一念不成，忽而有感，感无不通，忽而有觉，觉无不照，此际是玄关也。“李道纯以一个”中“字为玄关，须丹家心领神会。玄关一窍无体有用，丹家身心静定，方寸湛然，虚极静笃，于真机妙应处，将动未动，未发忽发时，自然见得玄关。此窍一开，百窍俱开，全身八万四千毛孔，三百六十骨节，一齐爆开，百脉流畅，神炁冲动，先大药物随之化生，内丹仙术便可自然运行。
（8）内丹学三要件。药物、鼎炉、火候为内丹三大要件。《规中指南》说：”身中之药者，神、炁、精也。“丹家先炼后天精、气、神促生先天药物。精气初生时称”外药“，外药先生而后采。活子时到来初生元精又称”小药“、”真种子“，采入炉中生为”内药“，故内药采而后生，为先天精炁。经小周天炼化为”大药“，”大药“又称丹母。炼丹时意念为”火“，呼吸为”风“，火候指炼丹时意念及呼吸运用的程度。急运称武火，缓运称文火，停住吹嘘称沐浴。火候之妙在于真意的运用，用意紧则火燥，用意缓则水寒。丹家用十二消息卦表示十二时火候，有进阳火、退阴符之分，以卦又株两计算呼吸次数。内丹火候所用时辰是人身这个小天地里的时辰，实是药物在体内运行的部位、景象的代号。小周天功法小药生时阳物无念而自举为”活子时“，大周天功法大药生时有六根震动之景为”正子时“。阴阳派丹法采药时机为火候不传之秘，有”圣人传药不传火“之说。清净派丹法以神为火，以炁为药，神炁相抱，一任天然，则药物、火候俱在其中。鼎炉为丹家炼药的地方，药物起止之处为炉，升上之处为鼎。清净派丹法有大鼎炉与小鼎炉之分，炼精化炁用大鼎炉，鼎在泥丸宫，炉在下丹田；炼炁化神用小鼎炉，鼎在黄庭中宫，炉在下田炁穴。阴阳派丹法以女子为鼎器，又有所谓后天鼎、先天鼎、金鼎、玉鼎、水鼎之分。要之，阴阳丹法以少女为鼎器，以天癸为药物，以庚甲为火候；下乘丹法以身心为鼎炉，精气为药物，心肾为水火，年月日时行火候；中乘丹法以乾坤为鼎器，坎离为水火，乌兔为药物，一年寒暑为火候；上乘丹法以天地为鼎炉，日刀为水火，性情为龙虎，以心炼念为火候。还有最上一乘至真妙道，以太虚为鼎，太极为炉，清静为丹基，无为为丹母，性命为铅汞，定慧为水火，洗心涤虑为沐浴，中为玄关，见性为凝结，性命打成一片为丹成，打破虚空为了当。
实际上，内丹功法是仙学家数千年来同死亡作斗争积累下的知识。内月学的思想，或是从老树嫁接获得新生而创立出添油接命之术；或是从恒温动物（如熊）冬眠而创认出总停脉住的活死人功法；其他如龟息、蛇蜕皮、婴儿握固，无不成为仙道模拟的对象。《无根树词》云：”无根树，花正微，树老将枯接嫩枝。梅寄柳，桑接梨，人老原来有药医。自古神仙栽接法。传与修真作样儿。“这就明言同类阴阳丹法是模拟老树载接嫩枝的功夫。清修丹法以模拟动物冬眠为主，这也是明显的事实。古人对一些长寿动物龟、鹿、鹤等及常青植物松、柏的观察，都曾给追求长生的内丹家以启迪。内丹学的功法要诀，也始终未离开古仙合炁、行炁、采阴、辟谷、存思、胎息、入定的基本工夫。
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