与廖平提出的孔子“托古改制”及“改制救弊”说相比，康有为的孔子“托古改制” 的思想更具时代性和政治性。如果说，廖平的孔子“托古改制”说主要从历史上的今文经学的《春秋》“公羊学”出发，来阐述孔子“微言大义”的真谛是托古改制，较少联系现实政治，也少有论述西方近代资产阶级政治理论的话，那么，康有为则着眼于现实政治改革的需要，通过“古为今用”的手法，把孔子塑造为其“圣意”在“改制”的现代维新主义者，康有为这样做的目的在于证明自己的政治主张和变法思想是合乎古训、与圣人孔子的改制主张相符合的，如此可以减轻传统的压力，以保护自己的变法改制主张。不难看出，康有为的思想更具时代特色和现实政治意义，是通古经为现实政治服务的典型。而廖平则少有近代资产阶级民主意识和民权平等思想，只是一般的主张改文从质，学习西方，其学习西方主要是学习西方的经济、工程技术和管理方法，少有学习西政。虽然康有为的变法改制思想也有局限性，到后来他的思想渐趋保守，但康有为讲的孔子托古改制，是带一种政治革命、社会改造的意味。这也体现了与廖平思想的区别，尽管他曾汲取借鉴过廖平的《公羊》学思想，但廖平的思想主要不是讲政治革命、社会改造，而是依据“公羊学”的素王改制说，讲尊孔尊经，这与康有为借孔子改制说之名，行资产阶级维新变法之实的主张确有不同，这也是康有为之思想渊源颇出自井研廖平，其思想影响又远大于廖平的原因。蒙文通对廖平与康有为两人的关系作了一定的论述，认为双方存在着相互影响的关系。他说：
（廖平）及既与南海康有为见于广州，康氏遂本廖师之《今古学考》、《古学考》以作《新学伪经考》，本其《知圣篇》以作《孔子改制考》，康氏之学实以龚、魏为依归，而未穷廖师之柢蕴。梁启超谓康氏之学非自廖氏，而盛推龚、魏以及于南海，是为实录，知师固莫如弟子。惟《伪经》、《改制》两考，不能谓非受影响于廖师，特自有廖氏学，不得以康氏之言概廖氏学耳。廖师闻康氏以《左氏》、《周官》诸古经皆刘歆所伪作，信而用之，遂有《周礼删刘》，此当廖氏学之一变，是为康氏之学影响于廖氏。然刘歆胡能悉伪诸经，又胡为必悉伪诸经？
指出康有为于廖、康广州之会后，遂依据廖平所著《今古学考》和《古学考》以作《新学伪经考》，依据廖平所著《知圣篇》以作《孔子改制考》。《新学伪经考》和《孔子改制考》两书均为康有为的代表著作，通过两书，康有为宣传“托古改制”思想，为变法维新运动制造舆论。并把《公羊传》的“三世”之说与《礼运》的“大同”思想结合起来，作为变法维新的理论根据。这也表现出康有为受到了廖平思想的影响并加以发展。虽然这里说梁启超称康氏之学非自廖氏，而盛推龚、魏对康有为的影响。然梁启超也曾明确承认康有为受廖平影响这一事实。除肯定康有为受廖平思想的影响外，蒙文通也指出廖平也曾受到康有为思想的影响。这主要指廖平闻康有为以《左传》、《周官》等古文经典皆出自于刘歆作伪，而采纳其说，于是作为《周礼删刘》一文。其实廖平在其著作《辟刘篇》及由《辟刘篇》修订而成的《古学考》里，就已提出古文经学本于刘歆作伪这一思想，这是其经学第二变尊今抑古说的重要内容。后来这一思想通过《古学考》影响到康有为，于是康有为作《新学伪经考》。可见是廖平影响康有为在先，而不是康有为影响了廖平。由于蒙文通对古文经出自刘歆伪作这一师说并未认同，或将其说成是康有为的思想，而影响了其师廖平，以便于驳斥。他说：
今刘歆胡为而作伪，又胡能一人而悉伪群经！古文之起在先，古学之成在后，则先有伪书而后有伪学，本末倒置。刘歆实为作伪而作伪，又能一手作伪而掩尽天下之目，此皆事之不可能者。……有一家之学，然后有一家伪作之书，后则徒激辨伪之流，而不知求学派所据，则康氏流毒所被，又康氏所不及料也。故伪经之说，世之明者，自莫之信。廖师于此久而不自安，后由《大戴》、《管子》上证《周官》之非诬，则又易而为大统、小统之说，以今文为小统，孔子所以治中国方三千里之学也，以古文为大统，孔子所以理世界方三万里之学也。由《小戴》言小统，由《大戴》言大统，小统主《春秋》，大统主《尚书》、《周礼》，推而致之，文字孔作也，《诗》、《易》以治六合也，其道益以幽玅难知。既收《周礼》为孔书，则亦不废《左氏》，《公羊》之外，兼治丘明。故廖师之学，《春秋》其大宗，礼制其骨干，及学益宏远，世之讥笑亦因之。
蒙文通对刘歆作伪说提出疑问：为何刘歆要作伪，刘歆一人又如何能伪造群经？他认为，有了一家的学问，然后才有一家的伪作之书，说伪造的古文经在先，而古文学成于后，先有伪书而后有伪学，这是本末倒置。到后来，辨伪之风流行，而不知探求学派所依据的理据，致使康有为所言刘歆造伪经之说的流毒盛行，为康氏始料不及。然而对于刘歆造伪之说，明白的人，自然不信。蒙文通把批评刘歆造伪说的矛头主要指向了康有为，而不是始作俑者的廖平。并认为廖平对于刘歆造伪说，到后来一直不自安，作了某种修正，以证《周礼》之非诬。并提出大统小统说，认为孔子经说有小统、大统之分。今文经学所宗《王制》，不过是孔经的小统说，只讲中国治法，是孔子所以治中国方三千里之学；古文经学所祖的《周礼》，则是孔经的大统说，以治全球为本，是孔子所以理世界方三万里之学。又提出天学、人学说，认为孔经中有天、人两种制度，小统、大统都是对孔经人学的阐发，而孔经中还有高于人学的天学。“六经”中《春秋》、《周礼》、《尚书》为人学，《乐》、《诗》、《易》为天学。把曾被自己否定的伪书《周礼》作为大统人学的典籍，是孔书的一部分，并于《公羊》之外，亦兼治古文学的《左氏传》，表明廖平斥古文经典为伪书的立场已有变化。之后，廖平的思想又发生了若干变化，世之人也因此而讥笑他。
从蒙文通对清代今文经学的研究可以看出，他是以对《齐诗》“革命”说的认同，和对《公羊》学及“改制”说的否定，来作为他评价从汉代到清代今文学的一个重要标准。他说：“‘革命’之说不著，于是‘三世’之说张皇一世，而‘五际’之说独湮没而无闻。《京易》、《齐诗》，长为世之诟病。”正因为《齐诗》“五际”说中的“革命”之旨不明，使得《公羊》学“张三世”的改制思想盛行一世，而片面以董、何之《公羊》学概括今文之宏义。这在蒙文通看来，是需要纠正的。从中亦可见蒙文通经学的今文经学观。蒙文通之所以提倡“革命”说，批评“改制”论，这有其一定的时代背景。他说：“清末康有为等借今文学以言变法，今文学成了君主立宪的工具。孙中山、章太炎主张民主革命，反对君主立宪。章太炎、刘师培对立宪派的根本理论进行批判，指责今文学家讲阴阳五行，这是可以的，是有进步意义的，是政治斗争的需要。……今文学别有个精神，就是‘革命’。”对蒙文通所说“今文学成了君主立宪的工具”，也要辩证地看，在当时维新变法运动中，维新派以“托古改制”说为依据，大力提倡进步的民主和民权平等思想，宣传历史进化论和社会进步论，批判没落的封建君主专制主义，要求改革，实行君主立宪制，这反映了新兴资产阶级反对封建专制主义的时代精神。这应该说是进步的，否则也不会遭到封建顽固派的极力反对，也不会出现为变法而流血牺牲的谭嗣同等“戊戌六君子”。但随着时间的推移，康有为领导的变法维新运动及其“托古改制”理论已由进步转向保守，以至落后，已不适应新时代发展的要求，而被孙中山领导的资产阶级革命运动及其革命理论所取代。此时革命派对立宪派的理论进行批判，这当然是符合时代发展的需要。但也不能因此而否定在一定历史时期内，康有为所提倡的今文经学理论的进步性。今文学除了有“革命”精神以外，还是一个内涵十分丰富的思想体系，而“革命”精神也有它一定的适用范围，并不是放之四海而皆准，可以适合于一切时间空间的。蒙文通对今文学“革命”说的强调，当与其所处的时代背景和政治环境有关。
