（第一节） 能变、习气及种子义
唯识，梵文vijaptimatratā，音译为毗若底摩呾喇多。识，即心之本体，离识变现之外无任何实在，称为唯识。即认为人类自己心外之物心诸现象皆由八识自体所变现之主观（见分）与客观（相分），又以所认识对象之相似形状为心内之影像所映现而认为实在实有，且作为认识对象之物境自体（本质）亦从阿赖耶识中之种子变生，故唯识以外无其他实在，称为唯识无境，或称万有从识所变之意义，而称唯识所变。唯者简别义，遍无外境；即排除所执我法离心而心。识者了别义，表有内心，即表因缘所生之法性皆不离心。《华严经》就集起义言唯心，《成唯识论》就了别言唯识。或唯心通因果，唯识唯在因位。如《义林章》云，识者心也，由于心的集起，彩画为主之根本，故经云唯心。分别了达之根本，故论称唯识。识的了别，在因位中作用最强，故说识为唯。《成唯识论述记》云有二义：（1）简别义：庶无心外境，显其非有。但是虚妄执著。（2）决定义：离增减义，决定有识存在。
法相唯识学以八识二无我成立唯识义，说明法界无我的唯是识。主张一切诸法皆是阿赖耶识等诸识之所变，然而，所变法虽有森罗万象，但能变识只有三种，即第八识、第七识、前六识。《成唯识论》依次名为异熟能变、思量能变、了别能变；亦即初能变、二能变、三能变。此三皆名能变，而能变有二种，即因能变及果能变。认为第八阿赖耶识中，摄藏产生一切法的原因之种子，由此种子能转变现起诸法，称为因能变；又由此种子所生起之八识能各从自体变现出见、相二分，称为果能变。因能变之“变”为转变、生变之义，故又称因变、生变；果能变之“变”则为变现、缘变之义；其结果在第八识上起主观与客观之区别，而向对象起作用。《观心梦觉钞》卷下分为二种道理说明：（1）熏习道理，即生变之义，种子系由自心之作用深植于识中。（2）转变道理，即缘变之义，由识变现见、相二分。
据《成唯识论》卷二载，因能变指第八识中的等流、异熟二因之习气，能转变成诸法，故称因能变。即：（1）等流习气，又作名言习气、名言种子。即瑜伽行学派所说，由“七转识”之善、恶、无记等三性为同类因，而熏成第八识中之名言种子。等流，谓流类相等或相似；由七转识所引生等流果之习气，称为等流习气。此习气乃第八识所藏之生果功能，故谓之种子；此习气与由其所生之果（即现行法）流类相似，例如由善因则生善果，由恶因则生恶果，由无记因则生无记果，故谓之等流。如是依善、恶、无记等各种性质而熏成之流类相似之种子者，即是具有“能熏”作用之七转识，故《成唯识论》卷八谓，等流习气是由七识中之善、恶、无记三性所熏而生之种子。（2）异熟习气，指能招感三界异熟果之业种子，即前六识之有漏善、恶业熏习第八识而生之业种子。此业种子即是第六识相应的善恶等思心所之种子，乃招感第八异熟识之增上缘，而第八识则是一切有情总报之果体。这种子有二种功能：自生现行之功能和资助其他异熟无记之种子令生现行之功能。其中，自生现行之种子，即是等流习气；资助其他异熟无记之种子，即是异熟习气。盖此一体之二用，并非远离等流习气而另有别体。所谓资助所生之其他无记之果，系指总报之第八识与别报之前六识；而第七识仅为无记，故非异熟因所摄，又具有覆蔽圣道之性质，故亦非异熟果。总果之第八识，称为异熟或真异熟；别果之前六识，称为异熟生，此异熟与异熟生，合称异熟果。
异熟习气又称为业种子，等流习气又称名言种子，那么种子义怎样呢？这是唯识学的一个专门术语。种子，梵文bija，如同谷类等由其种子所生，色法（物质）与心法（精神）等一切现象亦有其产生之因种，称为种子。对谷内之种子称为外种；对外之种子而言，唯识学将其种子摄于阿赖耶种中，称为内种。内种子系指其生果功能而言（生果作用），乃为现行诸法（现行所显现之诸现象）熏习于阿赖耶识中，而形成一种特殊之习气或余习。
种子之说，原为一种譬喻，最早见于《杂阿含经》。部派佛教中之化地部亦谓，于“穷生死蕴”之识中，常藏有色法和心法之种子；对此，经量部认为色法与心法，互为种子而具有熏他之性质，故主张“色心互熏”之说。于《瑜伽师地论》中，立阿赖耶识为“种子识”，并谓此识能生色、心、善、恶等一切诸法，而藏有一切种子。“种子”一词，其后成为唯识学重要术语之一。据《成唯识论》卷二之说，于阿赖耶识中，能同时生起七转诸法现行之果，又具有令自类之种子前后相续不断之功能；即能生一切有漏、无漏、有为等诸法之功能者，皆称种子。如同植物之种子，具有产生一切现象之可能性。种子藏于阿赖耶识中，前者（种子）为因、作用，后者（阿赖耶识）为果、本体。然种子并非一客体，而系一纯粹之精神作用。
自类别而言，种子可分为二种：（1）能产生诸现象（众生之迷界）者，称为有漏种子。（2）能生菩提之因者，称为无漏种子。有漏种子复可分为二类：（1）能产生与种子同类之现象者，称为名言种子、等流种子，即前说之等流习气。（2）可帮助名言种子，以善恶业而产生异熟作用者（即具有产生当来有漏果之功能），称为业种子、异熟种子、有支习气、异熟习气等。上述之中，名言种子系一切诸法之“亲因缘”种子，乃以名言为缘所熏成之种子，又分表义名言与显境名言两种。表义名言种子，指于名言（名、句、文等）中诠表诸法之义者；第六识即缘此名言，随其语言音声而变现一切诸法之相状，由之所熏成之种子。显境种子，指缘前七识之见分（认识诸法相状之作用）为境，随缘所熏成之种子。若就现行所受用之情形而言，名言种子又有共相与不共相二种名言种子。共相名言种子，如日月、星辰、山河、大地等，举凡可以供自他共同受用者，是为共相；能生起此类共相境界的种子，皆称为共相名言种子。自相名相种子，例如各人之身体，仅能供一己受用，能变现此等自相之种子，称为自相名言种子（即不共相）。就作用而言，共相与不共相之名言种子，均由共业与不共业之业种子为之资助，始能招感其相，即共业种子资助共相种子，始能招感共相；不共业种子资助不共相种子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯识之宗义，乃谓无论依报、正报等一切万法皆由种子所变现者。
瑜伽行学派及法相唯识宗谓，诸法之种子各有本有、始起二类，而种子须具备之六项条件，称为种子六义。据《成唯识论》卷二、梁译《摄大乘论释》卷二等载，即：（1）刹那灭义，谓眼、耳、鼻、舌、身、意等诸识种子，一念才生，生则随灭，念念不停，刹那变异。（2）果俱有义，果即识与根，谓识与根同时俱起，以成力用。如眼根照色境时，眼识随即同缘，于诸实境分明显了。耳、鼻、舌、身、意亦同。（3）恒随转义，谓眼、耳、鼻、舌、身、意等诸识起时，种子随转。如眼根照境时，眼识种子随即相续，无有间隔。（4）性决定义，谓诸识各各所缘善、恶、无记等三性，无有间杂。如眼识缘恶境，则成恶法，不能成善法；若缘无记，则不能成善、恶二法。（5）待众缘义，谓诸识之种子非一因缘而生，必假众缘而后成就，如眼识之种子须得空（无壅塞、不障碍）、明（亮光）、根、境等众缘，方得显发。（6）引自果义，谓诸识各引自体果用，非是色、心交互而成。如眼根照境时，眼识即缘所对之实境，而不混于声、香等别体。《瑜伽师地论》卷五谓，“因”有七相，即：无常法因、与他性为因、与后自性为因、已生为灭因、得余缘为因、成变异为因、与功能相应为因、相称相顺为因。《成唯识论掌中枢要》卷上末，以此七相相当于种子之六义，将二者对应之关系。
至于种子生起之情形，依历来各家之主张，可归纳为三说：（1）本有说，乃护月之主张，称为本有家。主张第八识所藏之种子，皆为先天本具，而非新熏习，现行之熏力唯增长本有之种子而已。（2）新熏说，乃难陀、胜军之主张，称为新熏家。主张一切种子悉皆七转现行之新熏，非先天本具。（3）新旧合生说，乃护法之主张，称为新旧合生家。法相唯识宗系以第三说为正说，即认为种子有二类：（1）本有种子，即无始以来，先天存在于阿赖耶中之种子，又称本性住种子。（2）新熏种子，即由后天现行诸法所熏习成之种子，又称习气成种。诸法之发生，除初入“见道”刹那之无漏智，仅从本有无漏种子生起外，其余一切、一切法无不由本有、新熏二类种子和合而生。盖唯识学对由“种子”变成“诸法”之关系，最重要者即为：由“三法”所构成的“二重”因果说。所谓三法：即指“能生之种子”（本有种子）、“所生现行”、“所生之新种”（新熏种子）；所谓二重因果，即指“种子生现行”（略称“种生现”。系指由心识内之“种子”而形成诸法之现行。亦即存在于第八阿赖耶识中之无数种子，生起现前存在之诸多事物；而“种子”与“现行”两者之间同一刹那，不相隔时）、“现行熏种子”（是在“种子生现行”之同时，彼种子所现行之万法，又于藏识中新熏其种子）。此三法同时辗转互成二重之因果，即一切种子既为同一刹那间“现行之因”，亦为后一刹那之“种子之果”，故又可称为“种子生种子”。如是，由本有种子、现行、新熏种子等三法之辗转相生，而有“种子生现行，现行熏种子”之关系，这就是阿赖耶识缘起说。赖耶缘起，谓由藏识所执持之本有种子遇缘生现行，次由所现行之万法新熏种子于藏识中，而后更遇缘，则自种子再生现行，自现行再熏种子，如此经由本有种子、现行、新熏种子三法辗转轮回，互为因果而无穷始终。也就是说，当色、心之诸缘和合时，阿赖耶识可持之种子，必令当前之外果产生某现象，此即“生起现行”；于同一刹那，其现行之法必随所应而熏种子，此即现行熏种子。就八识而论之，则第八识所持之种子为因，生起眼等之七转识；同一刹那，七转识之现行法亦为因，而生起第八识之种子，故有所谓“七转、八识，互为因果”之说。
我国法相唯识宗之根本教义，说唯识之相，以“五位百法”不离识者，即为总门唯识或不离门唯识；如《五位百法》章所述，五位之中，心王是识之自相，心所为相应于心王作用之心理活动，色法为识所变现，不相应行法为以上三位之分位假立，无为法为以上四位之实性，依此等理由显示唯识者，称为别门唯识。别门唯识之说，系为愚者分别能所而说明，故又称虚妄唯识、不净品唯识、方便唯识。初地以上之菩萨，能了悟唯识之理，证得唯识无尘智，而存有真实者，称为真实唯识、净品唯识或正观唯识。《成唯识论》卷九，列举对唯识教理九种疑难（唯识九难）之答译，对初习唯识义之理解很有启迪。唯识九难即：
1.唯识所因难，此乃据何教理而立论唯识之问难。对此问难，举《华严》、《深密》、《楞伽》、《维摩》、《阿毗达磨》等经论之诸唯识说而立证，就心内之境不离识，更以四比量论证。
2.四事乖宗难，见世间之事实，时处一定，多有情同缘，如是境中有实之作用，岂非心外有实境佐证之问难。对此问难，答以若定有实境，何以缘同一物，而自他所见不同、感受不同。
3.圣教相违难，若心外无色等实境，佛何以于经中说有十二处之问难。释此疑难，谓有十二处，非心外有实色等，乃为令了知心外无有实色等诸法。
4.唯识成空难，若云为令了知法空而说唯识，其识亦应毕竟空无之问难。对此问难，答说破遣心外实有之遍计所执，故说法空无我，非谓根本、后得二智境之依他、圆成之事理亦为空无，故说唯识无偏空之失。
5.色相非心难，色乃有形有质碍，何以之唯识之问难。对此问难，谓众生无始以来，执著色相有形而受熏习，依其妄分别之熏习力，遂生起似色相之境，此非心外实有之境。
6.现量为宗难，色等外境为现量智之所缘，若无外境，何以现量得知色等之问难。释之，谓前五识之现量者，乃心内之相分，以此为心外之色等系意识之妄分别，并非现量之故。
7.梦觉相违难，梦中之境醒后知其为妄境，醒时之境却无此事，不以之为例之问难。对之，谓虽梦境，其梦不醒时自不知妄境，知乃在醒后，故醒时之境亦尔，至廓然大悟，始知其妄。
8.外取他心难，他人心识在自心之外，如以他心智缘（知）他心，是否缘心外之境之问难。对之，谓虽以他心智缘他人之心识，乃在自心之中缘现他人之影像，非亲缘他心，故无缘心外之境之失。
9.异境非唯难，续前问，虽非亲缘，而自心之外有他心之异境，则是否应唯识之问难。对之，谓唯识非唯一人之识，十方世界有无量之凡圣，一切诸法乃此等凡圣之各自唯识所变，所谓唯识乃遮遣以凡情执著心外有实法之失，成立唯识所变，非谓唯一人之识所变。
（第二节） 初能变
第八识阿赖耶识又称初能变、第一能变、异熟能变。第八识系人界乃至天上界之有情所共之果报，其报由引业牵引，而为恒常相续之总报体，故称为异熟，或称异熟能变、异熟识、真异熟。例如眼、耳、鼻、舌、身、意等前六识与贫富贵贱等个别之果报，系由满业而来之别报体；然以其报有断绝，故不称异熟，而称异熟生。若自赖耶三位而言，异熟识之名即相当于善恶业果位。关于初能变，可分八门释之。
一、三相门
初能变识体相虽多，大小共说，有三种相，即自相、果相、因相。自相名阿赖耶，果相名异熟，因相名一切种。
1.自相：自相即自体也。以阿赖耶识为自体相，有能藏、所藏、执藏三义；谓与杂染互为缘故，有情执为自内我故。
（1）能藏，第八识能含藏前七识诸法的种子，犹如仓库，能含藏宝贝，故得藏名。此识能含藏杂染种子，故名为种，亦即持义。谓根身种子器界等法，皆藏于识身之中，如影像在摩尼珠内。故曰：欲觅一切法，总在赖耶中，欲觅一切像，总在摩尼内。
（2）所藏，即是所依义；犹如库藏，是宝贝等所依。此识是杂染法所依处，谓是身根种子器世间所藏处也。以根身等，是此识之相分。如藏中物像，如身在宝内。故曰：欲觅赖耶识，只在色心中，欲觅摩尼珠，只在青黄内。
（3）执藏，第七识从无始以来，迷执第八识为自内我故，生起我爱执故。犹如金银等宝藏，为人坚守，是坚守不舍义。诸有漏法，皆名杂染，非唯染法。有情执为自内我者，是解藏字之义；唯指烦恼而言，不指所知障。不尔，无学应有此名。此不别执为其我所及与他我，名自内我。
三藏之义，即显示初能变识所有自相。虽具三藏义，但正取第三执藏义，名第八识曰藏，即阿赖耶识，因为我爱执藏的过失重故。但是，第八识如果到了第八识的烦恼障即我爱执藏不现行位，即舍阿赖耶识之名。
第八识共有三位。这八识从凡夫发心到圆证佛果，由于断证有异，因此第八识的名义有三位的差别：
（1）我爱执藏现行位，圣位七地以前的菩萨、二乘有学，一切凡夫从无始以来名阿赖耶，此云执藏，到无我执位，这阿赖耶的名称就舍掉了。
（2）善恶业果位，即从无始凡夫位至菩萨金刚无间道时，乃至二乘无学位，名毗播迦，此云异熟，至无所知障位，第八识纯善无漏，这异熟的名称也就舍掉了。
（3）相续执持位，即从无始乃至如此尽未来际利乐有情位，名阿陀那，此云持执，执持种子根身等，永无弃舍。
