《摄抉择分》在以八大理由论证了阿赖耶识后，又以四相建立流转，一相建立还灭。于建立的流转四相中，特别清楚地提出了末那识说，以完成八识唯识的思想体系。卷五十一说：“又由有阿赖耶识故，得有末那，由此末那为依止故，意识得转……云何建立阿赖耶识与转识等俱转转相？谓阿赖耶识，或于一时唯与一种转识俱转，所谓末那。何以故？由此末那，我见慢等恒共相应思量行相，若有心位若无心位，常与阿赖耶识二时俱转，缘阿赖耶识以为境界，执我起慢思量行相。”末那识的性质是什么，在这里可说给予了大体上的说明。在前本地分，虽曾说到恒行依止性意，但还没有明确地举出末那的名称，其性质亦不过是发生过程上的东西。到了摄抉择分，以阿赖耶识为总基识，以前六识及末那识为俱转识，于是有八识唯识说。末那识的有无，在唯识思想上是重要的一环，有他，八识说就圆满；无他，八识说就不能成立，末那识的产生，不能不说是唯识学的一大进步。然为什么到这时候，始有末那思想的产生？这当然有其不得不产生的原因。起初，只重视阿赖耶识说，即怎样才能证成阿赖耶识的存在？阿赖耶识的行相怎样？经过一个相当时期的思考，赖耶的存在已经被论证，赖耶的行相已被指出，对于赖耶的实有已无疑问，心识问题到此，本可告一段落。但经再一深思，觉得还有一些存在的现象，不说用前六识无法解决，就是用阿赖耶识亦无法解决，必须另外找出一个东西来，方能圆满地解决。唯识家于此深思熟虑的结果，在心识活动的潜流中，发现了末那识，而末那识在心识论上，也就担负起了重要的角色。从其主要的特质说，就是以阿赖耶识为所缘境，并且妄执阿赖耶识以为我，恒与俱生任运的四种烦恼相应。从烦恼的立场说，不用说是含有重要意义的，若就本体论或认识论的意义说，自然没有阿赖耶识来得重要。正因如此，所以流转还灭的建立，在根本的阿赖耶识，不在随转的末那识。虽然末那识在《解深密经》及《瑜伽师地论·本地分》之后发展出来，但其在唯识思想发展史上，仍然值得注意。
阿赖耶识为建立流转还灭的主体，所以在抉择分的组织中，特别建立还灭相说：“云何建立阿赖耶识杂染还灭相？谓略说阿赖耶识是一切杂染根本。所以者何？由此识是有情世间生起根本，能生诸根、根所依处及转识等故；亦是器世间生起根本，由能生起器世间故；亦是有情互起根本，一切有情互为增上缘故……复次，阿赖耶识所摄持顺解解分及顺抉择分等善法种……复次，此杂染根本阿赖耶识，修善法故方得转灭……如是建立杂染根本故，趣入通达修习作意故，建立转依故，当知建立阿赖耶识杂染还灭相。”阿赖耶识为一切杂染的根本，于此可说已被彻底揭露，因而它的性质，不得不判定为全是有漏，绝对没有所谓本净的余地。赖耶唯染的思想，是虚妄唯识的一贯思想，不管是《瑜伽师地论》、《摄大乘论》及以后之《唯识三十颂》等，都是这样讲的。经云“三界心心所虚妄分别”，可为此一思想的证明。如说唯识学有所谓净识，那是转依以后所显的心境，在阿赖耶识自身，敢说是不具有这样性质的。
在《瑜伽师地论·摄抉择分》，就阿赖耶根本识，而创倡新学说的勇气，固然值得赞美！若更进一步至卷六十三之有心地抉择分，那就更感到创说者的意气更高：“如是已说非三摩呬多地抉择，有心地抉择我今当说。当知诸心善别而转，略有五相：一由世俗道理建立故；二由胜义道理建立故；三由所依能依建立故；四由俱有建立故；五由染净建立故。云何世俗道理建立？谓依世俗道理建立诸心差别转义，当知如前意地已说。胜义道理建立差别，我今当说。云何名为胜义道理建立差别？谓略有二识：一者阿赖耶识，二者转识。阿赖耶识是所依，转识是能依。此复七种，所谓眼识乃至意识。譬如水浪依止暴流，或如影像依止明镜。如是依胜义道理建立所依能依差别。”接着又说：“复次，此中诸识皆名心意识。若就最胜，阿赖耶识名心。何以故？由此识能集聚一切法种子故，于一切时缘执受境，缘不可知一类器境。末那名意，于一切时执我我所及我慢等，思量为性。余识名识，谓于境了别为相。如是三种，有心位中心意识，于一切时俱有而转。”从来心意识的研究，虽则是权说方便，但以意地抉择分所说，那意地所说的心意识说，大体也不过是世俗道理的建立。依胜义道理建立的心意识差别说，是这抉择分所说阿赖耶、末那、意识的三识差别建立。如综合意地抉择与心地抉择来看，可以发现三阶段的心意识说的开展：初步是阿毗达磨论书的心意识说，其次是本地分意地之心意识研究，最后则是抉择分之心意识的新说。而这第三次的意地、有心地抉择分的七转，第八阿赖耶识的研究，与菩萨抉择分的研究相对，此为《瑜伽师地论》当时心意识研究的顶点，而阿赖耶说，高于阿赖耶唯识说。其后，关于识说，尚加几个阶段的进步改善，而始发展。
《瑜伽师地论·摄抉择分》的阿赖耶识说，是在菩萨地抉择分所成的，因此特别引用《解深密经》为权证。由于这是从前的“识”说向唯识说的高层次转向，所以不能不说这是依于《解深密经》而得明显的。如此经重要的部分，从《瑜伽师地论》卷七十五及卷七十八，差不多全被引用为教证。所以关于新的阿赖耶唯识说，这是属于第一根本资料。然此《解深密经》，如对其作精细的剖析，不得不说是在强调智的立场之《般若经》与考察依心、由心、唯心诸点之《华严经》的影响下，而发展了的新的“识说阿毗达磨”。有学者说，《解深密经》在某种意义上，很有一点像组织井然的论典，其原因也就在此。
从心意识说到阿赖耶识说唯识说产生的过程，见于无著《摄大乘论》的所知依分。在所知依分中，为欲说明所知依根本识的阿赖耶识，所以特别引证已很发达了的大众部的根本识与化地部的穷生死蕴等。结果，阿赖耶唯识说的动向，在对各种心意识的异门密意的研究下，而渐次地发展起来。《摄大乘论》虽如《大乘庄严经论》主张一心论，但已有转向多心论的趋势。如《所知依分》遮异计中说：“复有一类，谓心意识义一文异，是义不成。意、识两义差别可得，当知心义亦应有异。”实在说来，心意识的分别，早在《大毗婆沙论》或法救之《五事毗婆沙论》已有论及，到了《解深密经》之《心意识相品》首先高扬阿赖耶唯识的心意识说，再经《瑜伽师地论》的详细论证，于是无著在《摄大乘论》给其来个绵密精微的组织，成为完全的赖耶唯识学。其演进的层次，大概是：《解深密经》说“阿陀那识甚深细”；《大乘阿毗达磨经》说“阿赖耶”；《瑜伽师地论》首先企图把这两名结合起来，组织阿赖耶识说，虽已辨明了八识的性质、作用及生死因缘等的差别，但对万法唯识的要旨，可说还不十分决断；到了《摄大乘论》，依此而强调根本识，此阿赖耶唯识说，稍稍精细，而其组织益强，从《摄大乘论》之意趣看，虽似对于小乘而立唯识之旨，但在组织的说明上，还没有如世亲之《唯识二十论》及《唯识三十颂》表理相依，从破邪显正的两面，说破一切唯识之旨。
八识唯识说的组织完成，是无著的《摄大乘论》，在唯识思想史上，是一重大的发展。虽然《摄大乘论》已强化了八识唯识说的组织，但无著用力最勤的仍在阿赖耶根本识的说明，至于第七末那识这个名称，还未见其用在《摄大乘论》中。《摄大乘论》所说到的意，只是染污意而已，而且从《摄大乘论》之《所知依分》全文看，其染污意的论说，并不是专为染污意而说染污意，不过是从阿赖耶识的论证中，略为之附带一说。所以把染污意确说为末那识的，仍然是《瑜伽师地论》，且不是在本地分，而是在抉择分。而后来的护法论师在注释《唯识三十颂》（《成唯识论》卷四）时，注释第二能变末那识引用《瑜伽师地论》卷五十一意地抉择及卷六十三有心地抉择所说末那之论说作为权证。从护法引用《入楞伽经》卷九的“阿赖耶为依，故有末那转，依止心及意，余转识得生”的颂文看，虽是变为末那识的经证，但从创倡第七末那识的权证看，当以《瑜伽师地论》之《摄抉择分》所说为第一资料为妥，至于《入楞伽经》所说末那的经文，只可看作依于《瑜伽师地论》抉择分而有的第二次资料。无性的《摄大乘论释》卷三，基于“藏识恒依染污”的释意，断定“此即末那”，恐怕是护法论师的意思了，因为《摄大乘论》只说出染污意，并未说有末那识名，所以还不能把其作为末那识之史料看。此一时期之唯识学，中心既在阿赖耶识的教义组织，在全体唯识学方面来讲，其组织当然还没有臻于完善严密，到世亲菩萨时，才将前期不完整的唯识思想理论，加以严密地组织，使之成为最有系统、最有条理的学说。
