宋代的中央机构，从框架上来看，是从唐代临摹下来的。唐代有的机构它都有，而且从表面上看也没有太大变化，但实际权力格局和具体运行机制却大相径庭，严重的名不符实。正式机构是一套，附加机构又是一套，往往附加机构才是真正负责的机关。一个机构的负责人，往往不负责本机关的事务，却去管另一个机关的事情。形成了叠床架屋、彼此纠缠的官僚体系。
1．宰相及其官属
宋代的宰相制度有两次大的变动。在北宋开初的100多年，以同中书门下平章事为宰相，参知政事为副相。中书门下作为宰相的属衙，有别于中书省和门下省单独存在。宋神宗元丰改制（王安石变法）之后，回到唐朝制度上，以三省副长官为宰相，但实际上的宰相则是尚书省的左右仆射兼中书和门下省的侍郎。三省领导机构已经合而为一，直接领导原尚书省下辖的作为执行机关的六部。王安石变法失败后，“新法”虽然被废，但这种体制实际上一直延续了下来。到了南宋，将左右仆射改称左右丞相，结构其实还是元丰体制。宋初宰相员额从一人到三人不等，参知政事二员到四员不等，但最多的时候，还是二正二副，即两个宰相和两个参知政事。元丰改制，将副相去掉，南宋又恢复了宋初的旧貌。
宋初100多年，中书门下是事实上的“宰相府”，宋人称之为“政府”，其属员人称“宰属”。中书门下的直属机构有五房，计有孔目房（书记处）、吏房、户房、兵礼房和刑房，每房设堂后官三人。堂后官又称堂吏，开始的时候，由于中书门下不算正式机构，所以由吏员担任，随后发现堂后官权责甚重，时常弄权，于是改由朝廷命官担任。元丰改制后，宰相的下属机构跟唐朝一样，由中书门下的属员充任。
2．三司使
三司是五代军阀体制下的产物。那时的文官体系，已经蜕化成税收的机器，所以，唐代处于官僚结构第二等级的户部所辖的财政事务被集中整合起来，成立三司，即所谓铁盐、度支、户部，以加强征收赋税和财政收入管理的职能，也就是加强对民间的搜刮。三司的负责人即三司使。这种制度被宋朝继承下来，而且发扬光大，一时间成为管理国家经济的中心。其敛财能力，不仅五代不能比，就是汉唐盛世，也不及其十分之一。宋代商品经济发达，各种商税以及相关税的征收额度，在宋代达到了空前绝后的地步，大大超过来自农业的收入。凡诸铁盐、酒茶、丝绢，以及工场、店铺、行商、过渡的各种税费，无一漏网。正因为如此，朝廷才可以支持庞大的官僚机构，供养超过百万的常备军，以及年复一年地向北方少数民族政权交纳钱帛。三司使权力之重，有时甚至超过宰相，被人称为“计相”。
三司下辖三司：铁盐司，度支司和户部（此户部非尚书省的户部，那个户部仍然存在，但已经无事可管），每司下设支司，当时称为“案”。
铁盐司下设七案：兵案、胄案、商税案、都盐案、茶案、铁案、设案。需要说明的是，其中的设案主要是负责朝廷每旬的设宴以及宴席所有的相关费用；兵案除了管理军队士兵和军官的薪饷之外，还要负责各地吏员的升补考核，以及刑狱、捕盗、甚至造船事务；胄案除了负责兵器制造外，还负责维修河渠；铁案负责所有矿产的开采冶炼，或者是负责民间矿产冶炼的税收。
度支司下设八案：赏给案、钱帛案、粮料案、常平案、发运案、骑案、斛斗案、百官案。其中常平案负责各地的常平仓，即平籴，就是各地丰歉年的粮食调剂事务；钱帛案负责军队的春冬衣、百官的俸禄；粮料案负责军队的粮料（牲口口粮）、各地粮草的出纳、部分的漕运和商人的飞钱；发运案负责大部分的漕运，一部分的商旅税；骑案负责国家马匹牛羊饲养、购买事务；斛斗案负责仓储；百官案负责在京官员的俸料钱、祭祀的礼物、各地驿站的供给。
户部司下有六案：户税案、上供案、修造案、曲案、衣粮案、两税案。其中，两税案负责夏、秋两税；上供案负责各地上供钱帛；修造案负责京城的工程以及某些官营手工业；曲案负责酒的制作或者购买；衣粮案负责军队管理部门的衣粮盐茶等项东西的供给。
除此以外，三司还设有一批附属机关，负责催促、监督、复核以及受理投诉等项事宜。
三司是一个几乎无所不管的部门，它的职权范围涉及了原来兵部、户部、工部以及吏部、礼部的事务，甚至连监察部门的职权也受到了侵犯。而且，它还包办了地方州县的所有财政事务，控制着地方政府的命脉。所有的州县政府实际上都变成了它的执行机关。事务之庞杂，机构之庞大，前所未有。但是，需要特别指出的是，宋代三司虽然看起来对经济无所不管，但实际上，除了征收赋税之外，在多数情况下，并不采用直接行政管理的方式处理所辖事务，而多采用发包给商人的形式管理，由特定的商人出面代征代管。这样的方式一方面促进了宋代市场经济的发展，一方面也导致了权力经济的发达，助长了官僚机构的腐败和低效。
在前现代的条件下，政府在经济管理方面权力过分集中，虽然在开始的时候能最大限度地增加中央政府的财政能力，但时间长了以后，势必导致机构的过分臃肿，行政效率的超常低下。以至于积压十多年的账簿没有处理，官吏贪污腐败严重，影响到了官僚系统的全局。更重要的是，三司这种垄断全国经济命脉的局面，不符合宋朝统治者分权制衡、防止任何一种势力坐大的建国理念，所以，非改不可。元丰改制后，将三司侵夺各部门的职权重新归还给了各部，其中最主要的财政权归属户部。三司这个一度凌驾于各个政府机关之上的庞然大物，终于寿终正寝。
3．三省六部
自唐朝三省长官集中政事堂办公、形成事实上的宰相衙门以后，六部就成为主要的行政执行机关。宋朝的三省六部都是齐全的，但在宋初百年中，基本上没有什么事做。三省虚置还情有可原，但六部无事可做，无论如何都是制度的一大倒退。
三省在元丰改制前，机构都存在，但没有任何权限。三省长官虽然官位犹存，但很少委任，实际是空衔虚置。门下省的副长官是门下侍郎，但管理门下省衙门的却不是门下侍郎，而是另派一个门下省的属员给事中“判门下省事”来负责。中书省也是如此，中书侍郎不管事，管事（实际上就是看看衙门）的是一名中书舍人担任“判中书省事”。尚书省自然更不例外，省内的副长官左右仆射不管事，另派一个“权判尚书都省事”来看摊。不仅如此，在三省之外，还设有门下后省、中书后省以及尚书都省，床上加床，除了安置人员，什么事也没有。
元丰改制以后，原来中书门下的机构撤销，全部分派到门下、中书两省，三省合一，负责长官变成宰相，而中书、门下两省变成事实上的宰相附属机构。
宋朝初年，六部二十四司机构都在，但全系虚置。在吏部之外，陆续添设“流内铨”（负责流内官员的铨选）、审官东院、审官西院、三班院，分担原来吏部负责的官员选拔、考核、升迁事务，其中，有一部分的事务已经被三司侵夺。吏部的尚书、侍郎虽在，但负责看摊的却是“判吏部事”二人。元丰改制之后，这些附加的各种院全部撤销，人员职事重归吏部。
户部的情况稍有不同。由于三司已经另设户部，将职权全部拿走，所以，宋初尚书省下面的户部，只负责多少年都不来一个的海外贡品的管理。跟吏部一样，户部也另派“判户部事”一员看摊。元丰改制，将原来三司的大部分职能及人员交还户部，户部重新变成一个管理财政的职能部门。
礼部跟吏部的情况一样，虽然衙门尚在，但朝廷礼仪、祭祀事务，却由另设附加机构太常礼院负责，部分的事务也被三司侵夺。礼部剩下的事务只有每三年一次的科举考试，部务也是由另行派遣的“判礼部事”负责。元丰改制后，太常礼院撤销，职事划归礼部，另外，三司也撤销了，被侵夺的职权也划了回来。
此外，兵部的事务大部分归枢密院，小部分归三司；刑部事务由三司和审刑院拿走；工部则由三司的某些部门取代，各自的部门都由另派的“判部事”负责看摊。元丰改制后，全部职权回归，变成真正意义上的职能部门。
4．枢密院
枢密院是唐朝后期设置的机构，原意是利用代表皇帝的宦官参与宰相议事，分宰相之权。五代时期，枢密院变成了军人的天下，成为凌驾于宰相之上的最高权力机构。宋代继承了枢密院体制，负责全国军政，但由文官负责，非文人科第出身不能做枢密使。同时，枢密使和副使位列宰辅，与宰相一起参与军国大事的处理。这等于是，枢密院从宰相那里拿走了军政事务，而枢密使又不负责除军政以外的其他事务，两伙分别负责不同事务的宰相，最后组成一个宰相集体，共议军国大事，共同为皇帝负责。
枢密院的长官为枢密使或者知枢密院事，副长官为枢密副使、同直枢密院事、签书枢密院事、同签书枢密院事。一般都以文官担任，担任枢密院长官的人选，资格与宰相相同，比如著名的词人晏殊就做过枢密使。只有在南渡以后，为了收回战乱期间形成的驻屯大军将领的兵权，才给了韩世忠、张俊和岳飞三个武将枢密使和副使的职位。
枢密院的下属机构主要是各个房。宋初有兵、吏、户、礼等4房，后来陆续增加，最多时达到25房。此外，还有若干司，如承宣司、兵马司等，南宋时，又添设宣旨院和省马院。
5．宋代中央官制的特点
宋朝矫五代之弊，在机构设置上主要考虑权力的分散和制衡，以防止任何一个机构权力过大，使得任何人无法凭借组织的力量颠覆皇权，结果矫枉过正，形成了中国历史上机构最庞杂，人员最臃肿，效率最低下的政府体系。主要特点如下：第一，机构重叠，床上架床。比如三省之外，再设外省，有了六部，还要设与六部职权雷同的各种院。一个吏部居然附加四个机构——“流内铨”、审官东院、审官西院、三班院，来分割选官之权。作为宰相府的中书门下，和作为另一个宰辅机构的枢密院，都要设置专门对口的行政办事机关，都有兵、吏、礼、户等房，相互重叠，徒增扯皮工夫。第二，权力分散，职能混淆。明明已经职能分工相当明晰的归口职权，却被分割，谁都可以管，谁都不负责。比如工程，三司管一大部分，中书门下管一点，工部还剩一点。军事也是这样，枢密院管了大头，然后三司再管一部分，兵部还剩了个尾巴，彼此之间缺乏明确的分工。第三，机构臃肿，人员众多。各种机构只要有个衙门口，人员就会源源不断地补充进来，权力大、待遇好的机构人就更多。宋代的科举取士既宽，取人又多，必然导致僧多庙小，人满为患，虽然为患，但却坚决不肯裁人。第四，事权不一，部门官不管本部门的事，部门长官只是一种官衔，只有挂上“判某事”，才算有了具体负责的地方。第五，对于官员不信任，很少给予全权。各部门长官，往往以“知”甚至“权知”的方式任命，往往给官员一种暂时代管的暗示，令人难以尽心尽力。后来的史家说得好：宋朝“三师、三公不常置，宰相不专任三省长官，尚书、门下并列于外，又别置中书禁中，是为政事堂，与枢密对掌大政。天下财赋，内庭诸司，中外筅库，悉隶三司。中书省但掌册文、复奏、考账；门下省主乘舆八宝，朝会班位，流外考较，诸司附奏挟名而已。台、省、寺、监，官无定员，无专职，悉皆出入分莅庶务。故三省、六曹（部）、二十四司，类以他官主判，虽有正官，非敕不治本司事，事之所寄，十亡二三。故中书令、侍中、尚书令不预朝政，侍郎、给事不领省职，谏议无言责，起居不记注，中书常阙舍人，门下罕除常侍，司谏、正言，非特旨供职亦不任谏诤。至于仆射、尚书、丞、郎、员外，居其官不知其职者十常八九。”（《宋史》卷161）这样的体制，效率不可能不低，宋朝官僚机构效率之低，有一个例子可以说明。据说宋太祖曾经向有关部门要一个熏笼，几天过后没有动静，于是动了火。但是官员解释说，这种事情得经过逐级审批、下达，最后还得复奏皇上，得到最后批准，才能办理。（杨万里：《诚斋集》卷69）
元丰改制之后，从表面上看，似乎官制的弊病已经基本消除，但实质上问题并没有根本解决。首先，虽然宰相与执行机构六部之间的关系已经理顺，但枢密院与宰相之间二元结构的问题依然存在。其次，某些机构重叠的问题依然还在，比如三省的外省问题，宰相府和枢密院各自一套雷同的附属机构的问题等。最后，改制虽然合并了庙，但却没有裁和尚，机构臃肿，人浮于事的现象反而由于机构的裁并加剧了。
