进入东汉以后，事情发生了变化。首先是尚书台过于庞大，已经成为准外朝的官僚机构，特别是太尉领尚书事之后，尚书台几乎变成了另一种意义上的相府，只不过是跟皇帝关系过于密切的相府，等于是将原来中朝官的一大部分职能分离了出去。其次，鉴于西汉末年王莽篡位的教训，新朝有意在制度安排上裁抑外戚，间隔内外，所有的皇后和皇太后官属都换成了阉人。同时，由于东汉经学大盛，礼教的讲究，官方对于道德教条的刻板强调，使得男女之防日见其严，逐渐地皇宫里难以见到正常人，内廷近侍悉用阉人，原来士人和阉人兼用的中常侍、黄门侍郎等侍从官职，都归了宦官。如此一来，势必导致宦官人数的增加，进而导致其机构的扩张和完善。然而，真正导致宦官形成气候的，还是因为东汉自第三个皇帝汉章帝以后，绝大多数君主都是幼年登基，这势必导致那些年纪轻轻的太后当政，而年轻的太后们碍于礼教，不得不依靠宦官来交通内外，于是，宦官势力进一步增加。更进一步，由于太后称制往往会引起外戚的专权，当小皇帝长大以后，为了对抗跋扈的外戚，对于从小生长在深宫里的他们来说，似乎值得依赖的人只有身边的宦官。宦官是他们的玩伴、是他们的保姆、也是事实上带他们成长的父母，他们想要从跋扈的外戚手里夺回权力，可以依靠的首选只有宦官。在依靠宦官剪灭外戚之后，宦官则因功而成为主宰朝廷的势力。经过几番的促进和强化，终于酿成了东汉末年的宦官专权，虽然后世王朝都痛恨东汉的宦官之祸，但宦官制度的基本模式也由此奠定。从此以后，无论统治者如何抑制和防范，宦官作为一种制度性的势力或者说危害始终存在。
东汉桓帝年间，外戚梁冀专权，在梁太后和梁后相继死后，汉桓帝依靠中常侍单超、具瑗等宦官首领，谋划剪灭梁氏。延熹二年（159年）八月丁丑，具瑗率领千余禁军，突然包围梁府，逼得梁冀自杀，宦官将梁家宗亲无论男女老幼统统杀掉，与梁冀有牵连的朝臣和地方官被处死者数十，被罢免者三百余人。单超等五人因功被封万户侯，连小黄门刘普等人也被封为列侯。从此，外戚专权被宦官专权所取代。
三、官僚体系
汉朝承袭了秦朝庞大的官僚体系，建构了从中央到地方的金字塔式的等级官制，作为处理国家政务、特别是行政事务的工具。汉朝的官僚系统虽然基本依照秦朝的框架，但其繁复程度明显加大，从一开始就存在着两种形式的科层化迹象。一种是国家治理的结构；一种是皇帝家事管理结构。官僚的人员构成，在秦朝的时候还存有贵族公子的痕迹，出将入相者，大抵是六国的贵族后裔，但是，经过秦末的战乱，汉朝新起的权贵，大多出身卑贱，官僚制进一步趋于平民化。
汉初诸臣，只有张良出身最贵，系韩国丞相之子。其次则张苍，秦御史；叔孙通，秦待诏博士。萧何、曹参为县小吏，任敖为狱吏，周苛为卒史，傅宽为魏骑将，申屠嘉为材官，其余陈平、王陵、陆贾、郦商、郦食其、夏侯婴等都是白丁，樊哙是杀狗的，灌婴是贩缯（一种丝织品）的，娄敬是拉车的。（赵翼：《廿二史札记》卷2）
1．外朝官
两汉的官吏大体上可以分为外朝官和中朝官两个系统。所谓外朝官是指在宫廷外办公的官员，中朝官是指在宫内办公的官员，显然，一部分的中朝官属于宦官。
在汉朝之初，绝大多数官员都属于外朝官，外朝官几乎等于官僚体系的代名词。详细说来，外朝官又分为中央和地方两部分，中央又可以分为丞相三公体系和九卿与列卿体系两部分。丞相三公分管行政、监察和军事，但实际操作中权限又互有交叉，九卿和列卿按理属于丞相三公所属的各有分工的部门，但实际上大多是配属皇家和宫殿的官员以及各自的衙门，只有主管刑狱的廷尉和主管赋税的大司农（秦时为治粟内史）的职责，与丞相府有交叉。在这里，首先大致介绍中央官。
（1）丞相、三公体系。
丞相是秦汉从战国承袭下来的官制。战国时期的相，权力不仅大而且范围广，有时甚至可以充当将军担任出征军队的指挥。秦汉的丞相也承袭了这一特点，责权重而且管得宽。西汉初年，丞相与秦时一样，属于三公之首，主要负责行政事务，但实际上往往无所不管，既要负责日常的行政事务，又可以管官员的任用以及赏罚，甚至在特殊情况下可以对犯法的官员先斩后奏，有的时候还参与军事行动的指挥策划。相府是中央政府中最庞大的机关，各种属员长史，司直以下曹、掾动辄数以百计，各有分工，在某种意义上类似于我们今天的国务院。只是这个“国务院”不包含各部（九卿与列卿），而且所有的属员都是丞相自己挑选任命的，只对丞相负责。“政府”一词的古义，就是指丞相府。三公的另外两位情况有所不同，御史大夫主管监察，但与丞相一同开府，各立门户，实际上也是什么都管，从一般的行政到领兵出征。而且在某些能力奇强和比较霸气的人任此职时，权力甚至要超过丞相，如汉武帝时有名的酷吏张汤任御史大夫时，“丞相取充位，天下事皆决于汤”（《汉书》卷59《张汤传》）。西汉初年，丞相、御史大夫并称二府，权力很大。只有太尉相对来说要清闲一点，名为朝廷的最高军事长官，但实际上只是皇帝的高级军事顾问而已。除了总理国家事务外，汉代的三公还有一个特殊的职责，那就是调和阴阳，使国家风调雨顺。如果出现大的灾害，按例三公、尤其是丞相要自请免职。调和阴阳职责的背后，是朝廷对农业生产的高度重视，同时也反映了以董仲舒为代表的今文经学的某种理念，即自然现象是跟人事活动具有相关性，人事可以引起天象的变化。
西汉时，丙吉为丞相，一次行长安道上，遇见有人斗殴，伤及人命，丙吉置若罔闻。然而见有牛卧在地上喘息，却连忙跑过去对牵牛人问这问那。从人不解，说有人斗殴出人命了你不管，见个老牛喘息却问长问短，是什么道理？丙吉答道：斗殴之事，自有地方官和廷尉管，宰相负有调和阴阳之责，今方阳春，半即喘息，有阴阳不协之嫌，怎么能不问呢？
自汉武帝以来，为了加强自身的权力，皇帝逐渐赋予尚书台更多的权力，到了西汉末年，以尚书台为核心的中朝官已经架空了三公。汉成帝时，改丞相为大司徒、御史大夫为大司空、太尉为大司马，三公在某种意义上已经成为荣誉性的虚衔。东汉伊始，改三公为太尉、司徒、司空，这时的司空已经成为主管土木建筑的官，跟监察没有了关系，而御史台则交由御史中丞领衔，三公的性质多少有点变味了。只是东汉时期尚书往往由太尉兼领，所以，有尚书职务的太尉往往跟西汉初年的丞相一样，权力十分大。到了这个地步，中朝官的一部分已经在事实上转化为外朝官。
（2）九卿与列卿体系。
除三公外，汉朝并设九卿与列卿，九卿与列卿名义上归丞相管辖，实际在多数情景下独立行使职权。九卿分别为：太常，即秦之奉常，管祭祀，国家的乐、祝、史、卜、医诸官均属之；光禄勋，即秦之郎中令，皇帝侍卫的首领；卫尉，即皇宫卫戍司令；太仆，掌皇帝的舆服车马；廷尉，掌刑狱，为国家最高司法官；大鸿胪，即秦之典客，掌宾客朝觐之事；宗正，管理王族事务；大司农，即秦之治粟内史，汉武帝时改为掌赋税征收与管理；少府，掌山泽租税，主要是供应皇家度用。列卿分别为：中尉，主管京师治安；将作大匠，主管宫室的修建；典属国，负责藩属国事务，西汉末撤；水衡都尉，管理皇家园林上林苑。
从九卿和列卿的职掌可以看出，这些官职的设置，大多是围绕皇家事务安排的，可以说，他们基本上是皇帝的家臣。有的管皇帝的警卫，有的管皇家的车马，有的负责为皇家筹措经费，还有的干脆就是皇帝侍卫长。但是也有少数官职负责的是国家公共事务，比如廷尉和大司农。为什么会出现这种情况呢？钱穆先生告诉我们，秦汉之际，国家的官还有皇帝家臣的意味。当然，三公已经难以说还像皇帝的家臣了，但九卿与列卿却家臣痕迹依然。由于战国时期国家事务大多是由三公的前身相与将来管理的，所以，三公比九卿更快一点地脱出了家臣的旧迹。可以说，实际上官僚体系就是从家臣产生和发展起来的。到了秦汉时，九卿与列卿还基本上都是皇帝的家臣，主要负责皇家的私事，只有少数的官职如廷尉才由家臣性质的官员设置衍生出来，承担处理国家公共事务的任务。
2．中朝官
中朝官是指在宫中办公和皇帝身边的官员，他们既存在于像尚书台那样的机构，也包括一些外朝官而加上皇帝侍从头衔，作为皇帝亲信的一些官员。
（1）皇帝的亲卫武将。
中朝官地位最尊者，要算皇帝的亲卫武将，他们有大将军、重号将军和杂号将军。大将军是皇朝的最高军事长官，同时又是有别于外朝太尉的皇帝亲卫侍从，地位最尊。汉武帝以皇后的异父兄弟卫青为第一个大将军，加大司马头衔，地位相当于丞相。同为武帝裙带之亲的霍去病为骠骑将军（重号将军之首），加大司马衔，地位也相当于三公。由于将军体系的设置，本不是严格的制度安排，所以，大将军之下，重号将军的称谓在当时并不完全统一，地位和排序也不严格，大体上有骠骑将军、车骑将军、卫将军等，杂号将军又称列将军，往往是因事而设，名号杂多，带兵出征，事毕则罢。杂号将军地位不一，关键看本人原来的地位，但即使原来地位不高的，挂上将军衔之后，也相当于九卿。两汉期间，皇帝的亲卫武将往往是其亲戚（这是汉武帝开的头）。皇帝通过自己人掌握武装，保障对武力的控制。但是，也开了外戚专权的先河，西汉末年和东汉年间掌权的外戚，都有大将军的头衔。以外戚掌握亲卫武装，给外戚专权提供了制度上的可能性。
（2）尚书台。
尚书在秦朝本是少府的属官，其特殊之处在于机构设在宫内，负责收发和记录奏章的技术性工作，起在行政机关和皇帝之间传达信息的作用。尚书机构的长官如果是士人担任，就叫尚书令，如果是阉人担任就叫中书令。从汉武帝开始，皇帝为加强自己的权力，有意识扩大尚书的机构，扩张其权限。尚书开始有了拆阅和事先审阅奏章的权力，就是说，所有的奏章要具正副两本，由尚书先拆看其副本，然后决定是否上呈皇帝。后来，尚书又获得了将皇帝批阅过的奏章下发的权力，连带着，皇帝的诏书，大部分也由尚书郎起草。进而连传统属于丞相与御史大夫的职掌，如官员的任免、弹纠等，也不时地受到侵蚀。当然，在西汉时期，尚书台的这些“权限”还属于给皇帝做“秘书”而派生出来的，在皇帝比较明白的时候，尚书台还难以专权和舞弊，台臣侵夺三公和九卿的行政权的行为，实际上是皇帝之手的延伸。到了东汉年间，事情发生质的变化，尚书台不仅得到了迅速的组织扩张，而且通过三公之一的太尉领尚书事，等于是将尚书的地位提高到了官僚体系的顶端。这样一来，太尉取代丞相成为行政机关的首脑，而尚书台成为事实上的政府机关，只是与皇帝的关系更加密切，最大限度地防止了行政首脑的独断专行（只是到了东汉末年，权臣专权以后，才重新出现丞相之名，只不过这时东汉王朝已经名存实亡了）。
作为少府的附属机构，尚书台原来人员很少，尚书令也不过是六百石的小官，属员不过数人。汉武帝时，尚书令增秩为千石，官阶虽依然不高，但机构却逐渐膨胀起来。东汉时尚书台已经发展成为一个庞大的机关，尚书令秩千石，但增秩至二千石，与九卿相当。上朝时，尚书令与御史中丞和司隶校尉专席独坐，号称“三独坐”，威势已压百官之上。尚书令下属尚书仆射二人，作为副手，其下有尚书若干，分曹理事。大体分为：三公曹，管官吏考核；吏曹，掌选官；民曹，管赋税和工程；二千石曹，又叫贼曹，掌刑狱；客曹，管护驾和胡羌往来之事，有时还设中都官曹，管京城水火盗贼之事。各曹属官有丞，丞之下有尚书郎，再下有令史。此时的尚书台，已经初步具备了分工科层制的雏形，后世的六部，即源于此。
（3）皇帝的侍从。
两汉时期，皇帝身边往往存在一些兼职性和专职的侍从官，这些人或者是德高望重者，或者是饱学硕儒，或者是皇帝的亲信，或者为插科打诨的优伶。无论其本职如何，只要有了侍从的加官，那么就可以出入禁中，与皇帝接近，地位和权势自然就不一般了。侍从在皇帝周围，最主要的职能是帮忙办事，拾遗补阙，同时也免不了给皇帝提提意见，防止皇帝决策出错，或者在出错以后做点补救。大体上，两汉时兼职的侍从官有这样几种：侍中、散骑、中常侍、给事中（有事殿中，故名）、给事黄门。专职的侍从是大量的郎官：议郎、中郎、侍郎郎中等，还有太中大夫、中大夫和谏大夫等。西汉时，凡是皇帝从民间征召来的人才，按例都给郎官。东汉年间，中常侍和黄门成为宦官的专有官职，而皇帝的侍从也逐渐变成了只有宦官才名副其实，其他人只是一种荣誉性的虚衔，最后到灵桓时代，演成宦官专权的悲剧，以至于后世以“黄门”指代宦官。
汉武帝曾经造了一座以香柏为梁的柏梁台，元封三年（公元前108年），汉武帝在台上大宴群臣，自己首先做诗一句，然后诸王、大将军、丞相、御史大夫等依次往下续，每个人的诗句都反映了自己的身份。诗续成之后，人称柏梁诗，全诗如下：
日月星辰和四时（汉武帝）
骖驾驷马从梁来（梁孝王）
郡国士马羽林材（大司马）
总领天下诚难治（丞相石庆）
和抚四夷不易哉（大将军卫青）
刀笔之吏臣执之（御史大夫倪宽）
撞钟伐鼓声中诗（太常周建德）
宗室广大日益滋（宗正刘安国）
周围交戟禁不时（卫尉路博德）
总领从宗柏梁台（光禄勋徐自为）
平理清谳决嫌疑（廷尉杜周）
修饰舆马待驾来（太仆公孙贺）
郡国吏功差次之（大鸿胪壶充国）
乘舆御物主治之（少府王温舒）
陈粟万石扬以箕（大司农张成）
徼道宫下随讨治（执金吾中尉豹）
三辅盗贼天下危（左冯翊盛宣）
盗阻南山民为灾（右扶风李成信）
外家公主不可治（京兆尹）（京兆尹、左冯翊和右扶风是京师和京师附近两郡的地方长官，人称三辅。京兆长官，最头痛的事情莫过于皇亲国戚的骄横跋扈，所以说，外家——外戚和公主不可治）
椒房率更领其材（詹事陈章）
蛮夷朝贺常会期（典属国）
柱析（jī）檮（bó）栌相支持（大作匠）
枇杷桔栗桃李梅（大官令）（大官令是管理皇家园林的官，他不会做诗，接了七个字的果名。）
走狗逐兔张罘（fú）恩（sī）（上林令）
啮妃女唇甘如饴（郭舍人）
迫窘诘屈几穷哉（东方朔）（郭舍人和东方朔是武帝身边的弄臣，这里他们以两句戏言收结，和前面有所不同。）
3．地方官
两汉基本上袭承秦制，地方区划上实行郡县两级制。只是到了东汉末年才将原本作为监察区划的州，升格为郡之上的一级行政单位，变成了三级制。
