但是，吴敬琏仍然没有退缩。1988年4月26日，吴敬琏和他的助手李剑阁给国务院发展研究中心领导写了一份研究报告，题目为《控制需求，疏导货币，改革价格》。文中，他们重申了吴在1985年就提出过的“管住货币，放开价格”的政策主张，也就是说，进行价格改革势在必行，但是只有在“管住货币”的情况下，价格改革才有可能成功。
他们认为，在当前这种情况下，用价格管制的办法是难以维持的。根据第二次世界大战后联邦德国和日本的经验来看，“管住货币，放开价格”是“唯一可能获得成功的选择”。价格改革适时推出虽然艰险，舍此却别无他途，而且随着时间的流逝，困难和风险会越来越大。因此，他们写道，价格改革这个关“早晚要过，迟过不如早过，长痛不如短痛，贵在当机立断”。然而，他们的论述重点还在于控制需求和管住货币。他们指出，在多数人认识到价格改革既不能绕过，也不宜推迟以后，下述的可能性就会增大，即领导层在不改变扩张性货币政策的条件下做出积极推进价格改革的决策。但是，在他们看来，“这是一种成功可能性很小的选择，因为在需求膨胀和待实现购买力大量积累的情况下，对价格作较大的调整和放开部分产品的价格，有可能引发严重的通货膨胀”。在研究报告中，他们还列举南斯拉夫几次价格改革的案例，说明由于没有改变导致需求膨胀的经济体制和没有采取反膨胀的宏观经济政策，“结果都因物价暴涨超过了社会承受能力而不得不终止改革，重新冻结物价”。
吴敬琏们的观点仍然没有得到最高层的采纳。仅仅几个月以后，他们所描述的场景就在中国出现了。
1988年4月，全国七届人大召开，原国务院主要负责人转任中央军委副主席，李鹏出任新一届的国务院总理。到了5月上旬，中央领导发生了突然的变化。时任总书记提出启动物价“闯关”。
“闯关”的意思是，在短期内迅速理顺紊乱的价格体系，从而让经济运行趋于正常。由于体制内外落差很大，价格一并轨，势必会导致物价在一定时期内的上涨，所以，这是一个凶险的“关”，而且必须以“闯”的方式才可能顺利通过。
这是一个有着巨大风险和争议的经济决策。
吴敬琏日后分析，根据决定“闯关”的领导人当时的讲话，他之所以下决心“闯关”，是为了消除“双轨制”所滋生的腐败现象。而在做决策时，对通货膨胀的危险性估计不足。吴敬琏认为，这一判断是导致“物价闯关”失败的重要原因之一。
接下来发生的事实，是30多年的改革史上最为混乱和令人叹息的一幕。
5月16日到19日，中共中央政治局常委会制定了物价改革方案，宣布用5年时间把物价放开。为此，国务院建立了物价委员会，以国务院副总理姚依林为主任。在政治局常委会闭幕的5月19日，新华社向全国发表通电称，“中国的物价改革是一个大胆行动，要冒一定的风险，但是中央有信心把这件事办好……”以此为标志，打响了启动“物价闯关”的信号弹。
也是在5月19日这一天，邓小平接见一批前来北京参加一个国际经济讨论会的外宾。他在讲话中提出改革也要过五关斩六将，过价格这一关很不容易，“但物价改革非搞不可，要迎着风险，迎着困难上，十全十美的方针、十全十美的办法是没有的”，“我总是告诉我的同志们不要怕冒风险，胆子还要再大些。如果前怕狼后怕虎，就走不了路”。交谈中，一位拉丁美洲的国家银行行长应和说：“这叫做长痛不如短痛。”邓小平说：“你说得对，长痛不如短痛。”不过，邓小平接见外宾时的这段讲话在当时并没有发表。
5月25日至27日，时任总书记召集中央10多个部委的领导人开会，商议价格改革事宜，与会者中有两位经济学家，是刘国光和吴敬琏。会上，各部委领导都同意立即进行“物价闯关”。刘国光提出不同意见，他认为，由于连续几年的物价上涨，民众的通货膨胀预期正在形成，年初开始，各地已经发生了零星的抢购风潮，如果立即进行价格改革，势必促使通货膨胀预期完全形成和爆发全面的抢购风潮，所以，应当先用一两年时间治理好经济环境，再来进行价格改革。总书记对刘国光的意见不以为然，他说，你们这些经济学家的思想就是有框框，以为高速度一定会有高通胀，要求先治理环境，再放开价格。他援引韩国的经验说，韩国就是先通膨，后治理，打“时间差”，实践证明这是成功的经验。
吴敬琏觉得总书记所讲的道理不对，也加入了争论。他说，刘国光所说的基本道理是对的。打“时间差”要以居民还存在货币幻觉、没有形成通货膨胀预期为前提，这时多发票子他们不会马上作出反应。但是，4月份开始已经出现了储蓄负增长和零星抢购，所以，在这种宏观情况下实施激进的价格改革方案，可能会使通胀预期完全形成并出现银行挤兑和恐慌抢购。至于韩国，朴正熙搞“重化工业运动”以为打“时间差”是个好主意，结果造成严重通货膨胀，政局动荡，朴正熙的命都送掉了，这种教训不能不汲取。领导也不同意吴敬琏的意见。于是，两位学者与领导之间发生激烈的辩论，以至于争得脸红脖子粗，10多位部长们在一旁面面相觑。
在第二天的讨论会上，气氛缓和了下来。领导人还是坚持他的观点，认为通胀根本不可能发生，而且即便发生了，也不可怕。他谈到，体改所的一行人正在拉丁美洲考察，他们发回很多电报，说拉美的通胀率高达百分之几千，可是经济还是在发展。他还举例说，前些日子阿根廷总统阿方辛访华，当他得悉中国的通货膨胀率时说，你们这点通胀算什么，如果能像你们这样，我就谢天谢地了。
后来才知道，当时体改研究所的一行人正在拉丁美洲访问，他们从大使馆给总书记和国务院领导人发来电报，力陈高通货膨胀没有什么可怕，拉美的经济十分繁荣。
至此，立即“闯关”的决策敲定。
从上述的这些细节以及综合后来的其他史料可以看到，在赞成进行价格改革的人士中实际上存在着两种意见。
第一种是薛暮桥、刘国光和吴敬琏的意见，他们都认为应当先治理经济环境，然后再进行价格改革，只不过对治理的力度和所需时间有不同的估计。刘国光认为要花两年时间；吴敬琏则认为，只要力度足够，不需要两年。
第二种是立即进行“闯关”的意见，他们认为通货膨胀要么不会产生，要么并不可怕。
争论的结果是，第二种意见被采纳执行。当时的决策层对立即“闯关”所可能引发的市场和社会动荡竟没有去设计一个防范性的预案。用吴敬琏的话说，“根本不相信物价会飞涨”。
争论至此仍未结束。
5月30日，国家体改委召开经济体制改革中期规划研讨会，期间，专家们也自然讨论到迫在眉睫的物价改革问题。6月1日，国务院总理李鹏接见与会专家，各个方案的代表吴敬琏、厉以宁、张卓元、王珏、吴树青等5人发言。从当时发出的会议简报可以看到，他们均支持进行物价改革。吴敬琏和张卓元都重申了治理环境、防止通胀的必要性。厉以宁则谈到，可以利用政府手中掌握的金（黄金储备）、木（国有房产）、水（引进外资）、火（国有工厂）、土（土地使用权）和人（户口）等六种资源，通过出售黄金和房产、发行国营企业股票、卖掉小企业、有偿转让土地使用权和卖户口等办法，防止出现严重的通货膨胀。
8月，北戴河政治局会议正式公布“闯关”决定，确定5年理顺价格方案，前三年走大步，后两年微调，计划5年物价总计上升70%~90%，工资上升90%~100%。
这个“闯关”政策一公布，迅速震动全国。从当月开始，全国中心城市的猪肉和其他肉食价格以70%左右的幅度上涨，其他小商品迅速跟进。出乎决策层预料的是，“物价闯关”很快就呈现全面失控的可怕趋势，各地物价如脱缰的野马，撒蹄乱窜。当时，全国居民的存款为3 000亿元（1992年为一万亿元，2008年为24万亿元），并不是一个很大的数字，但是由于公众的看涨恐慌心理，却造成全国性的抢购风，这似乎应了凯恩斯的那句名言，“社会心理决定了人类的永久的经济问题”。根据当时的报纸报道，“人们像昏了头一样，见东西就买，既抢购保值商品，也抢购基本消费品，连滞销的也不放过，电视机有图像就抱，电风扇能转就买，电冰箱有冷气就要”。不同寻常的是，民众的抢购已经与实际的供求脱节，以电扇为例，当时全国有200多家电扇厂，年产量达3 400万台，成为世界最大的生产国，从两年前开始，国内产销就出现供大于求的状况，电扇积压非常严重，但是在抢购风中，国内仓库里的所有电扇均被一抢而空。
8月下旬，上海抢购狂潮进入最高潮，市政府不得不采取紧急措施，实行凭票供应食盐和火柴，铝锅只能以旧换新或凭结婚证和户口证申请购买。
8月27日晚，中央总书记召开紧急会议，宣布暂停物价改革方案。8月30日，国务院正式发布通知，下半年不再出台新的调价措施，下一年的价格改革也是走小步，工作重点从深化改革转到治理环境、整顿秩序上来。
1988年秋季爆发的这场物价暴涨和全面抢购，被认为是1978年改革以来最大的一次经济失控。国家物价局的《中国物价年鉴》记载：“1988年是我国自1950年以来物价上涨幅度最大、通货膨胀明显加剧的一年。在国家计算零售物价指数的383种商品中，动价面达95%以上，全年零售物价总指数比去年上升18.5%，这个上升幅度又是在持续3年物价累计上涨23.7%的基础之上。”
在吴敬琏看来，后来实施的“闯关”方案——在通货膨胀政策下放开价格的做法太过鲁莽，他在晚年口述史中说，“这就叫不幸而言中，因为物价飞涨和全民抢购是可以预见到的、一定会出现的事情”。
据《薛暮桥回忆录》记载：“1988年12月1日，时任总书记找我、刘国光和吴敬琏去谈话，表示接受我们对他的批评，说最近这一年犯了通货膨胀的失误。我说不是一年，至少已有3年。国光和敬琏也谈了自己的意见……但已造成相当大的损失，使改革走了一段不必要的弯路。”
1988的“物价闯关”失败，是中国经济改革史上最让人沮丧的一个事件，它的搁浅极大地改变了中国现代化的路径。“闯关”失败后，宏观经济陷入紊乱，全国上下弥漫着阴郁的紧张气氛。
