其次，加强了勘合的管理和驿传稽查，以防止假冒、转借勘合。在张居正的主持下，创制了内外勘合、大小勘合、勘合长单等办法。内外勘合，就是将京城与外省的勘合有所区别，然后加以对换的办法。大小勘合，则是用来区分出使的官员和杂职末流小吏的办法。凡是持大勘合的官员，驿站应供给粮夫马车船，而小勘合持有者驿站只提供人夫和粮食。对于使用大勘合的官员，为了防止他们过额索取，在大勘合以外又设有长单。长单专门用来填写沿途驿站供应的数字，这些数字由驿丞、出使官员共同填写，并且要有所过州县衙门的印章。
第三，严格限制过往官员额外索取驿站支应，并警告地方官员不许阿谀奉承以取悦上司。新的驿传条例规定：虽是公差人员，如果使用的轿、夫、马等超过规定数字，不管是什么衙门，都不应支付。有违犯者的官员要依法治罪。地方官进京朝见，也不许带额外随从等。
经过张居正的一番作为，官员擅自驰驿，使客过额索求，收到了极大的限制。这样，就使驿站的开支得以节省，在畿辅地区，驿站开支减去百分之六七十。在此基础上张居正又调整了驿站站银的征收、下发、禁止拖欠、克扣或作别项开支，把某些州县的协济站银进行了合理调拨，从根本上扭转了驿站站银支用不足的局面，也使交通干线沿途的百姓的负担大为减轻。据不完全统计，自万历四年至万历十年，共减免站银八十九万五千六百两，驿递整顿是一项利国利民的善举。
（三）整饬边务
隆庆元年（1567年）二月，张居正入阁参与机务。当时，徐阶大权在握，高拱与徐阶不和，于是在元年五月离开内阁。九月，俺答进攻大同，掠交城、文水，直逼山西中部，北京处于战争的惶恐之中，十月，俺答掳掠后引兵北退。穆宗下诏让群臣讨论这件事情，兵部尚书郭乾被罢职，由霍冀接任。徐阶的门生工科给事中吴时上疏推荐谭纶、戚继光，练兵蓟州，以加强北部的边防。这一建议很快得到了首辅徐阶的支持，很快就实现了。霍冀刚刚接任兵部尚书的时候，对情况并不是很熟悉，大学士李春芳、陈以勤都不愿意过问边防事务，而当时张居正、吴时来、谭纶与戚继光都是徐阶重用的人。这样，在内阁之中主持整顿蓟、辽、宣、大边防的重任就落到了张居正身上。隆庆三年（1569年）十二月，高拱二次入阁后，在边防问题上，高拱与张居正有着共同的观点、共同的语言，再加上他们都曾经是裕邸讲官，又是十年前国子监的同事，关系颇为融洽。因此，在隆庆一朝，张居正为北方边务的实际承办者和主持者。
张居正整饬边防，首先是重用智勇双全的江陵，对他们“委以责成”“信而任之”。他所重用的谭纶、戚继光、李成梁、王崇古、方逢时等人，充分发挥了他们的能力和智慧，在事务之中大显身手。
当时的情况，北边战守的重心是蓟州。在谭纶、戚继光主持蓟州边防的时候，张居正给予了大力的支持。谭纶提议建筑敌台，张居正立即答复：“昨议增筑敌台，实设险守要之长策，本兵即拟复行。”谭纶于是和戚继光“图上方略，筑敌台三千，起居庸至山海，控守要害”。戚继光在整饬边防过程中遇到困难时，张居正及时给予排除。戚继光的军事才干得以充分的施展，在镇守蓟州期间再次得到充分的发挥。他以对倭作战的浙兵为主干，根据蓟州的地理条件和同蒙古骑兵作战的特点，从实际出发，加紧军事训练，修建边墙和增建空心敌台，改善武器装备，得到了中央政府的认可，也震慑了蒙古各部，使蓟州的边防，相安无事。在整饬蓟州边防的过程之中，张居正与谭纶、戚继光私人之间也结下了深厚的友谊。隆庆六年（1572年），张居正任内阁首辅，谭纶为兵部尚书，直到万历五年四月病逝为止；戚继光镇守蓟州十六年，保证了边界安定。
在辽东方面，张居正任用了出身贫寒但有大将之才的李成梁镇守。李成梁是辽宁铁岭人，世袭铁岭卫指挥佥事，积功升至辽东镇的险山参将。隆庆年间因为抗击土蛮频传捷报，在隆庆四年升任辽东总兵，镇守辽东镇。《明史》中介绍他“英颜骁健，有大将才”。万历七年底，土蛮以四万余骑屯聚在锦川营（今辽宁绥中西北），张居正得知这个消息后，即刻告诫李成梁等人切不可轻敌，一定要坚壁清野，挫敌锐气，然后再出击。他又下令兵部调戚继光前去增援，明军按照这一方案击退了四万敌骑，李成梁又趁机出塞二百余里，直抵红土城，斩首四百七十余人，这就是“红土城大捷”。万历八年张居正授予李成梁世袭伯爵。在李成梁镇守辽东的二十二年，先后取得大捷十余次，其武功之盛，是二百年来未曾有过的。万历十九年（1591年），李成梁离开辽东后，十年间主帅变了八次，边备松弛。万历二十九年（1601年）八月，再次起用李成梁镇守辽东，当时他已经76岁，在他第二次镇守辽东的八年间，辽东少事，蒙古土蛮也不敢再犯。在宣、大方面，张居正任用王崇古、方逢时镇守，他们修边墙，开屯田，加紧练兵，防御力量大大增强。
在张居正的主持下，经过多年的努力，终于扭转了长期以来边防松弛败坏的局面。战守力量日益增强，蒙古犯边逐年减少。张居正加强边防的目的是为了寻求改善蒙汉关系的时机。他多次命令长城沿线的将领，要抓住一切有利条件，发展同蒙古族的友好往来。宣大总督王崇古多次派人深入蒙古内部进行联络宣传活动，公开宣布，凡是蒙古投归内地的无论番汉均以礼相待，适当安置。此招果然灵验，越来越多的人口离开蒙古归顺中原。
隆庆四年（1570年），俺答汗的孙子把汉那吉与俺答汗发生矛盾，于是入关请求投降明朝。于是围绕着是否接纳把汉那吉在朝廷展开了激烈的争论。张居正力排众议，坚决主张接纳把汉那吉，同时认为这是一个改善蒙汉关系的绝好时机，不可轻易放过。最后，穆宗采纳了张居正的意见，接纳了把汉那吉。随后又以隆重的礼节把把汉那吉送到蒙古交给了俺答汗。俺答汗见到孙子后欣喜若狂，上表称谢，表示今后永不犯边。从此，明朝与俺答汗结束了长期以来的敌对关系和对峙状态，在从东到西绵延五千多里的蒙明边境线上“无烽火警，行人不持弓矣”。同时，人民生活得以安定，经济也出现了繁荣景象，正如方逢时描述的“八年以来，九边生齿繁，守备日固，田野日辟，商贾日通，民始知有生之乐”。鉴于蒙汉关系有了实质性的突破，宣大总督王崇古提出了蒙汉两族“封贡互市”的主张，而蒙古俺答汗方面也疲于多年的战事，曾多次派使臣到北京请求“封贡互市”。王崇古的建议遭到了以兵部尚书郭乾为首的许多朝臣的强烈反对，他们认为讲和示弱、马市启衅，封贡互市后患无穷。他们甚至污蔑王崇古与俺答汗之间有某种秘密协定。在这种错综复杂的形势下，张居正挺身而出，一方面摆事实讲道理为王崇古辩护，一方面耐心劝说反对派阐明的优越性。他指出与俺答汗封贡互市对明朝有利。张居正的观点也得到了当权派之一高拱的支持，最后，穆宗同意议和，封俺答汗为顺义王，规定每年贡马一次，并在大同、宣府、山西、延绥、宁夏、甘肃等地选定十余处开设互市。
明朝和俺答汗缔结盟约后，张居正坚持严守信义，不违约、不背盟。王崇古有几次想延期开市，张居正坚决不同意，他向王崇古指出，蒙汉互市要以安宁、联合为主，不要因小失大又开边衅，以致破坏了刚刚形成的和平环境。随着时间的推移，互市贸易不断扩大，除政府控制的“贡市”“马市”外，还出现了私人交易的“民市”和每月一次的“月市”，边远地区还有临时开设的“小市”。通过这些贸易活动，蒙古的金银、马匹、牲畜、皮裘、木料等特产源源不绝地流入明朝；而中原先进的生产技术、生产工具和优良种子等亦在蒙古地区传播开来。封贡互市有力地促进了蒙汉两族社会经济的发展。
张居正通过重用英勇善战的将帅，整饬边防，加强战守，改变了正统以来边防日益发展废弛的局面；通过重用足智多谋的边帅，改善蒙汉关系，改变了自明朝开国以来一直与蒙古所处的敌对关系和战争状态，促使两族之间友好往来，促进了我国多民族国家的形成和发展。
（四）学政育人
万历初年的学政，在张居正眼中弊端很多，无论是学校中使用的教材，还是学政队伍，都有不尽如人意的地方。为了能尽快培养出适合改革后的人才，张居正在万历三年上疏，请求改革学政。
明代官学较为兴盛，是统治者培养官吏的主要机构。北京和南京设有国家最高学府国子监，地方各府、州、县办有府学、州学、县学，并规定只有官学学生才能有资格参加科举考试。这样就形成了教育、科举、做官的体系。学校成了科举的附庸，通过学校渴求知识和掌握实际技术技能的功用降低了。明初对科举取士的考试录取标准，也做了严格规定。按照明朝制度，乡试、会试均考三场：初场考经义和四书义，第二场和第三场考经史事务对策及论、判、诏、诰、表等应用公文写作，三场考试成绩都优秀者，才可以取士。可是在执行过程中总会出现一些偏差，常常以考经义、四书义的成绩作为录取标准。考经书义只是在重复圣贤之言，以不许自由发挥的八股文为考试方法，这样就造成了学生只会背经文，不通晓政事的局面。这种形式，怎么能选出治国安邦的人才呢？
张居正在对学政的治理上首先从学校中的教材入手，以扩大知识面，改变学生孤陋寡闻的现象。他规定，除四书五经之外，还要学习《性理大全》《历代名臣奏议》《资治通鉴纲目》《大学衍文》等书，以及朝廷的法令和典章制度。为了纠正学风，他又对科举取士的考试制度严加规范，重申三场考试要同等对待，只有三场考试成绩俱佳者才能列为上等，并强调，后两场成绩优秀、但初场成绩一般的人，根据录取名额可“酌量收录”，而初场成绩优秀，但后两场成绩较差者，一概不得录取。如果发现作弊，立即剥夺考试资格，并给予较重的处分。张居正的行为对于减轻八股文对广大学子的毒害、不再束缚他们的思想，起了重要的作用，也不再把八股文作为取士的唯一标准。以前明代科举考试中常出一些四书五经的三五百字，可是当这些都出完了，反倒难住考官了，出题者比做题者还难。于是题目就越出越怪，把书上不相干的内容放在一起，让学生去理解其中的含义。对于考生而言，只能把精力放在对这些内容的熟练程度和理解上，答卷也越来越空，考官也常常敷衍了事。张居正对于这种做法非常反感，也曾深受其害，他表示力求“明白睁大”，不出偏题、怪题，尽量切合实际。除了在教材的考虑、考试的制度上的改革外，张居正也认识到了学政队伍对于改革的重要性。于是对学政队伍进行了切实的整顿。明代的学政负责人在进入正统以后，地方是二级建制，基层的府、州、县设有提调官，负责本地区学生的考核。在府、州、县以上的各省，设有提学官，负责本省学区学生的录取、奖惩等事宜。提调官和提学官权力很大，地方的其他行政、监察人员都无权干涉他们的公务，除非犯法，才可由巡按弹劾。为了考核提调官、提学官是否称职，张居正对他们采取了三个方面的整顿措施。第一，进一步明确了提调官和提学官的职责。万历三年，规定：府、州、县的提调官要严格执行学规。对学生要按时考核，定期检查作业。第二，加强监督。张居正运用考成法。万历四年规定，每科乡试结束后，由吏部立即对提学官进行审查，分出等次，然后按等予以奖惩。第三，慎选学官。万历二年张居正要求吏部、礼部在挑选学官时，“务选年力精壮、学行著闻者”任职，即学识、品行、精力都符合者才能担任学官。张居正的这些措施，使万历初年的学政有所改观，初步扭转了学政腐败的局面。
约束生员、严格淘汰也是张居正学政整顿中的一项重要内容。生员，就是明代地方官学的学生。明初的生员名额，府学四十人，州学三十人，县学二十人。宣德三年（1428年）后，全国两千多所官学学生总数大约有三万多。到正德年间总数大约有六万人左右。这些生员，分为三等。在当时称为秀才的，地位就比普通人高出一些，见了知府可以不用下跪，官府也不能随便对他们动用刑罚。最主要的是，生员享有国家统一规定的生活待遇。这些生员，成了国家一项不小的财政开支。为了减少开支，张居正在万历三年制定了严格的考试淘汰制度，要求提学官在每年一次的岁考中，“严加校阅”，对学业荒疏、资质平庸的学员，立即开除学籍，决不姑息。同时还裁减了生员名额，规定大府不得超过二十人，大州、大县不得超过十五人，此项措施仍然用考成法来监督，得到贯彻实施。当时生员在学习之余，都特别热心于政治，对某一官员进行评头论足。禁止生员干政是明代高度专制集权的内容，统治者需要的不是具有积极主动精神的官吏，而是俯首帖耳的奴才。张居正也是那个时代的人，当然他也不能逃出那个时代的界限，只能用加强专制的办法强迫生员专心读书。
在明代的教育体制中，还有一种书院的制度。书院制度从宋初到清末，存在了近千年之久。书院多是由私人创办，对于那些不能进入官学的人来讲，也同样有接受教育的机会，起着补充官学不足的作用，也使各种思想与文化在中国古代社会中徜徉。书院在明代嘉靖年间达到极盛，大约有七百多所，占明代书院总数的百分之六十。书院多由当时颇有盛名的王守仁、湛若水等理学大师讲演，在传播、创新和发展中国儒家文化上起了不可低估的作用。但是不免有些人空谈，窃取虚名，没有什么真才实学。张居正对这种聚众空谈之风十分反感。他认为古人的经书是圣贤留给后人的宝贵财富，士人读经是为了学习治国安邦、立身处世的道理，而且书院还要占去大量耕地作为办学经费，而这种有名无实的办学实在是扰民之举，所以他在万历七年下令：“毁天下书院。”约束生员、毁天下书院这两项举措，后人非议颇多。从对教育的发展过程来看，确实存在很多的弊端，但是在明中期以后财政不理想的条件下，对于提高生员的质量，节省财政开支，推进改革的深入，也起着不可低估的作用。
