从公元一二二五年起，蒙古兵曾三次攻占成都。直到公元一二五八年元人才在成都树立了基础。蒙兵入城之初，杀戮破坏都很厉害，后来安定后也没大的恢复。而且，据书载当时科差繁重，而就戍往来者扰民尤重，且军官或“抑良民为奴”。充分说明了当时四川，也是成都人民的痛苦情况。可这一百余年当中，成都是再度衰败了。
公元一三五七年（元朝末年），四川政权转移到一个湖北起义农民明玉珍手。明玉珍死于一三六六年，其子明升承继，至一三七一年为明所灭。到公元一三七三年（时明已取得四川），曾两度修复了颓圮不堪的城墙。大概城墙范围仍然照唐宋传下来的一般大小或小有修改，但已不可考了。只是唐宋时在正北、正西、南这三方面是两重城墙，故有子城、罗城之分。而从明朝起，便仅止是一道砖石土混合筑的城墙。
公元一三七八年朱元璋封他第十一子朱椿为蜀王，并在一三八年大修城墙时起，派人在五代前后蜀国宫苑遗址上，即是在摩诃池的东边，即今天成都市人民政府所在地，给他修了一座藩王府第。虽然规模比五代时宫苑小，但以今天街市情况考起来，还是相当大的。北起今天骡马市街，南至今天红照壁街，东至今天的西顺城街，西至今天的东城根街，以今天成都街道来看，恰在城中心占了个大长方形地方。藩王府有两道城墙，内面一道在今天正在恢复的御河内沿，正南有三洞城门，一座名端礼门，上有两重城楼。此门楼今已修复，不过比原样低了三至四尺。上半截的龙形琉璃砖瓦更无法恢复。门楼还未修复。当明朝时这中间有十几殿，很多崇楼杰阁，并有比往昔小一些的摩诃池。外面一道墙名夹城，只有东、北、西三面用以隔绝平民百姓。内城之外，夹城之内为园苑。但在明朝中叶有一位蜀王还越前夹城范围，修建了一些别馆，今天在西顺城街南段之东已变为中心菜市场的安乐寺，和北段之东处在鼓楼南街，今天已改为交通所和商业所的一部分的太平寺便是一例。南面端礼门之外，原有拱桥三道，跨于御河之上。再南又有大桥三道，跨于金河之上两侧。当东御街口上原有鼓吹亭两座名龙吟和虎啸亭，一九五二年修建人民南路始发现二亭石基。大三桥之南有长达二十余丈的影壁一座，故此街称为红照壁，在一九二五年方为当时军阀拆卖无余。
从明朝起，成都又渐渐繁荣起来。丝织特产在元时也未消灭，到明朝因为民生安定，需要量大，便又兴旺了。其它许多内外销的手工业品也是这样。故成都在明朝除了藩王府建筑外，其它官署寺庙园林名胜一般地都修得很好，尤其在今天的华西坝和新村一带，是当时最有名的中园，梅花极多，并有唐宋遗留下来的号称梅龙的古梅。虽然明朝二百七十五年间四川别的地方发生过几次战事，但成都还是安静的。不过那时成都人口也并不多，因为城市并没比宋时大，而城内也是除了藩王府占去一大片地面外，东城一个大慈寺就有九十六个院落，西城一个圣寿寺就占去今天少城南面一大半，北门除了五担山和今天的文殊院外，东北角还有一个绝大的益州书院。此外，官署也大也多。而为人民居住处和商场所用的地方很少，而且限于体制，平民百姓的房子大都是平房，没有高楼。以此估计在明朝算是复兴了的成都，它的人口也不过十万上下，顶多十五万罢了。
明朝复兴的成都是在公元一六四六年上半年被消灭的。事情是由于张献忠。因为大半个四川既为明朝和各地土豪据守着，不但不能征取，而且颇有联合起来向川西进逼之势。同时清兵业已进入山海关，与他同时起义的李自成退出北京，撤向山西陕西，有向湖北发展的情形。他便率领大军想由川北去湖北。但他恨极敌人，故决计绝对不留一人一物给敌人。因此，在公元一六四六年初开始有计划地将成都和川西平原上所有未曾跑散的人民都集中起来，所有城墙都拆平，所有房屋东西都烧毁。单以成都而言，在他彻底破坏了六个月，将人民和军队一起带走后，城内城外几乎全光了。古代的遗迹只剩下五担山和金河以及城外的邱陵河流，那是无法变更的。至于人力建设的只有藩王府的端礼门，跨越金河的三座大桥，桥南两只大石狮，一道影壁，这都是明朝的建筑。有些较古艺术，如铜铁佛像等，大抵在他攻入成都时埋藏在土内，尚零星保存了一些。据书记载，就是公元一六四六年起一直到公元一六五九年，十三年中成都是一片荒芜。城内只有野兽而无一个人的踪迹的。
到公元一六五九年清四川巡抚高民滕奏请将省会由阆中仍移成都，才开始有了人烟。城墙和房产才因陋就简逐渐修建。到公元一六八三年，据当时最可靠的记载说：因为奖励外省移民到此的结果，城内“通衢”才有了“瓦屋百十所，余皆诛茅编竹为之，而北隅则颓垣败砾，萧然惨人”。
这是在大破坏之后三十七年的景象。又经十五年到公元一六九六年，距大破坏后又五十年了，据书籍所载，成都的“人民廛市”已增多，然而也不过几千人口瓦屋数百家而已。
成都的恢复是在公元一七一六年前后，才陡然增加了进度。一是地方安定，出产丰富，生活较易，使人民住得下去。二是交通不便，因而凡是从前作官吏、商贾的外省人，到成都一住定就不愿再走。三是这一年清朝为征伐西藏，从湖北荆州调来满洲蒙古兵二十四旗，一千五百名连同家属约计六千人到成都来协助后防，后来就驻成都，因而人口疾遽增多。其次是公元一七七五年清朝对大小金川的用兵，公元一七九一年对廓尔喀的用兵及那时前后十几年川北、陕南、鄂西白莲教的战争，成都一直是大后方兵粮转运据点。求名、求利、求安定生活的都麇集于此，故成都又很快复兴起来，但距大的破坏之年，也经过了一百四十五年。过此，每逢四川省内外一次变乱，成都人口就有或多或少的增加，一直到对日抗战发生以后也没有变更这条规律（所以成都人口全都是外来客籍）。故成都这地方在公元一九四九年解放以前，无论怎样繁荣，人口怎样增多，到底是个消费城市。虽然它也有相当数量和不少的手工业（但从历史上传留的手工艺如织锦、制花笺纸、制扇等，经战争的消灭，特别是张献忠那次破坏，果真就消灭了）却始终进入不到大的手工业生产。
在清朝时代（从公元一六四四到一九一一年），成都比较可说的建筑物计有：
一、大城城墙。据公元一八七三年重修的成都县志载，第一次修复在公元一六六二年，系土筑，周长二十二里三分，计四千零一十四丈（旧营造尺），高三丈又八尺，厚一丈。东西南北四门，外环以壕。第二次大改修由当时四川总督福康安奏发币银六十万两，全部用大砖大石砌成，从公元一七三三年开始，经过三年到公元一七八五年竣工。据同一成都县志载：周长二十二里八分，计四千一百二十二丈六尺，垛口八千一百二十二垛，砖高八十一层，压脚石条三层，大雉房一十二座，小雉房二十八座，八角楼四座，炮楼四座。四门城楼顶高五丈。又记说在一八六二年四角添筑了小炮台二十四处。周围的城壕也浚深浚宽了。
