3月4日，蒋介石在腊戍第一次告诉杜聿明，要他听从史迪威的指挥。杜聿明马上机敏地问道：“如果史迪威的命令不符合校长的决策，那该怎么办呢？”蒋介石回答说：“你直接打电报向我请示后再说。”事后，蒋介石似乎觉察到了杜聿明对史迪威的不满，又给他写了一封亲笔信，要他必须“绝对服从”史迪威的指挥。3月11日和21日，蒋介石又两次致电远征军，规定了史迪威的指挥权，但杜聿明仿佛摸透了蒋介石的心思，始终并没有把史迪威放在眼里。
3月14日，杜聿明以中国远征军“统帅”的名义拜会了眉苗的英国总督。多尔曼·史密斯两天前刚刚接待了史迪威，他对又出现一位“统帅”感到大惑不解。杜聿明露出一丝狡猾的微笑回答说：“噢，阁下，那位美国将军只是自己把自己看成统帅，而实际上并非如此。你知道，我们中国人认为，要让美国人参加到战争中来的唯一办法，就是给他们一些名义上的指挥权。只有我们掌握住实权，他们才不致干出太多的傻事来。”
这一切史迪威当时并不知晓，他在第5军军部仍然踌躇满志地向杜聿明说明了他的部署和作战意图。杜聿明同意把新22师调往彬文那以南地区，支援第200师作战。可是几天过去了，新22师仍未到达指定位置。史迪威开始怀疑杜聿明在“玩弄诡计”，阳奉阴违地抵制他的命令。
第200师在东吁地区的阻击战打得十分艰苦。日军在空中和地面炮火的支援下，向东吁正面防线发动了一次又一次的猛烈进攻，并且派出部队向两翼迂回。其左翼一路攻占了东吁西北约8公里的克永冈机场，切断了200师的后方联络。全师官兵在戴安澜师长的镇定指挥下，抱着与阵地共存亡的决心，继续坚持战斗。
史迪威在漂贝、曼德勒、眉苗之间来回奔波，一面监督前线作战，一面不断催促后续部队的开进。3月27日，新22师终于全部到达距东吁前线约30公里的耶达谢。史迪威一再要求新22师立即发起攻击，但是杜聿明和师长廖耀湘仍然迟疑不决。情况紧急，时不我待，史迪威只好连夜赶往眉苗，要求参谋长林蔚向杜聿明下达进攻命令。林蔚在史迪威的压力下，终于接受了这一要求。
随后，史迪威又马不停蹄地返回漂贝，督促杜聿明和廖耀湘执行进攻命令。与此同时，他又打电话给眉苗，请求西线英军与远征军相配合，从早谬地区发动一次支援性进攻，英国人答应了他的请求。
3月28日，新22师开始向东吁方向攻击前进，但是，由于杜聿明和廖耀湘缺乏进攻决心，同时也由于日军的顽强抵抗，进展十分迟缓。东吁城内的200师情况十分危险，从新加坡北调的日军第56师团先头部队也在当天投入战斗，大大增强了日军的攻击力量。
3月29日，史迪威亲自赶到耶达谢前线新22师师部督战。廖耀湘支支吾吾仍在拖延，他认为新22师进攻力量不足，要等第96师赶到以后再全力攻击。杜聿明竟准备让第200师突围后撤，放弃东吁防线。史迪威瞪着拒不从命的杜聿明和廖耀湘，怒火中烧。在东吁至卑谬一线阻止日军进攻，是中英两军共同商定的作战计划。蒋介石也曾在3月20日发出手令，要求远征军“必须死守”东吁，特别是在英军未撤出卑谬以前，“我军绝不能先撤东吁阵地”。现在英军应史迪威之请，正以30辆坦克为先导向瑞同、德贡方向发动反攻，而杜聿明却要放弃阵地后撤。
史迪威多日以来心中积聚的愤懑，终于像火山一样爆发出来。他怒视着杜聿明，声色俱厉地吼道：“你必须执行我的命令，如果胆敢抗命，我要用军法制裁你！”他很清楚第200师在东吁的困境，但他认为救援第200师最有效的办法就是让新22师全面出击，打退日军的进攻。
杜聿明的反应十分冷漠，这冷漠之中透着轻蔑和鄙视。他说：“对不起，将军。我不能让第5军同如此强大的敌人冒险硬拼，必须保全第200师，才利于以后的作战。我要对我的部队负责。”史迪威问道：“你不对我的命令负责吗？”“不，我只对委员长负责。”杜聿明的回答非常干脆。其实，他在前一天就已经报告蒋介石，准备让第200师撤退，并且得到了批准。史迪威对这一切竟毫无所知。杜聿明转身走了，带着随行人员撤往彬文那，把史迪威甩在了耶达谢，他知道这位参谋长的“军法制裁”不过是一句唬人的空话。
当天深夜，戴安澜率第200师从东吁突围，向耶达谢以东地区撤退。3月30日，日军占领东吁。
史迪威在日记里，记下了他当时的痛苦心情：“精疲力竭，我在精神上几乎崩溃了……，我发誓，我真的受够了。”第2天，他在无可奈何之中离开前线。途中又见到了杜聿明和廖耀湘。“廖和杜仍在支吾其词。他们根本就不打算进攻。前线平静无事，日本人没有反应。十足的懦夫。”他在东吁一线集结部队向日军反攻的计划已经破灭，远征军根本不听他的命令和指挥，在杜聿明、廖耀湘的背后，还有一支牢牢地控制着他们的铁腕。“机会就在手边，却眼睁睁让它溜走了。既然无所作为，那就坚决辞职。”史迪威暗暗下定了决心。
3月31日，他在眉苗会见了亚历山大和从印度赶来的韦威尔。尽管他并不能对远征军的撤退负责，但仍然感到脸上无光。他知道，英国人已在公开地嘲弄“史迪威发动的伟大的中国攻势”，他无言以答，只能对形势作了一些解释。其实，英国人的反击也未能奏效，他们的部队也正从卑谬撤退。当天，史迪威离开眉苗，飞往重庆。
在重庆一下飞机，他见到了商震。商震向他透露说，第200师从东吁撤退是蒋介石亲自批准的。那天是4月1日，恰好是“愚人节”，他觉得自己就像是一个被蒋介石愚弄了的“傻瓜”，心里的怒火全都集中到了蒋介石的头上。“我们失去了一个在东吁打退日本人的绝好机会，根本原因就在于蒋介石的插手。”
当天中午，他会见了蒋介石，毫不客气地向他“摊了牌”。“我名义上是总指挥，但军长和师长们都不服从我的命令，而我又没有足够的权力强迫他们服从。我不能撤他们的职，更不能枪毙他们，仅仅同他们讲道理是毫无用处的。其最终结果，我成了个毫无权利的傀儡，受苦受累地工作，还要为别人的失利承担责任。鉴于这种状况，我必须提出辞职。”
蒋介石摆出一副十分惊讶和关心的样子，问道：“他们为什么不服从？娘希匹，我要调查，哪个师长不服从命令，我就枪毙他。杜聿明是我的学生，我会教训他的。我一定告诉他们，必须服从你的命令。这个不是什么问题，我会解决好的。”
史迪威也并非真想辞职，他主要是想通过对蒋介石施加压力，以便真正掌握远征军的指挥权。他向蒋介石表示，如果要继续让他指挥远征军，那就必须授予他指挥这支军队的全权，并要求蒋介石增派云南境内的第66军开赴缅甸。同时，他甩出了一只具有一定威慑力的“杀手锏”：“如果指挥官不服从我的命令，我就不能让美国空军支援这支部队。”
第2天，蒋介石想出了一个办法。他告诉史迪威，已决定让罗卓英上将出任远征军司令长官，并担任史迪威的执行官。史迪威的命令可以由罗卓英下达给各部队，并监督执行。罗卓英毕业于保定军校第8期炮科，与陈诚是同班同学，原任第9战区副司令长官兼第19集团军总司令，其资历和职务均远在杜聿明之上。史迪威同意了蒋介石的安排，他认为“罗是个强硬的家伙，能够对付杜聿明”。
4月5日，蒋介石和宋美龄与史迪威一道从重庆飞往缅甸。为了稳住这位美国将军，他要作出一种姿态，亲自向远征军进一步明确史迪威的指挥权。同时，也是为了视察前线战况，以便具体商定和部署下一步的作战计划。
蒋介石在眉苗召见了史迪威、罗卓英和杜聿明等人，亲自宣布了5条命令：第一，史迪威是我的参谋长，由他担任指挥远征军在缅作战的职责；第二，罗卓英接受史迪威的指挥，远征军各部都要听罗长官的指挥；第三，一切问题由史迪威将军全权作最后决定；第四，史迪威有提升、撤职和惩罚所有军官的全权；第五，对英方一切问题的交涉由史迪威将军接洽。
召见之后，蒋介石和宋美龄拉着史迪威让战地记者照了一张又一张合影。他们手挽着手，脸上堆满笑容，以显示中美之间的团结与合作。
杜聿明站在一边，产生了一种受冷落的感觉。从最初统一指挥第5军和第6军，到“代司令长官”，现在他上面不仅有了史迪威，又加上一个罗卓英，心中的愤愤不平油然而起。他私下里找了蒋介石，满腹怨气地说：“校长，远征军大多是您的精锐，我不能不负责任。如果照史迪威的命令，第200师早就断送了。他既不了解中国军队的情况，也可以说不懂战术。您……”蒋介石一挥手打断了他的话：“这些我知道的。以后有罗长官在，他会了解的。你要服从史迪威和罗长官的命令。你应该明白，我们吃的是美国饭。”
随后，蒋介石与史迪威等人共同商定了组织“彬文那会战”的计划。其部署是：以第96师在彬文那一线构筑预设阵地；以新22师在斯瓦至彬文那之间逐次抵抗，将日军吸引到第96师主阵地之前；尔后，以新22师、第200师和第66军新38师从彬文那两侧出击，将日军包围在彬文那南部予以歼灭。
4月8日，蒋介石和宋美龄离开缅甸回国。史迪威又一次振作起精神，开始行使他的“指挥全权”。要实现“彬文那会战”计划，关键的一环是要保证远征军主力的翼侧安全。他在眉苗约见了亚历山大，要求西线英军必须固守亚兰谬一带的协防地区。4月9日，他在曼德勒和彬文那检查了新38师、第96师和200师的部署情况。第2天，他又赶到东线，视察了第6军的防务。这个军的三个师至今还没有与日军接手，他们的装备和战斗力比第5军还要差些。史迪威要求军长甘而初，必须守好东部防线，伺机攻击前进。
正面新22师的逐次抵抗打得十分艰苦。廖耀湘指挥着他的3个团交替掩护，边打边退，一面消耗敌人的有生力量，一面将日军引向彬文那地区的预设阵地。精心设计和组织的“彬文那会战”计划，正在一步步地实现。
恰在此时，史迪威最担心的情况出现了。西线英军放弃了亚兰谬，并一路后撤，在逃至仁安羌一带时，被日军第33师团一支1000多人的穿插部队切断退路，英缅军第1师7000多人陷入日军包围。同时，东线也出现了严重情况，日军第56师团从东吁转向右侧迂回，在莫契击溃了第6军55师，正急速向乐可、东枝方向穿插。
彬文那地区的远征军主力，东西两翼都遭到了日军威胁，情况十分危险。4月16日，史迪威在给夫人的一封信中写道：“我想，我们很快就会在日军的进攻面前失败。……我们已经尽了最大的力量，如果我们被日本人赶进深山老林，那并不是因为我们没有努力。”18日，史迪威不得不放弃彬文那会战，命令第5军各部向漂贝、塔泽、敏铁拉一带撤退。
英国人像迷了路的孩子，一次又一次地要史迪威派部队救援在仁安羌一带被围困的英军。4月19日，孙立人率远征军新38师经过激战攻克仁安羌，打退了日军。这次战斗共救出英军7000多人及被俘英军、传教士和新闻记者500多人，并夺回了被日本人劫获的英军辎重100多车。英国人一时感激涕零，但没过几天就全都忘在了脑后。
史迪威把他的指挥部从漂贝撤到距曼德勒约30公里的皎克西，准备在曼德勒及其以南地区寻机与日军决战。但是，东路第6军的战况却进一步恶化，致使整个战局急转直下。向东侧迂回的日军第56师团于4月20日攻占乐可，尔后向和榜方向急进。日军的这一穿插行动，在第5军和第6军之间打进了一个楔子，这不仅威胁两军的翼侧，而且使远征军的后方要地腊戍门户洞开。
面对这一严重形势，史迪威急调第200师向葛鲁、黑河方向出击，并命令第6军第93师和第49师向南曲依、莱卡一线回防，以封闭第5、第6两军的结合部，阻断日军穿插。4月23日，他亲自赶到已推进至东枝外围的第200师前线督战指挥。他根据罗卓英的建议，悬赏5万缅甸卢比，以尽速拿下东枝。25日，第200师夺回东枝。但是，向西回防的第6军部队刚刚与日军接触便溃不成军，仓皇向景栋方向撤退。24日，军长甘丽初报告，他手中已无兵可以指挥。尽管第200师从东枝截断了日军第56师团的后路，但该部日军竟完全不顾后方情况，径直以每日机械化行军110公里以上的速度长途奔袭，闪电般地扑向腊戍。
4月25日，史迪威、罗卓英、杜聿明与亚历山大等英军指挥官在皎克西召开会议。会议认为盟军的前线部队已陷入危险境地，遂决定放弃曼德勒，撤往伊洛瓦底江以北。随后，史迪威和罗卓英对远征军部队的行动作了部署：第66新28师由曼德勒驰援腊戍，会同新29师阻击日军穿插部队；第6军东渡萨尔温江，向景栋方向集结；孤悬东枝的第200师，就近向第6军靠拢；远征军主力包括第5军新22师、第96师和第66军新38师，经曼德勒北渡伊洛瓦底江，退往英多、八莫、密支那方向，据守缅北三角地区，以确保印度——密支那——昆明的空中走廊。
4月27日，史迪威从皎克西撒到曼德勒以北约80公里的瑞波，在那里设立了他的指挥部。第2天，他又轻车简从返回曼德勒前线，指挥远征军部队后撤。现在，重新打通滇缅路已不可能，唯一的希望就是保住印度至昆明的空中走廊。如果丢失缅北，美国对华的空运物资就只有绕道飞越“世界屋脊”喜马拉雅山了，那将是一条十分危险和艰难的航线。
远在太平洋彼岸的罗斯福总统也很重视这个问题，他在4月28日致电蒋介石，明确表示：“一定能够找到把军火和飞机送到蒋介石委员长军队手中的途径……一个不可征服的中国，不仅会在东亚，而且会在全世界，为实现和平与繁荣发挥作用。”
但是，目前的形势却在一步步地恶化。4月29日，仓促在腊戍布防的新28师和新29师一部被击溃，日军占领了滇缅路上最后一座门户；同时，西线英军渡过伊洛瓦底江之后，已决定放弃缅甸，正沿着耶乌至加里瓦大道向印度境内撤退。中国远征军主力的两翼再度暴露在日军的威胁之下。
4月30日，远征军部队全部撤过伊洛瓦底江，沿曼德勒至密支那的窄轨铁路向北退却。当天晚上，随着一声巨响，横跨在伊洛瓦底江上的阿瓦大铁桥被拦腰炸成两截，断口处的两端沉重地跌入滔滔的江水之中。这虽然一时阻断了日军的追击，但同时也把远征军关在了崇山叠嶂、森林茂密的缅北三角地带。这时，日军的一支机械化部队正沿着另一条道路从腊戍向八莫和密支那奔袭，那里是缅北远征军退回国内的最后通道。
