永历十一年九月，南明朝廷内部－场火并，虽然以永历帝为首朝廷取得了胜利，却也让清军有机可乘。在接下来－系列举措中，出现了重大失误南明王朝，也走向衰败，战略决策失误导至了整个南明王朝覆灭，只是时间迟早问题。
永历十一年，十一月，孙可望逃回贵阳，守城大将冯双礼得知孙可望战败，且冯双礼原也不支持孙可望内战，便闭门不让孙可望入城，孙可望无奈在众叛亲离情况下，夺路出黔。刘文秀部苦追不舍，孙可望独领家人隨从四百余人入湘，又逢南昍武冈总兵杨威截杀，差点被俘。还好遇到部将吴逢圣，程万里接应，连夜奔逃，方得脱身。只因孙可望原是大西军盟主，又被南明封为秦王，有数十骑从死命突围，抄小路走脱降清而去。
孙可望先派杨惺先.郑国先二人前往宝庆，[今湖南邵阳]接洽降清事宜，据清湖广巡抚张长庚报，清廷为捞到孙可望这张王牌，派湖广中路总兵李茹春、左路总兵王平带领军队接应，击退杨威所统拦截之兵，孙可望和妻、子、随从人员才得以在宝庆府，南面花桥地方进入清方管辖区，十五日到达宝庆，同日上书洪承畴求降，并请命领兵入滇报仇，所带四百余人多为妇女官丁，骑马四百余匹。一代袅雄自此依附清朝，初封义王，尽献川黔滇桂明军布防及路桥梁关隘地图，从而间接加速了南明朝廷灭亡，他一手谋划这场内乱终而演变成了一场改变历史进程的闹剧，而隨着南明势力逐步瓦解，孙可望的利用价值也在变小，鸟尽弓藏，兔死狗烹下场，终也不能幸免在这位不可一世风云人物身上。顺治十七年[公元一六六零年]孙可望离奇病死，[－说为出猎被射死]孙可望降清未能善终之说流传极广。
孙可望死，子征淇袭封义王。顺治十八年亦病死，弟征淳袭。康熙七年征淳病死，其弟征灏袭，不准绝王降为公，乾隆三十六年，[公元－七七－年]清以孙可望子孙世职嗣不得承。明遗民方文赋诗寄慨云;
南海降王款北庭
路人争拥看其形
紫貂白马苍颜者
曾搅中原是杀星
可见当时孙可望名望极高今后人读之惆悵不止。
刘文秀追孙可望不及，适逢清将李茹春.王平二部截杀杨威部众，于是挥兵接应杨威杀退清军，见可望已降清，无奈之下退兵回黔。收拾残局，招抚军民整顿孙可望部众旧将，对安定贵州起到了很大作用，共有兵马三万余，且多数能征善战部将在水之战中损失不大。
永历十－年冬，晋王在滇着手清除孙可望旧部，刘文秀在黔经营贵州，本是南明统－意见，使朝廷强大之机，却在此时晋王和蜀王之间又爆发危机，永历朝廷彻底失去了最后一次重震时机。驻守楚雄永昌王自奇.张明志.关有才等人曾联合孙可望东进攻打昆明，孙可望兵败降清后，李定国不但不赦罪招降，反而亲领大军大破关有才，张明志部，王自奇兵败入腾越，[今云南腾冲县]无路可退被逼自杀，李定国率兵回昆明又逢刘文秀捉住可望死忠张虎，尽被李定国斩杀在昆明，狄三品王会.张光翠等人以党附可望而降爵，朝廷自此愈不稳。
而更糟失误还不止于此，刘文秀稳定黔后上书清朝廷，请迁入贵阳，而永历帝已答应入黔，这时李定国正在永昌处理孙可望旧部事，闻刘文秀上书永历迁贵阳事，遂以辞表以挟永历帝，显然是怕刘文秀招抚了川黔湖广各路兵马，乘机坐大。而定国自已亲信多在云南，刘文秀凌驾自已之上。而在永历十二年元旦，撤回了黔湘各路守关一线将领，为后来清军进攻提供了明守军－触即败良机，并在三月召回刘文秀，晋王李定国虽军事才能卓越，然而治国不如孙可望，战略眼光和胸襟不如刘文秀，而刘文秀对时局有着清醒，认识建议永历迁入黔，是明智之举曾私下议;“退狼进虎晋王必败国！”后果验其言。可见刘文秀其人之才，将晋王比秦王虽有失偏激，然而定国其人也实非治国之人，为将帅才不善治国。
刘文秀早年一直追随张献忠，大西国建立后受封为抚南将军。与孙可望、李定国、艾能奇并称为四将军。位列四将军之三。
至此蜀王刘文秀托病，常不朝军务皆部将陈建，四月病。永历帝和晋王亲往探视，命御医调治，然刘文秀心病无解，卧床不起，四月二十五日卒。[史载临终前刘文秀上遗表云：“北兵**国势日危请入蜀以就十三家之兵臣有窖金一十六万可以充饷，臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事，然后出营陕、洛庶几转败为功也！此臣区区之心死而犹视之也]临死不忘国事并指出晋王应以大局为重，应联合李自成旧部大顺军共同抗清。
然而后来李定国的动摇不定，和三谭兄弟之变，而打乱了刘文秀战略方针，南明迅速走向了瓦解。
关于刘文秀上遗表事，还有另一种记载，四川乐至县举人邹简臣，在永历朝廷任通政司右通政、赞理蜀王军务云；“戊戌（永历十二年顺治十五年）春还行在蜀王疾笃表奏十二事颇言内阁马吉翔之劝上收大权，用正人寻卒定国、吉翔皆知为公笔心衔之”见光《乐至县志》卷十四人物宿士敏《邹公易斋传》。
正当刘之秀病危之际，五月清军已战领贵州大部，其清将李国翰已病死。由于李定国在南明内部整顿，使清军几乎没有大战就攻下了贵州大部分地区，进而紧逼昆明。八月到九月间南明也曾试图进行局部反攻，收复了黔中数县，然而清三路大军已得在贵阳会合，南明两次攻打贵阳都以失败告终。李定国不得不回兵云南。
另一路清军，已攻占了镇宁南明巡抚冷孟饪兵败战死，重庆守将杜子香不战而逃，刘镇囯部兵败，明将郭李爱等人率部众五千余人降清，吴三桂在开州[今贵州开阳]大败总兵杨武部，后返驻遵义一面休养兵马，一面招降南明官员。先后来归有水西宣慰司安坤、西阳宣慰司冉奇镳、蔺州宣慰司奢保受、兴宁伯王兴及部下七千余人.
此时云南已是重兵压境，是去是留却一直犹豫不决。各部明守将已无心恋战，各处败逃消息传来，人心浮动军心动摇，许多人逃投清军，危机四伏。只有白文选部仍在七星关，[今毕节七星山]凭险据守。已经是孤军奋战了。
吴三桂见七星关易守难攻，便命人抄小路从后包抄，日夜攻打白文选部拼死抵抗，不料洪承畴，卓布泰等已领清军断文选入滇之路，白文选见南明余部多败，遂领残部向滇中撤去，其兵马不足二万，七星关的失首，标志着南明的势力基本全部退出贵州，全境被清军占领。
永历十三年春南明朝内部就撤向四川，还是退向云南西部而产生分岐，晋王领兵前出曲靖迎敌，然而各部军心涣散消极避战，在贵州鸡公岭一战，晋王李定国家小尽陷，长子，长媳【郑成功侄女】及其妻族人多阵亡。
而此时李定国，打算执行刘文秀生前定下方针，派出太监五人到李来享部联络，然而朝廷内各部官员就迁入川还是迁入滇西吵个不停，以大学士马吉翔，国舅王维恭等人为代表的一派，不愿撤往四川，而是朝云南西部，永昌，腾越撤去，认为不得以可以进缅甸境，因为明代历代皇帝，都和缅甸交好又有澜沧江，怒江可守，况大理原是黔国公沐天波经营多年基地，可以抵抗清军。因此这一派官员坚持西迁。
此时晋王李定国，并不同意向滇西。就整个时局发展进川是上策，川中地肥田沃人众多，又有大西军政权曾在四川活动多年，进则可攻退则可守，背靠深山北出陕络，是战略要地，因此如向川进军南明尚有一线生机，时谭家兄弟，以及李自成之子李来享仍盘踞，重庆，湖北部分地区。
然历史往往是由细节来改写某一次偶然就会不经意改变。重庆战局改变了南明王朝走向，众多抗清军队围攻重庆将破城，清军各路救援人马尚未到来之际，改变局面时机终于来了，可是机会同时也稍纵即去，南明没抓住这次机会，自然把机会留给清军了。
在南明朝廷和李定国联糸下忠州.万县、梁山地区涪侯谭文、仁寿侯谭诣、新津侯谭弘（即所谓“三谭”）与驻守巫山、兴山一带原大顺军余部袁宗第、刘体纯、李来亨、马腾云、塔天宝等，抽调兵将十六营乘船溯流而上川东，各明军将领知形势紧急，都同意出兵反攻重庆1658年（顺治十五年永历十二年）七月三谭和刘体纯等部明军曾一度进攻重庆，清吴三桂带领军队当时正推进至遵义（明代遵义属四川省清朝划归贵]。重庆很快将攻下，若打下重庆，清廷必会减轻对滇南明军进攻，南明政权正好入川。
这时仁寿侯谭诣有心降清，就命人刺杀了谭文，和新津侯潭弘，约清军里应外合，夹击攻打重庆的南明军及大顺军各部。于是，清守军也同时杀出各部明军大败，各路人马纷纷败散。
晋王在曲靖听得急报，闻永历帝已改变主意撤向滇西，无奈之下唯有同意撤向滇西！开始了逃亡之路。
