在这样的一种形势下，杰斐逊在纽约就任了国务卿。杰斐逊十分反对君主制，他尤为不能容忍那些过着奢侈浪费生活的君主们。早在弗吉尼亚时他就听说过华盛顿的政府总是采取十分隆重的欢迎欢送仪式，不只这样，还有人说华盛顿喜欢大摆君主派头，经常擅自举行极为盛大的宫廷招待会；日常，华盛顿夫人也经常以皇后自居。听到如此的传言令杰斐逊感到十分恼火，抵达纽约之后，友人麦迪逊的一番谈话让他更加对此传言表示深信不疑。麦迪逊十分反对政府的奢靡之风，他认为，华盛顿之所以能够这样铺张，原因便是他身边具有那些阿谀奉承的人。杰斐逊抵达纽约之后，基本上是带着有色眼镜来看待所有这一切的。刚刚结束的战争和新政府的成立依然是大家议论的重点，那时的君主主义观点仍然十分盛行，在杰斐逊接触的众多客人当中，他发现很少有人为民主、为共和仗义执言。为了表明他们拥护新政府，大家经常说的一句话就是：当前的宪法虽然是好的开端，但它只能说是美国走向另一个君主制的跳板。
玛莎·丹德里奇·柯蒂斯·华盛顿，美国第一任总统华盛顿的夫人。因为带有很深的偏见，杰斐逊对此时美国的描述确实有些言过其实。国会开会期间，纽约云集了各个阶层和各个党派的人，有关政治体制的争议一天都没有停止过。到了今天，人类历史上的全部政治体制均无法为美国提供借鉴，他们只是按照个人的理解在向前摸索。一个民族怎样才能够长时间、和谐、平等地管理自己，这是美利坚合众国当前需要思考的紧要大事。问题解决与否，主要并不是看重经验，而是要看重事实。但是直到当前为止，敢于实践的人却并不是很多。
1790年3月29日，国会开会对联邦政府替代各州偿还债务的问题进行研究。这一提案以两票的微弱优势获得了通过，随后，国会议员就这件事情开始了讨论。会议期间，马萨诸塞州的议员坚决反对该项议案，进而使事情变得更加复杂化。持不同政见的人彼此互相攻击，这让华盛顿感到十分痛心。4月12日，当国会再次审议该项议案时，反对派竟以两票的优势胜出了。
在国会4月下旬再次开会时，大家一致建议不要再纠缠住这个老问题不放，杰斐逊当时没有参加这场大讨论，因为他刚到纽约，对于许多事情还并不是很熟悉，他想要先观察一段时间再说。一天，杰斐逊在前往总统府的路上，遇见了财政部长汉密尔顿。两个人就在总统府附近交谈了好长时间，汉密尔顿介绍了议员们的争执内容，并传达了自己对这些债权的厌恶。汉密尔顿的看法则是各自行动是十分危险的，内阁应该是一个整体，债务应该是大家的事情，大家应当共同来商量解决办法。假如大家紧密地团结在华盛顿的周围，竭尽全力为自己的国家服务的话，那么，形势决不至于像现在这样糟糕。听完汉密尔顿的看法后，杰斐逊说自己并不太了解形势，也不太了解政府的财政制度，所以他无法作出判断。为了阻止不幸的后果出现，所有可能造成社会动荡的因素都应当被考虑进去。因此，杰斐逊表示第二天他要宴请大家，席间对更加合适的解决方案进行进一步的商量。通情达理的人是不会对坐下来进行谈判进行回绝的，杰斐逊只不过是充当了一位和事佬。在那天的宴会结束后，众人一致决定，不管议案有多么重要，也全都比不上保全国家、保全联邦重要。因此，他们希望可以撤回原本的投票，以便让这些投反对票的议员们有一个改变立场的机会。这一方案缓和了过去产生的紧张气氛。这样，杰斐逊在无形之中便给了汉密尔顿很大的帮助。
国会最终还是同意由联邦政府替代各州来偿还债务，但是，国会这时批准的法案已经和汉密尔顿以前的法案有所不同了，决议中确定了代为偿还的债务的数目为2150万美元。该项法案于1790年的7月22日通过了，赞成票与反对票依然有两票之差。7月24日，众议院以34∶28的票数再次通过了该法案。华盛顿对这一结果感到十分满意，他感觉议员们成功地阻止了一次国家危机。由于各州分别从自己的利益角度进行考虑，政府所在地的问题就迟迟无法得到解决。无奈，大家只有采用了折中的方法，即在今后的10年当中，国会仍然会留在费城，在这期间，由国家出资选址兴建政府办公大楼，10年以后，联邦政府将永久移驻此地。因此，在弗吉尼亚州和马里兰州的交界地区，开辟出了一块方圆10多英里的地方，准备用来修建政府的所有建筑，很快，这个地方便被命名为哥伦比亚特区。
1791年的1月22日，华盛顿接到了莫里斯从法国写给他的信，信里说拉菲特侯爵参加了法国的革命，正在着手接管联省行政长官佛兰德地区的队伍。这样，拉菲特侯爵就把自己放在了一个十分危险的位置上，虽然他对法国的新宪法作出了一定的让步，但事实证明，他的一些举措是很不明智的。因为距离法国很远，华盛顿对法国国内出现的事情了解很少。因此，在他写给莫里斯的回信里还没有发表什么意见。他认为，法国革命的风暴确实涤荡了整个欧洲，不管怎样，它都将会产生十分巨大的影响。华盛顿表明他正在关注全部事情的进展，但因为并不了解形势发展的实际情况，所以不能够发表意见。不过有一点华盛顿却十分确信，那就是没有人会比他更加希望法国人民可以得到和平与幸福了。
没隔多久，拉菲特侯爵就写信告诉了华盛顿最近以来发生的事情。法国的革命推进了法兰西民族前进的步伐，但是很多得到自由的人民却把自由和无政府主义混淆了起来。国民公会着急要制定新宪法，王公大臣们则对过去的政权表示怀念。伴随着革命洪流的向前推进，贵族阶级手里的特权正在逐渐减少。旧的制度被捣毁了，新的宪政还没有完善，这就给很多小人提供了攻击政府的时间和机会。拉菲特侯爵认为目前法国有两大敌人：一是反动的贵族阶级阶层，一是那些无政府主义者。拉菲特侯爵希望华盛顿能够了解到，法国革命正在改变着人们的生活方式和观念，形势是势不可当的。
华盛顿现在已经没有精力去顾及法国了，因为美国自己的事情已经令他焦头烂额了。为了缓解财政危机，有人建议成立国家银行。这一提议在议员中间引起了广泛的争议，最终投票的结果是以多数通过。法案被送过来后，华盛顿十分重视，他清楚对于此件事情，内阁的意见并不统一，鲁道夫和杰斐逊说此项议案违宪，但诺克斯和汉密尔顿等人却认为它符合宪法。华盛顿要求各部部长都提出书面意见，依据这些意见，他批准了该项法案。杰斐逊要反对成立国家银行的原因，并不只在于它的违宪，主要原因是国家银行要实施纸币代替硬币的制度，这样一来，势必就会滋生出一批金融贵族阶级，那些贪得无厌的投机者便会趁机鱼肉百姓。纸币在流通当中虽然具有很多的优点，但是它的弊端却也是突出的。杰斐逊则认为，汉密尔顿主张成立国家银行，目的是要把它作为强有力的手段，使财政部来控制国家的立法机关，并以此来促成君主政体。杰斐逊表示，华盛顿之所以批准该项法案，并非是出于他的冷静思考，而是源于对汉密尔顿个人的信任。其实，杰斐逊错估了华盛顿，华盛顿判断议案时一向不会因为偏爱而轻信，当他对什么事情看不准时，他就会去询问政府的那些顾问，让他们提出一些建议。在战争时期，作为一名军事领袖，华盛顿在很多重要的军事问题上都是这样做的。为了表明自己对下属的尊重，每当作出重大的决策前，华盛顿通常都会去听取一下当事人的意见。
汉密尔顿和杰斐逊由于政见不和，曾经发生过多次争吵。在内阁里，杰斐逊和汉密尔顿就像是两只斗架的公鸡。诺克斯十分敬佩自己老战友的能力，因此，他常常会站在汉密尔顿这一边；而鲁道夫却经常支持杰斐逊。每当双方进行争吵的时候，华盛顿常常用他那过人的智慧和能力去进行调节。华盛顿一向都不对他人的意见进行压制，也不希望他人隐瞒自己的观点，对于他人的才干，他既不嫉妒也不轻视，而是把这些人全都看做政治力量，并将他们团结起来。他始终都把汉密尔顿和杰斐逊之间的斗争控制在内阁里面，不允许到内阁外面去进行争论，以免影响到国家的正常运转。在内阁里，假如有什么事情，华盛顿会在他们出现斗争的时候就出面进行解决。杰斐逊和汉密尔顿无疑是爱国的，只不过两个人的政治观点不同，彼此都认为对方的观点中有一定的见不得人的地方。由于受到两个政治家的影响，联邦内部慢慢便形成了两个政党，尽管两党都非常热爱自己的国家，但在维护国家利益的认识上却有着极大的出入。共和党人和民主党人以杰斐逊为领袖，他们感觉联邦党人的目的就是要把国家引向君主政体；联邦党的楷模则是汉密尔顿，他们对加强全国性政府表示了支持，以防备国家被各州政府吞食。同时，他们也不赞成美国走君主政体的路。
除了体制问题的争论让人感到头痛之外，印第安人的事情也很难办。此前，国会就哈默准将对印第安人进行的讨伐展开了激烈的辩论，议员们普遍都感觉到不满意。不止议员不满意，军队同样心存不满。哈默准将被调走之后，该地区依然麻烦不断，迈阿密地区再次遭到了印第安人的洗劫。此时塞纳卡印第安联盟的哈夫唐、考普兰特和格番特利三位首领正在费城，他们主动向华盛顿提出了申请，愿意前去说服那些印第安人同政府进行和谈。华盛顿准许了他们的请求，同时对他们的义举表示十分赞赏。假如这三位首领可以成功说服这些叛乱的印第安人，那么对于新生的联邦政府来说，则必然是一件好事。长时间以来，华盛顿总是采取文明的方法来教化那些印第安人，但他们却根本就不领情。华盛顿衷心地希望印第安人可以过上安定幸福的日子，那样就将不会再有战争和忍饥挨饿了。
在国会开会的时候，佛蒙特和肯塔基两州都提出了加入联邦的申请，国会马上予以了批准。3月3日，第一次国会结束。在诸多的讨论当中，华盛顿看到了大家团结向上、同舟共济的崭新风貌后感到非常高兴。当然，许多议案还没有能够获得解决，但是这却并没有影响到议员之间的互相尊重。
第二任美国总统
1791年3月的下旬，华盛顿开始了对南部各州的视察，途中经过了里士满、威尔明顿、弗雷德里克斯堡、查尔斯顿，以后又从无树平原去了奥古斯塔、哥伦比亚以及弗吉尼亚和北卡罗莱纳的一些内陆城镇，行程共达1887英里。7月6日，华盛顿返回了费城，他对这次视察的收获感到十分满意。在视察当中，他看到了全国各地的实际情况，还亲自听取了百姓的意见。相比于书面汇报来说，华盛顿感觉那些百姓的意见和建议都具有非常大的价值。一路上，华盛顿总是在认真地观察着所有的事情，看到人民生活得很幸福的时候，他总是会露出开心的微笑。
美国的国家制度正逐步完善并且日益深入了人心，人民已经习惯于接受国会制定的各项法律，这便表明了人们对国会以及议员们的信任。国会做出的国产酒征税法刚刚获得通过的时候，有很多人断言这一法案在南部各州根本就不可能实施，但是实践证明，人民的普遍反应却并不是这样的，这一法案得到了广大人民的支持。几年来，政府的公信力有了极大的提高。新近成立的国家银行在快速地发展着，这些都证明了人民对美利坚合众国政府的信任。为了国家和个人的利益，人们纷纷认购股份，仅仅1小时之内，2万股就被一抢而空了。
首届国会第二次会议于10月4日在费城如期召开，华盛顿致了开幕词，他既讲到了建国后获得的巨大成就，同时也说明了西部边疆存在着的军事隐患。为了确保西部边疆的安全，华盛顿主张要尽快采取行动。为了征讨印第安人，华盛顿早已经在该地区设立了以圣·克莱尔为首的军事委员会，要求他们尽一切努力去保障边疆的安全。此后，圣·克莱尔的队伍曾对肯塔基地区的印第安人部落进行了两次征讨，首次是在5月份，第二次则是在8月份。但是两次讨伐都战绩平平，遭遇征讨的印第安人中部分被杀死，部分则沦为了战俘。不久，克莱尔发起了第三次征讨。9月上旬，他带领着大军在华盛顿的要塞集合，队伍集中了2000名正规军和1000名民兵。但是这次征讨却困难重重，他们要在荒无人烟的地方架桥，还要在沿线构筑堡垒。为了和俄亥俄的队伍获得联系，克莱尔于9月6日指示队伍向北行进。由于路途艰苦，许多民兵都在中途离去了，这便极大地影响了美国军队的士气。
不巧的是，在队伍行进途中，克莱尔本人得了痛风病，并且很严重，甚至连上马都需要他人搀扶才行。弗吉尼亚的部分战士要求退役，克莱尔忧心此举将会引起连锁反应，所以他便把队伍带入了腹地，这样就将这些士兵掉头返乡的后路给断掉了。队伍在连续行进了6天后，总算是接近了印第安人的驻地。可就在此时，有60名民兵一起开了小差，他们还企图要拦截后面的军需车辆，多亏哈姆特伦克少校发现得及时，才保证了军需车辆没有遇到抢劫。队伍最后在距离印第安人村庄15英里的地方安营扎寨，从印第安人残留的驻地痕迹判断，大约有十几名印第安哨兵刚刚才离去。卡莱尔把战士分成了两部分，巴特勒少将率克拉克队伍形成右翼，组成了第一团队；达克上校指挥盖恩麾和德丁杰手下的人马和美国军队组成第二团队，形成了左翼。每个驻地都长约400码，斯诺登带领骑兵队伍隐藏在左翼的后面。
