按照左宗棠的看法，金陵、杭州、嘉兴等地虽然仍在太平军固守之中，但早晚必为清军攻破。问题在于：太平军在苏浙皖交界处的溧阳、广德等地仍有很大一部分兵力，假使曾国藩的苏皖之军不与李鸿章的上海军东西联成一气，在南京与苏州之间形成一条坚固的封锁线，那么万一太平军自皖南赣东一带突围，与李世贤部会合，那时即使攻占了金陵等大城市，但整个战局却也成为不了之局。左宗棠的分析是有见地的，但是他的建议虽然高人一筹，却并未引起清廷的重视。当时曾国藩正集中全力攻打南京，自无游击之师可调，李鸿章又借口常州未破，他的军队不能越常州而远攻溧阳。后来战局的发展证明左宗棠的预见是准确的。
天京陷落前后，太平军分散成五路陆续进入江西境内：沛王谭星、宗王李仁寿、天将林正扬等部由浙江开化进入玉山、广丰；听王陈炳文、康王汪海洋等部由皖南进入德兴；侍王李世贤、来王陆顺德、戴王黄呈忠等部由浙江开化进入玉山；凛王刘肇钧、利王朱兴隆等部由苏南经浙西、皖南进入弋阳；干王洪仁玕、昭王黄文英、佑王李远继等部由浙江遂安进入玉山、广丰。由于各路互不相统属，势同流窜，加之后有左宗棠浙西、皖南大军的追击，前有江西防军的拦截，以及鲍超所部大军的逼攻，太平军一路损失惨重。
九月，太平军余部分四路向福建挺进。来王陆顺德从广东大埔北上，占领闽南永定县，再往北进取龙岩府；侍王李世贤率军自江西南安府越梅岭入广东进攻南雄，后撤围经平远、镇平、大浦等地，九月十四日（10月14日），东向进克闽东南的漳州府，毙清漳州镇总兵禄魁、汀漳龙道徐晓峰和漳州知府扎克丹布等；天将丁太阳、林正扬等于九月中旬由江西云都、瑞金南下入闽境，十月十六日（11月14日）占领闽西南的武平，擒斩老湘营大将张运兰（时任按察使），随后东走永定。同时，康王汪海洋、佑王李远继、偕王谭体元、祥王黄隆芸等占领江西新城县，旋经宁都、瑞金进入福建汀州境内之灌田。据称，同治三年秋，进入福建的太平军总数在30万人左右。这使闽浙总督左书常极为震惊。他奏请清廷以蒋益澧护理浙江巡抚，以杨昌浚署布政使，自己亲自赴闽督战。
十月二十八日（11月26日），左宗棠从杭州出发，挥清军分两路进入福建：西路饬帮办福建军务刘典率所部新军8000人由江西建昌赴汀州府。又奏请清廷以记名臬司王德榜署福建按察使，带所部五营（约2500人）自江西瑞金入汀州会合作战：中路以提督黄少春、副将刘明珍两军共4000多人由衢州、江山取道福建浦城、建宁赴邵武一带接防，腾出康国器一军进攻漳州府；东路则以署浙江提督高连升部4000人、知府魏光邴部500人由杭州东赴宁波，雇轮船由海道赴福州，出兴化（今莆田）、泉州。
十月上旬，原奉檄力图泉州、厦门的署福建陆路提督林文察，偕同副将惠寿率军进攻漳州。李世贤督军反攻，击破了惠寿的营盘，林文察退守玉洲。
十一月初三日（12月1日），李世贤率军主动出击，分别进攻万松关、瑞香亭陆路各营及镇内水营，阵斩林文察，并打退了署福建水师提督曾玉明的援军。十一月十九日（12月17），汪海洋、李远继、谭体元等于汀州上杭、连城间之南阳、新泉等地，大破左军西路刘典部，斩副将卢华胜、参将刘教廷，进占杨家坊。翌日，刘典退守连城，王德榜、王开琳等从汀州赴援。二十七日（12月25日），左宗棠率军行抵延平（即今南平县），护理浙江巡抚蒋益澧派署衢州镇总兵刘清亮率3000人援闽。当时在福建的太平军，主要有两大支：李世贤以漳州城为中心，占有南靖、云霄（均属漳州府）、龙岩（属龙岩州），永定（属汀州府），拥众10余万；汪海洋约有9万人，扎老营于长汀、连城、上杭（均属汀州府）交界的南阳，分军守吉田、下车、南岭一带。这样，闽西南大部地区一时均入太平军版图，声威大振，形成了一个新的基地。左宗棠这时深感兵力不足，以自己所部的两万余人，加上协同作战的闽军、粤军亦不过四五万，不仅双方实力悬殊，而且左宗棠说：“李、汪诸逆狡悍凶顽，倍于群寇”，深感难于对付。清廷为增加福建兵力，于十二月初五谕令新任福建水师提督吴全美（在粤），陆路提督郭松林（在苏），汀州镇总兵沈俊德，漳州镇总兵李成谋（在鄂），金门镇总兵王东华（在苏），建宁镇总兵张得胜（在皖），各带本部赴任。
十二月初四（1865年1月1日），左军中路黄少春进至漳州北溪，与高连升会同进攻李世贤。二十八日，闽粤清军占领永定县。同治四年一月二十四日（2月19日），清延建邵道康国器率军攻占九龙江上下游咽喉要地——龙岩，切断了李世贤与汪海洋两军的联络。二十七日，刘典、王德榜联军大破汪海洋之军于连城新泉，使其精锐丧失过半。二月初四（3月1日），刘典、王德榜等占领汀州、连城间的南阳乡，太平军走上杭、永定。初七日（3月4日），刘典、工德榜又在上杭白沙击败汪海洋部。
三月初三日（3月29日），李世贤派军分由崎下桥、北尾桥、打鼓山出城进攻，被黄少春、高连升等部击败。
二月初，李鸿章派郭松林、杨鼎勋两军8000人（配有洋枪）坐轮船由海道援闽，分别于三月初五、三月十七日抵厦门。左宗棠令其分道进海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭松林联合高连升、黄少春击败李世贤部。十八日，李世贤屡攻清军漳州以北营垒，均被击退。左宗棠再调刘明灯五营取道福州，由兴、泉赴安溪，增加进攻漳州兵力。他本人也于四月十五日（5月9日）抵福州，就近督战。四月中旬，淮军郭松林、杨鼎勋等，左军王德榜等分别在漳州南面和西北击败太平军，合围漳州府城。二十一日（5月15日），高连升、黄少春见乌头门与东北楼内的寨势成掎角之势，认为要想攻克漳城，必先破楼内的贼寨；想取得楼内，必先破乌头门的贼垒，于是会商刘清亮、王德榜、郭松林、杨鼎勋各军，分路齐进，乌头门十四垒被次第攻毁。太平军伤亡惨重，余部向南靖退却。各军乘机攻城，李世贤率军巷战不胜，由西门撤出。至深夜，各军陆续入城，太平军在闽南的重要根据地漳州陷落。次日，南靖也被追击而至的王德榜军会同刘典军攻陷。
三月下旬，刘典、康国器分路进攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走广东大埔（旧治在今大埔县以北），因遇广东清军阻击，又折回闽南。四月二十五日（1865年5月19日），汪海洋、李远继、谭体元兵分七路进攻永定，清军在狮龙岭伏击获胜，翌日再战，汪海洋再败，损失严重，后撤向西北，据守上杭、中都一带。永定解围。这一仗，康国器以八千之众击败太平军七万人，主要靠抬枪之力，熟悉地形。左宗棠对康国器以少胜多，予以嘉奖。
李世贤撤出漳州后，即退向粤闽交界的平和县，王德榜、高连升、黄少春等部清军紧追不舍，太平军伤亡颇众。四月二十七日（5月21日），淮军郭松林、杨鼎勋两部，相继攻陷漳浦县城，五月初一日（5月25日），再陷云霄厅及福建东南端的诏安。五月初二（5月26日），康国器派康熊飞各营会同王开琳部截击，李世贤军大败，降者达万余人，李世贤带伤连夜率十数骑乘马过河逃脱，其军散亡略尽。次日，杨鼎勋等军分路追杀，宗王李学金战死，天将何春贵等率余部两万余人降于王开琳。来王陆顺德、天将林正扬率部撤入广东境内，五月初七（6月2日），占领镇平县。至此，闽南太平军只剩下汪海洋一军数万人，在上杭、中都一带活动，于是清军追剿太平军余部的主要战事从福建转入广东。
移师粤省除后患
同治四年（1865年）初，左宗棠加紧调集各路人马进攻太平军。江苏巡抚李鸿章派郭松林、杨鼎勋两军由苏援闽，抵达厦门。四月十五日（5月9日），左宗棠来到福州。调黄少春、王德榜率楚军会同郭松林、杨鼎勋部淮军猛攻漳州，李世贤向西南败走。汪海洋部在永定、上杭等地连战失利，不得已离闽入粤，占广东镇平县（今蕉岭）。汪海洋在镇平筑营一个多月后，李世贤于六月底至汪海洋处，却被汪杀害，实在令人痛惜。此时清朝方面则集中了来自福建、广东、江西三省的军队对镇平形成围困之势。汪海洋突出重围，一度进入江西，后又转进广东，攻占嘉应州（今梅县市）城，并决计在此死守。左宗棠则一面调兵遣将围攻嘉应州，一面行抵广东大埔亲自督战。清廷也发布上谕令左宗棠节制广东、福建、江西三省军队，授予他“节制三省之责”。
随着战局的变化，左宗棠的指挥部也步步前移，同治四年五月初十，进抵漳州。汪海洋部撤入广东后，左宗棠一面严令部下紧追，一面派康国器率部5000入粤夹击。同年闰五月二十三日（7月25日），汪海洋与康国器交战失利，退回镇平。左宗棠令高连升、黄少春、刘清亮等在距镇平数十里处扎营，汪海洋则在镇平城外分筑30余垒，收稻积谷，准备长期据守。于是左宗棠在城外部署了四支清军：以康国器、关镇邦攻镇平东南；高连升、黄少春、刘清亮严扼闽粤武平边境，堵住太平军北上之路；刘典、王德榜两军分屯福建上杭、武平，作为第二道堵截线，并饬粤军扼镇平西南，准备一举消灭汪海洋部太平军。
