最终的结果令所有人都感到震惊，帝国权力系统仅有的12名省部级官员全部涉案。面对这样一个结果，朱元璋的悲愤是可想而知的，他再一次举起了那把令所有帝国官员都为之胆寒的血腥屠刀。据《明史?刑法志》记载，在郭桓案中，从六部各个副部长往下，到地方各级官吏，牵涉此案而死者，达数万人之多。全国的“中产阶级”基本上都被这个案子逼至绝境，直至破产。
等到郭桓案尘埃落定，朱元璋的朝堂也为之一空，中央各部机关连跑腿的普通文吏也没有剩下几个。我们经常会羡慕那些工作在领导身边的人，认为他们“近水楼台先得月”，有什么好处，领导会在第一时间考虑到你。可我们不要忘记，近水楼台固然可以先得月，但同样也要承担月亮惹下的祸端。
郭桓案中，那些“近水楼台先得月”的中央官员成了第一批倒在朱元璋肃贪飓风之下的人。朱元璋张开的这张巨型大网，由上至下，那些前一秒钟还在庆幸自己是漏网之鱼的官员，下一秒钟也就成了网中的鱼儿。朱元璋要求以赃款贿银为线索一路严查下去，一直追查到最初的行贿者。这条线索其实就是大明官场的灰色生存路径，每条路径又有若干分支，从京官、地方官，直至粮长。
这件大案处理后，朱元璋却陷入了困惑：为何官员“擢用之时，并效忠贞，任用既久，俱系奸贪？”也就是说，官员在刚刚提拔的时候都会表现得清廉忠贞，可是担任职务时间长了，就会变得又奸又贪。他更不明白的是皇帝反贪，却越反越贪。割韭菜般杀贪官，结果贪官却越杀越多，杀不胜杀。
百思不得其解的朱元璋，陷入迷惘之中。或许他只看到了人性中的贪婪一面，却没有察觉到皇权制度下隐藏着的巨大黑洞。郭桓等人收受应天等地富户徐添庆等人的贿赂，私自免除他们的马草（战马所需的草料），将负担转嫁给已经交纳马草的安庆百姓。他们还私底下实施纳粮入水、纳豆入水的勾当——每年都有一些奸诈的粮长，伙同仓库官在豆、粮中拌水，以增加斤两。每间仓库容量不下一万余石，往往就因为一户刁民搀水，结果就会导致官粮经湿热一蒸而全仓坏掉。
同样也有人提出质疑，朱元璋的屠刀之下，有多少人是罪有应得，有多少是背了黑锅的。按常理推测，像郭恒案这种高级别的贪污大案参与的人是越少越好，如此既能保证安全，也能确保利益分成较为集中。最后的处理结果表明，这是一起牵涉面广、参与人员众多的腐败窝案。礼部、刑部、兵部、吏部、工部各个部门一起分工合作，这不符合常理。
对此，朱元璋不以为然。他说，当各衙门祸害百姓的时候，如果有人能够对百姓的疾苦产生恻隐之心，不与奸官同流合污；当贪官们向百姓科敛的时候，或者拒绝在公文上签字画押，或者阻止贪官的行为，使他们不能得逞，或者用密封的奏书报告给皇帝，对百姓予以关怀体恤。他们如果这样做了，我还不分轻重一视同仁地惩处他们，那我确实是在枉杀无辜。每次那些帝国蛀虫们在横征暴敛时，他们都没有采取任何阻止的行动，这种权力上的不作为，把他们和贪污犯一起治罪，还有什么冤枉可喊的？郭桓等人总共贪污了2400多万石粮食，我现在追赃，只要求追出来700万就算了。追700万，有中产阶级破产，你们就这样议论纷纷，真要认真起来，我其实还该追赃2400万。
朱元璋借着郭桓案，将自己的帝国来了一次上上下下的大清洗。在他看来，制度这种东西要保持它的新鲜度，只有越洗越健康。尽管每一次清洗，朱元璋都要打着维护老百姓利益的金字招牌，可这些案子也确确实实损害到了帝国的统治基础，也同时伤害到了全国士子阶层们的忠孝之心。十年或者更长时间的寒窗苦读，辛辛苦苦挣了一官半职，最后还是受到牵连，落得身首异处。像朱元璋这样草根出生的农民来说，他们与富人大户有着一种与生俱来的隔阂与仇恨。在他们看来，富人大户往往为富不仁，与官府有着某种交易性质的勾连，将手无寸权的良民逼至生存的绝境。通过这样一次大清洗，以达到消灭天下富户的目的，最后只留下老实巴交、安分守己的小农，创造理想的小农社会是朱元璋一直追求的政治理想。
由郭桓案引发的大清洗，使得权力系统人人自危。他们虽然不敢指责皇帝的过错，但是对于那些告发此案的御史，和审理此案的审判官们，却表现得群情激愤，议论鼎沸。朱元璋很快发觉，这个案子所带来的负面效应正在逐渐摧毁天下士子的制度信仰。
朱元璋不断扩充自己手中的黑名单人数。有幸进入朱元璋黑名单的官员，大部分是负责审理此案的一批审判官员。比如说，负责此案的国家最高检察院副院长吴庸，就成了最后一个因郭桓案被杀的官员，而且死得极惨，是磔刑——所谓“磔”，就是把身上的肉一片片地割下来，朱元璋好像用它来平息众怒。办完了这两件事，朱元璋随即下旨，大赦天下。
朱元璋觉得事情已经结束了，可事情还没到结束的时候。在郭桓案中，龙江卫仓官等人因为伙同户部官郭桓等盗卖仓粮，被处以墨面、文身之刑，即在他脸上、身上刺上耻辱的印记，挑断脚筋、割去膝盖后，仍旧留在本仓看管粮食出入。然而，没过半年，一个进士到仓库放粮，早晨发出200根放粮的筹码，到晚上竟然收到203根。进士当面责问，发觉是已经受刑的仓官康名远不思改悔，奸顽依旧，偷出放粮筹码，转卖给同样受过刑的小仓官费用来盗支仓粮。
朱元璋听了这事也感慨说：“朕谓斯刑酷矣，闻见者将以为戒。”也就是说，朱元璋认为那种听上去让人胆寒的刑法已经够残酷了，听到看到的人都会引以为戒。哪里想到，康名远等人“肢体残坏，形非命存，恶犹不已，仍卖官粮”他们的肢体残了，面容毁了，仅存一条活命，但还是没有停止作恶，仍然盗卖官粮。朱元璋愤怒地向天下人发问：“此等凶顽之徒，果将何法以治之乎？”对于这样凶顽的人，还有什么法可以治吗？在朱元璋看来，严刑峻法是一种别无选择的选择。
当然诸如此类需要承担责任的问题，朱元璋最后还是会归结到官吏们、百姓们的思想觉悟太低这个结论上去。作为一个性格刚强、自信力极强的人，朱元璋平生极少怀疑问题的根源是出在自己身上。能力超强的自己又怎么会有错？
对于官员贪污，朱元璋有着自己的一套理论。他经常与那些即将走上工作岗位的官员们交流：“老老实实地守着自己的薪俸过日子，就像是守着井底之泉。井虽不 满，可却能每天汲水，长久不断。若是四处搜刮百姓，你就是手段再高明，也难免东窗事发。一旦事发，你就要受牢狱之灾。这时候，你的那些赃款又还有什么意义 呢？这时候，你想用钱，能拿到手吗？你都家破人亡了，赃物都成别人的了！”这段话被记录在朱元璋亲自编写的《大诰》系列丛书里，后来被人称之为“守井哲学”。
“守井哲学”本身并没有任何错误。问题在于：这口井的流量必须要足够大，以保证守在井边的人不至于渴死。
朱元璋的“守井哲学”，其实是不符合现实运行规则的。说实话，朱元璋守的这口井的流量小得有点离谱。比如按照朱元璋在建国初期制定的工资标准，一位县太爷每年的年薪是90石大米，平均到现在，大约每个月也有 2000-3000块钱的样子。朱元璋当然不承认自己出台的低薪制会饿死官员，他觉得按照这个工资标准，保证县太爷一家吃喝，应该是不成什么问题的。但是县太爷到地方上去做事，那年头不比现在，县太爷不光是县长、县委书记那么简单，同时他还是县法院院长，县检察院检察长，县财政局长，县税务局长，县工商局长……这么多事情总是要找人做，少不了要打点下面的小吏们。不打点，谁会卖力给你做事呢？县太爷还得聘请跟班、聘请师爷等等，这些开支国家都不报销，都得从县太爷的工资里扣；此外，上级路过，逢年过节什么的，招待、送礼都是少不了的，少了就没法在官场混，这些也都得从县太爷的工资里扣。
这样一路算下来，两、三千块钱的月工资，等于让县太爷去喝西北风。
此外，还有一笔重要的“损耗”没有算进来。当时朝廷发的都是实物工资，官员领回家的不是大米，就是布匹，甚至还有胡椒，偶尔才发银子。官员们的工资多少，通常是用大米的价值来衡量的，也就是说，当时所有的东西，都可以折算成大米。朝廷经常在折算率上跟下面的官员们玩猫腻，《典故记闻》里有记载：户部曾将市价不过三四钱银子一匹的粗布，折算成30石大米，而30石大米在当时的市场上，至少可以卖20两银子。这就等于是说，如果拿布匹当工资发给县太爷，一位县太爷每年只能领到3匹粗 布。这样的粗布拿到市场上只能换2石大米，县太爷全家这一年，就只能出去挖野菜，就着野菜喝稀粥。
朱元璋总是不断地在抱怨，官员们早上刚上任，晚上就有可能将手伸向不该伸的地方。虽然杀了一批又一批贪腐之人，朱元璋还是无法阻止官吏们心头的贪念。当年因为吃不上反而扯旗造反的朱元璋，对于底层民众痛恨贪官污吏、土豪劣绅之情有着切身的体会。可是作为皇帝的朱元璋在频出重拳惩治贪官污吏、打击地主豪强时，往往会打出为小民解除疾苦的旗号，以取得天下人的信任。朱元璋痛斥腐败官吏和作恶豪强“靠损小民”，标榜自己的所作所为都是“便于细民”。这使得自己的政权看起来好像是凌驾于两大对抗阶级之上的起着仲裁作用的机关，很容易对被剥削阶级产生麻痹作用，使他们把解除痛苦的希望全部寄托在自己这个皇帝身上，不要动不动就要反抗斗争，或者在斗争中只反贪官、不反皇帝。
