当起诉书连同《宪章》副本于当天送到关押战犯的巢鸭监狱时，澳大利亚，巢鸭监狱陷入一片寂静之中。对于远东军事法庭白纸黑字的正式控诉，战犯们知道，他们的丧钟就要敲响了。
东京法庭的工作是智慧与才智的较量，也是对体力和身体的考验。
开庭后，肩负所在国家和世界人民的重托，为了尽快将战犯绳之以法，东京法庭的工作人员经常夜以继日地工作，满负荷运作是经常的事情，许多法官和检察官们身心疲惫。中国检察官向哲浚，连续一个多月夜以继日地工作，本来有些柔弱的他因劳累过度而昏倒在地。除他以外，还有中国的助理检察官李子贤、喻明德和打字员张淑玲，美国检察官根斯、助理法官威尔安兹等21人因工作劳累晕倒。其中喻明德、卡尔诺耶夫斯基、奎西安和阿里奇两次昏倒，而王师尧、诺曼和里德三次昏倒。他们实在是太辛苦了！
法官和检察官们忘我的工作精神，深深感动了他们身边的每一个人，中国，也牵动了各有关国家的领导人，美国总统杜鲁门、中国领导人蒋介石从报纸上得知国际法庭有这么多的人因工作劳累而昏倒的消息之后，先后致电最高总司令部，赠送了一批慰问品给法官和工作人员滋补身体。朝鲜共产党领导人***也致电最高总司令部，赠送一批高丽参给战斗在远东法庭的法官、检察官们。
法庭1月19日开庭后，直到5月3日正式开庭进行审判，期间是调查取证和预审阶段。取证和预审要以详实的证据，将被告的犯罪事实一一查证，为法庭作出公正裁决做好准备，最终将战犯绳之以法。这是一个充满艰辛和激烈斗争的过程。
首先，由于参与这次审判的11个国家（中、美、英、法、苏、加拿大、澳大利亚、新西兰、荷兰、印度、菲律宾）的法官之中，有7位来自讲英语和适用英美法制的国家，法庭庭长是来自实行英美法制的澳大利亚，检察长又是美国人，起诉书最终确定28名日本被告。4月29日，因此，法庭的审判程序就自然而然地按照英美法制度进行，中国是大陆法系国家，在法律程序上首先就对中国不利。
其次，收集物证不是一件容易的事情。能够作为审判物证的主要是官方文件或经调查属实的记载当事人活动或事件的记叙。荷兰，新西兰，印度，菲律宾控告荒木贞夫、土肥原贤二……”。在战争期间，战犯们对自己的所作所为都不留下任何记录，有人证物证的也在犯罪过程中有意加以销毁。而且，日本战败后，日本****分子自知罪责难逃，趁盟军没有占领日本之际，大量销毁秘密档案，使许多重大历史问题成了查无对证之事。
最后，调查人证也非常困难。中国的受害者出庭固然不是难事，但由于当时并没有注意保存证据，即使出庭有时候也很难提供有力证据。而那些汉奸则出于各种原因，联合王国，如果出庭首先考虑的是如何为自己的罪行开脱，难以提供有力指证。而那些顽固的****分子，要让出庭提供犯罪的真实证据，则是难上加难之事。
审讯中除规定采取“英美法”诉讼程序外，还规定每一个被审讯的战犯除自聘的日本律师及辩护人外，都要聘请一名美国律师。这些美国律师为一些没有危害美国利益的战犯“寻机开脱”，其中一些美国律师为了达到自己的目的肆无忌惮，有时候甚至表现出不可想像的愚蠢，这也为取证和预审工作带来了困难。
举证和起诉工作是由国际检察处负责，在检察制度上，与纽伦堡国际法庭实行“合议制”不同的是，远东国际法庭实行“首长制”，也就是由检察长对检察工作负全部责任。远东国际法庭的检察长季南是一个很有手腕、善于伪装的美国政客，他也是一个喜欢出风头、飞扬跋扈的人，法国，他努力排挤其他检察官发挥作用，在举证和起诉过程中独断专行，他担任检察长给整个举证和审判工作带来不小麻烦。他的飞扬跋扈受到各国法官的批评和抵制。
开庭第一天，季南在法庭洋洋得意的朗诵他的致词，致词中不乏为日本****辩解之词，引起法庭庭长韦伯的不满。在季南正在致词的时候，韦伯突然打断他呵斥道：“你的这种煽动性的词语，对于我们的审判毫无益处。”措手不及的季南一时面红耳赤，随即口出恶言，并以辞职相要挟。远东国际军事法庭全体法官出席了起诉书递交仪式。后来，飞扬跋扈的季南还经历一系列打击，此后他的气焰有所收敛，但是，季南对整个审判工作拥有很大权力，他利用掌握的权力对整个审判工作仍然造成不少不利影响。
法庭工作开始没多久，丧钟就要敲响
1946年4月28日，各国提交各自战犯名单。1946年2月7日，中国检察官向哲浚向国际检察处递交了中国认定的11名战犯的名单。位列第一的是日本侵华的间谍头子土肥原贤二；第二是曾任日本关东军司令的本庄繁，此人早已经自杀，但当时国民政府居然不知情，也足见当时中国方面准备工作的粗陋；第三个是南京大屠杀制造者谷寿夫；坂垣征四郎、东条英机、梅津美治郎也在名单内。
在准备审判之前，中国方面按照国内审判的惯常思维，认为对这些战犯的审判是天经地义之事，对审判工作没有进行充分准备。传统上，中国人头脑中的审判就是检察方一提起诉讼，然后就是法官的惊堂木一拍，大喝一声，然后是罪犯战战兢兢，老实交待。在来东京以前，国内的许多人包括中国法律代表团的一些成员也是这么想的，苏联，所以刚开始的时候中国方面并没有准备足够的人证、物证材料。
参与远东法庭工作的倪征先生曾经说，“中国方面没有估计到战犯审判会如此复杂，而满以为是战胜者审判战败者，审判不过是个形式而已，哪里还需要什么犯罪证据，更没有料到证据法的动用如此严格”，以致中国的控诉工作处于很不利地位，一些中国证人出庭作证，虽然言之切切，却因为“证据”不足险些被轰下台来。甚至一些国民党军政要员出庭作证都是如此。例如，直到一年后的国民政府军政部次长秦德纯（曾为抗战将领宋哲元部下，北平市长）到庭作证时，说日军“到处杀人放火，无所不为”，以为这样是对日本战犯的深切控诉，加拿大，能在法庭激起义愤，根本没想到要去准备必要的证据，不料立即遭到辩护方的反诘，“这话的证据何在？”秦当然当场提交不上来，于是被指责为空言无据，引起一片嘘声，几乎被轰下证人席，他不禁感叹道：“哪里是我们审判战犯，还不如说战犯审判我们。”在抗战进行中，没有一个司令官想到有意识的保存证据，作为日后控诉战犯之用。
不利境地让中国代表们痛心疾首，又气又急。为了迅速摆脱困境，中国代表立即分头去盟军总部查阅日本内阁和陆军省等几个部门的档案。日本十几年的档案资料，包括文件、作战命令、来往电报等等，远东国际军事法庭的起诉书全部完成，难以数计。代表们先是摘抄、翻译、整理出原始材料，然后根据这些材料拟出发言材料。法庭庭长韦伯命令季南，立即将起诉书和《远东国际军事法庭宪章》副本提交给每一个被告，并且正式下达通知，4天后，法庭正式开庭。他们的大部分时间消耗在夜以继日的工作中，可是大家依然不辞劳苦。有些罪行，日本档案资料没有记载，只能通过实地调查取得实证。由于工作量太大，人手不够，代表团紧急请求国内增加审判工作人员，加紧进行举证和审判准备工作。代表们四处奔走，为的就是拿到战犯们犯罪的铁证，使这些狡诈的恶魔受到应有的惩罚。
其他国家的法律专家们同样在为将战犯早日送上法庭披星戴月的工作。
尽管遭遇各种阻碍和困难，参与审判的500多名法律专家和300多名工作人员，这些肩负着维护正义与和平的重任的人们，想尽一切办法掌握战犯的确凿证据。
几个月过后，经过各国法官、检察官的共同努力，加上受害国政府的支持和配合，季南代表盟军国际检察处并以远东国际军事法庭首席检察官的身份正式向法庭递交了起诉书。起诉书的第一号标题这样写到：“美国，整个侦讯工作于1946年4月底基本完成。
远东法庭先后调查清楚了日本战争嫌疑犯1895人，其中士兵115人，支队长140人，旅团长558人，师团长847人，军司令官296人，方面军总司令以上的军官39人。同时涉及到日本发动侵略战争14年以来的历届首相、陆军大臣、海军大臣。
关于中国的调查情况，查清了日本侵略者在中国犯下的一系列罪大恶极的滔天罪行。其中的许多事情让参加审判的法官和检察官感到触目惊心，难以置信。典型的有：由原驻华中地区日军总司令松井石根指挥、原第六师团长谷寿夫具体执行的，强奸事件达两万起、大火39天未熄、集体屠杀19万人、总共残杀30万人的南京大屠杀；由日军抚顺守备队第二中队队长川上岸、驻抚顺宪兵分遣队队长小川一郎指挥的、使3500名男女老幼惨遭杀害的平顶山惨案；由日军第三十三联队第三大队长东川恒太郎指挥、先后屠杀中国军民12500人的舒兰县老黑沟惨案和清原县清原镇惨案；由石井四郎指挥的日军731部队，灭绝人性地用3850人作细菌武器试验、用2450人作化学武器试验，导致这些人在试验中死亡的罪行……令人发指的暴行让每一个接触材料的人感到深深震撼，激起了参加审判的全体人员严惩日本战犯，为死难者报仇雪恨的热情和决心
