1984年初，陈独秀的一位后人向中央提出恢复陈独秀党籍问题。中央书记处专门开会讨论这个问题，虽然认为不应当恢复陈独秀党籍，但指示中央党史研究室写一篇评价陈独秀一生的文章，澄清陈独秀的历史是非，恢复陈独秀的本来面目。同年11月，党的总书记胡耀邦召集有关专家开会讨论中央党史研究室有关陈独秀问题的送审稿。会上，胡耀邦指出：过去很长时期对陈独秀予以全盘否定是不公正的。陈独秀在本世纪的最初二十几年为中国革命建立了很大的功劳，后来犯了错误，但也不能将大革命的失败完全归咎于他。当时敌强我弱的阶级力量对比悬殊，我们党又处在幼年时期，缺乏革命经验，即使是中央领导人在理论上政治上也很不成熟，加上共产国际脱离实际的指导，在这种条件下，陈独秀不犯错误是很难的。为此，胡耀邦提出：写陈独秀这样对革命有过很大贡献的历史人物，要像鲁迅写章太炎那样，有一种深远的历史眼光，采取厚道公正的写法，这样才能正确地评价前人，深刻吸取历史教训，坚持马克思主义的实事求是的精神，使后人受到教益。
经过多次修改，《关于陈独秀一生活动的评价》一文在《中国社会科学》1985年第9期发表。在五四时期和建党问题，文章对陈独秀的评价是：陈独秀是五四运动的总司令，但不是一个好的马克思主义者；他是中国共产党的主要创建人之一，是党的早期的主要领导人，但不是一个称职的领导人。这里，首先肯定了“陈独秀是中国共产党的主要创建人之一，是党的早期的主要领导人”，这是主要的。那个“但不是一个称职的领导人”的尾巴，可轻可重，但显然是一分为二式的次要地位。文章代表了当时中共中央的主要看法，在推动对陈独秀的科学研究和公正评价方面，起了重要作用。
但是，由于长期以来一些政治因素的影响，在如何评价陈独秀和***创建中国共产党的历史地位的问题上，总是宣传***更多一些，似乎***的历史功绩高于陈独秀。但从历史事实看，并非如此。
此后，关于陈独秀在建党中作用问题引起研究者的极大兴趣。有学者指出：之所以陈独秀在建党中的作用“应属首位”，是因为陈独秀的贡献主要有以下三个方面：一、以《新青年》为阵地，完成了思想上、干部上的建党准备；二、积极传播马克思主义，完成了理论上的建党准备；三、亲自创建党的早期组织，完成了组织上的建党准备。
同时，学者们通过计量分析指出：陈独秀在一大上被推选为中共中央局书记，绝非过去所说是党的幼稚，也不仅仅是由于他在五四新文化运动中的显著声望，更不是什么“错误的选择”，而是一种众望所归：
从一大党员组成看，当时全国50多名党员中绝大多数都是陈独秀的学生或追随者。其中陈独秀在北大时的学生有：张国焘、刘仁静、谭平山、谭植棠、陈公博、张太雷、罗章龙等；陈独秀亲自上课指导过的学生有：罗亦农、萧劲光、***、任弼时、汪寿华、柯庆施等；陈独秀亲自介绍入党的党员有：施存统、周佛海、赵世炎、陈公培、蔡和森、李立三、刘伯垂等；陈独秀的崇拜者有：毛泽东、周恩来、朱德、瞿秋白、恽代英、包惠僧、林育南、郑凯卿、王尽美、邓恩铭等；陈独秀的挚友同事有：***、张申府、李达等。
从参加中共一大的13位代表来看，其中有他的学生6人，几乎占50%的比例。
从共产党组织上看，绝大多数中共早期支部都是经陈独秀之手创建或指导下建立起来的。像派出一大代表的长沙、武汉、济南、广东、旅日支部以及没来得及派出代表的旅欧、香港支部，都是陈独秀亲手创建的。几乎所有支部的负责人都是陈独秀亲自指定或建议产生的。
从思想上看，陈独秀确立了中共的组织原则和指导思想。中共一大召开前，在党的性质和组织原则等一系列根本的问题上，意见并不一致。为此，陈独秀曾提出过四点指导性意见：“一是培植党员；二是民主主义之指导；三是纪律；四是慎重进行发动群众。政权问题，因本党尚未成立，应俟诸将来，而先尽力于政治上之工作。”这些意见经过一大代表们的讨论，最终达成共识，写入党纲。
从影响力上看，陈独秀的影响力远远高于同时代的其他伟人。五四运动时期有声望的人物不只陈独秀一人，就民主革命而言，孙中山的声望是最高的，就宣传科学与民主而言，胡适的声望也不在他之下。然而，以社会主义革命的标准去衡量和挑选党的总负责人，陈独秀无可争议地“应属首位”。正如毛泽东所说：被《新青年》和五四运动唤醒起来的一代先进分子，“可以说是由他集合起来，才成立了党”。
随着对陈独秀建党作用的肯定，陈独秀的正面形象逐渐树立起来。
2001年，陈独秀墓园的保护性维修工程完工，总面积达千余平方米。2009年10月9日为陈独秀诞辰139周年，各地举行了形式各样、规模不同的学术研讨和纪念活动，陈独秀纪念铜像也在上海福寿园揭幕，同时举办了“陈独秀在上海的战斗岁月”图片展。与此同时，上海人民出版社隆重出版了六卷本的《陈独秀著作选编》。
四、关于陈独秀的“托派”问题
大革命失败后，陈独秀转向托洛茨基主义，成为中国托派领袖，最终被开除出党。
托洛茨基、斯大林、布哈林，都是列宁所考虑的重要接班人。相较之下，托洛茨基更合列宁之意。众所周知的列宁的“政治遗嘱”，是列宁明确表明希望托洛茨基接班的重要文献。
但是，列宁逝世前，斯大林已经掌握了俄共政治局绝大部分行政职权。列宁逝世后，斯大林为巩固政治地位，发动了持续数年的批判托洛茨基运动，几乎所有支持托洛茨基的干部都被免职。在反对斯大林的斗争中，苏共党内形成了以托洛茨基为首的反斯大林派，即“托派”。在苏联学习的部分中共留学生，成为托洛茨基的积极拥护者，也加入了“托派”队伍。
1927年7月，中国大革命失败，托洛茨基借机大力抨击斯大林对华政策，斯大林开始采用极端的手段打击托洛茨基。
面对斯大林对“托派”的镇压，在1927年十月革命10周年纪念活动中，一些中国留学生在红场游行时，突然高呼“执行列宁遗嘱，罢免斯大林，拥护托洛茨基”的口号。这些学生随即被开除学籍，遣送回国。不久，中共六大在莫斯科召开，共产国际将托洛茨基撰写的《共产国际纲领草案批评》一文的第三部分《中国革命的总结与前瞻》译成中文，供六大代表传阅。不久，该文被托派成员秘密带回国内。陈独秀正是看到该文之后，开始逐渐接受托派思想。
陈独秀为什么会接受托洛茨基思想？
第一，大革命失败后，共产国际和中共都把大革命失败的责任推给陈独秀，令陈独秀非常寒心。
大革命失败后，陈独秀痛定思痛，认为失败原因主要是莫斯科的瞎指挥所致，提出中国的革命必须由中国人自己领导，不能由外国人领导。但共产国际和斯大林把大革命失败的责任几乎全部推给陈独秀。作为共产国际一个支部的中共中央，秉承共产国际和斯大林的意志，不但不接受陈独秀总结出的大革命失败的血的教训，反而认为陈独秀是给自己开脱，躲避责任。同时，“八七”会议没有让陈独秀参加，瞿秋白上台后，将“陈独秀派”纷纷解职。这种“惩办主义”做法，既不符合党的组织原则，也不利于团结同志，加剧了陈独秀与中央的对立情绪，把陈独秀推向了党的反面。
陈独秀曾经气愤地说：他们要我写悔过书，过从何来，如何悔之？他们为什么不要斯大林悔过呢？我是执行他的训令的，他悔过我就悔过，要我做替罪羊，于情于理都说不通！由此可见陈独秀对此问题的愤怒和寒心。
第二，艰难时刻得到托洛茨基的支持，使陈独秀找到了同盟者。
陈独秀被解除总书记职务后，在共产国际和中共中央的一片批评声中，只有托洛茨基站了出来，严厉指责共产国际和斯大林“没有公平对待陈独秀”。托洛茨基认为“中国共产党领导是无疵的”，并对陈独秀给予高度评价和赞扬。在“墙倒众人推”，有理说不清的情况下，托洛茨基的支持无疑是雪中送炭，给遭受沉重打击的陈独秀以极大安慰。
同时，陈独秀读完托洛茨基撰写的《中国革命的总结与前瞻》之后，惊奇地发现，大革命时期自己反对共产党与国民党党内合作，以及后来主张共产党退出国民党，与远在莫斯科的素不相识的托洛茨基的主张不谋而合，托洛茨基对斯大林和共产国际对华错误政策的抨击，甚至远远超过陈独秀。陈独秀由此认为托洛茨基所领导的国际反对派（反斯大林主义）是真正的马克思列宁主义，同时将托洛茨基引为知己，接受了托洛茨基的思想。
第三，陈独秀与中共中央关于大革命失败后革命形势认识上的分歧，使陈独秀认为正确的一方依然属于自己，属于托洛茨基一派。
陈独秀虽然被解除了党的总书记职务，但仍然关心党的各种政策策略。但在党的政策策略方面，陈独秀与中共中央产生了严重分歧。
大革命失败后，全国一片白色恐怖，但瞿秋白主持工作的中共中央却认为“中国革命无疑的是在高涨”，要求全国各地都要组织暴动，形成了“左”倾盲动错误。陈独秀则明确指出此时中国革命形势是处于低潮期。1927年11月中旬，陈独秀给中央写信，阐述自己对当时革命形势的看法，并对当时党内严重的“左”倾错误提出了严厉的批评。但“左”倾中央非但没有接受陈独秀的意见，相反却对他无限上纲进行批判。陈独秀的正确意见不但没有被接受，反而受到严厉的批判，促使陈独秀更加坚信自己的正确和托洛茨基的正确，同时也加剧了陈独秀与中央的对立情绪。
导致陈独秀自组“托派”的直接因素是中东路事件上的分歧。
1929年7月发生的东北张学良部武力接管中俄共管的中东铁路，从而引起苏军与张学良部激烈武装冲突的中东路事件，本来是蒋介石企图借苏俄削弱甚至消灭张学良东北军的诡计。战前，蒋介石极力怂恿张学良武力接管中东路，承诺冲突爆发后“全国军队可以随时增援”。但张学良和苏军真的打起来了，蒋介石不但不派一兵一卒，不援助一枪一弹，让东北军单打独斗，还命令张学良的重炮部队去打冯玉祥。幸亏张学良觉悟得早，在损失了两个旅之后，果断求和，恢复事前状态。
但是，事件发生后，出现了错综复杂的政治局面。美、英、日、法、德、意等国，密谋组织联合委员会，在中苏冲突未彻底解决以前，将中东路收归“国际共管”；国民党政府以“收回中东路”为名，制造“独立自主”的外交形象；大多数民众凭着朴素的民族情感赞成国民政府收回中东路主权，并将其视为爱国举措；共产国际则把中东路事件夸大成帝国主义进攻苏联的战争，要求中共以实际行动“武装保卫苏联”。
“立三中央”盲目接受苏联和共产国际的指示，不顾中国革命处于低潮的实际，要求全党“武装保卫苏联”。这种与全体中国人民高涨的民族情感相对立的政策，不但得不到广大民众的支持，还使广大基层党员干部也很不理解，促使中共中央自己陷入孤立。
“立三中央”如此罔顾国家利益的“武装保卫苏联”政策，使自大革命失败后在政治问题上长期沉默的陈独秀再也坐不住了。陈独秀为此连续致信中共中央指出：由中东路事件引发的战争，无论何种形式，都要在中国做战场，在战争中最受直接蹂躏的自然是中国人民。现在，国民政府的宣传“是戴着拥护民族利益的假面具来欺骗群众”，并且“收到了效果”，“在这样的情形之下，中央应该考虑到民众的民族感情，注意解答群众心中所关心的实际问题”，“如果仅仅”拿‘反对进攻苏联’、‘拥护苏联’、‘武装保卫苏联’做动员群众的中心口号”，那么，国民党便会“把他们‘拥护中国’的口号和我们‘拥护苏联’的口号对立起来”。那样的话，“反而使群众误会我们只是卢布作用，而不顾及民族利益”。因此，要补充以反对国民党的“卖国或误国”政策的口号，这样才便于为群众所接受。
实事求是地说，“立三中央”的“武装保卫苏联”的口号是错的，是很容易被群众误解为卖国口号的。陈独秀的建议完全是善意地帮助中共中央纠正自己的错误口号，是关心党爱护党的表现。但“立三中央”不但不接受，反而把陈独秀的来信公开，指责陈独秀“跟着群众的落后意识跑”，指斥陈独秀“由机会主义走到了取消主义──显然与托洛茨基反对派，对中国革命问题的取消观念无二致”。
不仅如此，8月28日，中共中央和共产国际的代表同时约见陈独秀，指责陈独秀不应该发表和中央不同的意见，甚至以开除党籍予以警告。
连续担任五届党的最高领导人、个性倔犟的陈独秀，对比自己小20余岁的后生晚辈（李立三、瞿秋白均比陈小20岁）“开除党籍”的威胁，不但没有屈服，反而于9月自组“托派”小组织。
10月5日后，中共中央对陈独秀的批判再次升级，要求全党同志“只有坚决地肃清党的机会主义与托洛茨基反对派的错误思想和小组织行动，才能顺利执行党在目前紧张形势中之‘拥护苏联’与领导革命斗争的任务；同时必须坚决地执行‘拥护苏联’与领导群众革命斗争的任务，推进革命的发展，才能根本肃清机会主义与托洛茨基反对派的思想”。
6日，中央又书面“警告”陈独秀，要他“一周内作一篇反对反对派的文章”。10日，陈独秀致信中共中央，强硬回击“最后警告”说：“在你们，绝对没有任何理由可以开除发表政治意见的任何同志。在我，只知道为马克思列宁主义的真理，为全无产阶级的革命利益，结合下层的革命群众和机会主义的上层领导机关奋斗，而不计其他。”
25日，中共江苏省委作出开除陈独秀追随者彭述之等的党籍的决议，并向中央建议开除陈独秀党籍。26日，共产国际指示中共中央：“应当执行无情的斗争，肃清自己的队伍，去掉暗藏的托洛茨基派和取消派。”同日，陈独秀、彭述之等再次致信中共中央：“你们说我们是反对派，不错，我们是反对派。我们的党此时正需要反对派。而且正需要勇敢的、对革命对党负责的反对派，坚决不和机会主义、冒险主义、威吓手段、欺骗手段、腐败官僚的领导机关同流合污。为了革命的利益，为了阶级的利益，为了党的利益，而绝不计及自己的个人利益，尽量地发表正言谠论，使马克思列宁主义、布尔什维克主义在中国有一线之延，使全党党员及全无产阶级的群众不至对党完全失望！”
1929年11月15日，中共中央将陈独秀开除党籍。12月10日，陈独秀发表《告全党同志书》，批判“立三中央”的各种政策；15日发表《八十一人政治意见书》，批判共产国际和斯大林的对华政策。25日，以上述81人为基础，陈独秀正式组建“中国共产党左派反对派”，被称为“无产者社”。
