朱元璋的治国理念是复杂的，他是法道儒一起上。面对宋元以来天下纲纪松弛的局面，朱元璋制订一套严刑峻法惩治不符合他的理念的官员；为了恢复农业生产，他制定低赋税；为了统驭亿万兆民，他用道德的力量治理乡村，帝国的每个村庄由村中德高望重的长老治理。那么朱元璋的治国理念究竟是什么？
朱元璋没什么明确的治国理念，他所信奉的大概就是经世济用，只要符合他的理念，他都会拿来用。中国历史上一些偏差的发生除了长期的积习外，跟矫枉过正也有很大关系，矫枉过正在以后的岁月中还要重新矫枉。明王朝开国后，洪武皇帝那种偏激和喜怒无常的性格开始显露，帝国的中枢开始承受他的重压。
让我们还是回到帝国最初的治理阶段。面对百废待兴的新王朝，头等大事就是农业生产。
大凡农民起义、改朝换代都是因为一些突发事件的发生和长期的积习导致农民破产，小民生产的不稳定性导致封建王朝周期性震荡。元末商品经济对农业的冲击，自然灾害的长期发生，加上二十多年战乱导致人口减少和土地的大量荒芜，如何快速的恢复农业生产是考验帝国稳定性的首要前提。
恢复农业生产首先要应对的是流民问题，如何将农民束缚在土地上是当务之急。为此洪武朝编制了黄册和鱼鳞图册，黄册就是今天的户口本，上面不仅记载了个人的详细资料，更是规定了世袭的职业，且世代不许换籍。鱼鳞图册相当于今天的土地证，全国所有的黄册都被集中放在玄武湖，所以明代200多年，玄武湖一直是皇家禁地。除了黄册的编立，朱元璋还设立了里甲和粮长制度，进一步加大了对农民的人身束缚，帝国还同时限制僧人数量和没收寺院的土地，40岁以上的妇女开始被禁止当尼姑，20岁以上的男子若想为僧还要通过帝国的考试。在对农民束缚的同时，奖励耕种也在同时进行。
为了加大边疆农田的开垦，帝国实行了开中法，也就是如果有商人运粮去边疆充实那里的军粮，就会获取一定的盐引，也就是买卖食盐的专利，这种政策实施的结果就是大量的商人开始雇用劳动力去边疆垦荒，到后来将北疆的骏马贩到关内也可以获取盐引，这又增加了帝国拥有的战马数量。为了鼓励农民种粮的积极性，赈济、免除赋税和收取低额的税率也成了帝国的国策，对于垦荒者不仅给予土地所有权和免除赋税，而且还免费发给耕牛、农具和种子，但对于撂挑子的农民则是处以极严厉的刑法，洪武朝还把南方大批的人口迁到北方地广人稀的地方垦荒。
跟垦荒相对应的是军屯和兴修水利，为了减轻农民负担，各地卫所的军士开始主动屯田，战时作战，闲时种地，大规模的兴修水利使得普通农民能够在水利的建设中成为主角，毕竟实践者最有发言权，他们几十年来的农垦经验都在这个过程中得以采纳，这无疑提高了他们的主人翁意识；跟对农民人身约束加强的是对手工业者控制的放松，轮班制的实行使得工匠有闲暇时间来从事其他事情，大大提高了工匠的劳动积极性。
抓农业生产的同时，洪武也开始了对豪强富户的打击，这次主要是针对江南的富户。这些富户在元末已经把持了地方政治，元帝国竟然也束手无策。一方面百姓交纳赋税，另一方面政府的税收却不见起色，可见天下的财富都到了谁的手里，明帝国建立后，这些江南豪绅仍想抗争，但在强势的洪武面前，这些抗争显得尤为苍白，能够保住性命已经不错了。皇帝对他们处理的结果是全部没收土地发给自耕农，迁到京畿居住，割断他们与地方官府的联系。
行伍出身的朱元璋在逐步取得天下的过程中加大了对文人的任用，文人集团设想把朱元璋改造到他们所希望的轨道上去，但这是不可能的事情，帝国建立后，监察的加强充分展示了朱元璋对文官的不信任，御史、给事中的设立标志着帝国开始用位卑权重的官吏来制衡文官。朱元璋是一个纯粹的人，帝国是按照他那纯粹的理想去治理，在他的眼里所有的官员都应该奉行孔孟之道、廉洁奉公、体国察民，所以他对稍有不法情事的官吏处罚是极其严厉的，洪武朝的官吏也是在这种沉闷的气氛下战战兢兢。
中国古代帝国的治理体系通常是由帝王、文官、胥吏三级构成，除了奉行孔孟之道的文官集团，还有大量的基层胥吏，对于百姓来说，数目庞大的胥吏才是政府的代言人，这些胥吏通常文化不高，无法走科举之路，且出身卑微，只能依靠这份工作养家糊口，他们没有工资或者薪水低廉，有的还要依靠兼职才能勉强度日，他们上受文官的分派，下受百姓的敌视，他们的存活之道就是向百姓索取，昔日来朱元璋家里收钱的就是这类人，所以朱元璋对这类人的痛恨可想而知。
元代统治者由于不熟儒家文化，便将胥吏提拔到战略高度，到了明初胥吏仍旧跋扈异常，帝国已经发生数起胥吏殴打上司的例子，虽然朱元璋对跟他理念不符的文官采取了极端的方式，但对数量众多的胥吏却无可奈何，朱元璋为了对付胥吏发明了一种崭新的方式，那就是允许农民绑架为非作歹的胥吏进京城，且沿途官员不许拦截，还要负责进京农民的饭食，在朱元璋的支持下，帝国很快出现了两位主角。
在朱元璋亲自用口语化风格编写的《大诰三编》中记载了这样一件事情：赵罕晨是北平布政使司的一个农民，一天他和当地的三四十个农民把乐亭县的主簿汪铎还有一些其他官吏捆绑押送南京。原来这个汪铎设计了一个项目，向农民摊派。行到半路上，王铎向赵罕晨求情，述说着自己的痛苦往事和艰辛奋斗过程，赵罕晨并不懂这些东西，他们对帝王是信任的。到京后，朱元璋砍了这些官员的脑袋，血腥了的场面震慑了官吏，也震慑了这些农民，这些农民明白了，如果自己不好好种地，其结果也跟这些官吏一样。
第二位主角是江苏农民陈寿六，陈寿六受当地官吏顾英的迫害，陈寿六手持朱元璋亲编的《大诰》将顾英抓起来押送京师，沿途拦截的官吏后来也受到朱元璋的处罚，朱元璋赏了陈寿六衣服和钱，并免除了他三年的徭役，并亲颁圣旨对陈寿六进行人身保护，并警告陈寿六不许借此嚣张跋扈，从此陈寿六成了帝国只受朱元璋领导的新型农民，并成为帝国千万农民的楷模。
洪武十八年，皇帝颁布《大诰》赋予了农民新型权力，但整个十八年并没有出现朱元璋预期的效果，帝国十九年，朱元璋采取了更为激进的鼓励，在朱元璋的鼓动和明星农民的榜样下，帝国开始出现朱元璋预期的效果，但随后出现的过激行为导致朱元璋陷入深深的思索。皇帝亲自处罚了因为不愿意种地而自残身体的农民，和为了逃避赋税、徭役而鞭打官吏的农民，在《大诰》的颁布下，逃税、逃役的农民越来越多，更有一些农民开始无端冲击地方官府，朱元璋也逐渐陷入地方农民一些鸡毛蒜皮的扯皮上，朱元璋动摇了，在胥吏和民众之间他无法找到一个满意的平衡点。
从朱元璋赋予农民新型权力的这件事情上可以看出，朱元璋实行的实际上是一种自下而上的监督方式，他甚至对那些没有按要求捆绑当地污吏的百姓也进行了处罚，但他也知道对农民放任的结果会出事，所以民众对官员的监督也仅限于胥吏，对于更高级别的文官则只允许民众控告，并没有赋予民众直接动手的权力，这件事情也使得朱元璋感觉到了治民的复杂性与艰难性。朱元璋对胥吏的整治体现了儒家道统的恢复性，但他对农民的号召又对儒家的等级观念产生了冲击。
在发展农业的同时，洪武朝实行了海禁，民间海外贸易被禁止，民间海外贸易的禁止对帝国的稳定有着良好的作用，它避免外部文明的干扰，它还可以保证充分的农业人口数量，避免粮食作物被大规模改种成经济作物，其结果就是稳定帝国的农业生产。此时的海外贸易是以官方朝贡贸易的形式进行，但方明珍海上余党和始于元代倭寇在海上的骚乱使得帝国关闭了明州和泉州的两处市舶司，这两处市舶司主要负责日本与琉球的官方贸易，而只保留了广州市舶司，用于跟东南亚朝贡国的交往。
民间海外贸易的禁止和朝贡贸易的缩减一方面稳定了帝国的农业生产，另一方面也巩固了海防，使帝国能够腾出手来应对北方的战事。
朱元璋有感于宋元以来纲纪的松弛，在帝国建立后开始逐步加强了皇权。中书省、御史台、大将军都督府相继被撤，行政、监察、军事权力被分散，改革中央权力的同时，朱元璋同时对地方权力进行改组，地方的行中书省同样被一分为三，分为承宣布政使司、按察使司、都指挥使司，组织结构扁平化，这样帝国的权力从中央到地方都掌握在皇帝的手中，权力的高度集中也渐渐使得朱元璋力不从心。
洪武十三年，他设置了四辅官，四辅官全部是由年事已高的乡间老儒组成，这些老儒提供的更多是顾问的服务，皇帝既想有人来承担政务，又不想赋予过多的权力，但这些老儒很显然达不到皇帝的要求。洪武十五年，皇帝又设置了内阁大学士，内阁大学士仍然充当的是咨询角色，军政大权仍旧掌握在皇帝手中，洪武十五年的内阁也就是后来内阁的雏形。行政权力的变更始终没有达到皇帝满意的效果，军权的分散也在帝国形成了将不知兵，军无常将的局面。
洪武之治的结果基本符合他的要求，但这是一套僵硬的制度，洪武甚至规定后世子孙不得随意更改他的主张，这使得这套制度在以后岁月中不能随着情形的改变而灵活运作。从表面上看，洪武加强了皇权，但他没有找到一种真正使皇权稳固的制度，这使得洪武之治就像一列在冰面上行驶的火车，面临随时倾覆的危险。
