而且因为燕王的人脉熟络，还有不少中央军投降燕军，进一步增大燕军的实力。
既然要谋反了，总要找一个谋反的理由吧，其实理由很好找，翻翻史书就知道了。对于燕王其实不需要翻史书，翻翻《明皇祖训》就知道了，朱元璋为了防止后世子孙变质，特点刊印《明皇祖训》，世人都喜欢搞些表面文章，朱元璋也不例外，可在《明皇祖训》中记载了一条，也就是如果朝中出现了奸佞，各地藩王有权力带兵进京勤王，朱元璋封王除了戍边外，也是为了防止江山变色，可这条记录给朱棣的谋反提供了借口，而且还是合法的借口。的确，朱元璋在世的话也会支持朱棣这样做，黄子澄、齐泰的做法已经超出了一个人臣的本分，建文刚即位，大明皇族便已是刀光剑影，这虽然出自建文帝的圣裁，但齐泰、黄子澄的推波助澜也不无作用。
建文元年七月，朱棣打起了“靖难”的大旗，并发布对建文本人和黄子澄、齐泰一系列的指责，这些指责在当时看起来似乎比黄齐的削藩和方孝孺的周礼更能争取人心，的确，从那个时期起，人心便已开始微妙的向燕王转移。
为了平叛，建文启用了老将耿炳文，建文为什么要用耿炳文？因为建文的姐姐嫁给了耿炳文的儿子，建文帝将平叛权交给耿炳文后便接着跟方孝孺鼓捣复古改制了，北平周围中央军的迅速溃败也就不难理解，对于建文来说，燕王造反也许是好事，因为他也可以名正言顺的处理燕王了。
耿炳文的失败是必然的，双方在北平附近进行了一场主力会战。耿炳文失败后，在黄子澄的推荐下，建文启用了李景隆接替耿炳文指挥。李景隆从山东德州挥师进攻北平。而此时大明辽东军开始破关南下，攻打永平府，永平是个非常重要的地方，是北平的东门户，一旦永平被攻下，辽东兵就可以随时攻打北平。此时的形势对于朱棣来说已是形如危卵，南边有李景隆的几十万大军，东边有已经破关的辽东军，朱棣正陷入夹击之中，此刻正是朱棣一生中最黑暗的时候，朱棣很快冷静了下来，他知道对付李景隆的大军最好的办法是拖，而已经入关的辽东兵才是最大的威胁。朱棣将一部分军队留下守城，自己带着精锐去驱赶辽东军，为了提高防守的效率，朱棣撤除了北平城外一切守军，集中力量防守北平，并把守城的任务交给了长子朱高炽，自己带着次子出发。朱棣的这一防守策略十分正确，可惜200多年后的人们不明白这个道理。
朱棣的心里也没有底，但他只能这么办，他寄希望于儿子朱高炽能够守住北平。历史总是惊人的相似，朱高炽守北平的局势跟当年的朱文正守洪都的局势如出一辙，无论朱棣如何的心乱如麻，此刻的他只有冷静下来稳扎稳打。朱棣迅速击退了南下的辽东兵，这时候北平的攻防战打得正激烈。当他得知他的儿子防守北平正严密，朱棣又做出一个大胆的决定，他带着军队往北奔袭至关外的大宁，收缴宁王朱权的军队，那里有精锐的朵颜部蒙古骑兵。
朱棣带着宁王的军队轻而易举的击溃了已经攻城三个星期的李景隆大军，此时的朱棣已经有了完全可以对抗朝廷的本钱。
李景隆兵败后退回了德州，双方歇息了近半年。建文二年四月，李景隆率三十万军队再次北上，护国军和朱棣的十万叛军在白沟河展开了最大规模的一场主力会战，李景隆再次败北，退到德州。这次朱棣开始了穷追不舍，李景隆又退到济南，朱棣又追到济南，在济南朱棣遇到了真正的对手——都指挥使盛庸和布政使铁铉，朱棣围城三月而不破。这是一种奇怪的现象，为什么奇怪？因为对于朱棣这样一个反叛者，帝国竟然没有援军来支援，这也就说明朱允炆能控制的资源其实就是济南城的守军，燕王经营北平已多年，朱棣越打下去越胆寒，这时候他做出了一个愚蠢的举动，退回了北平。
朱允炆立即任命盛庸为平燕将军，总督平叛兵马，盛庸随即跟朱棣大战东昌，朱棣再次战败。从建文元年七月朱棣起兵以来，一直到建文三年底，朱棣一直在北平附近晃悠，打不开局面，朱棣本来的策略是稳扎稳打，拿下山东后，再南下安徽攻取南京，可几年下来，朱棣明白如果继续这样搞下去，不仅济南打不下来，就是德州也拿不下来，而一旦建文醒悟过来，硬调各地人马围剿，自己将死无葬身之地，如今只有一个办法，那就是越过山东，直取南京。
朱棣在赌，他赌的就是帝国的军队不要来插手这件事，朱棣在三年的战争中已经捕捉到了这一点，所以他才敢这样做。
从建文四年（1402年）正月起，朱棣率领不足十万的人马开始从北平出发，绕过德州渡过黄河进入徐州，驻扎在山东境内的中央军得知消息后，开始在后追赶，双方在安徽境内大战一场，中央军失利，接着，燕军攻破淮河上的盛庸防线强渡淮河，进入南方，接着攻下扬州，抵达浦口，此时盛庸的水军正在长江上布置防线跟燕军对峙。
很不妙的是盛庸手下的都督佥事陈瑄叛投燕王，保卫南京的最后一条防线破产。此时南京城内有两种不同的声音，黄子澄和齐泰力主守城，李景隆和兵部尚书茹瑺力主谈判，已经到了这个时候还怎么可能谈判呢？
最终李景隆打开了城门，迎接燕王入城。李景隆为什么要打开城门？因为没有办法，此时各地的兵马已经不愿意拱卫南京，建文只好在南京附近招募义兵守卫南京，这些毫无作战经验的新兵如何能够守卫南京。
就这样，朱棣进入南京承继大统。
当朱棣进入南京城后看见的是熊熊大火，建文皇帝的结局究竟如何已经不再重要，中国的文官们试图改造中枢的努力只能是以失败而告终，手下燕军已经是帝国战斗力最强的军队，明王朝的政治特点在一定程度上重回洪武之治的轨道。
建文帝失败的原因不是由于朱棣多么睿智，也不是由于燕军战斗力多么强，而是由于建文帝手中掌握的资源太少，无人愿意帮助平叛。虽然李景隆、盛庸带兵平叛，但他们更多的是出于道义上的帮助，真正对建文忠心耿耿的大约便是那帮文臣。
从持续四年的内战可以看出，建文能够调动的也就是李景隆和后来盛庸率领的那支军队，当朱棣的一支孤军从北平南下的时候，竟然没有一处勤王之师前来拦截，这就说明这些将领都在隔岸观火。
所以削藩先削谁，后削谁已经不重要了，复古不复古已经不重要了，井田制究竟要不要恢复也不重要了，重要的是对于一个继任者来说如何快速的掌握兵权，让各地的驻军统帅忠于自己，而建文一系列的政策失误最终葬送了自己。
建文的削藩跟景帝的削藩有异曲同工之处，都是在形势还不成熟的情况下受到文臣的蛊惑，但景帝手中掌握的资源要比建文多的多，景帝有梁王做屏藩，有周亚夫、李广等平叛大将，而且建文跟景帝在削藩前后的态度也惊人的相似，先是锐意削之，待天下突变又优柔寡断，可以说这两位皇帝时而积极、时而消极。
封藩跟儒家的礼治是相抵触的，儒家奉行干涉主义，主张通过维护君主的权威来实现干涉主义，而藩王制度恰恰影响到了儒家的干涉主义，这也是汉明两代儒臣皆力主削藩的原因。贾谊的《治安策》深刻论述了这种盛世下的末日危机。
“夫抱火厝之积薪之下而寝其上，火未及燃，因谓之安，方今之势，何以异此。” 贾谊的《治安策》深刻论述了这种盛世下由于藩王制度而潜伏的末日危机。
不光如此，苏轼也针对削藩问题发表了一番议论，苏轼在《晁错论》的开篇提到世上最难办的事情是表面上一片太平，暗地里却埋藏着隐患，实际上就是指封藩。接下来苏轼指出要想成功的削藩必须具备三个前提条件：第一，要把削藩这件事情搞清楚，也就是要对敌我双方的力量进行科学评价，要清楚削藩的后果；第二，一旦由于削藩而带来了后果，就不要害怕；第三，削藩要讲究循序渐进。苏轼在提出这三个条件的基础上也点明汉代的晁错是不适合做这件事情的人。
建文皇帝在没有掌握军权的情况下过急过快的削藩，是建文皇帝失败的根本原因。无论你承认不承认，朱棣的造反是被建文皇帝所逼迫，造成此种局面的责任在建文而不在朱棣。虽然建文皇帝失败了，但建文皇帝的仁政、礼治在明初的政坛上留下一抹余辉，这对朱棣日后的施政也产生了深远的影响
