直到此时，华盛顿还不知道敌人马上就要发动一次进攻。布伦瑞克公爵、卡塞尔领主以及卡塞尔储君哈诺伯爵都会前去给英军助战。布伦瑞克公爵的4300人以及13000名德国黑森人也都加入了英军。英国政府支付给他们的佣金高达7000英镑。华盛顿对目前发生的一切都不明了，他只能凭猜测来安排驻军。接下来的几天里，华盛顿收到几份有关敌军的情报。他这时才知道英国政府雇佣了德国黑森人和汉诺威人前来助阵。5月17日，他接到斯凯勒将军从前线发来的情报，对敌人在加拿大的动向有了比较清楚的认识。此时，美军向圣·劳伦斯河增派兵力已经迫在眉睫。
在前面我们谈到，阿诺德在魁北克战役中受伤，腿中了枪，几乎残废了，但是他始终没有放弃攻打魁北克的计划。他带领剩下的一半残余军队，继续围攻魁北克。由于他在战斗中表现得英勇出色，大陆会议特意提升他为准将。整个冬季，魁北克守军和美军对峙着，双方都在等待援军的到来。卡尔顿一直都待在魁北克城里按兵不动，他很肯定援军于次年春天一定会到来，并且他相信城外的守军过不了多久就会被拖垮。守在城外的阿诺德确实面临很多的困难，不仅弹药快用完了，后方的补给也迟迟送不过来。为了补充所需军用物资，阿诺德被迫使用了强制性手段，但是这种做法非但没有为他购得军用物资，反倒引起了加拿大人的反感和不满。与此同时，不少士兵的服役期满，已经有人要求回家。疾病开始在部队蔓延，越来越多的人离开部队，有一段时间，美军士兵的人数连700人都不到。
美军攻打魁北克行动的失败让加拿大人对他们失去了信心。一些最初的支持者们现在也认为他们不是自由的倡导者，而是入侵者。很多加拿大的封建贵族和领主已经宣布不再帮助美军，如果形势继续像这样发展下去，美军不久就要溃散。即使在这样艰苦的条件下，阿诺德的斗志依然没有下挫。只要有机会，他就带着小分队去骚扰敌军，切断他们的补给，或者向某个哨卡发起突击。他曾经向城内发起过一次轰击，但是没有成功。美军最优秀的炮手朗姆，现在已经成了英军的阶下囚，被关在魁北克城里。
4月1日，伍斯特将军率领援军从蒙特利尔赶到，并且接管了指挥权。就在他到来的当天，阿诺德从马背上摔了下来，再次受伤。由于需要静养，阿诺德前往蒙特利尔，并接任总指挥一职。托马斯将军于四月中旬抵达魁北克，美军的境况十分的糟糕，士兵们零散地分布在几个哨卡，虽然人数已经增加到了2000人，但是有好几百人基本上没有什么战斗力。疾病在不断地蔓延，很多士兵都被传染了天花。由于缺少食物和药品，许多服役期满的士兵纷纷要求请假回家。寒冷的冬天很快就会过去，等到河水一解冻，敌军的援军就会马上到来。到那个时候，美军的处境将会更糟糕。眼看着魁北克的河水正在一天天解冻，托马斯将军想到了一个大胆的计划。他准备派一艘纵火舰将英军停靠在海港里的船只点燃，等到烽烟四起，英军仓皇救火的时候，他们趁机对魁北克城发起总攻。根据这个作战计划，5月3日，士兵们带着云梯准备攻城了，一艘纵火舰也被派了出去。纵火舰行驶到距离英军舰船很近的地方的时候，被敌军发现了。等纵火舰的船帆烧起来的时候，敌军立即切断了船的退路，纵火计划失败了。可想而知，美军的攻城计划也随之泡汤了。现在的当务之急就是要赶在英军援军到来之前赶紧撤退。
正当美军匆忙向船上搬运军用物资的时候，5艘英国战舰于5月6日抵达了海港，英军一下子就增加了1000名士兵。得到增援的卡尔顿将军顿时信心百倍，带兵冲出圣·路易斯堡和圣·约翰斯堡垒准备跟美军大战一场。等出城攻击的时候，他们发现大部分美军都已经撤离了。他们向前追了几英里地，零星地开了几枪之后，就放弃继续追击了。虽然美军在围攻魁北克战役中没有取得胜利，但是在卡尔顿眼里，他们的确是英勇的战士。在极度缺乏弹药和后勤补给的条件下，他们还在城外坚持了5个多月之久，在此期间，他们不是烧战船就是炸碉堡，要么就是煽动当地的居民一起对抗英军，总之，给城内的英军造成了极大的麻烦和困扰。最令英军佩服的就是，整个冬天积雪遍地，而美军坚持在外露营，准备随时向英军发起进攻。他们的行为本身就证明了美军是一支训练有素、具有高度纪律性的军队。在这样极其艰苦的条件下，如果不是有坚强的意志支撑着，他们早就被卡尔顿的大炮给轰走了。他们没有战壕，兵力又少，每次发起进攻的时候能够集合起来的人数不超过300人。眼看英军得到了增援，美军的撤退是必然的结果。美军由于撤退太过匆忙，带不走的行李和大炮都被丢弃了，一些行走不方便的伤病的士兵落在了后面，不得不爬到附近的树林里或者当地的农民家里躲避追捕。卡尔顿是一个开明的将军，他下令停止对美军进行追捕，并将俘虏的美军伤病员送往战地医院，并向他们保证，等他们痊愈之后会将他们安全送回国。
托马斯将军将部队撤退到距离魁北克60英里的地方之后做了短暂的停留，他召开了一次军事会议商量下一步的行动计划。他们目前面临的情况是：敌军的战船正在向圣·劳伦斯河一步步靠近，他们现在的营地里什么都没有，没有大炮，没有弹药，所剩补给也只能供部队维持两三天。敌人很有可能截断他们所有的补给，将他们逼到山穷水尽的地步。托马斯将军决定暂时留在这个地方，等候后防补给的到来。
事情往往就是这样，如果打了败仗，就一定要有人出来承担责任。斯凯勒将军目前就面临这样的境况。在新英格兰，大家纷纷指责由于他的失职，令在加拿大的美军没有得到及时的补给，从而造成战争形势的逆转。舆论的矛头纷纷指向他，最后居然有人含沙射影地说他对国家不忠诚，犯下了叛国罪。更有人写匿名信给华盛顿，历数斯凯勒将军在战争中通敌的行为，信中还附上了一些相关的文件。华盛顿收到这封匿名信之后，气得浑身发抖，感觉受到了极大的污蔑。对于斯凯勒将军的为人，华盛顿是再清楚不过的了。他将这封信原封不动地转给了斯凯勒将军，并对他说：“从这封信，就可以看出敌军的险恶用心。那些保皇党想尽办法制造我们之间的矛盾和误会，企图令我们之间产生更大的分歧。我对你正直的品格是十分信任的，不能眼睁睁地看着你遭受这些不白之冤。”为了给斯凯勒将军洗清罪名，华盛顿下令调查此事，找出那个制造谣言的恶棍。经过一番的调查和审讯，终于为斯凯勒将军洗脱了罪名。
美军从加拿大撤退，对其他各地的战争形势造成了不利的影响。在这样的情况下，华盛顿派盖茨将军前去大陆会议，并随身携带了一封告急文件。盖茨将军不仅对目前的战争形势十分了解，而且长于言辞，华盛顿相信他此次出行一定能够出色完成任务。还没等盖茨动身，华盛顿就接到大陆会议让他去费城的命令。5月16日，大陆会议提升盖茨为少将，米福林被提升为准将，二人共同负责波士顿的防务工作。华盛顿动身去了费城，5月19日，他签署了一份文件，这份文件表明了纽约州的危急形势。两天之内，纽约城紧急戒备的警报拉响了，华盛顿堡发射了两枚大炮，华盛顿的司令部升起了旗帜。
华盛顿动身之前，将手头上的公务同帕特南将军做了交接。他命令帕特南密切监视在纽约州及长岛的一些保皇党的活动，必要时要对他们进行抓捕。他还派遣斯特灵勋爵、帕特南上校以及诺克斯上校去高地负责该地区的防御工事。如果时间允许，华盛顿还想亲自去检查一下海兰兹的各个要塞，提醒军官们千万不可大意。海兰兹的驻军主要是由纽约州的部队组成，指挥官是北爱尔兰县的詹姆斯·克林顿上校。安排好纽约的事务之后，华盛顿在夫人的陪同下，于5月21日离开纽约前往费城，并应汉考克的邀请在那里逗留。听说华盛顿前往费城的消息，李将军感到十分高兴。他认为华盛顿一定会为费城的军事会议带来激情和活力。
根据情报，英国方面已经做出了积极的部署，议会扬言除非美洲殖民地对英国表示绝对的忠诚，否则不列颠的铁蹄一定会将美洲大陆踏平。一场蓄谋已久的战争将要一触即发了。但是就美国方面，军事实力同英国相比还相差甚远，在这样的情况下同英国打仗，成功的机会是很小的。在华盛顿的建议下，费城会议通过几项决议：三年之内在全国范围内招募新的雇佣兵，每名新兵的报酬为10美元；12月1日之前，纽约州的兵力必须增加至13800人；严防敌军的船只进入纽约港；从宾夕法尼亚、特拉华和马里兰调集10000名民兵进驻泽西州，以加强中部的防御工事。大陆会议还授予华盛顿在紧急情况下调配其他各州民兵的权力。
此次大会筹备了一个战争委员会，命名为“军事及军火委员会”，专门负责一些亟待处理的军事事务。该委员会有5名常务委员组成，包括约翰·亚当斯、本杰明·哈里森、罗杰·谢尔曼、詹姆斯·威尔逊和爱德华·鲁德里奇，理查德·彼得任秘书。该委员会于6月12日正式成立。
