正当前线的官兵正准备攻打波士顿的时候，华盛顿于7月份收到斯凯勒将军的一封信，信中将军向他汇报了其他司令部军营内部出现内讧的事件，这时华盛顿才意识到内部的危险。首先是约翰逊兄弟煽动纽约西部的印第安人起来造反，并准备参加驻扎在加拿大的英国军队。爱国志士在前线浴血奋战，而他们却在后方煽风点火，怎么不让人感到烦恼？
斯凯勒将军于7月18日到达迪贡德拉，他随之就给华盛顿写了一封信，报告了要塞的一些情况。他在信中发了一通牢骚，主要是那些康涅狄格州的士兵们不听管教、无视军令军规的行为让他感到烦恼。华盛顿回信安慰了他，并告诉他自己在司令部也曾遇到的一些棘手的问题，不过都已经得到圆满的解决，因此他让斯凯勒不要灰心丧气，不要因为暂时的困难而驻足不前。斯凯勒收到华盛顿的回信之后，觉得自己的困难跟华盛顿的相比，实在是太微不足道了，因此他又重新振作起来，并积极准备攻打加拿大。他从各种渠道得到消息，加拿大省内至少有700名王军驻守，300名驻扎在圣·约翰，另外50名在魁北克，其余的零散驻扎在蒙特利尔和其他要塞。盖·约翰逊带领300名士兵和一些印第安人驻守蒙特利尔，圣·约翰造起了两座炮台，其他要塞也加强了驻防。另外，他们还造了两艘大军舰，不日便可完工。同时他还了解到，很多加拿大人因为不满英国政府的统治正在积极准备造反，如果这时攻打加拿大还有可能争取更多的援助。了解到这些情况之后，他就立即写了一封信给华盛顿请求上级下达攻打的命令。华盛顿给斯凯勒将军写了回信，提醒他调查一下英国省督对待土著部落的态度，让暂时先不要采取大的行动，否则会引起加拿大英军向蒙特利尔的集合。他建议最好是派遣一支1500人的先遣队，取道肯尼拜克河，然后再深入到魁北克。信件很快送到斯凯勒手中，他当时正在参加一个印第安人部落联盟会议。根据自己接到的新情报，他对派遣远征军的计划更加赞同。他派人捎话给蒙哥马利将军，让他做好进攻的一切准备，自己也即刻启程赶回迪贡德拉。
围攻波士顿的行动已经持续了好几个星期，可是守在里面的英军就是不肯参战，这让围攻的士兵们有些泄气。华盛顿打算把这个突击战当做一个突破口，先派遣1400名士兵去攻打查尔斯顿的颈部，随之引英军来一场决定性战役。拂晓的时候，美军同英军展开了一场战斗。然而这次战斗并没有达到华盛顿的目的。美军只能用九门炮向英军射击，这相比英军的大炮力量实在是微不足道。不过他们还是击沉了英军的一艘军舰。英军并没有跟美军展开大规模的反击，战斗只持续一段时间就停止了。华盛顿对英军的这一行动感到十分不解，他猜测要么是英军正在等待后援，要么就是看不起美军，不愿跟他们痛快打一仗来了结这一切，也许他们正在等待华盛顿手下的这支杂牌军最后等得不耐烦了就自动解散了也说不定。
其实华盛顿自己对这个问题也十分担忧。冬天很快就来到了，如果不能在此之前把敌人解决掉，光是建房子、购买军需品就是一笔很大的开支。像这样一支杂牌军，想要他们长期呆在一个地方，几乎是不可能的，难保他们受不了军队的约束就临阵脱逃了。所有的问题累积起来，让华盛顿日夜寝食难安。军务不太繁忙的时候，他就独自一人骑马去周边勘测地形，希望能够找到攻打英军的突破口。经过一段时间的思考，华盛顿决定召开军事会议，他派人去通知所有的少校和准将，让他们三天之后到司令部来。会议的目的就是讨论能不能找到足够的船只向英军发动一次进攻。会议于9月11日召开，参加会议的有少将沃德、帕特南和准将托马斯、希斯等人。会议上大家一致认为现在绝非攻打的最好时机。尽管这个攻打的计划早已在华盛顿脑海中酝酿已久了，一向谨慎细微的他还是接受了大家的意见。鉴于英军除了加强驻防之外没有任何出战的意图，华盛顿决定将精力先放在攻打加拿大的战役上。1100名远征军立刻被征集起来集中在剑桥广场，等待总司令下达命令。这支远征军有10个新英格兰的步兵团，来自宾夕法尼亚和弗吉尼亚的3支来复枪队，其中一支就是丹尼尔·摩根率领的，另外还有很多其他的志愿兵。
阿诺德此时也在剑桥，正在配合马萨诸塞安全委员会对他做出的一些调查。调查的结果是，虽然他曾犯下许多错误，但是他在香普兰湖的战役中功不可没，可谓是功劳大于过错。他有丰富的带兵打仗的经验，对加拿大的地形也比较熟悉，如果派他去攻打加拿大，获胜的把握是很大的。考虑到这些，华盛顿决定派遣他做远征军的指挥官去攻打加拿大。在委任书里，华盛顿还特别附加了一封叮嘱阿诺德的信。在信中，华盛顿提醒他在加拿大境内要善待老百姓，要保证蒙特利尔和魁北克城内居民的安全，同时要善于同印第安人结成联盟，千万不能成为印第安人攻击的对象，他还提醒他说如果在加拿大俘虏了查塔姆勋爵的儿子，务必要善待他，绝对不能把他当做军事罪犯随意处决了。接到委任状的阿诺德于9月13日兴高采烈地出发了。与对手爱伦相比，他似乎更加幸运，至少他终于得到一个可以让他施展抱负的机会。突袭讲究的就是速度，自从阿诺德出发后，华盛顿每天都在焦急地等待他的消息。就是在这个时候，华盛顿收到了斯凯勒将军从前方发回的信件。
前面说到斯凯勒将军拿下诺克斯岛之后，就指派爱伦和布朗少校前去侦察索瑞尔河与劳伦斯河的中间地带。等一切都布置好之后，他就乘小船沿着索瑞尔河前往两英里开外的圣·约翰。可没走多久，他就遇到了偷袭，他和他的士兵在一片沼泽地里同敌人展开了一轮激战，双方均有死伤。夜幕降临的时候，他们就地挖了一个战壕驻扎下来。在此期间，他们又遭到敌军的炮轰，幸好没有人再次受伤。那天晚上，一个神秘人造访了斯凯勒的军营。此人提供的情报说加拿大的驻防工事已经完成，一艘战舰已经出发，三四天的时间内即可抵达。另外，加拿大人不愿意参战，基本保持中立的态度。斯凯勒将军仔细研究了这些情报，最后决定返回诺克斯岛，尽量阻止英军的增援船只过河，同时等候增援部队的到来。过了几天，美军援军抵达了小岛，同时爱伦也带回了一个令人振奋的消息，他说加拿大的民兵团乐意加入美军，而且不计较是否给他们配备弹药武器。总之，他满心欢喜地认为攻打圣·约翰的计划一定能够得到加拿大人的协助。此时斯凯勒将军突然不幸患了疟疾，病痛难忍之下，他不得不让蒙哥马利暂时代替他指挥战斗。
当爱伦率军前往支援蒙哥马利将军的时候，在途中遇到布郎上校，他听说蒙特利尔的驻军只有三十多人的时候，脑海里立刻闪现了一个绝妙的计划。随即二人制定了合作计划，按照计划，爱伦率军回到郎盖尔，然后乘夜闯过圣·劳伦斯河，并在河下游登陆，与此同时，布郎上校则带领200人在上游渡河，如此一来，便能对蒙特利尔形成夹攻。一切都安排好后，他们没有向蒙哥马利汇报，就直接采取了行动。由于个人表现欲望太强烈，爱伦再次成为无组织部队的首领。他在9月24日晚渡过圣·劳伦斯河，到达对岸后，等到天明都没有看到布朗行动的征兆。一天过去了，布朗没有采取任何的行动，这无疑宣告了这次行动的失败。无奈之下，爱伦只好选择回到河对岸，可是为时已晚，敌人已经发现了他们的踪迹，40名英军护卫以及印第安人同他们展开了枪战。爱伦率领的加拿大盟军临阵脱逃了，经过一番苦战，爱伦宣布投降，英军答应优待他和手下的38名士兵，爱伦和士兵们很快被押送到普里斯科特将军那里。但是爱伦并没有得到承诺的优待，而是被铐上镣铐押送至泰伯恩。此时已经沦为阶下囚的爱伦也没有放弃最后的希望，他写了一封信给将军抗议他们对待美军俘虏的方式。他一再强调当年他攻克迪贡德拉的时候，对待英军俘虏如同自己的兄弟，这一点甚至在加拿大都是传为佳话的，然而英军对待美军俘虏却是如此的残暴，他希望将军能够本着仁慈的态度，优待俘虏。他的这封信甚至被发表在英国报纸上，但是并没有取得预期的效果。爱伦的兵败在美军也引起了很大的震动。斯凯勒将军对他的这种不计后果的行为感到十分失望，华盛顿也对此大为光火，他发表公开演说希望全体官兵引以为戒，吸取爱伦由于目无军法、越权行动而带来严重后果的教训。
当两路远征军正在加拿大境内活动时，战争已经在西海岸蔓延开来。被切断食品给养的英军，现在正在试图从新英格兰的海岸寻求新的食品。内地的军民早就做好了抵抗英军的准备，他们将牲口赶到境内，并组织了义勇军反击英军的侵略行为。英军海军将领华莱士带领他的船队在罗德岛新港口作威作福，对境内的安全造成了严重的威胁。有一天，一个自称从剑桥军营里来的女人请求驻守在新港口的伍德协助她送一封信给华莱士。伍德是一个爱国人士，他怀疑这个女人的动机有问题，就假装答应她替她将这封信送给华莱士。等她离开后，伍德打开了这封信，发现这是一封密码信，他自己无法看懂，于是就把信件带给了亨利·华德，希望他能够帮助破译这封信的内容。亨利·华德怀疑这封信的背后隐藏着更大的阴谋，就把信又转交给了格林将军，最后又通过格林将军转到华盛顿的手中。华盛顿让人破译了这封信，发现果然是军营有人要和华莱士里应外合，背叛美军。可是这个叛徒究竟是谁呢？华盛顿认为首先要抓住那个送信的女人，从她的嘴里兴许能够得到一些重要的情报。由于那个送信的女人已经返回剑桥，所以抓到她并不是什么难事。帕特南将军把这个女人带到司令部后，华盛顿亲自审讯了她。
根据这个女人的交代，这个写信人是本杰明·邱齐，而这简直让人无法相信。根据华盛顿对本杰明的了解，他是一个高尚的爱国志士，是马萨诸塞州议会的议员，当年华盛顿重返部队他也起到了一定的作用。这样一个人居然会通敌，这对大家来说简直就是晴天霹雳。华盛顿立即下令对本杰明进行逮捕。在审讯过程中，本杰明竭力为自己辩解，并一再强调自己并没有通敌的行为。然而证据摆在面前，他的辩解显得十分无力。得知本杰明通敌的消息，整个部队都震惊了。在接下来的军事会议中，本杰明被起诉，他被剥夺了议员的资格，并被关押到康涅狄格的监狱。华莱士在西海岸肆意抢夺食品的行为越来越嚣张，华盛顿不得不派出军舰前往西海岸打击他的海盗行为，与此同时，马萨诸塞和康涅狄格也派出了军舰前往协助。其中两艘军舰被派往劳伦斯河阻截英军从英格兰发往魁北克的两艘载有大炮和弹药的军舰。
在所有新英格兰的港口中，法尔莫斯港受到的侵略最为严重。10月11日晚，莫特带领几艘皇家战舰出现在法尔莫斯，他一到港口，就立即下令当地居民投降，并威胁他们在两个小时内离开，否则就会被处死。为了延缓时间减少伤亡，三名居民代表前去同莫特谈判。三人费尽口舌，并承诺交出所有的武器，莫特才勉强同意让他们九点之前全部离开。居民们巧妙地利用了这段时间，将自己的财产和人员转移到高地去。九点半，莫特下令向村子开火，瞬时间，好几所房子燃起了熊熊大火。居民们目睹自己的房子在大火中变成灰烬，不禁失声痛哭。这场大火烧毁了132栋房子和228家店铺，停泊在港口的商船也统统被英军据为己有。经过一番洗劫，整个城市已经完全陷入绝望之中。法尔莫斯的这场灾难，让美国人更加看清英国的真实面目。华盛顿对此事件立刻发表声明，他说：“英国政府的这一行为完全丧失了人道主义的原则，他们无视殖民地人民的生命财产安全而肆意烧杀抢掠的强盗行为必然受到强烈的谴责和反抗。我在此对法尔莫斯市那些惨遭抢掠的人民表示深切的同情和慰问。”之后华盛顿召开军事会议，大家一致同意对英军进行反攻。但是反攻同时存在另外一个问题，就攻打波士顿来说，一场狂轰滥炸是避免不了的，但是城里的房屋及店铺将被毁于一旦。然而来自康涅狄格的林奇和哈里森以及威尔士法官，都赞成对波士顿的英军进行大规模的轰炸。此时大陆会议也通过了决议，一支由22727名士兵组成的新的大陆军即将派往前线，波士顿战役已经是迫在眉睫。
