如果说罗钦顺对于陆九渊的批评仍有疏漏的话，他对陆九渊弟子杨简的批评则是抓住了要领。杨简的思想虽来源于陆九渊，但与陆九渊有很大的不同。陆九渊是以心中之理化约宇宙之理，杨简则是用心识包容宇宙。陆九渊侧重于伦理，杨简侧重于认识。罗钦顺批评杨简《己易》类似佛教“以心法起灭天地”，是深有见地的。罗钦顺对于杨简的批评，远比对陆九渊的批评严厉。《困知记续》卷下，大多因《慈湖遗书》而作，对他的批评几乎各条都有。这些批评归结为一点，即“心之精神之谓圣”一句。杨简的心学思想，集中体现于《己易》一篇。罗钦顺指出：慈湖之志于道，不为不笃，然终蔽于所见。直以虚灵知觉为道心，夫安得不谬乎！集中《己易》一篇，乃其最所用意以诱进学徒者。……然徐究其指归，不出乎虚灵知觉而已，于四圣之《易》绝不相干。参之佛氏之书，则真如符节之合。（《困知记》第79页）
罗钦顺指出，《己易》之“忽省此心之清明，忽省此心之无始末，忽省此心之无所不通”，就是释迦牟尼所谓“自觉圣智境界”。“吾性澄然清明而非物，吾性洞然无际而非量。天者，吾性中之象，地者吾性中之形，故曰‘在天成象，在地成形’，皆我所为”，即《楞严经》所谓“山河大地皆吾妙明真心中物”。其“天非大，地非小，昼非明，夜非晦”诸语，即《金刚经》所谓“如来说世界，即非世界”。杨简的出发点在“己”，而此“己”，其根本内容是“心”。心的本质是能生起万象的虚明灵觉。他以人心中的景象必以虚明灵觉的认识能力的参与为根据，将天地万物归之吾心的起造，所以杨简是“以心法起灭天地，又任情牵合，必欲混儒佛于一途”（《困知记》第80页）。罗钦顺指出，杨简所据的“心之精神是谓圣”一语，此“心”有两个方面，能通者为心之神，所通者为理或道。儒释之异，在对理或道的解释不同。儒家所谓理，如天道运行的次序，天地万物上所体现的宇宙法则，社会中善恶的标准，这些都是存在着的。遵循它、完成它，就是尽理尽性。杨简的“其心通者，洞见天地人物，皆在吾性量之中；天地万物之变化，皆吾性之变化”，是以心吞噬实在之物，是佛家的“以心法起灭天地”。他说：“慈湖误矣！藐然数尺之躯，乃欲私造化以为己物，何其不知量哉！”（《困知记》第81页）并且提出，人与天地万物的关系，人的地位与作用，应是《易传》所谓“大人者，与天地合其德，与日月合其明，与四时合其序，与鬼神合其吉凶，先天而天弗违，后天而奉天时”。即是说，掌握天地之道而后参赞其化育。
杨简之学与罗钦顺属于不同的学术系统。他继承了陆九渊的心即理说，把它推向极端。杨简的学说有一点是可贵的，即他要破除人对外在的道理格式的执著，对世俗成规的拘泥，自信自立，不昧己媚俗，保持心灵的贞操。比如杨简曾说：“近世学者，沉溺于义理之意说，胸中常存一理不能忘舍，舍是则豁然无所凭依，故必置理字于其中，不知圣人胸中，初无如许意度。”（《困知记》第84页）初无意度，即无先入之义理范式，理从心出。这是杨简的本意。而因此意生发出的本体论上的见解“天地万物之变化，皆吾性之变化”，则是以主体吞噬
外在之物。罗钦顺就这方面所作的批评是切中其弊的。
四格物论及与王阳明的争论
格物致知是中国哲学的重要概念，宋明重要的哲学家无不对格物致知有自己的解释，有些思想家所发生的决定性转变，是因为对格物致知的全新解释而起。罗钦顺也有自己的格物致知说，并同他认为背离了儒家根本立场的王阳明、湛若水进行辩论。程颐、朱熹训格物为至物而穷其理，王阳明训格物为“正念头”，宋代理学家吕祖谦释格物为“通彻三极而无间”，罗钦顺认为，比之程朱，吕祖谦的格物说更明白、全面，他说：
吕东莱释“天寿平格”之格，又以为“通彻三极而无间”。愚按，“通彻无间”亦至字之义，然比之至字，其意味犹为明白而深长。试以训“格于上下”曰“通彻上下无间”，其孰曰不然？格物之格，正是“通彻无间”之意。盖工夫至到，则通彻无间，物即我，我即物，浑然一致，虽合字亦不必用矣。（《困知记》第4页）
他认为，“通彻三极而无间”可包括格物诸义，而更有深切的意味。因为程朱陆王对格物的定义，只是说明了它的行为义，没有连带包括行为所产生的效果、达到的目标。没有把物和我连成一有机整体。而“通彻三极而无间”，把格物解作行为及其结果，客体被施以影响同时主体境界得到提升这样一个整体。罗钦顺这里的深意在于，格物应物我兼照，内外俱融，察之于物理与照之于身心融为一体。他说：夫此理之在天下，由一以至万，初匪安排之力；会万而归一，岂容牵合之私？是故察之于身，宜莫先于性情；即有见焉，推之于物而不通，非至理也。察之于物，固无分于鸟兽草木；即有见焉，反之于心而不合，非至理也。必灼热有见乎一致之妙，了无彼此之殊，而其分之殊者自森然其不可乱，斯为格致之极功。然非真积
力久，何以及此。（《困知记》第3页）
这是他对通彻三极而无间的完整解释。三极即天地人，通彻即通贯无滞碍。于所格物理中求与人之性理合，于格人之性理中求与物理合，于物理性理中求与宇宙根本之理合。理一分殊，天人物我，全体莹彻。罗钦顺接过吕祖谦的命题所进行的这一番解说，表明了他贯通《大学》与《中庸》，修正理学纷纷之说，返回儒家合天地人为一、合心与理为一的本来面目的意图。
罗钦顺认为，他的格物之说，包贯始与终、知与行、理与心诸方面，格物即是他的修养功夫的全部，他说：“格物致知，学之始也。克己复礼，学之终也。……物格则无我，惟理之是见；己克则无我，惟理之是由。沛然天理之流行，此其所以为仁也。始终条理，自不容紊。”（《困知记》第10页）格物是始、是物的方面，克己是终、是我的方面。
格物致知是行为的过程，克己复礼是行为的结果，最后达到的境界是物我皆泯，惟有“沛然天理之流行”，而这种境界，正是朱熹所谓“胸次悠然，上下与天理同流”的境界，是仁的境界。得此境界，存养、省察、知言、养气、尽性、知天，所有理学修养功夫，一时完具。这种境界的达到须自具体格物功夫做起，须真积力久。
罗钦顺据自己的格物论，与王阳明致书辩论。王阳明将他新刻的《大学古本》和《朱子晚年定论》寄罗钦顺，罗钦顺在给王阳明的复信中，讨论了格物及《朱子晚年定论》若干篇的年代问题。出于维护朱子学的立场，罗钦顺对王阳明的观点提出了批评。王阳明作《答罗整庵
少宰书》申辩。罗钦顺又作书往复，书未及寄而闻阳明之讣。罗钦顺与王阳明的辩论，涉及理学与心学的根本分歧所在，也涉及明代朱子学的时代特点，有较强的理论意义。
罗钦顺恪守朱熹理一分殊之说，认为天下事物，其理本一，人亦万物中一物，人物之理，浑然一致。《大学》提出格物，目的在于由分殊见理一。格物的最后目的，所获得的境界，是“无彼无此，无欠无余，而实有所统会”（《与王阳明书》，《困知记》第109页）。只有达到“理一”，
才算达到格物致知的极处；孟子所谓大本、达道，才可立可行，《大学》
所谓诚意正心修齐治平才可以一以贯之。但人之资禀不齐，功夫不一，或浅或深，或迟或速，其中必有不同的等差，所谓“阶级较然”。并且所谓格物，必就具体事物而求其理，这是向外的活动。到豁然贯通，才能内外合一，才能三纲八目一时并了。罗钦顺这里奉行的，仍是传统的格物说。
而王阳明则认为：“理无内外，性无内外，故学无内外。”（《答罗整庵少宰书》，《传习录》中）物即“意之所在”，不是单纯的客体，而是主体见之于客体的行为，主要是有伦理意义的行为，如忠君、孝父之类。这类行为必有主体的伦理意志贯彻其中，所以王阳明说：“物者，事也。意在于事亲，即事亲为一物，意在事君，即事君为一物。”（《传习录》上）他所谓“格”，就是改正，“格者，正也，正其不正以归于正之谓也”。意思是，格物就是纠正主体的错误意志使之合于天理。而这一过程是推致吾心良知的结果。格物致知同时就是诚意正心。王阳明解释自己的格物说：“夫正心诚意，致知格物皆所以修身，而格物者，其所以用力实可见之地。故格物者，格其心之物也，格其意之物也，格其知之物也。正心者，正其物之心也；诚意者，诚其物之意也；致知者，致其物之知也，此岂有内外彼此之分哉？”（《传习录》中）阳明此说，欲纠正朱熹“支离”之失，立论多就宇宙根本之理处着眼，体现此根本之理的个别概念皆可融通。所以他说：“理一而已，以其理之凝聚而言则谓之性，以其凝聚之主宰而言则谓之心，以其主宰之发动而言则谓之意，以其发动之明觉而言则谓之知，以其明觉之感应而言则谓之物。
故就物而言谓之格，就知而言谓之致，就意而言谓之诚，就心而言谓之正。正者，正此也；诚者，诚此也；致者，致此也；格者，格此也。皆所以穷理以尽性也。”（《传习录》中）阳明以格致诚正为一事，心意知物为一物，具体物上处处体现“理一”，处处有伦理原则贯彻其中，非如朱熹和罗钦顺，“理一”在格物既多的豁然贯通后。罗钦顺的心、意、知、物诸概念各有分界而不可乱。王阳明以心意知物为一事的不同方面，而此事可视为一个不可分的整体。在罗钦顺，格物至修身层次历然。在王阳明，这些步骤无层次可循，《大学》之三纲八目融通为一，功夫亦一时并了。他们之间的分歧，皆由思维方式的不同而起。所以罗钦顺在答书中说王阳明此论“自有《大学》以来，无此议论”。阳明的格物定义，以物为“意之所在”，格物在“正其不正以归于正”；如意在事君事亲之类，其念头可正。而许多意念是自由驰骋，拘执无方的，如鸢飞鱼跃，这类“意所在之物”是不发生价值判断的。这样的“物”无意念可正。
《与阳明书》又说，《大学》之“致知格物”在阳明为“格物在致知”，《大学》之“物格而后知至”在阳明为“知止而后物格”，阳明之论，与圣训不合。此书阳明未及见。但据阳明一贯思想，这两个问题当不难回答。第一个问题，据王阳明的学说，伦理价值可体现在所有格物活动中，不发生价值判断的，经由价值的投射，使之皆具伦理意味。如观鸢飞鱼跃而得宇宙生机盎然，整体和谐和心体活泼无方，物各付物之意，观川水之流而兴“逝者如斯”之叹。任何事物都可以做映现心体美善的工具。第二个问题，指责阳明叛圣训。阳明“夫学贵得之心，求之于心，虽其言出于孔子，不敢以为是也”（《传习录》中）。早已对这个问题作了回答。关于《朱子晚年定论》，阳明承认“中间年岁，诚有未考”，但认为此类疵病对于他的学术大旨无伤。阳明还指出，他的格物论并非是内非外，并非专在反观内省上下工夫，遗弃物理。他的格物说包括朱熹格物致知论的全部内容而有提纲挈领、直究道德本体的优点。
罗钦顺的“通彻无间”及“格物为始，克己为终”，仍然走的是“由明致诚，诚明两进”的道路，与王阳明致良知中致知与涵养是一件事的两个方面，诚即明，明即诚，时时统道德与知识为一的途径是不同的。罗钦顺的思维方式倾向于条分缕析一路，功夫论也笃实易行。但由于他笃信朱子学，主张先格物，后诚意，仍然无法避免二者间疏离的可能。所以信守王学的黄宗羲说他的理气心性诸说纵然一字不错，也只是理论上分析得精细，与当下的道德修养无关。因此他一生德性深纯，如璞玉浑金，也只是气禀粹美，非由他自己的学术宗旨而得。这些评论代表了王学对于朱子学的批评，有很强的门户之见。
罗钦顺是明代中期一位重要的思想家，他的理论克服了理气二元论的趋向，上承张载，下开王夫之、戴震。虽说他的心性论与理气论不能归一，但在心性诸概念的准确界定与彼此间关系的清晰分析上，仍有其不可及处。他站在朱子学立场对陆九渊、杨简的批评及与王阳明的辩论，可以看做明代中后期王学逐渐兴起，学术趋向笼统、浑沦的时代风气之下朱子学的一次反击。罗钦顺的思想对他之后倾向于朱子学的学者有一定影响，这在东林学派表现得尤为清楚。
