在对历史人物的评价上主张“自得、自成、自道，不倚师友载籍”（《语录》，《陆九渊集》卷三十五）。他的这种高扬个体原则的精神，在宋代理学中是很突出的。但陆九渊要冲决的，是儒学中束缚个性的僵化教条，还未能对千百世尊奉的孔子有些少触动。王阳明倡致良知之学，在良知内涵愈益扩大的同时，容纳了感情成分，个体原则得到强调。比如在是非判断上，王阳明主张道为天下之公道，学为天下之公学，非朱子可得而私，非孔子可得而私。主张“学贵得之心，求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也”（《答罗整庵少宰书》，《传习录》中）。王阳明提出这一原则，实际上针对的是朱熹的权威。但这已在一定程度上对孔子不敢疑、不敢议的至高无上的地位有所贬落。李贽大胆提出：“天生一人，自有一人之用，不待取给于孔子而后足也。若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为人乎！”（《答耿中丞》，《焚书》第16页）这实际上是认为，每个人都有独立的价值，个人是独立完足的实体，不必仰赖偶像权威，这已经把个体的价值提高到一个新的层次。
李贽又提出，宋明儒所崇奉的道统说也是站不住脚的，他反驳说：
道之在人，犹水之在地也；人之求道，犹之掘地而求水也。然则水无不在地，人无不载道也审矣。而谓水有不流，道有不传，可乎？（《德业儒臣前论》，《藏书》第517页）
他认为，韩愈的道统说，谓孟子死后道统就中断了，宋儒谓濂洛关闽接孟子之传，这都是大谬之言。道无处不在，道统无时不接续，犹地无处无水，求道者掘则得之。自秦而汉而唐，中间历晋及五代，求道之人辈出，道未曾泯没不见。道统说谓“轲死不得其传”，是诬尽千百载之人。李贽这个观点，认为道统不能说皆在不世出之大儒身上肩荷，它亦表现在一般求道者身上；只要求道，就对道统的延续尽了一份力量，皆肩荷道统者。按传统的说法，负接续道统之则者，是文化慧命的传播者、承担者，一般人皆为这些旷代伟人所掩蔽。而李贽的以上说法，道统以至整个文化的创造与延续，是所有求道者的共同功绩。被掩蔽、被泯没了的求道个体的作用得到重新强调。这是李贽重视个体原则的鲜明反映。
李贽对个体原则的强调，还表现在他对市井小民治生产业的重视。他说：
穿衣吃饭，即是人伦物理，除却穿衣吃饭，无伦物矣，世间种种皆衣与饭类耳。故举衣与饭而世间种种自然在其中，非衣饭之外更有所谓种种绝与百姓不同者也。（《答邓石阳》，《焚书》第4页）
李贽这里虽袭用了泰州之学百姓日用即道的观点，但他的着眼点不同。儒家由于其得志行道，兼善天下的传统，故重视百姓日常生活。儒家主张不离人伦物理而求道。但理学家的着眼点在求道，日常生活中的人伦物理只是他们借以完成自身道德修养目的的场所，道与人伦物理是目的和手段的关系。明代儒学的心性精微功夫更甚于宋儒，“牛毛茧丝，无不剖析”，日常生活与身心性命等理论探讨愈益变为两截。王阳明的实践的良知学倡导知行合一、实事上致良知等，即知即行，即内即外，将日常生活与身心性命融为一体。但王门弟子中除泰州之学外，并没有突出日常生活本身的价值和地位。李贽的这一说法，是把日常生活本身作为理论探讨的对象，把日常生活从修道的工具地位提高到必须加以重视的本体地位，这是对传统儒学的超出。即就泰州之学而言，王艮提出百姓日用即道，重在强调道的当下即是，不用拟议安排的性质。泰州后学对穿衣吃饭就是人伦物理的强调也没有达到李贽这样的高度。
李贽在对功利心是人的内在要求的论证上，也表现出对个体原则的重视，他说：
夫私者人之心也，人必有私而后其心乃见，若无私则无心矣，如服田者，私有秋之获而后治田必力；居家者，私积仓之获而后治家必力；为学者，私进取之获而后举业之治也必力。……此自然之理，必至之符，非可以架空而臆说也。然则为无私之说者，皆画饼之谈。（《德业儒臣后论》，《藏书》第544页）
这里他所说的私，实际上指功利心。承认功利心是人的内在本性，就是强调功利心人人皆有，就这一点说，王阳明所说的“生知安行”、“学知利行”、“困知勉行”的等差之分是不存在的，特别是“读书识义理者”和市井小民在道德上的等差是不存在的，这就改变了普通劳动者在道德上受贬抑的状况。李贽说：“如好货，如好色，如勤学，如进取，如多积金宝，如多买田宅为子孙谋，博求风水为儿孙福荫，凡世间一切治生产业等事，皆其所共好而共习，共知而共言者。”（《答邓明府》，《焚书》第40页）把“世间一切治生产业等事”作为人的共同愿望、日常所求，就是认为，利益是人的一切行为的本质，因此董仲舒的“正其谊不谋其利”、张栻的“圣学无所为而为”皆是“不根之论”。市井小民，“身履是事，口便说是事，做生意者但说生意，力田作者但说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦矣”（《答耿司寇》，《焚
书》第30页），这比“口谈道德，心存高官；阳为道学，阴为富贵”的假道学更亲切，这都可看做对世间真情的呼唤，对个体原则的高扬。李贽在他所定的评论历史人物的原则中，也贯彻了个体精神。他的《藏书》的一大旨趣，就是在历史人物的评论上，提倡百家争鸣，“无
以孔夫子之定本行罚赏”，他说：
人之是非初无定质，人之是非人也亦无定论。无定质，则此是彼非并育而不相害；无定论，则是此非彼亦并行而不相悖矣。然则今日之是非，谓予李卓吾一人之是非，可也；谓为千万世大贤大人之公是非，亦可也；谓予颠倒千万世之是非，而复非是予之所非是焉，亦可也。则予之是非信乎其可也。（《藏书·世纪列传总目前论》）
李贽的史学著作《藏书》、《续藏书》，采纪传体，略去职官、律历、艺文等，专论人物。他评论人物，不剿袭前史定论，也不夸博眩奇，专做翻案文章，而是据己之所见，直抒胸臆。他在史论上的总的看法是，历史人物的是非没有一定的标准，对历史人物的褒贬也没有定论。评论历史人物，应本《中庸》万物并育而不相害的原则，允许各种不同甚至截然相反的结论，不以正统史学家据儒家经书所作的评论为根据。他认为，汉唐宋中间千百年的史学是无个性的史学。人皆以孔子是非为是非，没有突出个体原则；据前史所定是非，众口一词，实际上是无是非。李贽以“颠倒千万世是非”的精神，对历史人物提出了全然不同于前人的结论。他同时提出，别人据胸臆之真情做出的是非判断、人物褒贬，同样可以颠倒李贽之是非。这是历史学中的个体原则。“是非颇谬于圣人”可，“颠倒千万世是非”亦可。这里蕴涵的意思是，千万世之大贤之“公是非”与一人之“私是非”具有同样的价值。这里，李贽表现出十分突出个体意识：在对人物的评论中，提倡以自己的见解为根据，不尊古贱今，不尊人贱己，甚至可以推倒古之圣贤的结论。这是自信自立的豪杰精神，是对个体原则的高扬。
个体原则在李贽看来，就是孟子“先立其大”之“大”字，是力量与识见的源泉。李贽曾对友人说：
“大”字，公要药也。不大则自身不能庇，安能庇人乎？且未有丈夫汉不能庇人而终身庇于人者也。大人者，庇人者也；小人者，庇于人者也。凡大人见识力量与众不同者，皆从庇人而生。若徒庇于人，则终其身无有见识力量之日矣。……豪杰凡民之分，只从庇人与庇于人处识取。（《别刘肖甫》，《续焚书》第48页）
他把个体原则视作医治懦弱、萎靡的良药，他认为，世人所缺乏的就是这种豪杰精神，他斥责说：今之人，皆庇于人者也，初不知有庇人事也。居家则庇于父母，居官则庇于官长，立朝则求庇于宰臣，为边帅则求庇于中官，为圣贤则求庇于孔孟，为文章则求庇于班马。种种自视，莫不皆自以为男儿，而其实则皆孩子而不知也。（《别刘肖甫》，《续焚书》第48页）
种种求庇，皆丧失个体原则，皆丧失豪杰精神。他要求一空依傍，自立自信。在对具体人物的评论上，李贽处处贯彻个体原则。如班固的《汉书》，前人称道不置，与司马迁的《史记》并称为“班马”。李贽对此甚不惬于心，他认为班固缺乏史识，其史虽文采甚美，但对历史人物的评论，“不免掺杂别项经史闻见，反成秽物也”。他认为，评论古人，“论赞须具旷古只眼，非区区有文才者所能措也”（《读史》，《焚书》第201页）。这里他强调，史识高于史才，著史须有个人独见。李贽所作之史，不依前史之例，完全根据自己的首创。如论帝王，则将秦始皇、陈胜、项羽、汉文帝等分列“混一诸侯”、“匹夫首倡”、“英雄草创”、“明圣继统”等名目之下，另列“奸臣篡夺”、“讨逆正位”、“求治真主”等，使名王显主一一就列。论臣则有“强主名臣”、“富国名臣”、“经济名臣”、“智谋名臣”等名色。不仅体例异于前史，评论也多自出手眼。李贽自述说：
天幸生我大胆，凡昔人之所忻艳以为贤者，余多以为假，多以为迂腐不才而不切于用；其所鄙者、弃者、唾且骂者，余皆的以为可托国托家而托身也。其是非大戾昔人如此，非大胆而何？（《读书乐》，《焚书》第226页）
时人刘东星也说李贽的《藏书》：“中间治乱兴败，贞佞贤奸，一从胸怀点缀以出，品骘区别，据事直书。真可谓断自本心，不随人唇吻者也。”（《藏书》刘序）这些话都不是虚言，都是李贽史论中个体原则的实录。
至于赞卓文君私奔司马相如为有识见女子，称赞红拂自择佳偶为“千古来第一个嫁法”，批评以女子学道为短见之类，皆是其放言高论中小而又小者。
另外李贽提出“六经皆史”、“经史相为表里”的观点，他说：
经史一物也。史而不经，则为秽史矣，何以垂戒鉴乎？经而不史，则为说白话矣，何以彰事实乎！故《春秋》一经，春秋一时之史也。《诗经》、《书经》，二帝三王以来之史也。而《易经》则又示人以经之所自出，史之所从来，为道屡迁，变易匪常，不可以一定执也。故谓六经皆史可也。（《读史》，《焚书》第214页）
李贽这一看法，与王阳明“五经亦只是史”一脉相承。他论经史关系，认为经史为一物之两面，史著中若无主线，无灵魂，无贯彻始终的独特识见，则史徒为历史事实之流水账，没有理论总结，不能为后世提供经验教训。如只有经而无史，则经中所说为空言，没有史实证据。儒
家之六经，亦经亦史。《诗》、《书》、《春秋》等，或为垂训之鉴戒，或为可征之史实，或为性情心思之写照，皆古代社会生活的实际反映。《易经》则为经史之方法论。易经的原则为“变易”：“为道屡迁，变易匪常”。经史所昭示所遵循者，皆此原则。李贽的“六经皆史”虽有所本，也没有后来章学诚《文史通义》所论那样详细、充分，但其中的独创之处是很明显的。
李贽对于个体原则的高扬，是和明代后期市民阶层的壮大，个体意识的增长相呼应的。明代后期是中国工商业迅速发展的时期，也是宫廷政治极度混乱的时期。但由于战争相对来说较少，经济发展平稳，人民生活安定，特别是东南沿海城市贸易的增长，都市商业经济的发展，使得城市市民人口有了较快增长，市民阶层逐渐壮大。随着市民经济的增长与市民生活的逐渐成型，追求人格自由，追求财富，追求世俗享乐逐渐形成风气。市民阶层的特点是较少对土地和业主的依赖，要求摆脱重农贱商的传统观念，要求获得更高社会地位。这都蕴涵着个体观念的增强。这一点从反映明代中后期市民生活的文学作品中可以清楚地看到。李贽的家庭世代业商，他从小生活在商品经济发达较早、市民阶层发育充分的泉州；他又生活在回族之家，对中国典型的农业经济和士大夫文化传统存在一定的疏离。这些因素不能不对李贽思想的形成发生影响。加上他的倔强的个性，他的落落寡合、不喜与俗人相处的耿介性格，他对史学的特殊癖好，对官场生活的厌倦，以及晚年的谢师友、远家人的孤寂生活，都使他更多地走入顽强表现个人所思所见的路径。他的思想、他的著作是当时市民阶层的特殊要求和思想性格的反映。
三清净本原
李贽是一个思想家，一个历史学家，他所擅长者在评史论史，哲学方面的文字很少，而且主要在佛学。儒家以理气心性为主干的形上学，他本不喜，也不擅长。但从这不多的文字中，我们仍可以看出他的哲学本体论。
