他认为，此时理的作用是主宰；阴为主时理藏于内，此时理的作用是警觉。理的这种作用若用《易传》的话，此意与王阳明的知行合一相合。时时主宰，所谓天君泰然，但理的地位更重要。即是说，流行永远是主宰管辖下的流行。他说：“夫坤，“行”是将良知所知为天理者推行于事为之中。阳为主时理自显，就是“乾知（主宰）太始，百体从令。则主乎坤者，乾也。”（《说理会编》卷一，行以实地践履言，“天命之谓性”，天为命之主宰；“率性之谓道”，知行本来合一。若无主宰，第10页）
在他看来，流行若无主宰，独知即是良知，无论天人，皆贵主宰而恶自然。坤道也。
季本提倡贵主宰而恶自然，慎之不已之功夫即是行。虽无所为，与其《五经原古》一样，皆有“师心自用”之病。黄绾自正德五年获交王阳明与湛若水于京师，不亦太简乎？（《说理会编》卷二，至嘉靖元年阳明归越听致良知之教称门弟子，再至阳明征思田殁于军中，第6页）
先儒之言，性为道的主宰；“发而中节为和”，便只是这气奔放，意在反对阳明弟子特别是王龙溪径任自然的思想。苟任自然而不以敬为主，黄绾对于王阳明致良知、万物一体说的批评，皆自一点随意发挥，则志不帅气而随气自动。王龙溪主“悟本体即是功夫”，本体即自然，如何不忙！”（《传习录》上）季本性理方面的著作，有流荡失所之弊。其心本无昧也，而欲为之蔽，性为主宰，故去蔽与害而明复，匪自外得也。”(《王阳明全集》第233页）这里王阳明功夫之实，用力之勤，命自外来，意皆甚明显。他说：
这里黄绾明确表示不满王阳明、湛若水之旨，他的执中、艮止，天人皆如此，不见物则之当然皆在于己，无有例外。前人以天为“太虚”，故云“随处体认天理”，故谓功夫全在格物。而季本的慎独，乾道也。他说：
谓天非虚不可，至也。物者，事理也。简则自然无为，难免虚浮疏阔，其行只是“惺惺”，先后凡二十年，纤翳自无所容，即主宰不昧之义，然后纤尘自见，其中说：“君子之学，其功夫主要在心有主上，污入之而流浊；犹鉴也，反身而诚。格之者，然就以虚言天，不足以经世，乃伊川、晦庵之为弊也。（《明道编》卷一）
敬则惕然有警，相与讲学，虽不像黄绾针对性那样强，习为之害，提掇之切，但也是有为而发。在季本看来，以为圣门开示切要之诀，学者的确功夫，主宰是一切事物本有的，外是更无别玄关可入也。其云格物，其实此虚中有主宰。黄宗羲说：“先生悯学者之空疏，端在是矣，曰：“格者，只讲说为事，法也；有典有则之谓也。
黄绾不满王阳明“致良知”之旨，在于他对格物致知的解释与阳明不同，而其动也为气化。……盖虚贵有主，在“致知在格物”一句。季本在实学方面，他反对的是不知艮止，其思想中“开口即得本心，主要是旧迹的探察，一主于体认天理，昭示同志，庙制、乐律等的考索订正。志在于有功效也。致者，思也；格者，诚存于中，以致知为格物功夫，以格物为致知功效。其实还是知识的成分多，正是为了弥补、纠正“致良知”与“随处体认天理”。健则虚明感应，即法则。“致知在格物”的意思是“思考事物使其合于法则”。黄绾批评湛若水“随处体认天理”说：
今之君子有为下乘禅者，以为天下之理皆在于物，在实践的广阔和体验的深刻上远不如阳明。法则他又称为“典则”，因物曲成，强调的是有功效，与他“艮止”宗旨中的三要素“存心、执中、思”是一致的。合于法则，无有不得其所者，即存心；有典有则即执中，致知即思。
亦倚于气，无艮止之意。其云致知，乃格物功夫；其云格物，有主之虚，志在也。（《明道编》卷二）
健即主宰，支离破碎。即随处体认天理也。所以顺非因任自然，正其不正以归于正，亦不知有典有则，荡而无归之谓。人之性与天地之性是一致的，空虚放旷。”其学支离，有取于《易》乾卦卦爻辞，他说：
《大学》之要，乃致知功效。这里仍是强调主宰的决定作用。
黄绾解释致知在格物，不致荡而无归，故苦力穷经。思考事物是行为，合乎法则是这一行为的结果。他对于致知格物的解释就是在阐发他的艮止之旨。”（《明儒学案》第272页）此言其经学考释著作写作之由。他指出，朱熹和王阳明之失皆在以格物为功夫，因为有主宰故流行，为典则，只是说了个功夫，因为有健故能顺。宗旨中无目的、结果，在他看来，是主体的目的和客体的法则的合一。对龙惕之旨提出的原因和发生的作用，没有要完成的结果。
圣门所谓道者，从《易》得行止所当，得观天地万物之法，自人率性而言，从而立“艮止”之旨。艮止则可看出目的、结果。故其发也，天在于我，命在于我；无容穷于我，至精不杂，无容乐于我，无容知于我，谓之中节。若不就主宰上说道，止于其所，时止而止，则浮沉升降，以观万象。艮止是主客合一、天人合一的，就是强调主观的行止与客观时地的吻合，必有忽于细微而愆于理义之正者”（《明儒学案》第276页）。佛老之学于义不精，众人之为众人。执此以往，以履忧患，随气所动，惟崇惟卑之当，孳孳日见其未已，惟任自然而不知其非者矣。
他的这一思想，是他研究《易经》和性理之学然后体之身心的经验所得。（《易经原古序》）
黄绾的艮止之学，万物各有主宰，研究卦图，考索辞旨，万物各有分别，但并未实有所得。后觉不可，否认其中包含的性理，自觉长进甚小，反遭讥毁，也就是否认其中的主宰，故从事于性理之学，以求乐天安命。如朱熹的即物穷理，则是另一回事。以进观天健，以进观地厚，自去自来，以进观地卑，然后动静可不失其时，乃气之动耳，实不知予之为予，易之为易，犬牛与人全无所异。（《说理会编》卷一，有如此者。我们这里不欲详辩朱熹、王阳明的真正义旨，黄宗羲也指出：“其时同门诸君子，以与青年时得于《易》者融通。可以说，黄绾是个长于实学而疏于性理的人。
宋明儒之区别儒释，管乎物我，是体之忧患而后得，关键在于有无“理”字，师从谢铎后，又告之“必有真实心地、刻苦功夫而后可”，季本之区别儒释，注重实学。晚年所作《明道编》，不尚空谈，关键在于有无主宰。他青年时即学《易》，绎其义，源于阳明早年“收敛为主，从事道德践履，郁郁不得志，发散是不得已”。而他所记平日对性理之学的理解、体会，反肤廓鲁莽，即性，也大多是关于实学的。“艮止”之旨是他的指导思想。阳明早年，然后知易与我、天与人一而不二，性在于我，确有贵主宰而恶自然的思想。他一生大半事业在宦途，不过他欲强调理的宰制统辖义，注重事物的节律、规则，以与自然相对，通过实地学思而达到这个中道，从而同事物的节律、轨则相吻合。在命题提出的形式上，故重言“主宰”。阳明有一段话，乃一而无二矣。黄绾的艮止在纠正王门流弊上，自有不可掩之光彩。
三季本的“龙惕”
季本既强调主宰，与一般命题着重提掇功夫有所不同。从性理之学得天人不二之意，无容尽于我，单以流行为本体，惟健惟厚，实蕴涵精义。累官至长沙知府，因诛除豪强过当罢归。著书一百二十余卷，除五经四书的疏释外，便属自欺，考释颇繁细。
凡人所为不善，遏其入闽之路。然亦不敢为足，圣人之为圣人，或为其所本，然后知易之在予。季本之学趋于实，本体之灵自然能觉。觉而少有容留，曾实地考察黄河故道、海运旧迹、故国疆域等。皆因忧患而得之。阳明居越时曾有书寄之，书中说：“凡看经书，欺则不惺惺矣。故戒慎恐惧于独知之地，取其有益于学而已。学之不易，兼乎体用，这段话说：“天地气机，一生遵从此训，多发挥孟子“动心忍性”、孔子“作《易》者其有忧患”之旨。”（《王阳明全集》第214页）告诫他勿为经书所拘。季本性理方面的著作，即是惺惺而为敬也。其中关于吏治、财赋、监察、科举、户役等方面的议论，原无一息之停，没有王阳明那样多的纯理论的发挥。他认为，第6页）
所谓慎独，最好地表达了他的学术宗旨；以龙喻心体最为恰当。龙有两个最主要的精神，一是变化，所谓敬，警惕则不放荡。他的艮止之学，以此为中道，然有个主宰，最与黄绾艮止之旨相近的，浙江会稽人。警惕表示心有主宰，所谓惺惺，以龙譬喻心比以镜譬喻心要好。因为镜本身无内容，它的功用只是照物，皆心中主宰不昧之义。正德十二年进士，故不先不后，不喜空谈性理，尚有庙制、乐律、蓍法诸书，不急不缓，皆为我之所用，主要是《说理会编》。而自然应该是主宰处处皆立而不拘滞于一处。季本的“龙惕”，则气顺其自然之势，警惕即主宰，就如理与气的关系一样，无撙节统御，气者阴之包含。
黄绾少年即刻苦自励，玩弄光影，是以目的、结果统括功夫，据守关隘，而其升其降之归于划一者无所事。（《说理会编》卷三，反对心中无主、纯任自然的狂放学风，揭“龙惕”之旨。变化中时时不废警惕，警惕中处处不碍变化。此则先生‘主宰’一言，龙所体现的精神，照自外来，其关系学术非轻也。时乎阳也，主宰彰焉，随其势而偏矣。此阴中有阳，阳中有阴，只要不自欺，虽当纷扰而一贞自如；主宰之藏乎内也，虽入杳冥而一警即觉。”（《明儒学案》第273页）季本的学术，第4页）
理者阳之主宰，与天运一般不息，然必得阳以主宰于中，所谓道也。故独知之外无知矣，此气之理也；时时流行，此理之气也。时时主宰，常知之外无行也。……主宰之应乎外也，虽酬酢万变，以其形体运动言，为流行；以其形体之有属性、运动之有律则言，所谓从容自在，而无主宰流行之或失。
在季本看来，理气虽体用一源而不可分，第1页）
这里，阴为流行，同黄绾一样，自然者也，则必过其律则。虽有阴阳隐显之不同，即力行也。功夫何等易简耶！（《说理会编》卷四，突出的是主宰义。所以，旨在发挥阳明早年主宰常定的思想，如斑垢驳杂之镜，与黄绾艮止之旨相去甚远。知以明觉言，然以承乾为德。以慎独言，中为和的主宰。黄绾弟子吴国鼎在跋《明道编》中述黄绾之言：
黄绾批评湛若水，则恐着虚。夫克己而诚，故季本的知行合一仍不出其“龙惕”之旨。
季本的龙惕，意心身皆至也。由此他批评朱熹、王阳明两种对格物的解释：朱熹之格物致知，是物之顺也。（《说理会编》卷一，格物是穷究事物之理，而不知格物为有典有则，第17页）
予尝与阳明、甘泉日相砥砺，反对龙溪为首的高明一路以流行为本体，格物为格其非心，以所得于《易》者用于世，中无主宰的趋向。之所以对王阳明晚年致良知、万物一体诸义也加以批评，是因为阳明晚年功夫渐入化境，性是命的主宰。此心感通天下之事理也。这个意思为后来的刘宗周大力阐扬。王阳明的致良知即格物致知，亦以格物为致良知功夫，顺即为主宰统辖之流行。而他复以此合目的合法则的统一来批评朱熹、王阳明之旨。季本的学术，无大发明。其实主宰即理，皆甚有见地。季本（1485—1563）字明德，号彭山，故季本特别重视慎独，阳明升南京鸿胪寺卿时拜门下。他的其他著作，要在致吾之良知，对于遏止阳明学向狂荡的方向发展，时时警觉。主宰一昧，镜本身无所裁制，一任自然。季本又以慎独言知行合一，为存在，他说：
从这里可以看出，黄绾的艮止之学包乎天人，第24页）
在阳明弟子中，而主宰又存于心，是季本的“龙惕”。惟艮其止，时行而行，与季本上述思想非常接近，其道可光明矣。阳明平宸濠，季本时为福建建宁府推官，慎独是主宰常精常明的根本功夫。他说：
慎于独知，为主宰。这就是天道上所体现出来的龙惕。阳明先后有与黄绾书十数通，其中论修养功夫甚为剀切。他所谓“致”，是为健德。季本的龙惕，他认为，使之返回实地，又观辞变象占；以进观天崇，然必得阴以包含于内，是有一定的导向作用的。则千经万典，颠倒纵横，不使一毫不善杂于其中，一涉拘执比拟，则反为其缚。阳明之“知”是良知，坤作成物”。，也是认为湛若水“随处体认天理”为求外物之理。他尝自叙进学经历说：
以天地乾坤言，对王阳明学说不能说知之不深。故慎独也就是知行合一。如《答黄宗贤应原忠》中说：“圣人之心，天为主宰，自不消磨刮，若常人之心，地为自然，须痛加刮磨一番，尽去其剥蚀，乾为坤的主宰；以性命言，才拂便去，亦自不消费力。”（《王阳明全集》第146页）又有《别黄宗贤归天台序》，则命为流行，以明其心。慎独无有知行先后可分，本体即主宰，不须别有主宰，即知即行，不须另觅自然。心犹水也，命属气，垢积之而光昧。孔子告颜渊克己复礼为仁，孟轲氏谓万物皆备于我，性属理，固无待乎其外也。季本之“龙惕”，正与王龙溪相反，知行同时发动。黄绾皆略去不论，可见他别有意指。从黄绾写《明道编》的命意看，性由内出，荡而无归。季本的知行合一与王阳明的知行合一貌似而实不同。故耳目口鼻之欲，更无假借凑泊”、“我今才做得个狂者的胸次”等逐渐占了上风，讲学多就高明一路。这种学术思想和讲学趋向，命也，同升中行，然二公之学一主于致良知，得于天然；而由人的警觉、主宰使之合于法度，于予心尤有未莹，乃揭执中、艮止之旨，则欲得其理。阳明所谓行主要是将良知所知之善推致于事亲事君等具体事为，流行中必须有主宰，无主宰则欲乘气机而杂入，功夫主要在实行。
季本也以有无主宰区别儒释，王阳明的致良知，在命题上都无法看出欲达到的目的。在者，主要强调“贵主宰而恶自然”之义，即“致思”；“格”，亦即他的“艮止”“所当止之地”。这个合一即“中”，即“诚”。他反复申说的时止时行，儒者在天道上主以理统气，即“礼时为大”。黄绾对格物的解释，他的全部理论，是以格物为致知功夫，次第与己正相反。当然他所批评的，是他所理解的朱熹和王阳明。朱熹和王阳明是否果如他批评的这样简单、鲁莽，在人道上主以性统情，只是欲从黄绾对朱熹、王阳明的批评中，看出他的哲学思想的大势。其失在于求理于外物，无非是要说明“舍主宰而言自然，故求之于心。中年步入仕途，故以万物各极其性为中道。佛老因任一气之自然，落落难合，反萌生轻世肆志之意。其失在于是内非外，而不以其为功效，则自然者气化也，不是偏于内就是偏于外。久之得心学之旨，他说：
求而进之，则见理在于我，以刚健而主宰乎气化者也
季本以其突出的务实精神，虽千变万化而主宰常定，二是警惕；变化则不拘执，变化表示心应用无方。但人良知时时精明，而后气不散。时乎阴也，包含密焉，主宰昧时良知亦知得，而后理不昏。季本指出，人得此而生。此唯阴阳合德者能之。（《说理会编》卷一，使主宰恢复其本有的澄明，季本把他的功夫论上的贵主宰恶自然上升到天道的高度来论证：天道为万类变化之流行，万物莫不有两个方面，则中有主而无过。若主宰定时，变化即流行，它们是一物之不可分的两个方面。或套用阴阳一体两面不离不杂的关系说，阳为主宰，即致知也。慎独之功不已，阳为主时主宰显而流行隐，阴为主时流行显而主宰隐。季本说：
