继大乘中观学派之后，大乘瑜伽行派着重宣扬唯识论。唯识论是佛教的庞大的认识论体系，其主题是宣扬主体意识是唯一的真实，内省是认识的唯一源泉。为此，该派对于主观认识的来源、类型、层次、结构、机制作了非常缜密的分析，从多方面阐述主观的识变现为外界事物的途径，强调认识对象不能离开认识主体，认定认识对象的非真实性，对认识的真实性，即真假是非作出了独特判断，还对认识的改造、转变指出了特殊的道路。后期瑜伽行派还对认识作出逻辑的证明，进一步阐发了逻辑学和认识论。我们在前面论述“五位百法”时，曾就瑜伽行派的八识理论作过介绍，在讲“赖耶缘起”论时，对于瑜伽行派如何否定认识对象的真实性，也作过比较系统的论述，为尽量减少重复，本节着重论述三个问题：主观认识的作用——“四分”说，认识的真假——“三性”说，认识的转变——“转识成智”说。下一节再论述后期瑜伽行派关于概念、认识的构成、分类及其审核等问题——新因明与量论。
一、四分说瑜伽行派为了论证“唯识无境”说，极端地夸大主观精神对客观对象的认识作用，提出了“四分”说。“四分”，“分”，是分限差别的意思，四分就是指八识和五十一心所的每一识体的四种作用。具体说是：
（1）相分。“相”，相状。境界有体（本质），有相（相状）。体是相的依托。前七识接触、认识境界，并不是直接识别境界的本质，而是在内心变现其影像，再加以识别之。如色、声、香、味、触五境，是第八阿赖耶识所变。眼、耳等前五识识别五境，不是直接识别五境的本质，而是由阿赖耶识将其影像变现于心内，人们再加以识别之。这种感官接触对象就是在心里所映现的影像，是感觉意识本身的投影，不是客观的实在，这就是相分。八识的相分中，第七、八识的情况尤为特殊。第七末那识执著第八识的见分，显现为近似实有的相分。第八阿赖耶识以种子、众生的身体及其所在的国土为相分，并分别加以见照、了别，然后又进行证知和再证知，以完成其认识。这里，第八阿赖耶识所变的相分，是引发前六识相分的实在境界，是前五识境界的本质。瑜伽行派还把相分分为三类，称为三类境，这三类境是八识所变的，具体指：一性境，性是体性的意思。性境是指有体性的种子所生的境，如前五识所攀缘的色、声、香、味、触五境。二独影境，指由于主观颠倒认识而生起的境，如浮显龟毛兔角等假境，独起影像，故名。
三带质境，所缘是有实体的性境，但所呈现的影像不是所缘性境的本质，而为妄情所支配，兼有性境本质和主观妄情两者，故称。如做梦时缘五境、朦胧昧略，就是带质境。瑜伽行派认为，这三类境虽然产生的情况和性质有所不同，但归根到底都是主观心识显起的影像。
（2）见分。“见”，见照，了别。见分是指认识的能力，心识就所得感觉印象进行思虑，即对相分进行分别，如眼见照色，耳了别声等。
（3）自证分。“证”，证知。自证分是证知见分的作用，是对见分再加认证。这是说，见分虽能知相分，但不能自知见分，还需另有知见分的作用。如度量事物，既有“能量”（见分）作为尺度，也应有“所量”（相分）作为对象，还应有“量果”（自证分），以知大小长短。可见，自证分是包含相见二分的心的自体。
（4）证自证分。是自证分的再返照、再证知，也是作为自证分的量果。
大乘瑜伽行派常以镜子照物为喻，说物的影像映现于镜面是相分，镜面的照物作用是见分，镜面是自证分，镜背是证自证分。
四分说是在综合瑜伽行派各家对主体与客体和主体认识作用的各种异说的基础上形成的。“唯识十大论师”“唯识十大论师”，指古印度注释瑜伽行派奠基人之一世亲所著《唯识三十论》的十家论师。据《成唯识论述记》卷一载，为亲胜、火辨、德慧、安慧、难陀、净月、护法、胜友、胜子、智月。之一安慧创立一分说，认为自证分是心的自体，是实有的。由于众生的迷妄，在自证分上呈现的客观境相为相分，产生的主观分别是见分，相分见分都是迷妄所生，因妄情而有，按理说是无。史称安慧为“一分家”。同时代的“唯识十大论师”中的难陀、净月，继承亲胜、德慧的说法，发挥二分说。二分即见分和相分。认为这二分都是因缘所生的，但相分是识的变现，没有实体。史称难陀为“二分家”。后期瑜伽行派论师、新因明学创始人陈那立相分、见分、自证分，认为在主观作用的见分和客观作用的相分以外，还有自觉作用的自证分，他被称为“三分家”。后来，陈那的学生护法又在三分说的基础上加一证自证分，以为这样才能完全建立认识。史称之为“四分家”。由于上述情况，佛教史上有“安、难、陈、护，一、二、三、四”之说。
四分说是以认识本体（心）为识的见分，认识对象（境）为识的相分，以对认识能力的反思、证知为自证分，还以对认识能力的反思的再反思为证自证分。这对于揭示主体的认识结构、认识活动的层次是有启发的，它也猜测到了在认识领域里主体和客体相统一的重要意义。但是，四分说以对认识主体的认识功能的分析代替了对认识过程的探索，是一大缺陷。更为重要的是，它把认识对象（相分）看作是和认识能力（见分）一样同是心识所具有的功能的体现，把客观事物看作是识的作用，这样心和境就以见分和相分的关系统一在识里，包含在识里，也就是说，认识活动是在主观范围内进行的，认识活动不是主体与外界客观实在发生关系，而是主观的心识自己认识自己的过程，是心自见心，是一种内省活动。主体对客体的认识不是通过掌握和改造客体的实践，认识结果不是客观事物在人的头脑里的反映，而是心识内部的相分为见分所认识。这是独立精神实体的自我认识，自我心识既是主体，又是客体，或者说主体和客体是主观心识的分化，把主体和客体都归结为主观意识，表现了主观唯心主义的典型特征。这里，不仅是混淆了认识对象与外在世界，即以认识主体对外在客观事物的把握（认识对象、认识客体）代替外在世界的客观存在，而且以认识主体代替认识客体，抹杀主体与客体的区别，正如明末清初唯物主义思想家王夫之评论佛教哲学所指出的是“消‘所’以入‘能’，而谓‘能’为‘所’”（《尚书引义》卷五）。“所”，指所知，即认识的客体。“能”，指能知，即认识的主体。佛教把客体归结为主体，这是与其宗教修持密切相关的认识论。
二、三性说瑜伽行派在认识论上还提出了三性说，把认识、观念分为虚妄的、相对真实的和绝对真实的三种参见［俄］彻尔巴斯基：《佛家哲学》，虞愚译，载《现代佛学》，1959（2）。），以论证唯识理论。
“三性”，也称“三自性”、“三相”。《大乘阿毗达磨经》曾阐发“所知依”和“所知相”的观念。所知是指认识客体。所知依是指认识客体的总依据。这个总依据就是阿赖耶识。
所知相是认识客体的自相，这种自相（自性）可以分为三类，即“遍计执”、“依他起”和“圆成实”，称三相或三性。《解深密经》继续发挥阿赖耶识和三性的思想。无著、世亲继承和发展了这些思想，提出了观念的三分法——“三性”说，作为说明一切现象本来面目的真假、有无的理论准绳。中观学派用二谛来解释一切现象的实相，瑜伽行派则认为要理解一切现象的实相在于详细区分三性。三性也可说就是三谛。中观学派认为名言、概念、认识、观念都是相对的、不真实的，瑜伽行派则认为名言、概念、认识、观念既有虚妄的，也有真实的。
《唯识三十论》说：
由彼彼遍计，遍计种种物，此遍计所执，自性无所有。依他起自性，分别缘所生。圆成实于彼，常远离前性。故此与依他，非异非不异，如无常等性，非不见此彼。
这是分别提出三性的特征，最后是肯定后二性之间的不一不异的关系。具体说是：
遍计所执自性，又称“遍计所执性”、“普观察性”。“遍”，周遍。“计”，计度、度量。
“遍计”，周遍计度，即普遍观察思量的意思。“执”，执著，“所执”，指对象，是由于普遍观察思量而生虚妄分别，把现象执为种种实有的差别。所谓“遍计所执自性”，就是把以名言、概念表示的认识对象，视为各有自性差别的客观实在，执为实有。瑜伽行派认为，这样所得的认识是不实在、不正确的分别，是不了解因缘和合而成、唯识所变的现象的本然真相，而生起的对现象的主观的虚妄的解释和概念的虚构。人们在认识没有达到圆满的阶段，往往有对自我和事物的偏执，并应用名言、概念对自我和事物作出错误的判断，形成种种自相，即产生出经验世界中为“有”的种种图像。其实“自性无所有”，这种种自相并不能表示对象的自身，以这种错误的认识指导行为，就会产生种种的颠倒，招致种种情感上和心理上的痛苦。
依他起自性，又称“依他起性”、“他根性”、“离言自性”。“依”，依托。“他”，指各种因缘。所谓“依他起自性”，就是依托各种因缘而生起的一切现象。依他起自性是三性说的中心环节，一切法都依他而起，“依他起”也就是一切法。前述五位百法中的心法、心所法、色法及不相应行法，即四位九十四法，也就是全部有为法，都是依他起自性，是幻化不实、似有而非有的。瑜伽行派认为，人们遍计所执的种种现象也不是凭空而来，而是有所依托的，它所依托的自性就是依他起自性。也就是说，现象没有自体的性质。人们如果对遍计所执自性所带来的痛苦后果有所觉悟，逐渐减少乃至根绝对自我和事物的执著，就会体会到新起事物并不是由原有事物自然生出，而是由各种因缘和合产生的，是没有自身的真实性质的。瑜伽行派强调，事物和名言、概念并没有必然联系的关系，要超脱名言才能更好地直觉到事物的实相。
圆成实自性，也称“圆成实性”、“成就相”。“圆”，圆满，遍于一切现象，没有缺减。
“成”，成就，不生不灭，没有变易。“实”，真实，断绝虚妄。所谓“圆成实自性”，就是遍满一切现象而无缺减、常住（不生不灭）而无变易、真实而无虚妄的真如法性，也就是依他起的实体、实性。这是在依他起自性上，远离遍计所执自性的谬误，去掉对一切现象的虚妄分别，由此获得的对一切现象的最完备最真实的认识。瑜伽行派认为，人们在理解依他起自性的基础上逐渐加深对现象本质的认识，在宗教实践上逐渐完成从杂染到清净的转变，达到究竟圆满，这就是把握实相，就是圆成实自性。瑜伽行派认为，圆成实性是超越语言和思维的，人们只能用圆满成就真实来表述其德用。
瑜伽行派强调把三性统一起来认识，就是由错误的认识到相对真实的认识，再到绝对真实的认识。他们曾就三性认识作了生动的比喻：如人在黑夜里行走，初见到绳子，由于恐惧心理而误以为蛇。这蛇是由于恐惧的迷情而产生的根本不存在的东西。随后看清楚了，明白是绳而不是蛇，绳是由因缘和合而假有的。再进一步看，知道了绳是麻做的，或者知道了绳的体就是色、香、味、触四种因素。起初误绳为蛇是遍计所执自性，第二层明白是绳是因缘和合而生的，是依他起自性，第三层分析绳的本质，认识到绳为麻或色、香、味、触所成，成就了圆满的评价，为圆成实自性。
和龙树空宗一系的中道观不同，无著、世亲有宗认为，把三性统一起来认识，是对真假和有无的正确认识，是真正的中道观。遍计所执自性是出于遍计的执著，不是有而是无。依他起自性是遍计所执自性生起的依据，是现象，是有，由于它与遍计相顺，因此这个有不是实有而是假有。圆成实自性是去掉安立在依他起性上的遍计所执自性，从而显现出事物的真实性，这个有才是实有，是实体。这样，如果凭借修行的功力，认识了三性，就能悟解万有的如幻假有，依他起自性的真相就自然显现，圆成实自性的实体就完全露现。由此可见，圆成实自性与依他起自性相依不离，两者不异。又圆成实自性是本体，依他起自性是现象，两者不一。懂得了这些道理，也就认识了无和有、假有和实有的统一，从而获得全面的无偏见的认识，称为中道观。
瑜伽行派为了进一步说明有无（空）的中道观，说明客观事物是无，唯识实性是有，识有境无的思想，从而表明在有无（空）问题的认识上和大乘中观学派的联系和区别，还立“三无性”说。
三性是从有的方面说明万有的自性，三无性则是从无（空）的方面说明万有皆空的道理。三无性是三性的反面，是从三性立论的，《成唯识论》卷九说：
即依此三性，立彼三无性，故佛密意说，一切法无性。初即相无性，次无自然性，后由远离前所执我、法性。
首先是依遍计所执自性，立“相无性”。“相”，指体相，遍计所执自性是现于众生的妄情上的，并无实有的体相，故称“相无性”。其次是据依他起自性，立“生无性”。依他起自性是依众因缘生起的现象，只是假象，并没有“自然”生起的体性，即没有不变的“自然性”。也就是说，如果因缘不生，也就没有现象生起，称为“生无性”。第三依圆成实自性，立“胜义无性”。“胜义”是佛教所谓高超殊胜的特有认识，此指真如。因为在圆成实这一胜义性上，已经远离了遍计所执的我、法二性，所以是无性的。虽是无性，但体是实有的，是圆成实性。体虽真有，但又无相可得，是超越众生的妄想之外的，所以称为“胜义无性”。三无性被称为佛的一种“密意”，这里的密意是不彻底、有保留的意思。就是说，所谓“一切法无性”，是指上述三种无性并不是什么也没有，是强调无遍计所执自性，以否定世俗所执持的那种实性；至于三自性中的后二自性，其性是有，圆成实性及由其所立的胜义无性更是绝对不变的真实的有。从三性到三无性的学说，可以看出中观学派对瑜伽行派的影响。
三性说也是一种修持观法，称为“唯识三性观”，简称“唯识观”。唯识学者主张修持唯识观，提出了由浅至深的五个层次的观想方法，称为“五重唯识观”。据中国唯识宗奠基人之一窥基所著《大乘法苑义林章》卷一《唯识义章》载，五重唯识观是：（1）遣虚存实识。“虚”指遍计所执自性，“实”指依他起自性和圆成实自性。这是说除去遍计所执自性的虚妄幻象，只观照依他起自性和圆成实自性的真实现象和原理。（2）舍滥留纯识。“滥”指境，“纯”指识。这是说在依他起自性和圆成实自性方面只留有关认识的心境，也就是要认识到一切唯识，无他。（3）摄末归本识。识内的相、见二分是“末”，自证分是“本”。这是说在心境的各种成分里要进一步归结到它的本质即意识自体上来。（4）隐劣显胜识。“劣”指心所，“胜”指心王。心王和心所变现事物的能力有劣有胜。这是说更进一步于意识自体上只注重它的主要功能即心王部分。（5）遣相征性识。“相”，事相，即依他起自性。“性”，体性，即圆成实自性。这是说，心王虽胜，但有事相和性体，应舍弃依他起的事相而体证圆成实的真如。也就是要最后就意识核心认识到它的实际性质即唯识的意义。如此逐层深入形成完整的系统的唯识（唯心）观法，把唯识说构成为普遍真理，以树立和坚定一切现象“唯识所变”的观念。
