那时，东南沿海正处无序状态，倭寇是国家的心腹大患，在前后20年间，东南沿海数十万人被杀，数十座城池被攻破，数十个倭寇便敢于大摇大摆地穿过数万大军把守的大城南京，在他们最终被歼灭前，至少屠杀了两千多平民百姓。那些违海禁通番的海商以漳泉人为骨干，许多海商乐做内援，延引日本人和葡萄牙人到闽浙沿海贸易。闽浙沿海大姓往往从走私中获取利润：相互勾连：显贵家族尤为突出。至于普通百姓，一旦番舶靠岸，人们都争先请到家中交易：乐此不疲，因为即便是日常饮用，也可取得数倍利润于平日。
朱纨采取铁腕政策，厉行海禁，凡是双桅的航船一律销毁。
与此相反，官员士绅却主张让葡萄牙人通商合法化来消弭紧张局势。
朱纨报告皇帝说：“治海中之寇不难，而难于治寇引接济之寇治寇引接济之寇不难，而难于治豪侠把持之寇。”实际上，他已经十分清楚地意识到，一张铺开的大网正在等着他。这张网里有朝臣，有巨商，也有所谓的“狡民”。在全球经济“一体化”浪潮中，士与商、商与寇，他们之间有许多关联。
他直接向朝廷检举了一群参与走私活动的官宦的名字：许福光，同安县的养亲进士，与海寇联姻，家族由此富有林希元，考察闲住佥事，一个主张通商并且身体力行的人，假借渡船之名，造了许多违制式大船，用来运输海贼赃物和走私货品……一时间，自宁波、定海到漳州月港，东南沿海一线，大凡与民间贸易有关的家族如临大敌。
对朱纨而言，为朝廷荡平东南沿海寇患，保护皇朝统治根本，是封疆大吏的职责表现所在。他和他的麾下戚继光、俞大猷由此名垂史册。对中国东南沿海世代以海为田的闽浙商人而言，朱纨的行动无疑是在断他们生存的依靠。
朱纨的到来终于使闽浙商民和皇家秩序由来已久的矛盾走向焦点。
那些从事海洋贸易的人，无论是中国人，还是欧洲人，或者别的什么地方的人，如果他们曾经是敌手的话，现在，他们有了共同的敌手。
这时，中国人和葡萄牙人、中国人和日本人之间缺乏合理有序的民间贸易引发的国际争端，使东南沿海财富积累的同时，危机四伏。
这个时候发生了三次中国军队与葡萄牙人的战争。一次地点在浙江的双屿，另外两次分别在漳州的浯屿和走马溪，这三次战斗直接改变闽浙海上贸易的格局和朱纨的命运。
浙江定海双屿港(即今横岛和佛渡岛）：孤悬于海洋之中：离定海30公里，明初列为“国家驱逐弃地”，岛民内迁，荒芜一片。但其地势东西两山对峙，南北水口相通，外有小山如门障蔽，中间宽10公里，藏风聚气，是走私船的理想停泊地。
大约在嘉靖十九年(1540)，由王直、李光头和一些漳州海商在这里招引“佛郎机”和倭人开展贸易。现代日本学者称双屿是“16世纪的上海”，东西方的财富、商品在这里集散，这个时期，这地方似乎更像脱离皇朝监管的自由贸易。
根据那个年代一个叫平托的葡萄牙人在《东洋纪事》一书中的记载，在1540·1541年间，葡萄牙人在双屿建造了一千多所房屋。有些房屋造得极奢华，花费达三四千达卡银币，在那里居住三千多人，其中葡萄牙人1)00人，另外一些是各国的基督教徒。他们在这里建立与日本的贸易往来，每年贸易额达300万两白银。
这个居留地有自己的“市政厅”，成员包括：1个查账人、1个死亡和孤儿监护人、1位市政厅雇员、4名起草合同契约的公证员、若干参议员和行政检查员，一些人成了警察和法庭审判员，比较值钱的职位是注册员，每个职位达3000达卡银币。市政厅的租金是一年6000达卡，另外配给两家医院和一家教堂每年达30000达卡银币的经费，以便可以在异国他J随时照料那些疲惫的身体和灵魂。这是葡萄牙在东方最繁华和富庶的据点。这些葡萄牙人似乎十分醉心于这块离家J万里之遥的居留地，他们把商栈设在这儿，武装商船进进出出，全然忘记还需要认真面对那个王朝以及它的不可理喻的傲慢态度。
当这些葡萄牙人兴高采烈地把财富堆积在这儿，无论是贸易来的，还是掠夺的，他们最大的疏忽是，忘记了这是别人的国家，主人至少在这个时候比他们自己的国家强大若干倍。
当地人和商人似乎有过一段互惠互利的日子。尽管葡萄牙人把这儿弄得太像自己的家园。但是，中国人的地位似乎更重要些。不管怎么说，矛盾还是激化了，这一年是1548年，朱纨到任后的第二年，一个叫佩雷拉的葡萄牙人贷款数千金币给一个中国人，限期到后，中国人无力偿还，这本是一件简单的经济纠纷，但是佩雷拉纠集了二十多个葡萄牙无赖，乘着夜色袭击距离双屿约1公里左右的一个村落，或许那个债务人的家就在那里，他们抢劫了10个农户，杀了10个人，掳走了农人的妻子，就像他们在非洲或者别的一些国家所犯下的罪行一样，并没有准备去承担什么后果。
这件事大大激起了民愤，也给了朱纨一个伸张正义的充分理由。
朱纨随即调发福建都指挥卢铿统督数百艘战船直捣双屿港。5小时之间，繁华之地变成一片焦土，一些年后，再度路过这儿的葡萄牙人大约将为之落泪。
这是一个典型的以众击寡的战例，毕竟中国人在自己的家里调动军队要比葡萄牙人方便得多。据说，此役朱纨动用水陆大军万，海寇商人巢穴悉数被毁，俘、斩、溺死者数百。朱纨报告皇帝说，单单烧毁的由海寇商人建的天妃宫就十几座。战后，朱纨亲自督令士兵以木石堵塞双屿港。
这个中国早期的“全球化”贸易窗口，在海禁和因为海禁而日益无序的海洋世界纷争中灰飞烟灭。自此葡萄牙商船转而在漳州浯屿一带活动。这是他们在中国的第二个居留地。
大约在嘉靖二十六年(1547)，葡萄牙人在漳州海商的接引下到达浯屿，开始从事贸易活动。
浯屿，即现漳州港尾浯屿岛，当年距漳州陆地岛尾3公里，是一座长2.25公里，宽0.48公里，面积1.08平方公里的小岛，浯屿首尾两门都可通船，浯屿澳在浯屿岛的西部港湾平稳周围水深是天然避风港。
明初，曾在浯屿设水寨·由漳州卫军守护，控漳泉门户，后移驻嘉禾屿(厦门)。浯屿海道四通，又与陆地和附近海岛隔开，地方偏僻，撤防后便疏于监管，成了漳泉海商的走私据点。葡萄牙人到来后，买通浯屿水寨官员，在这儿建起了港口和防御工事，使它成为横跨欧亚的商业帝国的一个重要据点。他们在这儿泊船、搭棚、交易、存栈、过冬，第二年再随季风回航。
大约通过本地海商的关系，浯屿水寨指挥丁桐默认了这种非法交易的存在，在他后来接受都察院审问时承认，驻军官员按照延续多年的通用惯例接了买。
比之于长途跋涉北上双屿去做交易，漳州海商似乎对这种做到家门口的生意更持欢迎态度，因为降低了商业成本与风险。最初大家也算相安无事，葡萄牙船上的香料、象牙、苏木甚至来自欧洲的番镜，开出价格颇合理。葡萄牙人通常也能通过从漳州商人那里弄到的瓷器、丝绸等获利，两边交易大体对等。另外，漳州人跟他们的习性也颇相似，一种本地土酿的淡米酒，有时让他们想起家乡的啤酒。
所以尽管法律严酷，并不妨碍本地人与他们交往和贸易，比如本地长屿一个叫林恭的，每遇到葡萄牙船员，就为他们前后接引，至少在形式上他们成为了朋友。还有大担一个叫姚光瑞的，为葡萄牙人做接济，至少起了牙商的作用。这样的人在大担，官府能掌握的就有百来个，都是一些在地面上有些能量的人物。
这段时间，葡萄牙人开始在浯屿建房子，那房子建得整齐、清雅，已经有市镇的规模，他们还用钱财交好地方官吏，据说有一个叫苏舍的，甚至还被推为所谓的“漳州总督”。
总之，一切进行得颇为顺利。但是，这一次，他们又犯了上一年在双屿的毛病。
一个亚美尼亚人在漳州呆了六七个月，不知犯了什么毛病死了，身边没什么可靠的人·这对那些在外面漂泊的人不算稀奇。苏舍便将他的遗产査封起来代为保管，大约要等到一个合适的机会·再归还给他的家人·假如他还有家人的话。这本来就是一件颇为令人称道的行为，问题是，他得知有两个中国商人欠了这个死者的贷款还没还，大约有3000两白银，看起来也无力归还，于是，他尝试进一步行使了“总督”职权，把那两个人拘押起来，和他们一起被扣压的还有他们的商品。
这好像是一场国际经济纠纷，还涉及涉外法权问题，事情开始复杂起来。
地方政府随即下令停止一切和葡萄牙人交易活动，违者处以极刑。按照大明律，本来就应该这样。只是巨大的利润让大家把这么严酷的刑律都遗忘了。
葡萄牙人粮食来源被切断，处境变得不妙起来，于是他们开始袭击村落。这是他们擅长的，也不需要什么道德底线，所以，骚乱爆发了。
接下来，就是朱纨的政府军和葡萄牙人的又一次战斗。
平托记载：在漳州港口，120艘中国战船，围住港内葡萄牙船，然后纵火焚烧，13艘葡萄牙船全数被毁，五百多个葡萄牙人，活下来的大约30人。
这场战斗侥幸逃脱的三十来个葡萄牙人，据说一口气跑到澳门西30公里处的浪白澳才登陆。这场战斗发生在1549年，也就是嘉靖二十八年，和双屿之战一样的起因，同样是以众击寡，结果也一样没有悬念。
当地关于这场战斗的记载颇为简单，万历《漳州府志》卷三十《海澄县·杂志·兵乱》载：“有佛郎机船载货泊于浯屿，月港恶少群往接济，后被军门朱纨获接济之人，戮之，夷船方去。”
这个简单的事件记载背后的沉重需要等待数百年后，人们才从那场被遗忘的战争中体会出来。
平托所说的漳州港，对于远道而来的人来说，似乎是一个大的地理名词，无论这场战斗是发生在漳州月港，或者传说中的浯屿，都不重要了，因为随之而来的另一场战斗，使葡萄牙在漳州的活动，基本上宣告结束。
这场战斗就是发生在漳州诏安的走马溪之战。
现在，走马溪一片平静，看起来不过是入海的一条溪流。
但是，在明朝，按俞大猷的描述，这地方“两山如门，四时风不为患，去县及各水寨颇远，接济者，旦夕往来，无所忌避，天与猾贼一逋蔽所也，诸番自彭亨而上者，可数十日程，水米倶竭，必泊此储备，而后敢去。日本自宁波而下者之之，水防追捕不得久住，全然就是一个天然的走私港。
一些葡萄牙船于1549年的2月21日泊于此处。被都指挥卢镗、福建海道柯乔的军队团团围住，两艘葡萄牙船、一艘哨船和四艘马来船被击沉，政府军活捉了葡萄牙人、黑人及海寇商人李光头等112名，擒斩239名。
朱纨的战争，使闽浙沿海短时间内呈现出难得的宁静，但是这似乎仅仅是一种假象，海面下的风暴很快就翻卷上来。
当朱纨和他们的将士们还在为大捷欢欣鼓舞的时候，在朝廷，一场由中国军队创造的胜利被迅速描绘成主事者滥杀无辜的闹剧。这场战斗的最高统帅朱纨和前线指挥官卢镗、柯乔被免职待罪。
