社会学界一般都承认孔德为“社会学之父”，因为他首先使用了“社会学”这一用语，而且他的一些社会学思想到今天看仍是有价值的。
孔德一生写过两部主要著作，前期的一部是《实证哲学教程》，后期的一部是《实证主义政治体系》，这两部著作是他一生两个阶段的标志。一般认为他在第二阶段的思想著述质量不如第一阶段，因为两部著作风格迥异，第一部著作立论严谨，以理服人；而第二部著作却过于散漫，似乎要以情感人。最激烈的看法甚至指其第二部著作为疯狂的产物，因为他确实进过精神病院，亦曾自杀未遂。比较含蓄的评价是，他写第二部书时正沉醉于对瓦丝（Clothide de Vaux）的热恋之中，由于长期受到压抑的感情的迸发，他显得感情超过理智，如他在书中提出男性应膜拜女性，因为女性的温柔的同情心比男性的坚硬的理智更能治愈社会的创伤。有人不同意上述看法，认为孔德一生是前后一致的，第一阶段的实际严谨的著述风格是用以防止人们对其学说作出神秘的解释；而第二阶段则是他的感觉、他的爱、他的精神的坦直叙述，正符合他一向倡导的科学要作道义的仆人的精神。
（一）三阶段论
孔德的三阶段论是他对社会学理论最主要的贡献。他在《实证哲学教程》一书的起首宣称：“我确信我已经发现了一个伟大的基本规律……这一规律基于如下事实：我们迄今所知道的一切基本概念、我们知识的所有分支无不经历如下三个理论阶段：神学的或想象的阶段；玄学的或抽象的阶段；以及科学的或实证的阶段。”三阶段论是孔德思想的主线，贯穿在他对其他许多事物的论述之中。从社会发展的序列看，神学阶段是起始，科学阶段是终结，玄学阶段是过渡阶段。从人们对世界的认识过程看，在神学阶段人们注重对人的本性的研究，追求绝对真理，相信超自然的造物、动因；在玄学阶段，超自然的造物被“抽象的力量”所取代；在科学的阶段，人们得承认不可能得到绝对真理，不再追寻宇宙的本源和命运及对一切现象的终极解释，而是去发现客观现象的实际规律以及事物之间的联系。在对神的看法上，在第一阶段，人们相信宇宙间有多个神灵；在第二阶段，自然被视为唯一的、伟大的、综合的实体及一切现象的本源；在第三阶段，人们致力于对一切可观察到的千差万别的现象的研究，从大量现象中概括出一个个的规律，万有引力定律的发现即是其中一例。从研究的方法上看，神学阶段是想象的，玄学阶段是抽象的，而科学阶段是实证的。从社会组织形式上看，神学阶段的社会组织是军事型的；玄学阶段是法律型的；科学阶段是工业型的。从意识形态上看，神学阶段强调纪律，玄学阶段强调对国家意识形态的支持，科学阶段提倡科学知识，强调实验的知识而不是教条。从一个社会与外界世界的关系上看，神学阶段强调征服其他社会，科学阶段强调征服自然，玄学阶段则介于二者之间。从社会的基本单位来看，神学阶段的主要社会单位是家庭，玄学阶段是国家，科学阶段是全人类。甚至个人的成长过程也可以由三阶段论来说明：儿童期属于神学阶段，青年期属于玄学阶段，成年期属于科学阶段。孔德认为，这三个阶段的过渡具有普遍性逐渐下降、复杂性逐渐上升的特点。前述的各种特征在每一阶段都并非纯粹而是以其中一种占主导地位。换言之，在社会发展的每一阶段，其他阶段的某些特征也可能出现，但是那一阶段的主要特征压过了属于其他两阶段的特征。
但凡理论，漂亮则不准确，准确则不漂亮。经典作家们的理论往往失之于漂亮而不准确。孔德的三阶段论看上去非常规整，甚至给人们可与建筑上的结构美相媲美的印象，但是仔细推敲起来却可发现破绽。其中尤以将个人的成长过程比附于三阶段最难以服人。人在儿童期心中一片混沌，难免对世事有神秘感；青春期多性喜冥想，充满抽象热情；到了成年期则自然趋向于科学、实证。此论初看差强人意，但如何解释许多人成年之后仍笃信神明、至死不渝？再如，科学阶段社会将以全人类而不是家庭、国家为基本单位的说法似乎也缺少根据。在玄学阶段，以家庭为社会之基本单位为什么或怎样就演变为以国家为基本单位也缺乏说明。尽管有种种缺失，孔德的三阶段论对人类社会发展的概括方法确是有创见的，也比较能够自圆其说。特别深刻和具启发性的是其中关于人类对世界认识过程的描述。一切宗教的、信奉超自然力量的世界观总是试图解释一切，动辄给出绝对真理；而现代科学的方法往往是仅对某一特定范围内的现象作出解释，描述其中规律，并承认其真理性是相对的。孔德给我们提示了如此看待人类知识发展过程的视角，堪称一大贡献。
（二）科学分层
孔德的另一个重要思想是科学的分层。他在当时科学发展的水平上将学科从下至上分为五层。最低一层为天文学，然后依次为物理学、化学、生物学，最高一层是社会学。分层的原则有三：（1）概括性；（2）复杂性；（3）依赖性。他指出，随着科学层次的升高，概括性呈下降趋势，而复杂性和对其他学科的依赖性呈上升趋势。
孔德认为，天文学属于概括性最高、复杂性最低、又最独立于其他知识的学科，而它又是唯一摆脱了神学和玄学阶段的直接间接影响的学科。物理学所研究的对象比天文学要复杂，而物理学作为一门科学离解释其对象的完美境界也比天文学要差些。依此类推，从化学、生物学到社会学，研究对象一个比一个复杂，其作为一门科学的完美程度则越来越差。处在最低一层的天文学所研究的现象最一般、最简单、最抽象、最远离人类，影响到其他各学科所研究的现象，而不受其影响。反之，处在最高一层的社会学所研究的对象最特殊、最复杂、最具体、最接近人类，并或多或少依赖于前面的所有四个学科的研究对象而对其不能产生什么影响。由此可知，某一现象越一般、越简单、越抽象，它对其他现象的依赖程度就越低，人对它的知识就越确切、越完整；反之亦然。譬如我们对有机体的知识就远不如对无机体的知识来得确实和系统。按照这种科学分层逻辑，孔德宣称社会学是一切科学之首（女皇），社会学家是他的乌托邦的精神领袖，新秩序的指导者。
撇开孔德所处时代科学发展水平的限制不谈，仅就其科学分层的原则而论也是有许多缺点的。最大的缺失在于这种分层原则的直观性。直观地看，社会学研究的现象似平比天文学研究的现象要复杂，社会学作为一门科学也确实比天文学的完美程度要差得多；但如果换一角度来看，究竟人对宇宙起源的知识更确切更完整还是对某一社会组织某一社会运动的兴衰的知识更确切更完整呢？显然是后者。说天文学研究的现象比物理、化学、生物的现象简单得多也是一种过于直观的说法。现代天文学家绝不承认自己的研究对象比化学家要简单。依赖性原则的问题更加严重。按照孔德的逻辑，天文现象只影响其他四种现象不受其他四种现象影响；物理现象影响化学、生物、社会三种现象不受天文以外的三种现象影响；化学现象影响生物、社会两种现象不受天文、物理以外两种现象影响：生物现象影响社会现象受天文、物理、化学现象影响：社会现象受其他四种现象影响但对它们没有任何影响。这一理论再次失之于漂亮而不准确。科学发展到今天，人已能制造出生命现象，以及由于人们活动造成一氧化碳在大气层中的增加导致全球温度上升等现象不能不说是高层次对低层次现象的影响。据此，高层次现象只受低层次的现象影响而对之无影响的立论便不能成立了。
（三）实证主义
孔德解释他能使用的实证主义一词包含七种含义：（1）真实的；（2）有用的；（3）确定的；（4）精确的；（5）有机的；（6）相关的；（7）仁慈的。真实的和有用的是实证主义的基本条件；确定的和精确的是实证主义的智力特征；有机的和相关的是实证主义的社会特征，而仁慈的是以上六项的道义本源。孔德将其实用主义区别于无神论、唯物主义、宿命论和乐观主义。他指出，无神论像神学一样企图破解宇宙的不可解之谜；唯物主义企图使低层次的科学统治高层次的科学；实证主义也不同于宿命论，因为它主张外部的秩序是可以改变的；而乐观主义更接近神学远离实证主义，因为实证主义对一切历史事实作相对的评价而不像乐观主义那样认为它们有绝对的意义孔德还运用他的实证主义方法对人的灵魂作过系统的研究。
虽然孔德的实证主义与现代实证主义哲学天差地别，但是他以对客观存在的事物的具体分析向崇信超自然力的神学挑战的精神却与现代实证主义有相似之处。他对人的灵魂与大脑功能的分析即是一例。虽然这种分析带有他那一时代的学者们所共有的想象力过丰和过分大胆以至于武断的特点，但是这种用对常人的经验的分析综合来研究“灵魂”和“大脑功能”的做法总比将灵魂诉诸超自然力的神学要前进了一步。现代心理学、社会学仍然在做类似的事情，只是比孔德时代严谨得多、又精细得多了。
（四）人道教
孔德与同时代的激进派不同，支持社会的安定和秩序，并认为宗教是社会秩序的主要支柱。因为宗教使人在感情上与社会认同，克服自我中心主义，培养人的利他主义倾向。人们常常谈到孔德思想的自相矛盾处，他既强调进步又支持秩序，他鼓吹的科学精神照理说与宗教也是矛盾的。从实证主义的观点来看，宗教诞生于人类智力的幼稚阶段，即是神学阶段的产物。孔德既然主张人类向科学阶段的进步，又怎能去皈依旧的宗教呢？于是他创立了一种新的宗教——人道教，自称为“伟大的人道教牧师，宇宙宗教的创立者”。他的人道教劝人摈弃自私心理、利己主义，代之以利他主义和爱。孔德认为，由于这一宗教并不尊崇任何超自然的神，所以与他的实证主义并不矛盾。人道教还主张女性崇拜，认为女性的同情心和利他主义高于男性的理智和利己主义。有人猜测孔德是把对女友瓦丝的爱转化为对女性精神的崇拜。瓦丝早逝，人道教甚至以她的墓地为宗教圣地。孔德一生贫困拮据，靠私人授课生活，创立人道教后则靠追随者的资助维持生活。他甚至天真烂漫地为他的乌托邦制作了新历，用历史上的科学家、哲学家、智者来为每一天命名，以取代基督教日历上圣徒的名字。
无论在后人看来孔德的人道教与他的实证主义是多么不协调，他自己却似乎一点也感觉不到其中的矛盾。在他后期的代表作《实证主义政治体系》一书中，有一章专门论到人道教，其中主要篇幅论述了人道教与实证主义是相互一致而并无矛盾的。他首先指出人道是实证主义的归宿，又直言不讳地说，他的实证主义是基督教的后继者并且超越了它。由于人道教以他的实证主义为原则，他事实上把实证主义变成了一种新宗教。他强调自己的新宗教——人道教对艺术、科学的发展比起基督教来是更加有利的。为什么要成立这种新宗教呢？因为世俗权力需要由“精神权力”来加以改善，“精神权力”的作用是研究和传播真理，用劝导而不是强制的方法来统治人。人道教是孔德乌托邦中的精神原则，而社会学家是他的新秩序的指导者，他们指导工业家和政府领导人这些掌有世俗权力的人，使之服从于科学知识和精神原则的指导。人道教就这样同实证主义统一起来，成为孔德的新社会、新秩序的最高精神原则。
如果说孔德社会学思想最有价值的内容在于将科学与神学区分开来，那么他的人道教却给这一贡献大大打了折扣。这种把实证主义的科学精神与伦理宗教夹缠不清搅作一团的做法正犯了现代科学精神的大忌。仁爱和人道的精神绝非无足轻重，但是把科学问题与伦理问题区分清楚是一切科学家遵循的基本原则。看来人不可能完全脱离环境的影响，十九世纪法国的浓厚宗教气氛也许使孔德不能够想象一个没有宗教的世界，因而一定要创造出一种新宗教来填补他的理论所造成的这方面的空白。
这里用得着美国著名社会学家米尔斯（Mills）在介绍社会学经典作家时说过的一段话，他说：“这些经典社会学家的一个共同特点在于，尽管他们的学说后来往往被证明是错误的或不完善的，但是由于他们的著作及其著书立说的方法能够揭示出某些重要的社会性质，其思想至今对我们来说仍是有价值的。”这一评价对孔德来说也是极适当的。
