两宫垂帘听政后，奕訢以皇室中的有功人员被封为议政王，食亲王禄双份，总领军机处，成为事实上的摄政王，权倾当朝。恭王府成了京城里除皇宫外的第一府第。一天到晚大门外车水马龙，冠盖如云，王府支出浩繁。这时，任过总督的岳丈桂良给女婿出了个主意：收门包。并说地方上的督抚衙门、两司衙门乃至府道衙门莫不都如此，否则，应酬的开支从哪里来？奕訢接受了这个建议。这样一来，王府增加了一笔很大的收入。但时间一久，弊端也越来越大。大家都出门包，门包就有了数量大小之别。数量大的先得接见，数量小的往后挪。有的外官为了早得接见，不仅出门包，且贿赂门房，门房又乘机敲榨。到了后来，见一次奕訢，甚至要交一千两银子的门包。这样一来，京师物议甚多。有次，安德海有要事要见奕訢，门房不认识，开口便要他拿三百两银子出来。安德海说他是宫里的，门房说宫里的也要出。安德海不便说出慈禧的名字，只得打出三百两银票。过一会儿，门房出来说：“恭王事多，安排在五天后接见。”
安德海急了：“烦你再去通报一声，就说有要紧事，请恭王务必在百忙中见一下。”
门房笑嘻嘻地说：“那好，既有要事，再拿两百两出来吧，作特急安排。”
没法子，安德海咬紧牙，又拿出二百两来。
就这样，安德海见一次奕訢，用去了五百两银子。他气不过，将此事告诉了慈禧太后。慈禧心里颇为不悦。
御史蔡寿琪得知官员们对恭王府收门包一事普遍不满后，向太后、皇上告了一状。慈禧将折子给恭王看。恭王看后，追问是谁上的。慈禧告诉他是蔡寿琪，奕訢脱口而出：“蔡寿琪不是好人！”慈禧听后皱了皱眉头。
奕訢既以摄政王自居，每议及军国大事时，便常常发表与慈禧观点不同的言论，而且侃侃高谈，引经据典，头头是道，慈禧辩不过他。她心里嫉妒，深怕自己被架空。平时在后殿议事，时间一久，太监除给两宫太后上茶外，也给奕訢上一碗茶。有次太监忘记上茶了，奕訢讲得口干，顺手端起慈禧的茶碗一饮而尽。喝完后，奕訢才知拿错了，忙赔罪。慈禧一笑置之，然过后想起，心里不是味道。
后来，奕訢鉴于军费支出大，提出裁抑宫中开支的建议，慈禧同意了。她想到裁抑的是别人，不会到自己的头上来。一次，安德海到内务府去领餐具。管事的太监说，奉恭王命，太后的餐具一个月发一次，早几天才领过，这次不能发。安德海不作声。第二天御膳房给慈禧开餐，端上来的盘盘碗碗全是缺边裂口的。慈禧惊问是何缘故，安德海为泄私愤，添油加醋地说了一大堆恭王如何克扣等坏话，慈禧听了很生气。
就这样几件事情，慈禧把它联系起来，暗自思考了很久。她认为奕訢为皇帝的亲叔叔，又在辛酉年起了扭转乾坤的作用，见识很高，才干超群，受到内外上下的普遍尊敬，且又这样胆大骄傲，不把她放在眼里，要不了多久，他会把她们母子当作傀儡，玩弄于股掌之中，到时候，甚至会把孤儿寡母赶下去，自己做起大清王朝的皇帝来。他是道光帝的亲儿子，当皇帝名正言顺，而自己弄的这一套垂帘听政，本是祖制所不容的。慈禧越想越觉得可怕，必须先下手为强！这个处事果决、心狠手辣的女人于是先动了手。她加给奕訢的罪名是贪墨受贿、目无君上、诸多挟制、暗使离间。一纸诏命，将奕訢所有的职务全部剥夺干净。
从本质上来说属于懦弱型性格的奕訢，骤然遭此重大打击，措手不及。他想起三年前的那场大变动，想起肃顺、载垣、端华的被杀，想起执政三年来这位太后的手腕，他意识到自己不是她的对手，要保全权力地位，唯一的出路是真正彻底地跪倒在她的脚下，顺从她的旨意。趁着慈禧三十大寿的机会，他投其所好，送了一份重礼：一整套法国进口的妆具和一双绣花鞋，那双鞋子上每只都缀着一颗径长一寸的东珠。管事太监告诉慈禧，光这两颗珠子就不下于五十万两银子。慈禧对这份重礼满意，她今天就穿着这双举世无匹的绣花鞋，眼睛望着鞋尖上的珠子，一边欣赏，一边思索。
罢了奕訢职务后不到几天，以惇亲王奕誴为首的满蒙亲贵、以军机大臣文祥为首的文武大臣便不断上折为奕訢说情，认为他功大过小，不应受此严惩，且国步维艰，正赖他砥柱中流，罢掉他，于国家大不利。甚至慈安太后也来讲情了，说我们姊妹终究是女流，天下还得要靠爷们支撑着。慈禧对王公大臣的说情置之不顾，尤其对慈安的话气恼。她嘴里不说，心里鄙夷慈安没出息：“女流又怎么样？女流就不能做事业吗？武则天不是女流吗，有几个爷们赶得上她？我就是要让他们看看圣母皇太后的本事！”
心里虽有这个雄心壮志，但两个多月下来，御政不久的慈禧太后深觉自己的能力不济。首先是她的书读得太少了。她亲手拟的那篇罢恭王的诏命，短短的两百来字，错字白字就有十多处，她自己不知。半个月后，妹夫悄悄告诉她，她羞得满脸通红。臣子们上的奏折，只要一涉及冷僻一点的历史典故，她便不懂，又不好意思下问军机处，许多奏折她常常似懂非懂。再就是对六部官员，对地方上的督、抚、两司、将军、都统等重要官吏的出身资历、才学品性，她都缺乏了解，对于他们的迁升处置，她常常拿不定主意。尤其令她难堪的是，凡有关军事方面的奏报，她几乎不能置一字可否。她深深感觉到，作为一国之主，她欠缺的太多了，她的细嫩的肩膀远不能挑起这副破烂而沉重的担子。这么多人对恭王罢职不满，也使她意识到自己目前的威望，还不到使臣僚们诚惶诚恐、畏之懔之的地步。三十岁的慈禧比后来的老佛爷幼稚得多，但也明智得多。她清楚地看到：自己还需要学习，还需要培植党羽，树立权威，而在这个过程中，是要有人替她把这副担子挑起来的。环视皇室四周，先帝的兄弟们，惇王奕誴愚憨、醇王奕譞浅薄、锺王奕詥放荡、孚王奕譓年纪还小。再看近支王族中，也无一才干突出之人。比来比去，再无人超过奕訢了。
慈禧太后近来的心绪很好。这是因为，一来她对曾国藩所施加的一诬二揭三逼，旨在促使其加速裁撤湘军的手腕，完全收到了预期的效果。曾国藩自己的奏折报告湘军正在一批批地遣散，富明阿、德兴阿的奏报也予以证实。她放心了。二是沈葆桢报告，他的部下席宝田活捉了小天王洪天贵福，请求押来北京献俘。这两桩喜事都为她的三十大寿大壮颜色。再加上奕訢自己的表现，诸多因素的综合，使得慈禧决定宽免奕訢的过失，重新起用。
“六爷，先帝在日，常常在我面前称赞你的忠心和才干，我们姊妹对你是完全相信的。先前的过失，既然已经认识了，今后不再犯就行了。皇帝年幼，我们姊妹阅历也不够，往后还要靠六爷多多辅佐。”
这分明是要再起用的话，奕訢又惊又喜，连连磕头，说：“太后宽宏大量，臣肝脑涂地，不足以报。”
“自家手足，不必说这样的话。”慈禧的话很恳切，声调也恢复了过去的亲热，“有几件事，六爷帮我们姊妹拿个主意。”
“请太后示下。”
“江南方面，最近有两件大事。一是曾国藩裁湘军。他折子上说要裁去九成，甚至可以一个不留。二是沈葆桢抓了伪幼天王，他说要押来献俘。这两件事，六爷谈谈你的看法。”
“太后，”奕訢思索片刻后禀道，“江宁攻下不久，曾国藩便立即着手裁军，足见曾国藩对太后、皇上忠心耿耿。此人乃宣宗爷特意为先帝破格简拔的重臣。宣宗爷和先帝都看重他既有才干又有血性，故而畀以重任。他果然不负所望，创建湘军，历尽十余年艰难，平江南巨憝。现在他又不居功自傲、拥兵自重，主动裁军，正是千古少见的忠贞之士，人臣之楷模。太后、皇上宜大力表彰，以培风气。倘若所有带兵的将帅都效法曾国藩，则祖宗江山将固若金汤。”
“喔！”慈禧点头赞同。奕訢真不愧是曾国藩的知己，短短几句话，句句说到点子上。慈禧想起与奕譞、僧格林沁的合谋，心中不免有点惭愧。是的，奕訢说得好，假若带兵的将领都像曾国藩这样，那真可高枕无忧了，应该大力表彰他！
奕訢接着说：“为了表示太后对曾国藩忠心的酬劳，应当降旨让湘军保留一部分。这一方面表示朝廷对曾国藩的充分相信，同时也是形势所必需。因为长毛尚有余部，淮河两岸还有捻寇，湘军不能全撤。”
“你看要保留多少人呢？”慈禧问，她觉得奕訢的话有道理。
“我看至少要保留三万人左右，太少了不起作用。”
“好吧，就让曾国藩保留三万。”
“基于这一点，臣建议伪幼天王不必押来京师献俘。”
“为什么？”慈禧一时不明白这二者之间的关系。
“伪幼天王是从江宁城里逃出来的。前些日子，左宗棠、沈葆桢等人为此弹劾曾国荃。现在若把伪幼天王押来京师，弄得沸沸扬扬，这不是让沈葆桢大添光彩，而令曾国荃大失脸面吗？太后既然要表彰曾国藩的忠心，同时也就要宽谅他的弟弟的疏失。伪幼天王毕竟只是个小顽童，不能和伪天王相比，可以援石达开、陈玉成、李秀成均未献俘的先例，命沈葆桢在南昌就地处决算了。”
“就依你的意见办。”慈禧明白了个中关系，爽快地答应了。
“还有一件事，户部奏请按旗兵、绿营例，命湘军将十余年的军费开支情况逐项禀报，以凭审核。六爷看如何办理为好？”
“太后，户部这是无事生事。”奕訢断然答道，“湘军既不是朝廷经制之师，就不能按旗兵、绿营成例。十多年来，湘军军费大部分都是自筹，朝廷所拨有限。自筹的经费，何必去管它的开支！且这些湘军将领，起自闾里，从未受过朝廷的正规训练，说不定根本就没有保留过往来明细账目。这么多年过去了，现在一时叫他们逐年逐项申报，这不是给他们出难题吗？再说，湘军正在裁撤之时，裁则一了百了，还提这些事做什么！朝廷只希望他们早点裁掉为好。倘若他们借此拖延时日，或干脆不裁，岂不因小失大！”
“六爷说得对！”慈禧由衷赞同奕訢的见解，为了追回几个钱而误了裁军大事，真是得不偿失！她由此更感到奕訢人才难得，遂郑重宣布，“六爷，从即日起，你仍回军机大臣本任，总理军机处。”
奕訢先是一喜，忙磕头：“臣奕訢谢太后圣恩。”继而又想：“议政王”头衔为什么不还给我呢？是无意疏忽，还是有意扣留？正在乱想时，慈禧已下令了：“你跪安吧！”
奕訢颇为失望地磕头，托起三眼花翎大帽，面对着黄幔帐后退。刚走到门帘边，正要转身出门时，又传来慈禧的声音：“六爷。”奕訢连忙站住，心想：一定是太后记起了我的“议政王”，要还给我了。忙跪下，答道：“臣在。”
“曾国藩奏江南贡院即将建好，定于十一月初举行甲子科乡试。江南乡试中断了十多年，今年恢复，是一桩大事，主考、副主考放何人，你与贾桢、倭仁等人商量一下，看着办吧。”
“是！”奕訢怅然答道。
