当时，抗战胜利不久，地面交通不畅，为前往京沪等地，中国通商银行以办理公务为名，为清理接收人员申请优先乘机权，并于9月22日获得财政部批准。
抗战胜利后，经济重心东移，致使内地一些地方繁华顿失。在此种情况下，中国通商银行一面在内地裁撤一些分支行，一面积极着手在东南一带恢复机构。1945年9月20日，通商银行总行命令东关分理处和平凉办事处分别撤并西安分行和兰州分行；10月4日，命令威远寄庄归并自流井支行；此后，宝鸡、天水两办事处也裁撤。
由于抗战后期沦陷区国民政府的“法币”被日伪发行的“中储券”取代和驱逐，为了准备东南各分支行的恢复工作，中国通商银行在派员前往上海时，同时让工作人员携带了巨额的法币现钞。
在向国民政府请示、获准各种手续后，1945年10月8日，骆清华率同三人前往上海。
10月15日，中国通商银行在上海外滩、爱多亚路、南市、霞飞路的分支行同时复业。
10月25日，通商银行又呈请财政部，准其恢复南京、无锡、苏州、杭州、宁波、汉口以及厦门等地各分支行业务。此后，又呈请在天津设置分行。
12月5日，通商银行又呈请将总行迁回上海。次年（1946年）春，通商银行总部由重庆迁回上海。
退还官股风波
在抗日战争、解放战争期间，通商银行发生了两次“退还官股风波”，这也加剧了通商银行的衰落。
第一次退还官股风波，发生在抗日战争期间。
1937年5月，国民政府完成了对中国通商银行的“增资改组”，之后不久，抗日战争爆发，通商银行沦陷区的放款业务次第停滞；雪上加霜的是，1941年12月“太平洋战争”爆发后，通商银行在沦陷区的房产悉数遭到日伪劫持，无法变卖转移；而1942年通商银行总行内迁后，在内地的业务也一时难以打开局面，资金周转时为不灵。
通商银行自身经营已经捉襟见肘，国民政府却仍是步步紧逼。1943年，国民政府旧事重提，要求通商银行与四明商业储蓄银行、中国实业银行三行清缴所欠发行准备金。据中央银行发行局的存账，此时中国通商银行欠缴发行准备金总额为2400余万元。
对此，通商银行自然是力不从心。1943年10月28日，通商银行呈请财政部体谅其实际困难，请求战事结束后再行缴纳上述准备金。但是，这一请求没有得到允准。
无奈之下，通商银行的管理者想出了“退还官股”反制国民政府的办法。1943年12月18日，通商银行会同四明商业储蓄银行和中国实业银行，联名呈请财政部，要求将官股如数退还，并同步扩充商股，以便新旧股东合力偿还欠缴的准备金。
财政部自然明白三家银行的用心，1944年4月10日答复通商银行，要求通商银行尽快一次性以现金缴清所欠的发行准备金，至于官股退让一节，则须等欠缴发行准备金缴清后再行办理。
三家银行于是一再请求，表示除此之外，再无别的办法可以缴清欠款。财政部只得表示同意，于1944年6月22日复函，一方面表示要适中保持政府对三家银行的维持状态，一方面则同意将官股收回，但同时也要求三行必须于10月前缴清欠款。
得到财政部的同意，三家银行迅速行动，招揽战争大后方有实力的人士承买国民政府的官股，并按股份比例分担、垫缴旧欠的发行准备金数额，迅速将国民政府的官股缴还。
1944年6月24日，中国通商银行将所欠2400余万元开具本年8月和10月底期、本票各一张，函送中央银行发行局，并要求提回收押于中国银行之保证品。中央银行发行局收到款项后，给通商银行开具了收据，至于保证品，当时由于战争被留置于上海，则必须等抗战胜利政府、银行返回上海后，再由中央银行发行局向中国银行提回，然后中国通商银行才能向该局提取。
“退还官股”刚刚有了初步结果，旋即却遭到指责。
1944年11月3日，国民参政会驻会委员会举行临时会议，针对中国通商银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行退还官股一案，参政员钱公来“激昂陈词”，提出多项质问：各该行商股原有多少？退股数额照最初投资额还是按各该行现时资产计算？如按该三行现时资产计算，则事前是否曾让专家清查各该行资产？如按最初投资额退出，政府之损失谁负其责？官股退出后空出之股额如何处置？各该行负责人是否有权作出决定？
最后，钱公来等五名参政员联名提议，政府应退还三行期票，撤销原案，并彻查承办人。
会上，对钱公来的质问，财政部一一予以答复，并最后表示，退让官股一案，现已告一段落，今后该三行关于变更组织、修改章程各事项，自应由它们依照法令程序，分别召开股东大会办理进行，凡此均属该三行本身之事务，财政部可不赘答。
财政部的答复，没能令钱公来等满意。钱氏敦请财政部长俞鸿钧将全案经过公开，公诸舆论。俞鸿钧表示：“财政部必有一处理办法，以满意各参政员之希望。”俞氏的此番表态曾获得各参政员的鼓掌。
经过讨论，最后财政部决定撤销收回三银行官股之原决定，并据此于1944年12月20日召集该三行负责人会商，要求其自动撤退请求，今后仍为官商合办。
经历此次波折后，三家银行还是继续请求退回官股。最后，1945年1月3日，行政院代理院长宋子文约集财政部长俞鸿钧及三行负责人进行会商。
会商中，宋子文指出，三行留存于沦陷区之资产目前情形不明，无法清算，无以驱除社会之误会。他提出，三行退回官股股款由财政部交还三行，而三行仍将股据缴还财政部，恢复官商合办原状，等将来抗战胜利后，财政部再与该三行洽商退还官股办法。
宋子文的提议得到了三家银行的同意。
1945年1月6日，财政部将三行退回之官股股款交还三行。由于三行在1944年6月清偿欠缴发行准备后资金周转困难，财政部令中央银行发行局拨给三行月息1厘的低息贷款予以接济，借期为六个月，以三行原缴存之保证品作抵，并以财政部作为承还担保者。
1945年2月16日，中国通商银行向中央银行发行局押借2437万元。同年8月10日，借款将届期满，通商银行又会同四明商业储蓄银行、中国实业银行联呈财政部，请求将借款展期半年，19日获得该部允准。
第二次“退还官股风波”，发生在解放战争期间。
1945年8月抗战胜利后，经过复员调整，中国通商银行、四明商业储蓄银行和中国实业银行联合中国国货银行，按照1945年1月宋子文关于战后退还官股的提议，向政府提请按净值收回“小四行”官股。
国民政府立法院对此进行了讨论。1947年1月14日的立法院会议上，立法委员张肇元认为国家银行与商业银行须划清界限，对当时银行界不官不商、亦官亦商之情形深表不满。一方面，他认为国家银行中的少数商股，实无继续容其插足之必要；另一方面，政府也不应插足于商业银行。因此，他主张“小四行”中官股须全部退出。
除了张肇元的意见外，立法院还存在另两派意见，一派认为“小四行”仍需有官股加入，另一派则认为应暂时维持原状。
最后，此次立法院会议决议，将“收回‘小四行’官股案”再次交付立法院财政、经济两委员会审查。
1947年3月21日，立法院财政、经济两委员会召开联席会议，对此案进行讨论，并召集该四行负责人列席会议提供意见，中国通商银行派总行协理骆清华参会。
这次会议经过反复开会讨论，最后的结论是：原则上“小四行”之官股决定退出，并由政府出售，但由于原来官股票面价值很低，与现在实际价值相差甚大，此时究竟如何计算，在技术上尚有待研究。
对于政府应如何处置官股问题，1947年7月18日中国通商银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行三家银行联呈财政部，表达了三点意见——
其一，官股退出部分应予旧股东以优先认购权。他们特别强调了旧股东在当初改组中忍受最低折扣之牺牲，及其此后在银行资产中的贡献，指出，当时政府所加入之官股，系以复兴公债交存于各行库中，从未运用生利，而改组后各行实际资产较之1935年并无增加，换言之，各行现有资产仍为旧商股股东血本之结晶。
其二，官股退出额应为政府前颁之原额复兴公债，以示政府维护金融暨不与民争利之立场。
其三，退一步为充裕国库收益而言，所有各行资产净值照实际估算结果，官商股按股平均升值，政府再将升值后之官股退让，由商股股东优先承受。三行指出，政府若不如此，而是贸然将升值后之官股投向市场拍卖，使投机资本混入三行而主宰一切，则舆论将会认为政府是乘人之危，以复兴公债为钓饵，假维持之名，行鲸吞之实，则“天下汹汹，无有已时”。
三行的此次呈文由财政部于1947年8月14日转呈全国经济委员会。同月18日，行政院致电财政部，转达蒋介石的批示，“此时不宜出售小四行之官股”。
至此，中国通商银行等第二次“退还官股风波”告一段落，而这些银行摆脱国民政府控制的努力也就此失败，其性质也就维持着“官商合办”的性质。
本章尾声
尽管通商银行在国统区的业务得以次第恢复，但是动荡的国内局势并没有给它留下更多的发展空间。抗日战争胜利后不久，1945年8月开始，国民党发动全面内战，战争持续四年多，直至1949年9月以中国共产党的胜利告终。
在四年多的内战中，国统区尤其是金融中心上海，国民政府统治下的经济发生恶性通货膨胀，濒临崩溃，金融体系更是处于崩溃的边缘，银行正常业务难以开展，而负责通商银行接收、清理、恢复工作的杜月笙、骆清华等人，则利用动荡的时局想方设法抽逃资金，国民政府也无暇顾及，通商银行再无振兴的可能。
因此，到上海解放前夕，通商银行除一些房地产以外，只剩下一个有名无实的空架子。
1949年5月27日，人民解放军解放上海。上海解放后，解放军迅速接收国民政府在上海的资产，国民政府控制的“大四行”及“小四行”滞留在上海的资产均被接收。
1949年10月1日新中国成立后，人民政府按照1948年中国人民政治协商会议第一届全体会议通过的《共同纲领》，对官僚资本银行进行了接管，并分不同情况进行停业清理或改组为专业银行；将国民政府官商合办的四家银行改组为公私合营银行；对私营银行则进行整顿和改造；还取消了在华外资银行的一切特权，并禁止外国货币在国内流通。
而在此过程中，通商银行的官僚资本部分作为公股，被改造成为公私合营银行之一，1951年5月，通商银行同新华信托储蓄银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行、建业银行等四行在金融业内首先组成联合总管理处，1952年12月，通商银行和上海其他59家私营银行、钱庄和信托公司一起组成统一的公私合营银行，成为社会主义金融事业的组成部分。
