而与此同时，一群侠客活动在张居正、高拱和徐阶之间。有一个叫吕光的，因为看到徐阶的儿子被正法，要发配充军，而自己又曾经得到过徐阶的帮助，于是想借此机会还个人情，特地赶来找张居正，让他看在徐阶曾提拔栽培自己的分上，站出来说句话，帮徐阶一把。但此时的张居正既不好推辞，又怕自己帮了徐阶又会得罪高拱
于是，他顺手把这人推给了高拱，却把自己晾在一边的做法。让他去找高拱求情。他顺便捎话希望高拱能复出，高拱还朝，执掌边防大权
徐阶在扳倒严嵩之后，立即重新整合了一下官场，选拔了许多自己信得过的人。他先让自己的同乡胡应嘉做了吏科给事中，又让与自己有相同爱好，都喜欢程朱理学的欧阳一敬做了兵科给事中。明朝实行六部六科并行的制度，六科牵制六部直接对皇帝负责，而各科的给事中虽然只是七品小官，但因为要直接向皇帝负责，他们的每一句话都成为皇帝的重要决策依据。尤其是用人及官员考核这一方面，给事中能起很大作用。
另外，徐阶先后调了几人入阁，但那几位都称病婉辞。不得已，徐阶又将裕王府里的高拱和张居正调进了内阁。而这两个人都是嘉靖皇帝的儿子裕王的老师，曾经做了长时间的同事，已经培养了很深的感情，这是徐阶万万没想到，也不愿看到的。
严嵩之所以猖狂，就是因为仗着嘉靖皇帝的宠爱。而此时的嘉靖皇帝已经奄奄一息，他不仅不问政事，而且从来不许提立储的事情，这使得朝廷上下对嘉靖之后皇位到底花落谁家都举棋不定。对严嵩的弹劾也是朝廷内部对嘉靖的一次投石问路，在新旧交替之际，一朝天子一朝臣的历史循环又要重新开始。虽然嘉靖还在，但他的宠臣已经被弹劾下去了。不光是因为人们被压抑得太久，找到了一丝发泄的机会，更因为一件事情使得朝廷大臣们对未来的把握更加准确。在嘉靖还没有驾崩时，他仅有的两个儿子之一景王就于嘉靖四十五年（1666年）去世，他也没有儿子，这一支就算断了线，与争夺王位已毫无牵连了。下一任皇帝非裕王莫属，一向门庭冷落的裕王府顿时热闹起来了。而做过裕王老师的高拱和张居正一下变成朝臣争相拉拢的香饽饽，一向善于察言观色的徐阶正好借着自己首辅的位置，做个顺水推舟的人情，把高、张二人提前提进内阁当然是顺理成章的事了。
张居正刚入内阁不久，嘉靖皇帝就去世了。徐阶为了牢牢掌控政权，正好想借皇帝去世大做文章。他把自己一手提拔起来的张居正请进皇宫，两人秘密拟定了皇帝遗诏，全文如下：
朕以宗人入继大统，获奉宗庙四十五年。深惟享国久长，累朝未有。乃兹弗起，夫复何恨！但念朕远奉列圣之家法，近承皇考之身教，一念惓惓，本惟敬天助民是务，只缘多病，过求长生，遂致奸人乘机诳惑，祷是日举，土木岁兴，郊庙之祀不亲，明讲之仪久废，既违成宪，亦负初心。迩者天启朕衷，方图改彻，而据婴仄疾，补过无由，每思惟增愧恨。
盖愆成昊端伏，后贤皇子裕至。仁孝天植，睿智夙成。宜上遵祖训，下顺群情，即皇帝位。勉修令德，勿遇毁伤。丧礼依旧制，以日易月，二十七日释服，祭用素馐，毋禁民间音乐嫁娶。宗室亲、郡王，藩屏为重，不可擅离封域。各处总督镇巡三司官地方攸系不可擅去职守，闻丧之日，各止于本处朝夕哭临，三日进香差官代行。卫所府州县并土官俱免进香。郊社等礼及朕祔葬祀享，各稽祖宗旧典，斟酌改正。
自即位至今，建言得罪诸臣，存者召用，殁者恤录，见监者即先释放复职。方士人等，查照情罪，各正刑章，斋蘸工作采买等项不经劳民之事悉皆停止。于戏！子以继志述事并善为孝，臣以将顺匡救两尽为忠。尚体至怀，用钦未命，诏告天下，咸使闻之。
其实，这里面的内容全是徐阶和张居正为了自己的需要而随意写进去的，嘉靖皇帝怎么会突然临死时醒悟呢？但广大老百姓信以为真，都拍手称快，有的地方甚至放鞭炮以示庆贺。不久，裕王朱载垕继位称帝，史称明穆宗，年号隆庆。但这位短命的隆庆帝在位仅6年就去世了，当时才36岁。他短暂的继替不仅加剧了朝廷内部斗争的势头，而且也引起北部蒙古遗部乘机加紧勒索大明朝廷。内忧外患一时齐聚，张居正避开了斗争复杂的宫廷，转向处理边疆事务。在此期间，他提用好多武将，在文人当政把权的大明朝廷开辟了一个新的阵地，并随着边疆事务的吃紧，使自己成为真正的实力派。
为了表示拉拢也顺便向人们展示一下自己取贤用能的形象，徐阶在把自己的门生张居正收进内阁时，也把沉寂多年的高拱请进了内阁。但对这个老资格的新任皇帝的老师，他多少有些不放心。而高拱自己也不是一般的教书先生，他也有自己的想法，很想干一番大事，对权力的渴望是不言而喻的。从甘愿在裕王府里煎熬等待就可以看出他的耐力和眼光都是不一般的，面对徐阶私自立遗诏，同是内阁成员，只请张居正，他希望利用资格更老、谋略更胜一筹的高拱为他赶走赵贞吉。，高拱的内心很是不爽，他此时已经给徐阶暗记了一笔。
老谋深算的徐阶还没等到高拱坐稳，就想先下手为强，找个机会把他踢出内阁。但他又不愿意直接出面，便把自己提拔的一些下属推到前台。一时间，本来是新皇帝上任的整顿吏治，变成了徐阶和高拱的党同伐异之争。徐高二人虽然同在一朝皇帝身边做官，但性格嗜好各方面差异极大，政见也颇不相同。高拱比较传统，自称儒官，抱着四书五经的教条死不放手，对于明朝的朝政，他的看法是法令不行祖制被变所致，所以强烈要求加大严刑苛法，主张复古。而徐阶则学历较浅，不愿深究典故，只注重解决现实问题，对程朱理学尤其是刚刚兴起的王氏心学情有独钟，以他为代表的大部分官员都侧重随时应变，主张从改革吏治开始革新变法。由于政见不一，而眼前问题又日渐深重，北方骚扰不断，南方倭寇常来，不管是谁都想马上独揽大权快速执行决策。这就进一步加剧了徐高二人争斗的激烈程度。
首先向高拱发难的是徐阶的老乡吏科给事中胡应嘉，声称高拱不贤不孝，嘉靖皇帝病危期间，他不顾皇帝安危自己忙着搬家。高拱无话可说，难以辨驳。但他树大根深，胡应嘉一般的弹劾丝毫撼动不了他的位置。但这也使他加强了警惕，马上着手拉拢自己一边的人对徐阶进行反攻。平时深居裕王府远离朝政的高拱，远没有早就做了礼部尚书，在官场混了很久的徐阶的人脉多。为了增强自己的支持力量，他精心抛出了一个南北之争的口号，声称徐阶是南方人，号召北方的官员站在他这一边。
终于，机会来了，六年一次的京察马上开始了。高拱乘机联合主持京察的吏部尚书杨博，降黜了很多偏向徐阶一边的御史和给事中，而且这些人大多是南方人，自己的同乡没有一个被贬黜的。这使得其他御史和给事中都很不满，此时胡应嘉又一次站出来，上疏弹劾杨博，说他包庇乡里，办事不公。
京察是明朝考核官员的一种制度，考察对象是五品以下的官员，主要由吏部会同都察院及各堂上掌印官共同考察。这个考察结果是要进入史书的，喜好名誉的官员们很重视这个。谁要是受到察典被记入“黑名单”，那将是终身的耻辱。而五品及以上的官员全都由本人自己述职，由皇帝决定去留。同时，各科给事中可以提出对这些官员的举报，称“京察遗拾”。也就是在考察下品官员的时候也注意找一些上品官员的把柄，并把它们交给皇帝作为考核这些官员的参考。和一般的大臣之间的弹劾不一样，“京察遗拾”并不负余外的责任，也就是所述并非事实时皇帝并不追究责任。但如果并非属实或皇帝没有采纳，总之一旦言官们的“京察遗拾”没有发挥作用，他们可就得罪那些五品以上的大官了，自己的日子也不会好过。所以，这一招一般的各科给事中都是不会轻易使用的。党同伐异之风特别严重的明朝官场使用最多的手段还是弹劾，但为了防止过度争执，明朝法律规定如果弹劾无效，提出弹劾者就要接受廷杖处罚。就是同意大家互相告状，但如果谁诬告了对方就要当庭被打屁股。这种惩罚措施是用于对名誉极度重视的群体的，只有在古代特别讲究名声面子的官场才能发挥效应。
杨博是吏部尚书，吏部受吏科的牵制是既定的规矩，也是吏科的职责，胡应嘉有权干涉并向皇帝禀报杨博的任何行为。但是，既然杨博早有包庇乡里的嫌疑，作为监督他的人，你胡应嘉为何早不向皇帝禀报呢？为何等着奖罚措施已经出来了才说杨博办事不公？到底是另有图谋还是你自己的失职？胡应嘉万万没想到自己的这一弹劾不仅对杨博及高拱的党羽没什么损失，倒把自己给套到里面进退维谷。这也引起了刚刚主政的明穆宗的警觉，他亲自参与此事并授权让内阁处理这个问题。
这次高拱紧抓时机，暗中鼓动他的同乡郭朴对胡应嘉进行弹劾，声称胡应嘉身为吏科给事中，却不守规矩，没起到监视的作用，还想利用自己的权力党同伐异。这根本就是对皇上的不忠，应当革职查办。而以胡应嘉为代表的各科给事中，在明朝的官制中虽然没有实权，但却起着主导舆论的作用，号称言官，一言可以更替兴废。平时的京察从来不会贬黜言官，而杨博这次却打破了这个潜规则。他帮了高拱，惹了胡应嘉，给了他们一个下马威，也就等于招惹了这一群人。
徐阶乘势策动其他的御史和给事中，对高拱进行反击。于是，兵部给事中欧阳一敬首先上疏弹劾高拱，说他是一个奸险之徒，不能容人。这件弹劾案无疑与胡应嘉弹劾杨博一样，让一心想掌管朝政大权的穆宗很是恼火。他让徐阶负责处理此事。为了表明自己并没有拉帮结派，徐阶马上将自己的门生胡应嘉调离北京，发配到地方上去任职。
这样一来，不仅胡应嘉没有被革职，高拱还要面对欧阳一敬等一伙人的继续弹劾。高拱也很是恼火，又使劲反驳。徐阶此时左右为难，弄不好自己不仅赶不走高拱，反倒有可能被想自己主导政权的穆宗给发配回家。他赶忙一边安抚高拱，同时斥责言官希望他们适可而止。但高拱却不满意，他坚决要求把诬告自己的言官进行廷杖。老谋深算的徐阶知道言官们的厉害，他当然不愿为了高拱的面子而得罪言官，于是坚决拒绝将弹劾高拱的言官进行廷杖。这使得作为皇帝老师的高拱觉得很没面子，而且穆宗也感觉很不是滋味，自己做皇帝，却要看着自己的老师被言官们弹劾诬告。高拱正是看着有皇帝撑腰，于是又发动自己手下的御史齐康上疏弹劾徐阶。这引起了被徐阶护佑的那些言官的愤怒，他们又一起出动，痛斥高拱借着资格，要独断专权把皇帝架空。
为了避免朋党嫌疑，北京的言官不好直接告高拱的黑状。他们借着平时的文友诗社关系，拉出了南京的言官，联名给高拱来了个“京察遗拾”的处分。因为明朝实行南北两都的制度，在南京也有同样的一套朝廷班子，这边的人一般是些闲职，对北京起监察作用，大多是被贬职但因资历老，不能贬得太低就放到南京来了。所以，他们从来不怕得罪人。只要需要，他们对谁都可以提出“京察遗拾”。
迫不得已，高拱只好称病辞官，回家休整。但他并没有忘记和徐阶的恩怨。在回家之后，他注重与南京的官员来往，正好发现海瑞在应天府的任上，而应天府管辖徐阶的老家松江。徐阶虽然做官清明，但他的儿子在民间为非作歹，而且徐阶自身也囤积了大量土地。高拱搜罗了好多证据后，又准备让海瑞弹劾徐阶。
没过多久，还没等到高拱弹劾，徐阶就被皇帝贬官回家了。年轻的穆宗想自己主导朝政，当然不想让一个呼风唤雨的臣子活跃在自己的眼前。加上徐阶主张革新变法的政见，不管合不合用都是强调宗古的皇帝不愿听的，他的辞官是必然的。但史书没有作出具体记载，这就更说明了与皇帝本人的意愿有关。
面对内忧外患，在深宫被冷落太久的朱载垕一当上皇帝就开始进行弥补性的物欲享受，他一即位就要增选民女进宫。这时宫中已有宫女数千，但他认为还不够多。于是，颁发圣旨到民间搜罗美女。民间有一出叫《拉郎配》的戏曲，几百年盛演不衰，说的就是隆庆二年（1568年）朝廷在江南选宫女的风波。 据当时的史料记载，隆庆元年（1567年），江南一带民间盛传宫中要派人到江南选秀女，十名秀女一名寡妇陪送。明代纪实小说《崔鸣吾纪事》写道：“隆庆（1568年）戊辰春正月，民间相传，上遣内官某选浙直美女入御，无问官吏军民之家，敢有隐匿不赴选者，罪！邻里知而不举首者，同罪。于是有女者急于求售，年资，长幼，家世，贵践皆所不论。自京口（今镇江市）至苏、松、嘉、湖诸郡，旬日间，无分妍媸，婚配殆尽。”凡是九岁以上的女性，不论贫富美丑，都是候选的对象，其搜罗范围之广，囊括了所有未婚嫁的女性。一些家庭害怕女儿被选，进入深宫冷落一生，生死难卜，都抢着要把女儿赶紧嫁出去。连寡妇也害怕陪着宫女被送入宫中，也都争相再醮。一时找不到夫家的，走到街上见到男性就抢。传说有一个富翁雇了一个锡工在家打造锡器，一天夜里，这名锡工突然被叫起来说：“急起！急起！可成亲也。”这锡工在睡眼朦胧中，被拉到大堂上披红戴花，与富翁的女儿成了亲……这大多是后来人们杜撰的，但仅仅在位六年的穆宗朱载垕能在民间有这么一段戏剧性的插曲，足以证明这个皇帝当时是多么荒唐。他的荒唐成就了想象丰富的戏剧家，也成就了想一心干大事的政治家，他的老师张居正能有如此的皇帝学生也算是很幸运了。
对于朝政，朱载垕只知道独揽大权，但具体的操作却一概不知，只能请教自己的老师张居正。在徐阶隐退之后，内阁只剩陈学勤、李春芳和张居正。其余两人都没有多大谋略，也不愿有所作为，只是无所事事，张居正正好想利用这个机会独揽内阁大权。但没过多久，为了体现自己的仁政，穆宗把因为得罪严嵩而被发配到广西荔波的赵贞吉请进了内阁。因为赵贞吉的资格最老，当仁不让地做了内阁首辅，张居正又一次与权力中心擦肩而过。面对如此个性的皇帝学生，他也是如坐针毡，既想赶紧主政，又怕干预过多遭到像高拱和徐阶一样的下场。
