距离驻地不远的地方沟壑纵横、丛林密布，根据克莱尔将军的分析，敌军有可能是从此处发起的偷袭。民兵被安排在了临近小河的高台上面，他们是作为正规军的预备力量而存在的。克莱尔着手进行了安排，只等哈姆特伦克少校的队伍一到，便马上对印第安人发起进攻。即日，他和福格森少校商议了次日的进攻安排，同时由欧德海姆率领着两队民兵进行巡逻。次日清晨，战士们操练完毕，丛林里便响起了马蹄声，随即一阵密集的枪声传了过来。民兵只是胡乱地开了几枪后，就马上逃到了后面的驻地当中。印第安人跟着这些民兵闯进了营区，那些没有准备的战士被迫用刺刀进行还击。这一战美国军队损失了多达2/3的战士，巴特勒少将阵亡。美国军队在进行反击无效后，由克莱尔率领队伍仓皇出逃了，敌军追击了1英里后才撤了回来。经过此次惨败，令克莱尔不知道怎样回去向华盛顿交差。在他出征前，华盛顿反复告诫他要严防偷袭，没想到华盛顿的预言竟然成了现实。
首届二次国会审议了各州选派议员的议案，依据《美利坚合众国宪法》的规定，每3万人方可选派1名众议院代表。假如严格执行《宪法》的规定的话，一些不足3万人的州就没有办法产生代表，这样也就不能在立法机关中行使本州人民的权力了，因此大家希望能够产生一个新的代表分配办法。参议院根据这些意见做出了新的代表分配方案，具体内容是把全国人口除以3万，这样代表总数便是120名。这120个名额依然按3万比1的比例进行分配，最后把剩余的代表名额分给那些余额较大的州。通过激烈的争论，众议院的意见达成了一致，最后将它转呈给了总统进行裁定。杰斐逊和汉密尔顿的意见在此项法案是否符合宪法的问题上有了一致性，他们都认为该法案的部分地方过于模糊，应该建议立法机关行使解释权。华盛顿综合听取了各方面的意见，通过了深思熟虑之后，确定该法案违背了宪法精神，不予通过。依据宪法的精神，议员代表不应该按照美国的累计人口来计算，而是应该依据各州独立的人口总数来确定。因此，华盛顿便首次动用了否决权。国会最终商定以33万比1的比例来选定代表。
国会争论的激烈程度极大地超过了华盛顿的想象，他痛苦地发现国会现在形成了两大政治派别，同时，舆论界也在煽动激进情绪、推波助澜。当时费城有两家对立的报纸，即《国民公报》和《合众国公报》，它们都站在各自的立场上来对对方的所有建议进行反驳。比如，由弗雷诺主编的《国民公报》，这个报纸除去不攻击杰斐逊赞成的法案之外，对国会通过的任何法案都一概表示反对。损害内阁和谐、扰乱国家安静的政治纷争让华盛顿感到心力交瘁，他感觉管理政府的任务实在太重，真希望撂下这副担子。在此前，华盛顿就公开表明过，一旦总统任期届满，他就会马上退出政坛，可现在距离任期结束还有一些时间，他必须要耐住性子。此时，杰斐逊也流露出了要和华盛顿共同辞职的想法。华盛顿对杰斐逊的这一打算感觉到十分不安，只能劝他不要这样做。至于他自己，华盛顿说自己有很好的理由辞职，当初他就是在他人的恳求下才当选总统的，假如他再接着留任，估算会有人说他舍不得离开总统的职位了。华盛顿真诚地向杰斐逊说，自己已经渐入老年，基本没有什么精力和体力来管理国家了。在当前的情形下，隐退便是自己的最佳选择。
杰斐逊对此表示了深切的理解，但是他也有着个人的苦衷。他说自己当初进入政界也十分勉强，接任内阁职位时便已经下定了决心，总统辞职之日就是我的辞职之时。现在，他对内阁的斗争已经感觉到了厌烦。不过他还是安慰华盛顿说，内阁里的其他人员可没人想要辞职，甚至已经有人开始进行继任的准备了，杰斐逊所说的是汉密尔顿。但华盛顿的看法则是财政部的权力有限，而国务院要管理全国政务，责任十分重大，两个职务不能相提而论。因此，华盛顿的观点是国务卿不能够辞职，否则便会引起极大的震动，有可能会影响到新政府的稳定。杰斐逊借此机会贬低了自己的对手，他感觉自己的不满全部都来自于一个地方，那就是财政部。尽管他对国防部也有不满，不过他感觉到这也是由于财政部的无能而影响到的。他认为，正是因为财政部行使的权力不恰当，才导致了当今社会的道德沦丧。杰斐逊对汉密尔顿大加讨伐，华盛顿对此没有作出任何评论。华盛顿与他谈话的目的只是希望他能够继续留任国务卿，而不是听他来贬低他人。
通过了长时间的思想斗争，华盛顿最终同意参加竞选第二届总统。结果没有什么悬念，大家一致再次选举他为第二届美国总统。民众的爱戴和信赖让华盛顿十分感动，同时，约翰·亚当斯以27票的优势战胜了乔治·克林顿，当选为美国的副总统。尽管华盛顿感激民众的爱戴和信任，但是他也清楚这意味着本人还要在4年之后才能回到弗农山庄，每当想起这些，华盛顿的心中就会感到很不愉快。1792年11月5日华盛顿主持召开了本届国会的最后一次会议，会议开幕时，美国军队和印第安人的战争仍在进行，因此，华盛顿在演讲中表达了自己深切的痛心，他敦促政府全力去平反叛乱。此前，政府曾经派出了两位使者前去谈判，结果均惨遭杀害。在此情形下，政府决心全力对敌人进行征讨，由韦恩任此次远征部队的总司令官。在开幕词中，华盛顿还提到了部分地区的群众借机闹事，反对国家税务制度的问题，他表明要坚决维护法律的尊严，要求当地政府和联邦政府要保持一致。在向众议院发表的演讲当中，华盛顿表明现在的国家财政状态确实有所好转，大举清偿债务的工作真正能够得以进行，他希望财政部可以加紧实施。
华盛顿的演讲得到了参众两院的普遍欢迎，议员们完全同意总统的观点。会议中的财政问题引起了议员们的激烈争论，根据总统的要求，财政部长向大会进行了汇报，议员们对这个报告不置可否，只是共同指责了军队的问题。议员们把军事领域的花费和军队的作为相比较后，得出了常备军是国家负担的结论。华盛顿只是授权财政部筹措贷款，却并没有到财政部听取关于贷款使用的细致汇报。弗吉尼亚州代表率先对财政部进行了反对，他们希望对此事进行细致的调查。汉密尔顿也因此向国会递交了所有的资料，但直到国会闭幕，很多人都依然抓着财政部的问题不放。华盛顿自己从来都不会参与党派之争，这便使他掌握了一些主动权。1793年2月22日是华盛顿的生日，国会决定休会半天，以方便议员们向总统表达表达友情。这项建议遭到了很多人的反对，他们感觉这是在树立个人形象，照此下去会有损自由。华盛顿十分在意民众对他的评价，所以也不同意大家为他过生日。早在第一次就职总统的时候，杰斐逊就对他进行过指责，说他在有意效仿西欧宫廷的礼仪。
总统第二次就职仪式就快举行了，华盛顿因此召开了有关部门的会议，征求大家对就职仪式的意见。各部部长就总统就职一事进行了讨论，最终确定3月4日，在参议院会议厅举行总统就职仪式，同时还简化了很多程序。
这时候的法国白色恐怖仍在进行着，大家在无休止的打杀中度过了整整一周的时间。大屠杀先从200多名牧师身上下了手，接着便是犯罪嫌疑人。因为这些牧师回绝宣读政府颁布的誓词，所以便遭到了杀害。这种事情的出现让杰斐逊感到十分悲痛，同时，杰斐逊还十分担心此事会让法国的雅各宾派失去名誉。在他看来，雅各宾派是共和宪政的支持者，但随后他又发现，假如按照当前的局势继续下去，雅各宾派可能会对君主专制进行复辟。从事实上看，雅各宾派在没有进行任何审讯程序的情形下，斩杀了很多所谓“罪孽深重”的人。杰斐逊因为这些人的被杀而深感悲痛，进行革命需要依靠人民的力量，但千万不能过于盲目。为了自由，很多人都献出了宝贵的生命，这场革命必将决定大家的命运。但是杰斐逊自己不愿意再看到流血死亡的事件出现。
对于这个问题，华盛顿的观点和杰斐逊的不是很一致。他冷静地对法国革命的发展动态进行着观察。10月23日，莫里斯给华盛顿写了一封信，向他叙述了法王路易十六被斩首的经过，意在引起华盛顿的怜悯和同情。莫里斯非常希望法国人民能够得到幸福，但是在当前的恐怖环境里，恐怕每个人都无法安睡。因此，他希望能够有一个英明的政府，把所有奸佞之徒都统统清除干净。
法国的大革命震荡了整个世界，数月后，有消息传来说法国准备和大不列颠进行战争，这让部分美国人高兴不已。美国人正在筹划着该为他们的盟友们提供什么样的协助，很多人的情绪都很激动，主张美国立刻参战。令人欣慰的是，这种冲动只不过是一时的现象，华盛顿有效地将这种危险倾向遏制住了。华盛顿在弗农山庄的时候听说了这一消息，因此，他马上便写信给杰斐逊，让他采取严厉的措施来禁止美国民众参与到这件事情中去。同时，华盛顿还让国会对外宣布美国在这件事情里严守中立。1794年4月19日，才刚赶回到费城的华盛顿立即主持召开了内阁会议，探讨在当前情形下美国应该怎么办的问题。会上决定，严禁美国公民在公海上从事对任何一方的敌对行动；警告美国公民，不得向战争双方违法贩运任何军事物资；不得采取有损与战争国友好相处的行为。直到现在，还没有人对华盛顿的这一决定进行反对。假如参战的话，由于国力不足，美国必将会受到损失。虽然这样，这一决定和一些民众的心情还是不合的，出于对华盛顿的钦佩，他们普遍保持了克制的态度。华盛顿也意识到了自己与政府、民众的意愿不合，但是他却依然严守着中立的政策。因此，他决定不管个人的威望损失有多大，都坚持维护中立的政策。法兰西共和国不久便任命埃德蒙·夏尔·热内为驻美公使，全力争取到了美国政府的支持。热内为人热情奔放，受到过良好的教育。君主制被推翻后，他加入了人民党，变成了一位十分狂热的革命者，是雅各宾俱乐部内的主要活跃分子。莫里斯写信对杰斐逊说，热内此次前往美国的重要任务便是在美国招募300名志愿担任军职的将领。法国人认为，有了他们的支持，本国对大不列颠的战争便可以获得成功。热内的行动很快便验证了这一情报是准确的，热内于1794年4月8日在南卡罗莱纳的查尔斯顿上了岸，很快就乘船去了100英里外的港市。热内的用意已经十分明显。热内没有考虑大使应当遵循的礼仪程序，便不顾自己的身份直接去鼓动美国民众进行参战。来到了港市后，他鼓动美国海军从该港出发，去对大不列颠和西印度群岛之间的贸易来往进行破坏。
直到4月下旬，热内才动身赶往了费城。报纸跟踪报道了他在美国的活动和民众对他表示欢迎的情况，并且还发表了热内的演讲。英法战争在美国的影响很大，美利坚合众国的自由民主精神被焕发了起来。从波士顿到查尔斯顿，所有报纸的每个字里都体现着自由的精神。杰斐逊对热内的评价也非常高，认为他的来到会极大地促进两国关系的发展。汉密尔顿对此抱有不同的意见，他感觉热内不像是一位大使，倒更像是法国政府的一名说客。汉密尔顿坦率地告诫大家，他感觉热内此次的目的很明确，那就是把美国也拉入到英法战争中去。热内于5月16日抵达了费城，以前他在查尔斯顿的行为引起了大不列颠驻美大使的强烈不满，大不列颠大使哈蒙德向美国政府提出了强烈的抗议，但这却分毫不影响民众对热内的喜爱。市民们由衷地对热内的到来表示欢迎，他们自愿组成了庞大的欢迎队伍，聚集在格雷斯渡口等候热内。可令人感到意外的是，热内这次并没有大张旗鼓地露面，而是乘着小艇悄悄地抵达了费城。
7月初，华盛顿庄园的管理人去世了，华盛顿也因此返回了弗农山庄。在弗农山庄逗留的期间，法国战船俘获了大不列颠商船“小萨拉”号，然后又将此船拖到了费城。他们不但处理了英国人，还对该船进行了改造，重新配置了120名船员。这种行为严重违反了美国政府的法令，国务院马上就此事对热内提出了抗议，热内却并没有理睬。该船改装后着手远航，宾州州长米夫林规劝热内暂且中止这一安排，所有事情等到华盛顿回来后再说，不然的话，他将用武力阻止该船离港。热内十分懊恼，他感觉美国人不够朋友。他对米夫林表示，华盛顿总统不经过国会的批准便无权下达命令。不只这样，热内还声称要把此事交给美国全民进行公决，假如宾州胆敢以武力阻止该船出港的话，他将同时动用武力。米夫林感到十分气愤，便马上把这一事件告诉了内阁。事件到了非要杰斐逊出面进行解决的地步了，他重申了华盛顿作出的严守中立的指示，要求热内马上放弃该项行动。热内感到十分不满，于是便发表了一气的抗议声明。热内发完火后，杰斐逊便向他进行解释，他给热内讲了政府是立法、行政、司法三权分立的职能机构，各个部门全部都有对应的权力来作决定，而不会受到其他部门的制约。这是美国的特殊政治制度，同时，杰斐逊还告诉热内，即便是召开国会，国会也不会因此对应由华盛顿总统作决定的事情进行干预。热内惊异地问国会还是不是最高权力机关，杰斐逊的回答是否定的。杰斐逊最后告诉了热内，假如打算令此事快速解决的话，唯一的办法就是取决于总统的态度。
直到此时，热内才发现原来自己对于美国宪法一窍不通。杰斐逊此时再次建议“小萨拉”应该扣押在港，等候总统回来。热内告诉杰斐逊说，该船现在费城南部装货，他无法作出担保，但从他的态度上看，杰斐逊认为该船在一时间还不会出海。这样，杰斐逊便返回了政府大楼，同时他命令米夫林对那艘船进行严格的看管，一旦发现什么动静，要立即向他汇报。诺克斯和汉密尔顿信不过热内，他们提议在罗德岛上派一个炮兵连，假如该船逃走的话，那就立即将其炸沉。但是杰斐逊却并没有同意此项提议。
